Las Bifidobacteriaceae son la única familia de bacterias del orden Bifidobacteriales . [3] De acuerdo con la versión 106 de LTP basada en 16S rRNA publicada por el proyecto 'The All-Species Living Tree' , el orden Bifidobacteriales es un clado anidado dentro del suborden Micrococcineae , también el género Bifidobacterium es parafilético para los otros géneros dentro de la familia . , es decir, los otros géneros están anidados dentro de Bifidobacterium .
En un árbol filogenético para el orden Bifidobacteriales , basado en RpoB , RpoC y DNA Gyrase B , Gardnerella vaginalis se ramifica entre diferentes especies de Bifidobacterium , lo que hace que el género Bifidobacterium sea polifilético . El género podría hacerse monofilético si G. vaginalis se colocara dentro de Bifidobacterium . El análisis comparativo de secuencias de proteínas alineadas ha llevado al descubrimiento de dos indeles característicos conservados que son específicos para el orden Bifidobacteriales . La primeraindel , una deleción de 1 aminoácido en la proteína ribosomal L13 , se encuentra en todas las especies de Bifidobacteriales y en ninguna otra Actinobacteria , lo que proporciona un marcador molecular potencial para todo el orden de las Bifidobacteriales . El segundo indel que se ha identificado es una inserción de 1 aminoácido en la glucosa-6-fosfato deshidrogenasa que se encuentra en todas las especies de Bifidobacterium y G. vaginalis , pero no en ninguna otra Actinobacteria . Este indel es, por lo tanto, característico del clado que consta de especies de Bifidobacterium y G. vaginalisy puede usarse para distinguir estos géneros del resto del orden Bifidobacteriales . También se han identificado 16 proteínas de firma conservadas que son exclusivas del orden Bifidobacteriales y pueden usarse como marcadores moleculares para este orden. Además, se han identificado 6 proteínas distintivas conservadas que son exclusivas de Bifidobacterium y Gardnerella , lo que proporciona más pruebas de que las especies de estos dos géneros están estrechamente relacionadas y proporciona marcadores moleculares para el clado que consta de estos géneros. [4]
La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procarióticos con posición en la nomenclatura (LPSN). [2] La filogenia se basa en el análisis del genoma completo. [5] [un]