El motivo de ARN yjdF es una estructura de ARN conservada identificada mediante bioinformática . [1] La mayoría de los ARN de yjdF se encuentran en bacterias clasificadas dentro del filo Firmicutes . Un ARN yjdF se encuentra en la supuesta región 5 'no traducida (5' UTR) del gen yjdF en Bacillus subtilis , y casi todos los ARN yjdF se encuentran en las 5 'UTR de homólogos de este gen. Se desconoce la función del gen yjdF , pero la proteína que se predice que codifica está clasificado por la base de datos de Pfam como DUF2992. [2]
Proteína de función desconocida (DUF2992) | ||||||||
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Identificadores | ||||||||
Símbolo | DUF2992 | |||||||
Pfam | PF11208 | |||||||
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ARN yjdF | |
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Identificadores | |
Símbolo | yjdF |
Rfam | RF01764 |
Otros datos | |
Tipo de ARN | Cis-reg ; |
Dominio (s) | Bacterias ; |
ENTONCES | Entonces: 0005836 |
Estructuras PDB | PDBe |
La estructura secundaria moderadamente compleja y las posiciones de los nucleótidos conservadas en el motivo de ARN yjdF y el hecho de que es probable que esté presente en las UTR 5 'llevaron a la hipótesis de que los ARN yjdF funcionan como riboswitches . En cambio, se encuentra un ARN de yjdF en la supuesta UTR 5 'de genes que codifican enzimas involucradas en la síntesis de dinucleótido de nicotinamida y adenina (NAD + ). Estos ARN carecen de una región del motivo de ARN yjdF conservado de otro modo y podrían no ser funcionales o ajustarse a una estructura distinta que logra la misma función. Si los ARN de yjdF son riboconmutadores , este otro ARN podría unirse a un ligando de molécula pequeña distinta .
Los experimentos apoyan la conclusión de que el ARN de yjdF en B. subtilis está de hecho en la UTR 5 'del gen yjdF , y que los genes yjdF se transcriben por separado del operón manPA cadena arriba . [1] Se desconoce la función bioquímica de los ARN de yjdF .
Los ARN de yjdF parecen funcionar como riboswitch que detectan compuestos azaaromáticos, aunque el compuesto exacto o conjunto de compuestos que es detectado por este riboswitch en la célula no está claro. [3]
Referencias
- ^ a b c Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, et al. (Marzo de 2010). "La genómica comparativa revela 104 candidatos de ARN estructurados de bacterias, arqueas y sus metagenomas" . Genome Biol . 11 (3): R31. doi : 10.1186 / gb-2010-11-3-r31 . PMC 2864571 . PMID 20230605 .
- ^ http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF11208.1
- ^ Li S, Hwang XY, Stav S, Breaker RR (2016). "El candidato de riboswitch yjdF regula la expresión génica uniendo diversos compuestos azaaromáticos" . ARN . 22 (4): 530–41. doi : 10.1261 / rna.054890.115 . PMC 4793209 . PMID 26843526 .
enlaces externos
- Página para yjdF RNA en Rfam