En genética , la densidad genética del genoma de un organismo es la relación entre el número de genes por número de pares de bases , generalmente escrito en términos de un millón de pares de bases, o megabase (Mb). El genoma humano tiene una densidad genética de 11-15 genes / Mb, mientras que se estima que el genoma del gusano redondo C. elegans tiene 200. [1]
Los organismos aparentemente simples, como las bacterias y las amebas , tienen una densidad genética mucho mayor que los humanos. El ADN bacteriano tiene una densidad genética del orden de 500-1000 genes / Mb. Esto se debe a varios factores, incluido el hecho de que el ADN bacteriano no tiene intrones . También hay menos codones en genes bacterianos. [2]
Especies
protozoos
especies | número de genes | pares de bases en el genoma (Mb) | densidad de genes |
---|---|---|---|
Babesia microti | 3.685 [3] | 6.4 [4] | 575,8 |
Besnoitia besnoiti | 8.546 [5] | 58,8 [6] | 145,3 |
Cryptosporidium parvum | 3.887 [7] | 9.1 [8] | 427,1 |
Giardia intestinalis | 5.388 [9] | 11,5 [10] | 468,5 |
Leishmania donovani | 8.123 [11] | 32,4 [12] | 250,7 |
Plasmodium falciparum | 5.683 [13] | 23,5 [14] | 241,8 |
Phytophthora infestans | 19,344 [15] | 203,2 [16] | 95,2 |
Tetrahymena thermophila | 26.996 [17] | 130,4 [18] | 207 |
Theileria parva | 4.141 [19] | 8,3 [20] | 498,9 |
Toxoplasma gondii | 8,925 [21] | 64,5 [22] | 138,4 |
Trypanosoma cruzi | 25.183 [23] | 32,5 [24] | 774,9 |
hongos
especies | número de genes | pares de bases en el genoma (Mb) | densidad de genes |
---|---|---|---|
Agaricus bisporus | 11.459 [25] | 30,7 [26] | 373,3 |
Aspergillus nidulans | 9.586 [27] | 30,6 [28] | 313,3 |
Aspergillus niger | 10,828 [29] | 35,6 [30] | 304,2 |
Candida albicans | 6.263 [31] | 14,7 [32] | 426,1 |
Cryptococcus neoformans | 7.004 [33] | 18,6 [34] | 376,5 |
Debaryomyces hansenii | 6.495 [35] | 12,1 [36] | 536,8 |
Encephalitozoon cuniculi | 2.029 [37] | 2,3 [38] | 882.2 |
Eremothecium gossypii | 5.356 [39] | 9.1 [40] | 588,6 |
Fusarium oxysporum | 21,354 [41] | 52,4 [42] | 407,5 |
Kluyveromyces lactis | 5.335 [43] | 10,6 [44] | 503,3 |
Lasiodiplodia theobromae | 13,054 [45] | 43,6 [46] | 299,4 |
Neurospora crassa | 10.590 [47] | 41,3 [48] | 256,4 |
Saccharomyces cerevisiae | 6.445 [49] | 11,9 [50] | 541,6 |
Saccharomyces paradoxus | 5.840 [51] | 12 [52] | 486,6 |
Schizosaccharomyces pombe | 6,974 [53] | 12,8 [54] | 544,8 |
Talaromyces marneffei | 10.138 [55] | 28,3 [56] | 358,2 |
Tremella mesenterica | 8.292 [57] | 27,9 [58] | 297,2 |
Trichoderma harzianum | 14.294 [59] | 40,7 [60] | 351,2 |
Trichophyton rubrum | 8.804 [61] | 23,1 [62] | 381,1 |
Ustilago maydis | 6,909 [63] | 19,9 [64] | 347,2 |
Wallemia ichthyophaga | 5.000 [65] | 9.5 [66] | 526,3 |
Yarrowia lipolytica | 7.144 [67] | 20,3 [68] | 351,9 |
plantas
