UTOPIA (herramientas bioinformáticas)

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UTOPÍA
Herramientas UTOPIA en Mac
Desarrollador (es)	Steve Pettifer, Terri Attwood , David Parry-Smith, DNPerkins, AW Payne, AD Michie, Phillip W. Lord, JNSelley, Phil McDermott, James Marsh, James Sinnott, Dave Thorne, Benjamin Blundell
Escrito en	C ++, Python
Sistema operativo	Linux, Mac y Windows
Sitio web	utopía .cs .manchester .ac .uk

UTOPIA ( Herramientas fáciles de usar para operar aplicaciones informáticas ) es un conjunto de herramientas gratuitas para visualizar y analizar datos bioinformáticos . Basado en un modelo de datos impulsado por una ontología , contiene aplicaciones para visualizar y alinear secuencias de proteínas , renderizar estructuras moleculares complejas en 3D y para encontrar y utilizar recursos como servicios web y objetos de datos. ^[1]^[2]^[3]^[4] Hay dos componentes principales, el conjunto de análisis de proteínas y los documentos UTOPIA.

Suite de análisis de proteínas Utopia

La suite Utopia Protein Analysis es una colección de herramientas interactivas para analizar la secuencia y la estructura de las proteínas . Al principio hay aplicaciones de visualización fáciles de usar y receptivas, detrás de escena un modelo sofisticado que les permite trabajar juntos y esconde gran parte del tedioso trabajo de lidiar con formatos de archivo y servicios web . ^[1]

Documentos de la utopía

Utopia Documents aporta una nueva perspectiva a la lectura de la literatura científica, combinando la conveniencia y confiabilidad del formato de documento portátil (pdf) con la flexibilidad y el poder de la web. ^[3]^[5]^[6]

Historia

Entre 2003 y 2005, el trabajo en UTOPIA fue financiado a través del e-Science North West Center con sede en la Universidad de Manchester por el Consejo de Investigación de Ingeniería y Ciencias Físicas , el Departamento de Comercio e Industria del Reino Unido y la Red Europea de Biología Molecular (EMBnet) . Desde 2005, el trabajo continúa en el marco de la Red europea de excelencia EMBRACE .

CINEMA (Color INteractive Editor for Multiple Alignment) de UTOPIA, una herramienta para la alineación de secuencias , es la última encarnación del software desarrollado originalmente en la Universidad de Leeds para ayudar al análisis de los receptores acoplados a proteínas G (GPCR). ^[7] SOMAP, ^[8] se desarrolló un procedimiento de alineación múltiple orientado a pantalla a fines de la década de 1980 en el sistema operativo de la computadora VMS , usó un terminal de video VT100 monocromo basado en texto y presentó ayuda contextual y menús desplegables algún tiempo antes de estos. eran características estándar del sistema operativo.

SOMAP fue seguido por una herramienta Unix llamada VISTAS ^[9] (Visualización de estructuras y secuencias) que incluía la capacidad de renderizar estructuras moleculares en 3D y generar gráficos y representaciones estadísticas de las propiedades de las secuencias.

La primera herramienta bajo el estandarte de CINEMA ^[10] desarrollada en la Universidad de Manchester fue un subprograma basado en Java lanzado a través de páginas web, que todavía está disponible pero ya no se mantiene. También se lanzó una versión autónoma de Java, llamada CINEMA-MX, ^[11], pero ya no está disponible.

Una versión C ++ de CINEMA, llamada CINEMA5, se desarrolló desde el principio como parte del proyecto UTOPIA y se lanzó como una aplicación de alineación de secuencia independiente. Ahora ha sido reemplazada por una versión de la herramienta integrada con otras aplicaciones de visualización de UTOPIA, y su nombre ha vuelto simplemente a CINEMA.

Referencias

^ a b Pettifer, SR ; Sinnott, JR; Attwood, TK (2004). "UTOPIA — Herramientas fáciles de usar para operar aplicaciones informáticas" . Genómica comparativa y funcional . 5 (1): 56–60. doi : 10.1002 / cfg.359 . PMC 2447318 . PMID 18629035 .
^ McDermott, P .; Sinnott, J .; Thorne, D .; Pettifer, S .; Attwood, T. (2006). "Una arquitectura de visualización y análisis interactivo de proteínas". Cuarta Conferencia Internacional sobre Vistas Coordinadas y Múltiples en Visualización Exploratoria (CMV'06) . pag. 55. doi : 10.1109 / CMV.2006.3 . ISBN 978-0-7695-2605-8.
^ a b Attwood, TK ; Kell, DB ; McDermott, P .; Marsh, J .; Pettifer, SR ; Thorne, D. (2009). "Llamando al rescate internacional: ¡El conocimiento perdido en la literatura y la avalancha de datos!" . Revista bioquímica . 424 (3): 317–333. doi : 10.1042 / BJ20091474 . PMC 2805925 . PMID 19929850 .
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^ Señor, PW; Selley, JN; Attwood, TK (2002). "CINEMA-MX: Un editor modular de alineación múltiple" . Bioinformática . 18 (10): 1402–1403. doi : 10.1093 / bioinformatics / 18.10.1402 . PMID 12376388 .

