La proteína 1A que contiene el dominio interactivo rico en AT es una proteína que en los seres humanos está codificada por el gen ARID1A . [5] [6] [7]
ARID1A | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||
Identificadores | |||||||||||||||||||||||||
Alias | ARID1A , B120, BAF250, BAF250a, BM029, C1orf4, ELD, MRD14, OSA1, P270, SMARCF1, hELD, hOSA1, CSS2, dominio de interacción rico en AT 1A | ||||||||||||||||||||||||
Identificaciones externas | OMIM : 603024 MGI : 1935147 HomoloGene : 21216 GeneCards : ARID1A | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortólogos | |||||||||||||||||||||||||
Especies | Humano | Ratón | |||||||||||||||||||||||
Entrez |
|
| |||||||||||||||||||||||
Ensembl |
|
| |||||||||||||||||||||||
UniProt |
|
| |||||||||||||||||||||||
RefSeq (ARNm) |
|
| |||||||||||||||||||||||
RefSeq (proteína) |
|
| |||||||||||||||||||||||
Ubicación (UCSC) | Crónicas 1: 26,69 - 26,78 Mb | Crónicas 4: 133,68 - 133,76 Mb | |||||||||||||||||||||||
Búsqueda en PubMed | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
|
Función
ARID1A es un miembro de la familia SWI / SNF , cuyos miembros tienen actividades de helicasa y ATPasa y se cree que regulan la transcripción de ciertos genes al alterar la estructura de la cromatina alrededor de esos genes. La proteína codificada es parte del gran complejo de remodelación de cromatina dependiente de ATP SWI / SNF, que se requiere para la activación transcripcional de genes normalmente reprimidos por cromatina. Posee al menos dos dominios conservados que podrían ser importantes para su función. Primero, tiene un dominio ARID , que es un dominio de unión al ADN que puede unirse específicamente a una secuencia de ADN rica en AT que se sabe que es reconocida por un complejo SWI / SNF en el locus de la beta-globina . En segundo lugar, el extremo C-terminal de la proteína puede estimular la activación transcripcional dependiente del receptor de glucocorticoides . Se cree que la proteína codificada por este gen confiere especificidad al complejo SWI / SNF y puede reclutar el complejo a sus objetivos a través de interacciones proteína-ADN o proteína-proteína. Se han encontrado dos variantes de transcripción que codifican diferentes isoformas para este gen. [7]
Significación clínica
Este gen se ha encontrado comúnmente mutado en cánceres gástricos , [8] carcinoma de células claras de ovario , [9] y cáncer de páncreas . [10] En el cáncer de mama, las metástasis a distancia adquieren mutaciones de inactivación en ARID1A que no se observan en el tumor primario, y la expresión reducida de ARID1A confiere resistencia a diferentes fármacos como el trastuzumab y los inhibidores de mTOR . Estos hallazgos proporcionan una justificación de por qué los tumores acumulan mutaciones ARID1A. [11] [12]
Investigar
La falta de este gen / proteína parece proteger a las ratas de algunos tipos de daño hepático. [13]
Interacciones
Se ha demostrado que ARID1A interactúa con SMARCB1 [14] [15] y SMARCA4 . [15] [16]
Referencias
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000117713 - Ensembl , mayo de 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000007880 - Ensembl , mayo de 2017
- ^ "Referencia humana de PubMed:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ "Referencia de PubMed del ratón:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ Takeuchi T, Furihata M, Heng HH, Sonobe H, Ohtsuki Y (junio de 1998). "Mapeo cromosómico y expresión del gen B120 humano". Gene . 213 (1–2): 189–93. doi : 10.1016 / S0378-1119 (98) 00194-2 . PMID 9630625 .
- ^ Takeuchi T, Chen BK, Qiu Y, Sonobe H, Ohtsuki Y (diciembre de 1997). "Clonación molecular y expresión de un nuevo ADNc humano que contiene repeticiones CAG". Gene . 204 (1–2): 71–7. doi : 10.1016 / S0378-1119 (97) 00525-8 . PMID 9434167 .
- ^ a b "Entrez Gene: ARID1A AT rico dominio interactivo 1A (tipo SWI)" .
- ^ Wang K, Kan J, Yuen ST, Shi ST, Chu KM, Law S, et al. (Octubre de 2011). "La secuenciación del exoma identifica la mutación frecuente de ARID1A en subtipos moleculares de cáncer gástrico". Genética de la naturaleza . 43 (12): 1219–23. doi : 10.1038 / ng.982 . PMID 22037554 . S2CID 8884065 .