especies | nombre común | número de genes | pares de bases en el genoma (Mb) | densidad de genes |
---|---|---|---|---|
Ananas comosus | piña | 25,758 | 382 [69] | 67,4 |
Arabidopsis thaliana | thale berro | 38,311 [70] | 119 [71] | 321,9 |
Espárragos officinalis | espárragos | 32.237 [72] | 1,187 [73] | 27,2 |
Brassica rapa | mostaza de campo | 51,592 [74] | 333 [75] | 154,9 |
Cannabis sativa | canabis | 31.170 [76] | 876 [77] | 35,6 |
Cajanus cajan | gandul | 33 495 [78] | 593 [79] | 56,5 |
Capsicum annuum | pimienta | 41.729 [80] | 2.909 [81] | 14.3 |
Coffea arabica | café | 56.902 [82] | 1.094 [83] | 52 |
Glycine max | haba de soja | 59.905 [84] | 995,7 [85] | 60,2 |
Juglans regia | Nuez inglesa | 37.996 [86] | 634,7 [87] | 59,9 |
Nicotiana tabacum | tabaco | 74 273 [88] | 3.734,2 [89] | 19,9 |
Olea europaea | aceituna | 47,911 [90] | 1.316,7 [91] | 36,4 |
Oryza sativa | arroz | 35.223 [92] | 385 [93] | 91,5 |
Panicum hallii | césped | 31,528 [94] | 511,6 [95] | 61,6 |
Physcomitrium patens | esparcir musgo de tierra | 23,747 [96] | 472 [97] | 50,3 |
Prunus dulcis | almendra | 26,936 [98] | 236,9 [99] | 113,7 |
Prunus persica | Durazno | 26,412 [100] | 214,2 [101] | 123,3 |
Punica granatum | pomegrante | 29.281 [102] | 308,4 [103] | 94,9 |
Rosa chinensis | Rosa | 40,349 [104] | 513,9 [105] | 78,5 |
Solanum lycopersicum | tomate | 31.263 [106] | 813 [107] | 38,5 |
Solanum tuberosum | Papa | 33.606 [108] | 760 [109] | 44,2 |
Theobroma cacao | cacao | 24,957 [110] | 335 [111] | 74,5 |
Zea mays | maíz | 49,796 [112] | 2,197 [113] | 22,7 |
invertebrado
especies | nombre común | número de genes | pares de bases en el genoma (Mb) | densidad de genes |
---|---|---|---|---|
Aedes aegypti | mosquito de la fiebre amarilla | 19.623 [114] | 1.274 [115] | 15,4 |
Anopheles gambiae | Mosquito africano de la malaria | 13,247 [116] | 250 [117] | 53 |
Apis mellifera | miel de abeja | 12 374 [118] | 226 [119] | 54,8 |
Caenorhabditis elegans | C. elegans | 47.632 [120] | 102 [121] | 467 |
Daphnia magna | Pulga de agua | 21,549 [122] | 126 [123] | 171 |
Drosophila melanogaster | mosca de la fruta | 17.868 [124] | 137 [125] | 130,4 |
Hydra vulgaris | hidra | 22,980 [126] | 1.055 [127] | 21,8 |
Limulus polyphemus | cangrejo de herradura | 27,318 [128] | 1.828 [129] | 14,9 |
Pulpo sinensis | pulpo | 29,784 [130] | 2.719 [131] | 11 |
Pediculus humanus | piojo humano | 10.993 [132] | 110 [133] | 99,9 |
Strongylocentrotus purpuratus | erizo de mar púrpura | 33.504 [134] | 921 [135] | 36,4 |
vertebrados no mamíferos
especies | nombre común | número de genes | pares de bases en el genoma (Mb) | densidad de genes |
---|---|---|---|---|
Alligator mississippiensis | Cocodrilo americano | 25,279 [136] | 2,161 [137] | 11,7 |
Anolis carolinensis | lagarto anolis | 22.293 [138] | 1.799 [139] | 12,4 |
