El sistema de simulación bioquímica y orgánica ( BOSS ) es un programa de modelado molecular de uso general que realiza cálculos de mecánica molecular , simulaciones de mecánica estadística de Metropolis Monte Carlo y cálculos semiempíricos de Austin Model 1 (AM1), PM3 y PDDG / PM3 de mecánica cuántica . [1] Los cálculos de mecánica molecular cubren minimizaciones de energía, análisis de modo normal y búsqueda conformacional con los campos de fuerza de Potencial optimizado para simulaciones líquidas ( OPLS ). BOSS es desarrollado por el Prof. William L. Jorgensen en la Universidad de Yaley distribuido comercialmente por Cemcomco, LLC y Schrödinger , Inc.
Autor (es) original (es) | William L. Jorgensen |
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Desarrollador (es) | Grupo de Investigación Jorgensen, Universidad de Yale |
Versión inicial | 1987 |
Lanzamiento estable | 4.9 / enero de 2013 |
Escrito en | Fortran |
Sistema operativo | Unix , Linux , Windows |
Plataforma | x86 , x86-64 |
Disponible en | inglés |
Tipo | Modelado molecular |
Licencia | Propiedad |
Sitio web | zarbi |
Caracteristicas clave
- OPLS campo de fuerza inventor
- Optimización de geometría
- Química cuántica semiempírica
- Simulaciones de MC para líquidos puros, soluciones, clústeres o sistemas en fase gaseosa
- Las energías libres se calculan a partir de la teoría de perturbación estadística ( perturbación de energía libre (FEP))
- TIP3P, TIP4P y TIP5P modelos de agua
Ver también
- Modelado molecular
- Gráficos moleculares
- Editor de moléculas
- Software de diseño molecular
- Lista de software para el modelado molecular de Monte Carlo
- Lista de sistemas de gráficos moleculares
- Comparación de software para modelado de mecánica molecular
- Abulón (mecánica molecular)
- ÁMBAR
- Diseñador Ascalaph
- CHARMM
- GROMACS
- MDynaMix
- NAMD
- Tinker (software)
Referencias
- ^ Jorgensen, WL; Tirado-Rives, J. (2005). "Modelado molecular de sistemas orgánicos y biomoleculares utilizando BOSS y MCPRO". J. Comput. Chem . 26 (16): 1689-1700. doi : 10.1002 / jcc.20297 . PMID 16200637 .