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En biología molecular , la endonucleasa asociada a CRISPR en Prevotella y Francisella 1 [a] o Cpf1 es una única endonucleasa guiada por ARN que carece de un ARN transcodificado pequeño (un ARN tracr ). En su lugar, Cpf1 utiliza un motivo adyacente protoespaciador rico en T (también conocido como PAM) [4] que consta de una secuencia de ADN de 2-6 pares de bases inmediatamente después de la secuencia de ADN dirigida por la nucleasa Cas9 en el sistema inmunológico adaptativo bacteriano CRISPR . [5] [6] Reconoce un PAM rico en T, TTTN, pero en el lado de 5 'de la guía. Cpf1 escinde el ADN a través de una rotura escalonada de doble hebra del ADN. [7]
Edición del genoma
De las 16 proteínas de la familia Cpf1 , los científicos identificaron dos enzimas candidatas de Acidaminococcus y Lachnospiraceae , con una eficiente actividad de edición del genoma en células humanas . [8] Cpf1 se introdujo con características de las que carece SpCas9 . Cpf1 requiere solo un ARN CRISPR corto de 42 nt (crRNA) para encontrar su objetivo, en lugar del ARN guía de ~ 100 nt para SpCas9, y reconoce un motivo adyacente al protoespaciador (PAM) que es 5 ′ en lugar de 3 ′ de el sitio de destino. [9]
Cas9 vs. Cpf1
| Característica | Cas9 | CPF1 |
|---|---|---|
| Estructura | Se requieren dos ARN (o 1 transcripción de fusión (crRNA + tracrRNA = gRNA) | Se requiere un ARN |
| Mecanismo de corte | Cortes extremos romos | Cortes finales escalonados |
| Sitio de corte | Proximal al sitio de reconocimiento | Distal del sitio de reconocimiento |
| Sitios de destino | PAM rico en G | PAM rico en T |
Ver también
Referencias
- ^ Pollard, TD (2007). Biología celular . Filadelfia: Saunders. págs. 200–203. ISBN 978-1-4160-2255-8.
- ^ Latchman DS (diciembre de 1997). "Factores de transcripción: una descripción general" . La Revista Internacional de Bioquímica y Biología Celular . 29 (12): 1305-12. doi : 10.1016 / S1357-2725 (97) 00085-X . PMC 2002184 . PMID 9570129 .
- ^ Karin M (febrero de 1990). "Demasiados factores de transcripción: interacciones positivas y negativas". El nuevo biólogo . 2 (2): 126–31. PMID 2128034 .
- ^ http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(15)01200-3 Cpf1 es una endonucleasa guiada por ARN única de un sistema CRISPR-Cas de clase 2
- ^ Shah SA, Erdmann S, Mojica FJ, Garrett RA (2013). "Motivos de reconocimiento de protospacer: identidades mixtas y diversidad funcional" . Biología del ARN . 10 (5): 891–899. doi : 10.4161 / rna.23764 . PMC 3737346 . PMID 23403393 .
- ^ Zetsche B, Gootenberg JS, Abudayyeh OO, Slaymaker IM, Makarova KS, Essletzbichler P, Volz SE, Joung J, van der Oost J, Regev A, Koonin EV, Zhang F (2015). "Cpf1 es una endonucleasa guiada por ARN única de un sistema CRISPR-Cas de clase 2" . Celular . 163 (3): 759–771. doi : 10.1016 / j.cell.2015.09.038 . PMC 4638220 . PMID 26422227 .
- ^ Usando Cpf1 para CRISPR publicado por " Benchling " (2015)
- ^ Especificidades de todo el genoma de las nucleasas CRISPR-Cas Cpf1 en células humanas por Benjamin P Kleinstiver, Shengdar Q Tsai, Michelle S Prew, Nhu T Nguyen, Moira M Welch, Jose M Lopez, Zachary R McCaw, Martin J Aryee & J Keith Joung en "Nature Biotechnology" 34, 869–874 (2016) doi: 10.1038 / nbt.3620 Publicado en Internet el 27 de junio de 2016
- ^ Enfrentamiento entre Cas9 y Cpf1 por Nature Methods 13, 714 - (2016) doi: 10.1038 / nmeth.3979 Publicado en línea el 30 de agosto de 2016
- ^
- El centrómero es la parte de un cromosoma que une las cromátidas hermanas o una díada. Durante la mitosis , las fibras del huso se adhieren al centrómero a través del cinetocoro . [1]
- Un factor de transcripción o factor promotor es una proteína que controla la velocidad de transcripción de la información genética del ADN al ARN mensajero , uniéndose a una secuencia de ADN específica . [2] [3]
