Abalone es un programa de dinámica molecular y gráficos moleculares de propósito general para simulaciones de biomoléculas en condiciones de contorno periódicas en modelos explícitos ( modelo de agua SPC flexible [1] ) o implícitos . [2] Diseñado principalmente para simular el plegamiento de proteínas y los complejos ADN - ligando en el campo de fuerza AMBER .
Desarrollador (es) | Molécula ágil |
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Versión inicial | 2006 |
Lanzamiento estable | 2.1.4.2 |
Sistema operativo | Windows XP / 7/8/10 |
Plataforma | x86 , Nvidia GPU CUDA |
Disponible en | inglés |
Tipo | Dinámica molecular , gráficos moleculares |
Licencia | Propiedad |
Sitio web | www |
Caracteristicas clave
- Gráficos moleculares 3D
- Generador automático de campo de fuerza para bioelementos: H, C, N, O
- Construcción y edición de estructuras químicas.
- Biblioteca de bloques de construcción
- Campos de fuerza : Edificio modelo asistido con refinamiento energético ( AMBER ) 94, 96, 99SB, 03; Potenciales optimizados para simulaciones líquidas ( OPLS )
- Optimización de geometría
- Dinámica molecular con integrador de múltiples pasos de tiempo
- Montecarlo híbrido
- Intercambio de réplicas [3]
- Interfaz con química cuántica: ORCA , NWChem , Firefly (PC GAMESS), CP2K
- Modelado molecular acelerado por GPU
Ver también
Referencias
- ^ Toukan K y Rahman A (1985). "Estudio de dinámica molecular de los movimientos atómicos en el agua". Physical Review B . 31 (5): 2643–2648. Código Bibliográfico : 1985PhRvB..31.2643T . doi : 10.1103 / PhysRevB.31.2643 .
- ^ Todavía WC, Tempczyk A, Hawley RC, Hendrickson T (1990). "Tratamiento semianalítico de solvatación para mecánica y dinámica molecular". J Am Chem Soc . 112 (16): 6127–6129. doi : 10.1021 / ja00172a038 .
- ^ Y. Sugita e Y. Okamoto (1999). "Método de dinámica molecular de intercambio de réplicas para el plegamiento de proteínas". Cartas de Física Química . 314 : 141-151. Código Bibliográfico : 1999CPL ... 314..141S . doi : 10.1016 / S0009-2614 (99) 01123-9 .
enlaces externos
- Página web oficial
- Benchmarking