La ARN helicasa dependiente de ATP DDX3X es una enzima que en humanos está codificada por el gen DDX3X . [5] [6] [7]
DDX3X |
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Estructuras disponibles |
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PDB | Búsqueda de ortólogos: PDBe RCSB |
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Lista de códigos de identificación de PDB |
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2I4I , 2JGN , 3JRV , 4O2C , 4O2E , 4O2F , 4PX9 , 4PXA , 5E7J , 5E7M , 5E7I |
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Identificadores |
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Alias | DDX3X , DBX, DDX14, DDX3, HLP2, CAP-Rf, MRX102, helicasa 3 de caja DEAD, ligada al cromosoma X, helicasa 3 de caja DEAD ligada a X, MRXSSB |
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Identificaciones externas | OMIM : 300160 MGI : 103064 HomoloGene : 3425 GeneCards : DDX3X |
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Ubicación de genes ( humanos ) |
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| Chr. | Cromosoma X (humano) [1] |
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| Banda | Xp11.4 | Comienzo | 41,333,348 pb [1] |
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Final | 41,364,472 pb [1] |
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Ubicación de genes ( ratón ) |
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| Chr. | Cromosoma X (ratón) [2] |
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| Banda | X A1.1 | X 8.17 cm | Comienzo | 13,280,970 pb [2] |
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Final | 13.294.052 pb [2] |
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Patrón de expresión de ARN |
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| Más datos de expresión de referencia |
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Ontología de genes |
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Función molecular | • de unión a ADN • unión de nucleótidos • actividad nucleósido-trifosfatasa • actividad CTPase • GO: actividad 0008026 helicasa • poli (A) de unión • pequeña de unión a la subunidad ribosomal • RNA tallo-bucle de unión • GO: 0004003 DNA helicasa actividad • de unión al factor de transcripción • ATPasa actividad • GO: proteína de unión 0001948 • GO: 0006184 actividad GTPasa • unión eucariótica factor de iniciación 4E • unión de ARN • unión de ácidos nucleicos • mRNA 5'-UTR de unión • unión al factor de iniciación de la traducción • actividad hidrolasa • unión a ATP • ARN de cadena actividad de recocido • unión a cadherina • actividad activadora de la proteína serina / treonina quinasa
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Componente celular | • citoplasma • traducción eucariótica factor de iniciación 3 complejo • mota nuclear • membrana • mitocondrial membrana externa • pequeña citosólica ribosomal subunidad • mitocondria • estrés citoplasmática gránulo • extracelular exosome • núcleo • extracelular región • citosol • secretora gránulo lumen • ficolina-1-rico gránulo lumen • nucléolo
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Proceso biológico | • ensamblaje de gránulos de estrés • proceso apoptótico • regulación negativa de la traducción • regulación negativa de la actividad endopeptidasa de tipo cisteína involucrada en el proceso apoptótico • GO: 0007243 transducción de señales intracelulares • regulación de la transcripción, plantilla de ADN • biogénesis de ribosomas • regulación negativa de la señalización apoptótica intrínseca vía • proceso del sistema inmunológico • segregación cromosómica • regulación negativa del ensamblaje del complejo que contiene proteínas • respuesta al virus • regulación negativa del proceso apoptótico • vía de señalización Wnt • regulación positiva de la traducción • localización de proteínas en gránulos de estrés citoplásmico • transcripción, plantilla de ADN • respuesta celular al estrés osmótico • regulación positiva de la transición G1 / S del ciclo celular mitótico • vía de señalización apoptótica intrínseca • regulación positiva de la actividad endopeptidasa de tipo cisteína implicada en el proceso apoptótico • regulación positiva del crecimiento celular • regulación positiva de la expresión génica • ribosoma maduro a ensamblaje • respuesta celular a una sustancia que contiene arsénico • regulación negativa del crecimiento celular • regulación positiva de la producción del ligando 5 de quimiocinas (motivo CC) • desenrollamiento de la estructura secundaria del ARN • regulación positiva del proceso apoptótico • regulación positiva de la replicación del genoma viral • GO: 0022415 viral proceso • respuesta inmune innata • regulación positiva del inicio de la traducción • regulación de la traducción • vía de señalización apoptótica extrínseca a través de receptores de dominio de muerte • regulación positiva de la transcripción por la ARN polimerasa II • regulación positiva de la producción de interferón-beta • Desenrollamiento del dúplex del ADN • desgranulación de neutrófilos • positivo regulación de la actividad de la proteína serina / treonina quinasa • regulación positiva de la vía de señalización canónica de Wnt • iniciación de la traducción
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Fuentes: Amigo / QuickGO |
