Esta es una lista de programas de computadora que se utilizan predominantemente para cálculos de mecánica molecular .
- GPU - GPU acelerado
- Yo - tiene interfaz
- Imp - Agua implícita
- MC - Montecarlo
- MD - Dinámica molecular
- Min - Optimización
- QM - Mecánica cuántica
- REM: método de intercambio de réplicas
Nombre | Ver 3D | Constructor de modelos | Min | Maryland | MC | movimiento rápido del ojo | QM | Diablillo | GPU | Comentarios | Licencia | Sitio web |
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Abulón | sí | sí | sí | sí | sí | sí | I | sí | sí | Simulaciones biomoleculares, plegamiento de proteínas. | Propietario , gratuito, comercial | Molécula ágil |
ADF | sí | sí | sí | sí | No | No | sí | sí | sí | Suite de modelado: ReaxFF , UFF, QM-MM con campos de fuerza Amber y Tripos, DFT y métodos semi-empíricos , análisis conformacional con RDKit; parcialmente acelerado por GPU | Prueba patentada , comercial y gratuita | SCM |
Diseñador Ascalaph | sí | sí | sí | sí | sí | sí | I | sí | sí | Construcción molecular (ADN, proteínas, hidrocarburos, nanotubos), dinámica molecular, aceleración GPU | Mixto: código abierto gratuito ( GNU GPL ) y comercial | Proyecto Ascalaph |
Avogadro | sí | sí | sí | No | No | No | I | No | No | Construcción de moléculas, edición (péptidos, moléculas pequeñas, cristales), análisis conformacional, conversión 2D / 3D; interfaces extensibles a otras herramientas | GNU GPL de código abierto gratuito | Avogadro |
JEFE | No | No | sí | No | sí | No | sí | No | No | OPLS | Propiedad | Universidad de Yale |
CHARMM | No | sí | sí | sí | sí | I | I | sí | sí | BIOVIA (como CHARMm), anteriormente Accelrys, vende la versión comercial con múltiples interfaces gráficas . | Propietario , comercial | charmm.org |
CHEMKIN | No | No | No | No | No | No | No | No | No | Cinética de reacción química. | Propiedad | CHEMKIN |
CP2K | No | No | sí | sí | sí | No | sí | sí | sí | CP2K puede realizar simulaciones atomísticas y moleculares de sistemas de estado sólido, líquidos y biológicos. | GNU GPLv2 de código abierto gratuito o posterior | CP2K |
Desmond | sí | sí | sí | sí | No | sí | No | No | sí | MD de alto rendimiento; tiene una interfaz gráfica de usuario completa para crear, visualizar y revisar los resultados y la configuración y el lanzamiento de los cálculos | Propietario , comercial o gratuito | DE Shaw Research Schrödinger |
Estudio Discovery | sí | sí | sí | sí | sí | No | sí | sí | sí | Conjunto completo de aplicaciones de modelado y simulación de ciencias de la vida enfocadas en optimizar el proceso de descubrimiento de fármacos: simulaciones de moléculas pequeñas, QM-MM, modelado de farmacóforos, QSAR, acoplamiento proteína-ligando, modelado de homología de proteínas, análisis de secuencias, acoplamiento proteína-proteína, modelado de anticuerpos, etc. . | Propietario , prueba disponible | Dassault Systèmes BIOVIA (anteriormente Accelrys) |
pliegue. | Y / I | sí | sí | sí | sí | sí | I | No | No | Universidad de Washington y The Baker Labs; predicción de estructura, plegamiento de proteínas | Propietario , comercial o gratuito | página de descarga de fold.it |
FoldX | I | sí | sí | No | No | No | No | No | No | Cálculos de energía, diseño de proteínas. | Propietario , comercial o gratuito | CRG |
GROMACS | No | No | sí | sí | No [1] | sí | I | Sí [2] | sí | MD de alto rendimiento | GNU GPL de código abierto gratuito | gromacs.org |
GROMOS | No | No | sí | sí | sí | sí | No | sí | sí | Destinado a biomoléculas | Propietario , comercial | Sitio web de GROMOS |
LAMPARAS | sí | sí | sí | sí | sí | sí | I | sí | sí | Tiene potencial para materiales blandos y de estado sólido y sistemas de grano grueso. | Código abierto gratuito , GNU GPLv2 | Sandia |
