El gen Wiki es un proyecto de Wikipedia que tiene como objetivo describir las relaciones y las funciones de todos los humanos los genes . Se estableció para transferir información de recursos científicos a artículos de código auxiliar de Wikipedia . [1] [2] [3]
El proyecto Gene Wiki también inició la publicación de artículos de revisión específicos de genes en la revista Gene , junto con la edición de las páginas específicas de genes en Wikipedia. [4]
Objetivos y alcance del proyecto
Número de artículos genéticos
El genoma humano contiene aproximadamente entre 20 000 y 25 000 genes que codifican proteínas . [5] El objetivo del proyecto Gene Wiki es crear artículos semilla para cada gen humano notable , es decir, cada gen cuya función ha sido asignada en la literatura científica revisada por pares. Aproximadamente la mitad de los genes humanos tienen una función asignada, por lo tanto, se esperaría que el número total de artículos sembrados por el proyecto Gene Wiki esté en el rango de 10,000-15,000. Hasta la fecha, se han creado o aumentado aproximadamente 11.000 artículos para incluir contenido del proyecto Gene Wiki. [6]
Expansión
Una vez que se hayan establecido los artículos semilla, la esperanza y la expectativa es que estos sean comentados y ampliados por editores que tengan una experiencia que abarque desde el público no especializado hasta estudiantes, profesionales y académicos. [1]
Proteínas codificadas por genes
La mayoría de los genes codifican proteínas, por lo que comprender la función de un gen generalmente requiere comprender la función de la proteína correspondiente. Además de incluir información básica sobre el gen, el proyecto también incluye información sobre la proteína codificada por el gen.
Contenido generado por Gene Wiki
Los stubs para el proyecto Gene Wiki son creados por un bot y contienen enlaces a las siguientes bases de datos primarias de genes / proteínas:
- Comité de Nomenclatura Genética HUGO - nombre oficial del gen
- Entrez - Base de datos genética
- OMIM (herencia mendeliana en el hombre): base de datos que cataloga todas las enfermedades conocidas con un componente genético
- Amigo - Ontología genética
- HomoloGene : homólogos de genes en otras especies
- SymAtlasRNA - patrón de expresión génica en tejidos [7]
- Banco de datos de proteínas : estructura 3D de la proteína codificada por el gen
- UniProt ( uni versal prot ein de recursos) - un depósito central de datos de proteínas
Respuesta
Un informe encontró que entre 2013 y 2017, el contenido que Gene Wiki contribuyó a Wikipedia se desarrolló mediante crowdsourcing con el tiempo. [8]
Ver también
- Portal: Gene Wiki / Otras wikis : una lista de Gene Wikis externa a Wikipedia
Referencias
- ^ a b Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI (julio de 2008). "Un Wiki genético para la anotación comunitaria de la función genética" . PLOS Biología . 6 (7): e175. doi : 10.1371 / journal.pbio.0060175 . PMC 2443188 . PMID 18613750 .
- ^ Huss JW, Orozco C, Goodale J, Wu C, Batalov S, Vickers TJ, Valafar F, Su AI. "Pubcast de SciVee: un Wiki genético para la anotación comunitaria de la función genética" . Archivado desde el original el 24 de julio de 2010 . Consultado el 19 de noviembre de 2008 .
- ^ Huss JW; Lindenbaum P; Martone M; et al. (Enero de 2010). "The Gene Wiki: inteligencia comunitaria aplicada a la anotación de genes humanos" . Investigación de ácidos nucleicos . 38 (Problema de la base de datos): D633–9. doi : 10.1093 / nar / gkp760 . PMC 2808918 . PMID 19755503 .
- ^ Tsueng G, Good BM, Ping P, Golemis E, Hanukoglu I, van Wijnen AJ, Su AI (2 de mayo de 2016). "Gene Wiki Reviews-Aumento de la calidad y accesibilidad de la información sobre el genoma humano" . Gene . 592 (2): 235–8. doi : 10.1016 / j.gene.2016.04.053 . PMC 5944608 . PMID 27150585 .