- ^ Wiegand KC, Shah SP, Al-Agha OM, Zhao Y, Tse K, Zeng T, et al. (Octubre de 2010). "Mutaciones ARID1A en carcinomas de ovario asociados a endometriosis" . La Revista de Medicina de Nueva Inglaterra . 363 (16): 1532–43. doi : 10.1056 / NEJMoa1008433 . PMC 2976679 . PMID 20942669 .
- ^ Shain AH, Giacomini CP, Matsukuma K, Karikari CA, Bashyam MD, Hidalgo M, et al. (Enero de 2012). "Las alteraciones estructurales convergentes definen el remodelador de cromatina SWItch / Sacarosa no fermentable (SWI / SNF) como un complejo supresor de tumores central en el cáncer de páncreas" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 109 (5): E252-9. doi : 10.1073 / pnas.1114817109 . PMC 3277150 . PMID 22233809 .
- ^ Berns K, Sonnenblick A, Gennissen A, Brohée S, Hijmans EM, Evers B, et al. (Noviembre de 2016). "La pérdida de ARID1A activa ANXA1, que sirve como un biomarcador predictivo de la resistencia al trastuzumab" . Investigación clínica del cáncer . 22 (21): 5238–5248. doi : 10.1158 / 1078-0432.CCR-15-2996 . PMID 27172896 .
- ^ Yates LR, Knappskog S, Wedge D, Farmery JH, Gonzalez S, Martincorena I, et al. (Agosto de 2017). "Evolución genómica de la metástasis y la recaída del cáncer de mama" . Célula cancerosa . 32 (2): 169-184.e7. doi : 10.1016 / j.ccell.2017.07.005 . PMC 5559645 . PMID 28810143 .
- ^ "Regeneración de tejidos promovida a través de la supresión de genes" . Noticias de Ingeniería Genética y Biotecnología . Marzo de 2016.
- ^ Kato H, Tjernberg A, Zhang W, Krutchinsky AN, An W, Takeuchi T, et al. (Febrero de 2002). "SYT se asocia con complejos SNF / SWI humanos y la región C-terminal de su socio de fusión SSX1 se dirige a histonas" . La revista de química biológica . 277 (7): 5498–505. doi : 10.1074 / jbc.M108702200 . PMID 11734557 .
- ^ a b Wang W, Côté J, Xue Y, Zhou S, Khavari PA, Biggar SR, et al. (Octubre de 1996). "Purificación y heterogeneidad bioquímica del complejo de mamíferos SWI-SNF" . El diario EMBO . 15 (19): 5370–82. doi : 10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00921.x . PMC 452280 . PMID 8895581 .
- ^ Zhao K, Wang W, Rando OJ, Xue Y, Swiderek K, Kuo A, Crabtree GR (noviembre de 1998). "Unión rápida y dependiente de fosfoinositol del complejo BAF SWI / SNF-like a la cromatina después de la señalización del receptor de linfocitos T" . Celular . 95 (5): 625–36. doi : 10.1016 / S0092-8674 (00) 81633-5 . PMID 9845365 . S2CID 3184211 .
Otras lecturas
- Martens JA, Winston F (abril de 2003). "Avances recientes en la comprensión de la remodelación de la cromatina por los complejos Swi / Snf". Opinión Actual en Genética y Desarrollo . 13 (2): 136–42. doi : 10.1016 / S0959-437X (03) 00022-4 . PMID 12672490 .
- Maruyama K, Sugano S (enero de 1994). "Oligo-taponamiento: un método simple para reemplazar la estructura de la tapa de los ARNm eucariotas con oligoribonucleótidos". Gene . 138 (1–2): 171–4. doi : 10.1016 / 0378-1119 (94) 90802-8 . PMID 8125298 .
- Wang W, Xue Y, Zhou S, Kuo A, Cairns BR, Crabtree GR (septiembre de 1996). "Diversidad y especialización de complejos SWI / SNF de mamíferos" . Genes y desarrollo . 10 (17): 2117–30. doi : 10.1101 / gad.10.17.2117 . PMID 8804307 .
- Wang W, Côté J, Xue Y, Zhou S, Khavari PA, Biggar SR, et al. (Octubre de 1996). "Purificación y heterogeneidad bioquímica del complejo de mamíferos SWI-SNF" . El diario EMBO . 15 (19): 5370–82. doi : 10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00921.x . PMC 452280 . PMID 8895581 .
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (octubre de 1997). "Construcción y caracterización de una biblioteca de ADNc enriquecida en longitud completa y enriquecida en el extremo 5 '". Gene . 200 (1–2): 149–56. doi : 10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3 . PMID 9373149 .
