El dominio SET es un dominio de proteína que normalmente tiene actividad de metiltransferasa . Originalmente se identificó como parte de una región conservada más grande presente en la proteína Trithorax de Drosophila y posteriormente se identificó en las proteínas Su(var)3-9 y 'Enhancer of zeste' de Drosophila, de las cuales se deriva el acrónimo SET [ S u( var)3-9, E nhancer-of-zeste y T rithorax].
El dominio SET aparece generalmente como una parte de una proteína multidominio más grande, y recientemente se describieron tres estructuras de proteínas muy diferentes con composiciones de dominio distintas:
El propio dominio SET resultó ser una estructura poco común . Aunque en los tres estudios, los mapas de densidad de electrones revelaron la ubicación del cofactor AdoMet o AdoHcy, el dominio SET no tiene ninguna similitud con el pliegue de metiltransferasa canónico/dependiente de AdoMet . Estrictamente conservada en el motivo C-terminal del dominio SET, la tirosina podría participar en la abstracción de un protón del grupo amino protonado del sustrato lisina, promoviendo su ataque nucleofílico sobre el grupo metilo sulfonio de AdoMet.cofactor _ A diferencia de las proteínas metiltranferasas dependientes de AdoMet del tipo clásico, que tienden a unir sus sustratos polipeptídicos encima del cofactor, se observa en la estructura de Rubisco LSMT que AdoMet parece unirse en una hendidura separada, lo que sugiere cómo un polipéptido el sustrato podría someterse a múltiples rondas de metilación sin tener que liberarse de la enzima. Por el contrario, SET7/9 solo puede agregar un único grupo metilo a su sustrato .
Se ha demostrado que la asociación del dominio SET y proteínas relacionadas con la miotubularina modula el control del crecimiento . [2] La proteína Drosophila melanogaster (mosca de la fruta) que contiene el dominio SET , potenciador de zeste , tiene una función en la determinación de segmentos y el homólogo de mamífero puede estar involucrado en la regulación de la transcripción génica y la estructura de la cromatina .
La metilación de la histona lisina es parte del código de histonas que regula la función de la cromatina y el control epigenético de la función de los genes . Las histonas lisina metiltransferasas (HMTasa) difieren tanto en su especificidad de sustrato para las diversas lisinas aceptoras como en su especificidad de producto para el número de grupos metilo (uno, dos o tres) que transfieren. Con solo una excepción, [3] las HMTasas pertenecen a la familia SET que se puede clasificar según las secuencias que rodean el dominio SET. [4] [5] Estudios estructurales sobre el ser humano SET7/9, una monometilasa, ha revelado la base molecular de la especificidad de la enzima para la histona objetivo y las funciones de los residuos invariantes en el dominio SET para determinar las especificidades de metilación. [6]
El dominio pre-SET N-terminal ( InterPro : IPR007728 ), tal como se encuentra en la familia SUV39 SET, contiene nueve residuos de cisteína invariantes que se agrupan en dos segmentos separados por una región de longitud variable. Estas 9 cisteínas coordinan 3 iones de zinc para formar un grupo triangular, donde cada uno de los iones de zinc está coordinado por 4 cuatro cisteínas para dar una configuración tetraédrica . La función de este dominio es estructural, manteniendo juntos 2 segmentos largos de bobinas aleatorias.