- ^ Abrazadera M, Fry B, Kamal M, Xie X, Cuff J, Lin MF, Kellis M, Lindblad-Toh K, Lander ES (diciembre de 2007). "Distinguir genes codificantes y no codificantes de proteínas en el genoma humano" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de EE . UU . 104 (49): 19428–33. doi : 10.1073 / pnas.0709013104 . PMC 2148306 . PMID 18040051 .
- ^ "Páginas de Gene Wiki" . Páginas que enlazan con {{ PBB }} . Wikipedia . Consultado el 27 de enero de 2015 .CS1 maint: puntuación adicional ( enlace )
- ^ Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, Ching KA, Block D, Zhang J, Soden R, Hayakawa M, Kreiman G, Cooke MP, Walker JR, Hogenesch JB (abril de 2004). "Un atlas de genes del ratón y transcriptomas que codifican proteínas humanas" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de EE . UU . 101 (16): 6062–7. Código bibliográfico : 2004PNAS..101.6062S . doi : 10.1073 / pnas.0400782101 . PMC 395923 . PMID 15075390 .
- ^ Zinovyev, Andrei; Czerwinska, Urszula; Cantini, Laura; Barillot, Emmanuel; Frahm, Klaus M .; Shepelyansky, Dima L .; Rzhetsky, Andrey (18 de febrero de 2020). "La inteligencia colectiva define las funciones biológicas en Wikipedia como comunidades en la red de conexión de proteínas ocultas" . PLOS Biología Computacional . 16 (2): e1007652. Código bibliográfico : 2020PLSCB..16E7652Z . doi : 10.1371 / journal.pcbi.1007652 . PMC 7048313 . PMID 32069277 .
Otras lecturas
- Buen BM, Howe DG, Lin SM, Kibbe WA, Su AI (2011). "Minería de Gene Wiki para el conocimiento genómico funcional" . BMC Genomics . 12 : 603. doi : 10.1186 / 1471-2164-12-603 . PMC 3271090 . PMID 22165947 .
- Good BM, Clarke EL, de Alfaro L, Su AI (enero de 2012). "The Gene Wiki en 2011: inteligencia comunitaria aplicada a la anotación de genes humanos" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D1255–61. doi : 10.1093 / nar / gkr925 . PMC 3245148 . PMID 22075991 .
- Good BM, Clarke EL, Loguercio S, Su AI (2012). "Vinculación de genes a enfermedades con un mashup de SNPedia-Gene Wiki" . J Biomed Semantics . 3 Supl. 1: S6. doi : 10.1186 / 2041-1480-3-S1-S6 . PMC 3337266 . PMID 22541597 .
- Su AI, Good BM, van Wijnen AJ (diciembre de 2013). "Reseñas de Gene Wiki: uniendo el crowdsourcing con la revisión tradicional por pares". Gene . 531 (2): 125. doi : 10.1016 / j.gene.2013.08.093 . PMID 24012870 .
enlaces externos
- Spagat E (9 de julio de 2008). "Edita tu ADN: 'Gene wiki' debutará en Wikipedia" . The Associated Press (en ABC News . Consultado el 29 de septiembre de 2011 .
- McKenney AS (8 de julio de 2008). "Archivar información sobre el genoma humano usando Wikipedia" . Informática / Internet / Noticias por correo electrónico . Noticias médicas hoy . Consultado el 19 de julio de 2008 .
- Tay L (10 de julio de 2008). "Wikipedia alberga repositorio de genes humanos" . iTnews Australia . Haymarket Media. Archivado desde el original el 13 de julio de 2008 . Consultado el 19 de julio de 2008 .
- Mitch Waldrop (3 de septiembre de 2008). "Big data: Wikiomics" . Naturaleza . 455 (7209): 22-25. doi : 10.1038 / 455022a . PMID 18769412 .