Astyanax mexicanus | Tetra mexicano | 31.695 [140] | 1.263 [141] | 25,1 |
Columba livia | Paloma | 26,679 [142] | 1.063 [143] | 25,1 |
Danio rerio | pez cebra | 47.350 [144] | 1.408 [145] | 33,6 |
Gallus gallus | pollo | 24,402 [146] | 1.043 [147] | 23,4 |
Nothobranchius furzeri | killis turquesa | 25,387 [148] | 1.052 [149] | 24,1 |
Oryzias latipes | Pescado de arroz japonés | 26,846 [150] | 746 [151] | 36 |
Petromyzon marinus | lamprea de mar | 22.167 [152] | 987 [153] | 22,5 |
Taeniopygia guttata | pinzón cebra | 21,543 [154] | 1.069 [155] | 20,2 |
Takifugu rubripes | Globo japonés | 27.413 [156] | 384 [157] | 71,8 |
Xenopus tropicalis | rana de garras tropical | 28,863 [158] | 1.468 [159] | 19,7 |
Xenopus laevis | Rana de garras africana | 37,283 [160] | 2.718 [161] | 13,7 |
mamíferos vertebrados
especies | nombre común | número de genes | pares de bases en el genoma (Mb) | densidad de genes |
---|---|---|---|---|
Acinonyx jubatus | leopardo | 34,482 [162] | 2.378 [163] | 14,5 |
Ailuropoda melanoleuca | Panda gigante | 32 950 [164] | 2.371 [165] | 13,9 |
Aotus nancymaae | mono de la noche | 31,331 [166] | 2,861 [167] | 11 |
Artibeus jamaicensis | Murciélago frugívoro de Jamaica | 31.480 [168] | 2.316 [169] | 13,6 |
Arvicanthis niloticus | Rata de pasto africana | 31,912 [170] | 2,496 [171] | 12,8 |
Balaenoptera acutorostrata | ballena minke | 26,805 [172] | 2.431 [173] | 11 |
Balaenoptera musculus | ballena azul | 27.194 [174] | 2.105 [175] | 12,9 |
Bisonte bisonte | Bisonte americano | 27,488 [176] | 2.828 [177] | 9,7 |
Bos mutus | yak salvaje | 26,159 [178] | 2.703 [179] | 9,7 |
Bos tauro | ganado | 35.061 [180] | 2.715 [181] | 12,9 |
Canis lupus familiaris | perro | 36,717 [182] | 2.370 [183] | 15,5 |
Chinchilla lanigera | chinchilla de cola larga | 30 378 [184] | 2.390 [185] | 12,7 |
Felis catus | gato | 35,521 [186] | 2.521 [187] | 14 |
Gorila gorila | gorila | 35,419 [188] | 3.063 [189] | 11,6 |
Homo sapiens | humano | 44.507 [190] | 2.861 [191] | 15,5 |
Macaca mulata | Mono rhesus | 40.164 [192] | 2.970 [193] | 13,5 |
Mus musculus | ratón doméstico | 42,823 [194] | 2.689 [195] | 15,9 |
Pan trogloditas | chimpancé | 40,769 [196] | 3.050 [197] | 13,4 |
Rattus norvegicus | rata marrón | 38 371 [198] | 2.743 [199] | 14 |
Sus scrofa | cerdo | 30,345 [200] | 2.459 [201] | 12,3 |
El recuento de genes se calcula mediante el número de indicadores de genes en la última versión de un archivo de anotación gtf de una especie determinada. Tenga en cuenta que los organismos bien estudiados probablemente tendrán recuentos de genes más altos porque estas especies tienen una mejor anotación, por lo tanto, estos números son estimaciones para comparar.
Ver también
- Enigma del valor C
Referencias
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