Discovery Studio es un paquete de software para simular sistemas de moléculas pequeñas y macromoléculas . Está desarrollado y distribuido por Dassault Systemes BIOVIA (anteriormente Accelrys).
El paquete de productos tiene un sólido programa de colaboración académica , que respalda la investigación científica y hace uso de una serie de algoritmos de software desarrollados originalmente en la comunidad científica, incluidos CHARMM , [1] MODELLER , [2] DELPHI , [3] ZDOCK, [4] DMol3 [5] [6] y más.
Alcance
Discovery Studio proporciona aplicaciones de software que cubren las siguientes áreas:
- Simulaciones
- Incluyendo mecánica molecular , Molecular Dynamics , mecánica cuántica
- Para simulaciones basadas en mecánica molecular: Incluya modelos de disolventes y modelos de membrana implícitos y explícitos.
- También incluye la capacidad de realizar cálculos híbridos QM / MM
- Diseño de ligando
- Incluyendo herramientas para enumerar bibliotecas moleculares y optimización de bibliotecas
- Modelado de farmacóforos
- Incluidas la creación, validación y cribado virtual [7] [8]
- Diseño basado en estructura
- Incluye herramientas para la colocación y el refinamiento basados en fragmentos , [9] acoplamiento receptor-ligando y refinamiento de la pose, diseño de novo
- Diseño y validación de macromoléculas
- Ingeniería de macromoléculas
- Herramientas especializadas para el acoplamiento proteína-proteína [10]
- Herramientas especializadas para el diseño y optimización de anticuerpos [11]
- Herramientas especializadas para proteínas unidas a la membrana , incluidos los GPCR
- QSAR
- Métodos de cobertura como regresión lineal múltiple , mínimos cuadrados parciales , partición recursiva , aproximación de funciones genéticas y QSAR basado en campos 3D.
- PROMOCIONAME
- Toxicidad predictiva
Ver también
enlaces externos
- Accelrys.com
- Estudio Discovery
- Herramientas de software gratuitas compatibles: Discovery Studio Visualizer y controles ActiveX
Artículos de noticias recientes
Referencias
- ^ Brooks BR, Brooks III CL, Mackerell AD, Nilsson L., Petrella RJ, Roux B., Won Y., Archontis G., Bartels C., Boresch S., Caflisch A., Caves L., Cui Q., Cena AR, Feig M., Fischer S., Gao J., Hodoscek M., Im W., Kuczera K., Lazaridis T., Ma J., Ovchinnikov V., Paci E., Pastor RW, Post CB, Pu JZ, Schaefer M., Tidor B., Venable RM, Woodcock HL, Wu X., Yang W., York DM y Karplus M. CHARMM: El programa de simulación biomolecular, J. Comput. Chem. 2009 , 30, 1545-1615.
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- ^ Chen R., Weng Z. ZDOCK: Un algoritmo de acoplamiento de proteínas en etapa inicial. Proteins 2003 , 52, 80-87.
- ^ Matsuzawa N., Seto J., DixonD. A., J. Phys. Chem. A , 1997 , 101, 9391.
- ^ Delley Bi, J. Chem. Phys. , 1990 , 92, 508; ibíd. 1991, 94, 7245; ibíd, 2000, 7756.
- ^ Sutter A., Jiabo L., Maynard AJ, Goupil A., Luu T., Katalin N., Nuevas características que mejoran las herramientas de farmacóforo de Accelrys
- ^ Luu T., Malcolm N., Nadassy K., Métodos de modelado de farmacóforos en la selección de bibliotecas enfocadas - Aplicaciones en el contexto de un nuevo esquema de clasificación, Comb. Chem. Y alta Thr. Proyección , 2011 , 14 (6), págs. 488-499 (12)
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- ^ Corradia V., Mancinib M, Santuccib MA, Carlomagnoc T., Sanfelicec D., Moria M., Vignarolia G., Falchia F., Manettia F., Radia M., Botta M., Las técnicas computacionales son herramientas valiosas para el descubrimiento de inhibidores de la interacción proteína-proteína: el caso 14-3-3σ
- ^ Almagro JC, Beavers MP, Hernandez-Guzman F., Maier J., Shaulsky J., Butenhof K., Labute P., Thorsteinson N., Kelly K., Teplyakov A., Luo J., Sweet R., Gilliland GL, Evaluación de modelos de anticuerpos, Proteínas: estructura, función y bioinformática , 2011 , 79 (11), páginas 3050–3066.