La rica en prolina 12 (PRR12) es una proteína de función desconocida codificada por el gen PRR12 .
PRR12 | |||||||||||||||||||||||||
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Identificadores | |||||||||||||||||||||||||
Alias | PRR12 , KIAA1205, rico en prolina 12, rico en prolina 12 | ||||||||||||||||||||||||
Identificaciones externas | OMIM : 616633 MGI : 2679002 HomoloGene : 18957 GeneCards : PRR12 | ||||||||||||||||||||||||
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Ortólogos | |||||||||||||||||||||||||
Especies | Humano | Ratón | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (ARNm) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (proteína) | |||||||||||||||||||||||||
Ubicación (UCSC) | Crónicas 19: 49,59 - 49,63 Mb | 7:45,03 - 45,05 Mb | |||||||||||||||||||||||
Búsqueda en PubMed | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
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Gene
El gen PRR12 de Homo sapiens tiene una longitud de 34.785 pares de bases, contiene 14 exones y se encuentra en el cromosoma 19 en 19q13.33. [5] Los alias conocidos para PRR12 incluyen "prolina rica 12" y KIAA1205. [6] Dentro de su vecindad genética, PRR12 está flanqueado por PRRG2 y SCAF1 en la hebra sentido y RRAS y NOSIP en la hebra antisentido. [5] La proteína que interactúa con la óxido nítrico sintasa, NOSIP, regula la actividad y localización de la óxido nítrico sintasa (endotelial y neuronal), controlando la producción de óxido nítrico . [7] Gla rico en prolina, PRRG2, tiene un dominio Gla que se une al hialuronano y está asociado con proteínas presentes en la matriz extracelular involucradas con la adhesión celular y la migración celular. [8] [9] La proteína relacionada con Ras R-Ras, RRAS, pertenece a la familia Ras y participa en la organización de los filamentos de actina dentro del citoesqueleto. Se cree que el factor 1 asociado a CTD relacionado con SR [10] , SCAF1, está involucrado en el corte y empalme del ARNm precursor . [11]
Ubicación de PRR12 en el cromosoma 19
Vecindario del gen PRR12
Promotor
La región promotora de PRR12 se predijo usando ElDorado en Genomatix. [12] La región comienza en la posición 50094408 y termina en 50095013 del cromosoma 19. Este conjunto de promotores se conserva en el macaco, ratón, rata, caballo, vaca, cerdo, perro y pez cebra. No se encontró ninguna caja TATA, elemento de reconocimiento B (BRE) o caja CAAT reconocibles aguas arriba de la región de inicio de la transcripción predicha. Debido a que no se encontró una caja TATA clara, es posible que PRR12 esté regulado por un promotor sin TATA que contenga un elemento promotor corriente abajo (DPE). Sin embargo, el DPE predicho es sólo 15 pb aguas abajo de la región de inicio de la transcripción en lugar de los típicos pares de bases de +25 a +32. Se requerirá más investigación para expandir el 5 'UTR de la transcripción PRR12 con el fin de confirmar dónde se encuentra la región promotora correcta.
