U6 snRNA es el componente de ARN nuclear pequeño no codificante (snRNA) de U6 snRNP ( ribonucleoproteína nuclear pequeña ), un complejo de ARN-proteína que se combina con otros snRNP, pre-ARNm no modificado y varias otras proteínas para ensamblar un espliceosoma , un gran Complejo molecular ARN-proteína que cataliza la escisión de intrones del pre-ARNm . El empalme, o la eliminación de intrones , es un aspecto importante de la modificación postranscripcional y tiene lugar solo en el núcleo de los eucariotas .
ARN espliceosomal U6 | |
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![]() Estructura secundaria prevista y conservación de la secuencia de U6 | |
Identificadores | |
Símbolo | U6 |
Rfam | RF00026 |
Otros datos | |
Tipo de ARN | Gene ; snRNA ; empalme |
Dominio (s) | Eucariota |
IR | IR: 0000351 IR: 0000353 IR: 0030621 IR: 0005688 IR: 0046540 |
ENTONCES | Entonces: 0000396 |
Estructuras PDB | PDBe |
La secuencia de ARN de U6 es la más conservada en todas las especies de los cinco snRNA involucrados en el espliceosoma, [1] lo que sugiere que la función del snRNA de U6 ha permanecido crucial y sin cambios a lo largo de la evolución.
Es común en los genomas de vertebrados encontrar muchas copias del gen U6 snRNA o pseudogenes derivados de U6 . [2] Esta prevalencia de "copias de seguridad" del gen ARNrn U6 en vertebrados implica además su importancia evolutiva para la viabilidad del organismo.
El gen U6 snRNA se ha aislado en muchos organismos [3], incluido C. elegans . [4] Entre ellos, la levadura de panadería ( Saccharomyces cerevisiae ) es un organismo modelo comúnmente utilizado en el estudio de los snRNA.
La estructura y el mecanismo catalítico del ARNnn de U6 se asemeja a la del dominio V de los intrones del grupo II. [5] [6] La formación de la triple hélice en U6 snRNA se considera importante en la actividad de empalme, donde su función es llevar el sitio catalítico al sitio de empalme. [6]
Papel
La especificidad del par de bases del snRNA de U6 permite que el snRNP de U6 se una estrechamente al snRNA de U4 y libremente al snRNA de U5 de un snRNP triple durante la fase inicial de la reacción de empalme. A medida que avanza la reacción, el snRNA de U6 se descomprime de U4 y se une al snRNA de U2. En cada etapa de esta reacción, la estructura secundaria del ARNnn de U6 sufre cambios conformacionales extensos. [7]
La asociación de U6 snRNA con el extremo 5' del intrón a través de apareamiento de bases durante la reacción de corte y empalme se produce antes de la formación del lazo (o lazo en forma de ) intermedia, y es necesario para el proceso de empalme para proceder. La asociación de U6 snRNP con U2 snRNP a través del emparejamiento de bases forma el complejo U6-U2, una estructura que comprende el sitio activo del espliceosoma . [8] : 433–437
Estructura secundaria
Mientras que el apareamiento de bases consenso de la estructura secundaria putativa se limita a un corto bucle de tallo en 5 ' , se han propuesto estructuras mucho más extensas para organismos específicos como en la levadura. [9] Además del bucle de tallo 5 ', todos los ARNrn U6 confirmados pueden formar el bucle de tallo intramolecular 3' propuesto. [10]
Se sabe que el ARNnn de U6 forma una extensa interacción de pares de bases con ARNnn de U4 . [11] Se ha demostrado que esta interacción es mutuamente exclusiva de la del asa intramolecular del vástago 3 '. [7]
Proteínas asociadas
Se encuentra que el ARNnn de U6 libre está asociado con las proteínas Prp24 y LSms . Se cree que Prp24 forma un complejo intermedio con el ARNp de U6, con el fin de facilitar el apareamiento extenso de bases entre los ARNp de U4 y U6, y los Lsms pueden ayudar en la unión de Prp24. Se determinó la ubicación aproximada de estos dominios de unión a proteínas y las proteínas se visualizaron posteriormente mediante microscopía electrónica. Este estudio sugiere que en la forma libre de U6, Prp24 se une al telestem y la cola 3 'rica en uridina del snRNA de U6 se enhebra a través del anillo de Lsms. Otra proteína importante relacionada con NTC asociada con U6 es Cwc2, que por interacción con importantes elementos catalíticos de ARN induce la formación de un núcleo catalítico funcional en el espliceosoma. Cwc2 y U6 logran la formación de este complejo mediante la interacción con el ISL y las regiones ubicadas cerca del sitio de empalme 5 '. [12]
Ver también
- ARN espliceosomal menor de U6atac
Referencias
- ^ Brow DA, Guthrie C (julio de 1988). "El ARN spliceosomal U6 se conserva notablemente desde la levadura hasta los mamíferos". Naturaleza . 334 (6179): 213–8. Código Bibliográfico : 1988Natur.334..213B . doi : 10.1038 / 334213a0 . PMID 3041282 . S2CID 4236176 .
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Otras lecturas
- Zwieb C (enero de 1997). "La base de datos de uRNA" . Investigación de ácidos nucleicos . 25 (1): 102–3. doi : 10.1093 / nar / 25.1.102 . PMC 146409 . PMID 9016512 .
enlaces externos
- Página de ARN espliceosomal U6 en Rfam