MacroModel | sí | sí | sí | sí | sí | No | I | sí | No | OPLS-AA, MMFF, modelo de solvente GBSA, muestreo conformacional, minimización, MD. Incluye la GUI de Maestro que proporciona visualización, construcción de moléculas, configuración de cálculos, lanzamiento y monitoreo de trabajos, organización de resultados a nivel de proyecto, acceso a un conjunto de otros programas de modelado. | Propiedad | Schrödinger |
MAPAS [3] | sí | sí | sí | sí | sí | sí | sí | No | sí | Creación, visualización y análisis de herramientas en una sola interfaz de usuario, con acceso a múltiples motores de simulación. | Propietario , prueba disponible | Ciencia |
Estudio de materiales | sí | sí | sí | sí | sí | No | sí | sí | No | Entorno que lleva la tecnología de simulación de materiales a la computación de escritorio, resolviendo problemas clave en los procesos de I + D | Propietario , prueba disponible | Dassault Systèmes BIOVIA (anteriormente Accelrys) |
MBN Explorer [4] + MBN Studio | sí | sí | sí | sí | sí | No | No | sí | sí | Campos de fuerza CHARMM estándar y reactivos; modelador molecular (nanomateriales de carbono, biomoléculas, nanocristales); biblioteca explícita de ejemplos | Prueba patentada y gratuita disponible | Centro de investigación MBN |
MDynaMix | No | No | No | sí | No | No | No | No | No | MD paralelo | GNU GPL de código abierto gratuito | Universidad de Estocolmo |
MOE | sí | sí | sí | sí | No | No | I | sí | No | Entorno operativo molecular (MOE) | Propiedad | Grupo de Computación Química |
Orac | No | No | sí | sí | No | sí | No | sí | No | Programa de simulación de dinámica molecular para explorar superficies de energía libre en sistemas biomoleculares a nivel atómico | Código abierto gratuito | Página de descarga de Orac |
NAMD + VMD | sí | sí | sí | sí | No | sí | I | sí | sí | MD paralelo rápido, CUDA | Código fuente patentado , de uso académico gratuito | Instituto Beckman |
NWChem | No | No | sí | sí | No | No | sí | No | No | Software de química computacional de alto rendimiento, que incluye mecánica cuántica, dinámica molecular y métodos combinados QM-MM | Código abierto gratuito , licencia de comunidad educativa versión 2.0 | NWChem |
Programa de optimización local de proteínas | No | sí | sí | sí | sí | No | No | No | No | Optimización de hélice, bucle y cadena lateral, minimización de energía rápida | Propiedad | Wiki de PLOP |
Q | No | No | No | sí | No | No | No | No | No | (I) Simulaciones de perturbación de energía libre (FEP), (II) enlace de valencia empírico (EVB), cálculos de energías libres de reacción, (III) cálculos de energía de interacción lineal (LIE) de afinidades de unión receptor-ligando | GNU GPLv2 de código abierto gratuito o posterior | Q |
SANSÓN | sí | sí | sí | sí | No | No | sí | No | No | Nanociencia computacional (ciencias de la vida, materiales, etc.). Arquitectura modular, módulos denominados SAMSON Elements | Propietario , gratis | SAMSON Connect |
Scigress | sí | sí | sí | sí | No | No | sí | sí | No | MM , DFT , métodos semiempíricos , MD paralelo , análisis conformacional, SCF de escala lineal, ligando de proteína de acoplamiento , procesamiento por lotes , cribado virtual , constructores automatizados (dinámica molecular, proteínas, cristales) | Propiedad | SCIGRESS.com |
espartano | sí | sí | sí | No | sí | No | sí | sí | No | Herramientas de MM y QM de molécula pequeña (<2000 amu) para determinar la conformación, estructura, propiedad, espectros, reactividad y selectividad. | Prueba patentada y gratuita disponible | Wavefunction, Inc. |