Transcripción
secuencia de ARNm
El transcrito de ARNm de PRR12 tiene una longitud de 6960 pares de bases y contiene varias repeticiones de secuencias cortas. El Homo sapiens PRR12 tiene tres isoformas con la isoforma 3 que contiene aproximadamente mil residuos de aminoácidos más que las otras isoformas. [13] No se da 5 'UTR en los registros del NCBI para la transcripción de Homo sapiens PRR12. Sin embargo, se han determinado 7 pares de bases de la UTR 5 'en el ortólogo de Papio anubis . El UTR de 3 'tiene una longitud de 852 pares de bases. [14]
Expresión
El gen se expresa moderadamente a niveles uniformes en una amplia variedad de tipos de tejidos. [6]
Proteína
El transcrito PRR12 codifica una proteína que tiene 2036 residuos de longitud. Tiene un peso molecular de 211,1 kdal y un punto isoeléctrico de alrededor de 7,728. [15] Varias bases de datos bioinformáticas también han predicho que PRR12 es una proteína soluble sin dominios transmembrana . [15] [16] [17] Jianping Chen enumera PRR12 como una "proteína extremadamente vulnerable". [18] Estas proteínas tienen regiones ricas en aminoácidos que son "protectores deficientes" de los enlaces de hidrógeno a lo largo de la columna vertebral de la proteína, lo que inhibe la capacidad de estas proteínas para plegarse correctamente y permite la posibilidad de agregación de proteínas. Los residuos como G, A, S, Y y P se enumeran como protectores deficientes y el PRR12 es rico tanto en prolina como en glicina. [15] [18] Muchos de los residuos de prolina se colocan consecutivamente en regiones de baja complejidad. Estas regiones pueden dar a esta proteína una estructura secundaria interesante, ya que un grupo de prolina puede formar una hélice de poliprolina . [19] PRR12 contiene una posible señal de importación nuclear a partir de P1794. Una secuencia de localización nuclear típica tendría los siguientes residuos: PPKKKRKV. [20] PRR12 contiene un dominio DUF4211 que comienza en V1836 que muestra homología con el dominio pfam13926. [21] Este dominio está bien conservado en ortólogos PRR12 . PRR12 también contiene regiones de unión al gancho AT bien conservadas en P1168 y G1202. Estas regiones permiten que las proteínas se unan al ADN, lo que favorece aún más la localización de PRR12 en el núcleo.
Conservación
Paralogs
La proteína 1 rica en glutamina y serina ( QSER1 ) es el único parámetro estrechamente relacionado con PRR12 (acceso NCBI: EAW68214). QSER1 no tiene ninguna función conocida y, como PRR12, contiene DUF4211 y una señal de localización nuclear. QSER1 no contiene las regiones de unión a AT o el antígeno del virus de Epstein-Barr que se encuentra en PRR12.
Ortólogos
El pariente más lejano encontrado a través de BLAST con una similitud significativa con PRR12 es el pez Danio rerio . Se encontraron ortólogos en peces, anfibios, reptiles y otros mamíferos. Si bien no se encontraron ortólogos PRR12 en las aves, las aves tenían ortólogos a la QSER1, que es una estrecha paralog a PRR12 humano. [13]
Importancia clínica
Un estudio sobre el virus de Epstein-Barr encontró una estrecha homología entre una región rica en prolina en PRR12 y una región de 65 aminoácidos en el extremo terminal de EBNA-2 (un antígeno nuclear del virus). [22] Este antígeno del virus de Epstein-Barr está asociado con enfermedades autoinmunes sistémicas del tejido conectivo (CTD), incluido el lupus eritematoso sistémico (LES), el síndrome de Sjögren primario (SS), la artritis reumatoide (AR), la esclerosis sistémica (SSc) y la SS secundaria. . [22] El PRR12 no solo es rico en prolina, sino que también es rico en glicina, lo que sugiere que podría haber una relación con el colágeno, que también es rico en prolina y glicina. Una relación entre los dos podría ser una explicación para la aparición de CTD autoinmunes después de la infección por EBV. Sin embargo, los residuos de glicina y prolina en el colágeno generalmente siguen un motivo GPX o GX-HydroxyP, que no ocurre significativamente en PRR12.
Referencias
- ^ a b c GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000126464 - Ensembl , mayo de 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000046574 - Ensembl , mayo de 2017
- ^ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ "Referencia de PubMed del ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
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- ^ a b "Gen PRR12 - GeneCards | Proteína PRR12 | Anticuerpo PRR12" . GeneCards . Consultado el 26 de enero de 2014 .
- ^ "NOSIP" . Consultado el 6 de noviembre de 2014 .
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- ^ "GLA" . Consultado el 6 de noviembre de 2014 .
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- ^ "SCAF1" . Consultado el 6 de noviembre de 2014 .
- ^ "Genomas y anotación: El Dorado" .
- ^ a b "Proteína rica en prolina 12 - Homo sapiens (humano)" . Uniprot.org . Consultado el 26 de enero de 2014 .
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- ^ a b Chen, Jianping (2009). Bases moleculares de la sensibilidad a la dosis de genes (Ph.D.). Universidad de Rice. ISBN 9781109217346. ProQuest 304989828 .
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