[CaFG-1] Pettifer, SR ; Sinnott, JR; Attwood, TK (2004). "UTOPIA — Herramientas fáciles de usar para operar aplicaciones informáticas" . Genómica comparativa y funcional . 5 (1): 56–60. doi : 10.1002 / cfg.359 . PMC 2447318 . PMID 18629035 .

[2] McDermott, P .; Sinnott, J .; Thorne, D .; Pettifer, S .; Attwood, T. (2006). "Una arquitectura de visualización y análisis interactivo de proteínas". Cuarta Conferencia Internacional sobre Vistas Coordinadas y Múltiples en Visualización Exploratoria (CMV'06) . pag. 55. doi : 10.1109 / CMV.2006.3 . ISBN 978-0-7695-2605-8.

[rescue-3] Attwood, TK ; Kell, DB ; McDermott, P .; Marsh, J .; Pettifer, SR ; Thorne, D. (2009). "Llamando al rescate internacional: ¡El conocimiento perdido en la literatura y la avalancha de datos!" . Revista bioquímica . 424 (3): 317–333. doi : 10.1042 / BJ20091474 . PMC 2805925 . PMID 19929850 .

[viz-4] Pettifer, S .; Thorne, D .; McDermott, P .; Marsh, J .; Villéger, A .; Kell, DB ; Attwood, TK (2009). "Visualización de datos biológicos: un enfoque semántico para la integración de herramientas y bases de datos" . BMC Bioinformática . 10 : S19. doi : 10.1186 / 1471-2105-10-S6-S19 . PMC 2697642 . PMID 19534744 .

[udocs-5] Attwood, TK ; Kell, DB ; McDermott, P .; Marsh, J .; Pettifer, SR ; Thorne, D. (2010). "Documentos de la utopía: vinculación de la literatura académica con datos de investigación" . Bioinformática . 26 (18): i568 – i574. doi : 10.1093 / bioinformatics / btq383 . PMC 2935404 . PMID 20823323 .

[hamburger-6] Pettifer, S .; McDermott, P .; Marsh, J .; Thorne, D .; Villeger, A .; Attwood, TK (2011). "Ceci n'est pas un hamburger: Modelar y representar el artículo académico" . Publicación aprendida . 24 (3): 207. doi : 10.1087 / 20110309 .

[gpcr-7] Vroling, B .; Thorne, D .; McDermott, P .; Attwood, TK ; Vriend, G .; Pettifer, S. (2011). "Integración de información específica de GPCR con artículos de texto completo" . BMC Bioinformática . 12 : 362. doi : 10.1186 / 1471-2105-12-362 . PMC 3179973 . PMID 21910883 .

[somap-8] Parry-Smith, DJ; Attwood, TK (1991). "SOMAP: un enfoque interactivo novedoso para la alineación de secuencias de proteínas múltiples". Bioinformática . 7 (2): 233. doi : 10.1093 / bioinformatics / 7.2.233 . PMID 2059849 .

[vistas-9] Perkins, DN; Attwood, TK (1995). "VISTAS: Un paquete para visualizar estructuras y secuencias de proteínas". Revista de gráficos moleculares . 13 (1): 73–75, 62. doi : 10.1016 / 0263-7855 (94) 00013-I . PMID 7794837 .

[cinema-10] Parry-Smith, DJ; Payne, AWR; Michie, AD; Attwood, TK (1998). "CINE: un editor interactivo de color novedoso para alineaciones múltiples". Gene . 221 (1): GC57 – GC63. doi : 10.1016 / S0378-1119 (97) 00650-1 . PMID 9852962 .

[cinemamx-11] Señor, PW; Selley, JN; Attwood, TK (2002). "CINEMA-MX: Un editor modular de alineación múltiple" . Bioinformática . 18 (10): 1402–1403. doi : 10.1093 / bioinformatics / 18.10.1402 . PMID 12376388 .

[1]