La extracción de ARN es la purificación de ARN de muestras biológicas. Este procedimiento se complica por la presencia ubicua de enzimas ribonucleasas en células y tejidos, que pueden degradar rápidamente el ARN. [1] En biología molecular se utilizan varios métodos para aislar el ARN de las muestras, el más común de ellos es la extracción con tiocianato de guanidinio, fenol y cloroformo . [2] [3] El método de elución y lisis basado en papel de filtro presenta una alta capacidad de rendimiento. [4]
La extracción de ARN en nitrógeno líquido, comúnmente usando un mortero (o dispositivos de acero especializados conocidos como pulverizadores de tejidos) también es útil para prevenir la actividad ribonucleasa.
Contaminación por ARNasa
La extracción de ARN en experimentos de biología molecular se complica enormemente por la presencia de ARNasas ubicuas y resistentes que degradan las muestras de ARN. Ciertas ARNasas pueden ser extremadamente resistentes e inactivarlas es difícil en comparación con neutralizar las ADNasas . Además de las RNasas celulares que se liberan, hay varias RNasas que están presentes en el medio ambiente. Las RNasas han evolucionado para tener muchas funciones extracelulares en varios organismos. [5] [6] [7] Por ejemplo, la RNasa 7, un miembro de la superfamilia de la RNasa A , es secretada por la piel humana y sirve como una potente defensa antipatógena. [8] [9] Para estas ARNasas secretadas, es posible que la actividad enzimática ni siquiera sea necesaria para la función exacta de la ARNasa . Por ejemplo, las RNasas inmunes actúan desestabilizando las membranas celulares de las bacterias. [10] [11]
Para contrarrestar esto, el equipo utilizado para la extracción de ARN generalmente se limpia a fondo, se mantiene separado del equipo de laboratorio común y se trata con varios químicos agresivos que destruyen las ARNasas. Por la misma razón, los experimentadores tienen especial cuidado de no dejar que su piel desnuda toque el equipo.
Ver también
Referencias
- ^ Peirson SN, Butler JN (2007). "Extracción de ARN de tejidos de mamíferos" . Ritmos circadianos . Methods Mol. Biol . Métodos en Biología Molecular . 362 . págs. 315-27 . doi : 10.1007 / 978-1-59745-257-1_22 . ISBN 978-1-58829-417-3. PMID 17417019 .
- ^ Chomczynski P, Sacchi N (2006). "El método de un solo paso de aislamiento de ARN por extracción ácida de tiocianato de guanidinio-fenol-cloroformo: veintitantos años después". Nat Protocol . 1 (2): 581–5. doi : 10.1038 / nprot.2006.83 . PMID 17406285 . S2CID 28653075 .
- ^ Bird IM (2005). "Extracción de ARN de células y tejidos". Methods Mol. Med . 108 : 139–48. doi : 10.1385 / 1-59259-850-1: 139 . ISBN 1-59259-850-1. PMID 16028681 .
- ^ Tarjeta de papel de filtro de extracción de ARN de alto rendimiento FortiusBio
- ^ Rossier, O .; Dao, J .; Cianciotto, NP (2009). "Una ARNasa secretada de tipo II de Legionella pneumophila facilita la infección intracelular óptima de Hartmannella vermiformis" . Microbiología . 155 (3): 882–890. doi : 10.1099 / mic.0.023218-0 . PMC 2662391 . PMID 19246759 .
- ^ Luhtala, N .; Parker, R. (2010). "Ribonucleasas de la familia T2: enzimas antiguas con diversas funciones" . Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 35 (5): 253-259. doi : 10.1016 / j.tibs.2010.02.002 . PMC 2888479 . PMID 20189811 .
- ^ Dyer, KD; Rosenberg, HF (2006). "La RNase una superfamilia: generación de diversidad y defensa innata del huésped" . Diversidad molecular . 10 (4): 585–597. doi : 10.1007 / s11030-006-9028-2 . PMID 16969722 . S2CID 20922592 .
- ^ Harder, J. (2002). "RNase 7, una nueva proteína antimicrobiana de defensa inmune innata de piel humana sana" . Revista de Química Biológica . 277 (48): 46779–46784. doi : 10.1074 / jbc.M207587200 . PMID 12244054 .
- ^ Köten, B .; Simanski, M .; Gläser, R .; Podschun, R .; Schröder, JM; Más difícil, JR (2009). "La RNasa 7 contribuye a la defensa cutánea contra Enterococcus faecium" . PLOS ONE . 4 (7): e6424. doi : 10.1371 / journal.pone.0006424 . PMC 2712763 . PMID 19641608 .
- ^ Huang, Y.-C .; Lin, Y.-M .; Chang, T. -W .; Wu, S. -J .; Lee, Y. -S .; Chang, MD -T .; Chen, C .; Wu, S.-H .; Liao, Y. -D. (2006). "Los residuos de lisina flexibles y agrupados de la ribonucleasa 7 humana son fundamentales para la permeabilidad de la membrana y la actividad antimicrobiana" . Revista de Química Biológica . 282 (7): 4626–4633. doi : 10.1074 / jbc.M607321200 . PMID 17150966 .
- ^ Rosenberg, HF (2008). "RNase a ribonucleasas y defensa del huésped: una historia en evolución" . Revista de biología de leucocitos . 83 (5): 1079–87. doi : 10.1189 / jlb.1107725 . PMC 2692241 . PMID 18211964 .
enlaces externos
Lavado de dos fases para resolver el problema omnipresente del arrastre de contaminantes en los kits comerciales de extracción de ácido nucleico ; por Erik Jue, Daan Witters y Rustem F. Ismagilov; Naturaleza, Informes científicos, 2020.