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Ortólogos |
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Especies | Humano | Ratón |
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Entrez | | |
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Ensembl | | |
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UniProt | | |
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RefSeq (ARNm) | |
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NM_001193416 NM_001193417 NM_001356 NM_024005 NM_001363819 |
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RefSeq (proteína) | |
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NP_001180345 NP_001180346 NP_001347 NP_001350748 |
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Ubicación (UCSC) | Cr X: 41,33 - 41,36 Mb | Cr X: 13,28 - 13,29 Mb |
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Búsqueda en PubMed | [3] | [4] |
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Wikidata |
Ver / editar humano | Ver / Editar mouse |
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Las proteínas de caja DEAD , caracterizadas por el motivo conservado Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), son helicasas de ARN putativas . Están implicados en una serie de procesos celulares que implican la alteración de la estructura secundaria del ARN, tales como iniciación de la traducción , nuclear y mitocondrial de empalme , y ribosoma y spliceosome de montaje. Según sus patrones de distribución, se cree que algunos miembros de esta familia están involucrados en la embriogénesis, la espermatogénesis y el crecimiento y división celular. Este gen codifica una proteína de caja DEAD, que interactúa específicamente con la proteína central del virus de la hepatitis C, lo que da como resultado un cambio en la ubicación intracelular. Este gen tiene un homólogo ubicado en la región no recombinante del cromosoma Y. La secuencia de la proteína es 91% idéntica entre este gen y el homólogo ligado a Y. [7]
DDX3X realiza sus funciones en el núcleo celular y el citoplasma , saliendo del núcleo a través de la vía de exportación nuclear exportin-1 / CRM1 . Inicialmente se informó que el dominio helicasa DDX3X era necesario para esta interacción, mientras que las características canónicas de la vía de tráfico, a saber, la presencia de una señal de exportación nuclear (NES) en DDX3X y la unión de Ran-GTP a exportin-1, eran prescindibles. [8] Desde entonces, se ha demostrado que la unión de DDX3X a exportin-1 y el tráfico de ésta no requiere el dominio de helicasa DDX3X y es explícitamente dependiente de NES y Ran-GTP. [9]
DDX3X está involucrado en muchos tipos diferentes de cáncer. Por ejemplo, se expresa de forma anormal en células cancerosas del epitelio de mama en las que su expresión es activada por HIF1A durante la hipoxia . [10] El aumento de la expresión de DDX3X por HIF1A en hipoxia se inicia por la unión directa de HIF1A al elemento de respuesta de HIF1A , [10] como se verificó con inmunoprecipitación de cromatina y ensayo de indicador de luciferasa . Dado que la expresión de DDX3X se ve afectada por la actividad de HIF1A, la co-localización de estas proteínas también se ha demostrado en muestras de tumor de xenoinjerto MDA-MB-231 . [10]
En células HeLa, se informa que DDX3X controla la progresión del ciclo celular a través de Ciclina E1 . [11] Más específicamente, se demostró que DDX3X se une directamente a la 5´ UTR de la Ciclina E1 y, por lo tanto, facilita la traducción de la proteína. Se demostró que el aumento de los niveles de proteína de ciclina E1 median la transición de la entrada a la fase S. [11]
La supervivencia, migración y proliferación del melanoma se ve afectada por la actividad de DDX3X. [12] Las células de melanoma con baja expresión de DDX3X exhiben una alta capacidad migratoria, baja tasa de proliferación y menor sensibilidad a vemurafenib . Mientras que las células que expresan un alto contenido de DDX3X son sensibles a los fármacos, más proliferativas y menos migratorias. Estos fenotipos pueden explicarse por los efectos de traducción sobre el factor de transcripción del melanoma MITF . [12] El 5 'UTR del ARNm de MITF contiene un regulón de ARN complejo ( IRES ) que está unido y activado por DDX3X. La activación del IRES conduce a la traducción del ARNm de MITF. Los ratones inyectados con células de melanoma con un IRES eliminado muestran una progresión tumoral más agresiva que incluye un aumento de la metástasis pulmonar . [12] Curiosamente, el DDX3X en el melanoma se ve afectado por vemurafenib a través de un mecanismo no descubierto . Se desconoce cómo DDX3X se regula a la baja por la presencia de vemurafenib. Sin embargo, los niveles reducidos de DDX3X durante el tratamiento con medicamentos explican el desarrollo de células resistentes a los medicamentos que se detectan con frecuencia con una expresión baja de MITF . [12] [13] [14]
Las mutaciones del gen DDX3X están asociadas con el meduloblastoma . [15] [16] [17] En el melanoma, la baja expresión del gen está relacionada con una escasa supervivencia libre de metástasis a distancia . [12] Además, el nivel de ARNm de DDX3X es más bajo en biopsias de melanoma post-recaída compatibles para pacientes que reciben vemurafenib y en tumores en progresión.