- Dallas PB, Cheney IW, Liao DW, Bowrin V, Byam W, Pacchione S, et al. (Junio de 1998). "La proteína p270 relacionada con la proteína de unión a p300 / CREB es un componente de los complejos SWI / SNF de mamíferos" . Biología Molecular y Celular . 18 (6): 3596–603. doi : 10.1128 / MCB.18.6.3596 . PMC 108941 . PMID 9584200 .
- Dallas PB, Pacchione S, Wilsker D, Bowrin V, Kobayashi R, Moran E (mayo de 2000). "La proteína del complejo humano SWI-SNF p270 es un miembro de la familia ARID con actividad de unión al ADN no específica de secuencia" . Biología Molecular y Celular . 20 (9): 3137–46. doi : 10.1128 / MCB.20.9.3137-3146.2000 . PMC 85608 . PMID 10757798 .
- Nie Z, Xue Y, Yang D, Zhou S, Deroo BJ, Archer TK, Wang W (diciembre de 2000). "Una subunidad de especificidad y dirección de un complejo de remodelación de cromatina relacionado con la familia SWI / SNF humano" . Biología Molecular y Celular . 20 (23): 8879–88. doi : 10.1128 / MCB.20.23.8879-8888.2000 . PMC 86543 . PMID 11073988 .
- Takeuchi T, Nicole S, Misaki A, Furihata M, Iwata J, Sonobe H, Ohtsuki Y (febrero de 2001). "Expresión de SMARCF1, una forma truncada de SWI1, en neuroblastoma" . La Revista Estadounidense de Patología . 158 (2): 663–72. doi : 10.1016 / S0002-9440 (10) 64008-4 . PMC 1850330 . PMID 11159203 .
- Kozmik Z, Machon O, Králová J, Kreslová J, Paces J, Vlcek C (abril de 2001). "Caracterización de ortólogos de mamíferos del gen de Drosophila osa: clonación de ADNc, expresión, localización cromosómica e interacción física directa con el complejo de remodelación de cromatina de Brahma". Genómica . 73 (2): 140–8. doi : 10.1006 / geno.2001.6477 . PMID 11318604 .
- Kato H, Tjernberg A, Zhang W, Krutchinsky AN, An W, Takeuchi T, et al. (Febrero de 2002). "SYT se asocia con complejos SNF / SWI humanos y la región C-terminal de su socio de fusión SSX1 se dirige a histonas" . La revista de química biológica . 277 (7): 5498–505. doi : 10.1074 / jbc.M108702200 . PMID 11734557 .
- Lemon B, Inouye C, King DS, Tjian R (2002). "Selectividad de los cofactores de remodelación de cromatina para la transcripción activada por ligando". Naturaleza . 414 (6866): 924–8. doi : 10.1038 / 414924a . PMID 11780067 . S2CID 4391100 .
- Hurlstone AF, Olave IA, Barker N, van Noort M, Clevers H (mayo de 2002). "Clonación y caracterización de hELD / OSA1, una nueva proteína que interactúa con BRG1" . La revista bioquímica . 364 (Parte 1): 255–64. doi : 10.1042 / bj3640255 . PMC 1222568 . PMID 11988099 .
- Inoue H, Furukawa T, Giannakopoulos S, Zhou S, King DS, Tanese N (noviembre de 2002). "Las subunidades más grandes del complejo remodelador de cromatina SWI / SNF humano promueven la activación transcripcional por receptores de hormonas esteroides" . La revista de química biológica . 277 (44): 41674–85. doi : 10.1074 / jbc.M205961200 . PMID 12200431 .
- Nie Z, Yan Z, Chen EH, Sechi S, Ling C, Zhou S, et al. (Abril de 2003). "Nuevos complejos de remodelación de cromatina SWI / SNF contienen un socio de translocación cromosómica de leucemia de linaje mixto" . Biología Molecular y Celular . 23 (8): 2942–52. doi : 10.1128 / MCB.23.8.2942-2952.2003 . PMC 152562 . PMID 12665591 .
- Kitagawa H, Fujiki R, Yoshimura K, Mezaki Y, Uematsu Y, Matsui D, et al. (Junio de 2003). "El complejo de remodelación de cromatina WINAC dirige un receptor nuclear a los promotores y está alterado en el síndrome de Williams" . Celular . 113 (7): 905-17. doi : 10.1016 / S0092-8674 (03) 00436-7 . PMID 12837248 .
enlaces externos
- ARID1A + proteína, + humano en los encabezados de temas médicos (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- Ubicación del genoma ARID1A humano y página de detalles del gen ARID1A en UCSC Genome Browser .
- Descripción general de toda la información estructural disponible en el PDB para UniProt : O14497 (proteína 1A que contiene dominio interactivo rico en AT) en PDBe-KB .
Este artículo incorpora texto de la Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos , que es de dominio público .