TeraChem | No | No | sí | sí | No | No | sí | No | sí | Dinámica molecular ab initio acelerada por GPU de alto rendimiento y paquete de software TD / DFT para sistemas moleculares muy grandes o incluso a nanoescala . Se ejecuta en GPU NVIDIA y Linux de 64 bits , tiene un código CUDA altamente optimizado . | Licencias de prueba patentadas disponibles | PetaChem LLC |
GITANO | I | sí | sí | sí | sí | I | I | sí | sí | Herramientas de software para diseño molecular-Tinker-OpenMM [5] Herramientas de software para diseño molecular-Tinker-HP [6] | Propietario , gratis | Universidad de Washington |
Tremolo-X | I | No | sí | sí | No | No | No | No | No | MD paralelo rápido | Propiedad | Tremolo-X |
Quimera UCSF | sí | sí | sí | No | No | No | No | No | No | Visor visualmente atractivo, rotámeros de aminoácidos y otros edificios, incluye Antechamber y MMTK, complementos de Ambertools en desarrollo. | Uso académico gratuito y patentado | Universidad de California |
YASARA | sí | sí | sí | sí | No | No | sí | No | sí | Gráficos moleculares, modelado, simulación. | Propiedad | YASARA.org |
Ver también
- Dinámica molecular Car – Parrinello
- Comparación de implementaciones de campos de fuerza
- Comparación de software de simulación de ácidos nucleicos
- Lista de sistemas de gráficos moleculares
- Lista de software de predicción de la estructura de proteínas
- Lista de software de química cuántica y física del estado sólido
- Lista de software para el modelado molecular de Monte Carlo
- Lista de software para el modelado de nanoestructuras
- Software de diseño molecular
- Dinámica molecular
- Modelado molecular en GPU
- Editor de moléculas
notas y referencias
- ^ Harrison ET, Weidner T, Castner DG, Interlandi G (2017). "Predicción de la orientación de la proteína G B1 en superficies hidrofóbicas mediante simulaciones de Monte Carlo" . Biointerfases . 12 (2): 02D401. doi : 10.1116 / 1.4971381 . PMC 5148762 . PMID 27923271 .
- ↑ Implicit Solvent - Gromacs Archivado el 29 de julio de 2014 en Wayback Machine.
- ^ "MAPAS" . Archivado desde el original el 28 de noviembre de 2019 . Consultado el 14 de noviembre de 2016 .
- ^ IA Solov'yov, AV Yakubovich, PV Nikolaev, I. Volkovets, AV Solov'yov (2012). "MesoBioNano Explorer - un programa universal para simulaciones por computadora multiescala de estructura molecular compleja y dinámica". J. Comput. Chem . 33 (30): 2412–2439. doi : 10.1002 / jcc.23086 . PMID 22965786 .Mantenimiento de CS1: utiliza el parámetro de autores ( enlace )
- ^ M. Harger, D. Li, Z. Wang, K. Dalby, L. Lagardère, J.-P. Piquemal, J. Ponder, P. Ren (2017). "Tinker-OpenMM: Energías libres alquímicas absolutas y relativas usando AMOEBA en GPUs" . Revista de Química Computacional . 38 (23): 2047-2055. doi : 10.1002 / jcc.24853 . PMC 5539969 . PMID 28600826 .CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
- ^ L. Lagardère, L.-H. Jolly, F. Lipparini, F. Aviat, B. Stamm, ZF Jing, M. Harger, H. Torabifard, GA Cisneros, MJ Schnieders, N. Gresh, Y. Maday, PY Ren, JW Ponder, J.-P. Piquemal (2018). "Tinker-HP: un paquete de dinámica molecular masivamente paralelo para simulaciones multiescala de grandes sistemas complejos con campos de fuerza polarizables de dipolo de punto avanzado" . Ciencia química . 9 (4): 956–972. doi : 10.1039 / C7SC04531J . PMC 5909332 . PMID 29732110 .CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
enlaces externos
- SINCRIS
- Linux4Química
- Proyecto Computacional Colaborativo
- Índice mundial de recursos de visualización molecular
- Lista corta de recursos de modelado molecular
- OpenScience
- Banco de datos de resonancia magnética biológica
- Modelado de materiales y códigos de simulación por computadora
- Algunos consejos sobre dinámica molecular