El número de la Comisión de Enzimas ( número CE ) es un esquema de clasificación numérico para las enzimas , basado en las reacciones químicas que catalizan . [1] Como sistema de nomenclatura enzimática , cada número CE está asociado con un nombre recomendado para la enzima respectiva.
Estrictamente hablando, los números de CE no especifican enzimas, sino reacciones catalizadas por enzimas. Si diferentes enzimas (por ejemplo, de diferentes organismos) catalizan la misma reacción, reciben el mismo número de CE. [2] Además, a través de la evolución convergente , los pliegues de proteínas completamente diferentes pueden catalizar una reacción idéntica y, por lo tanto, se les asignaría un número de CE idéntico (se denominan enzimas isofuncionales no homólogas o NISE). [3] Por el contrario, los identificadores UniProt especifican de forma única una proteína por su secuencia de aminoácidos. [4]
Formato de número
Cada código de enzima consta de las letras "EC" seguidas de cuatro números separados por puntos. Esos números representan una clasificación progresivamente más fina de la enzima. Los números EC preliminares existen y tienen una 'n' como parte del cuarto dígito (de serie) (por ejemplo, EC 3.5.1.n3). [2]
Por ejemplo, las aminopeptidasas tripéptidas tienen el código "EC 3.4.11.4", cuyos componentes indican los siguientes grupos de enzimas:
- Las enzimas EC 3 son hidrolasas (enzimas que usan agua para romper alguna otra molécula)
- EC 3.4 son hidrolasas que actúan sobre enlaces peptídicos
- EC 3.4.11 son aquellos hidrolasas que escindir el amino-terminal de aminoácidos de un polipéptido
- EC 3.4.11.4 son aquellos que cortan el extremo amino-terminal de un tripéptido
Códigos de nivel superior
Clase | Reacción catalizada | Reacción típica | Ejemplo (s) de enzima con nombre trivial |
---|---|---|---|
EC 1 Oxidorreductasas | Para catalizar reacciones de oxidación / reducción; transferencia de átomos o electrones de H y O de una sustancia a otra | AH + B → A + BH ( reducido ) A + O → AO ( oxidado ) | Deshidrogenasa , oxidasa |
EC 2 Transferasas | Transferencia de un grupo funcional de una sustancia a otra. El grupo puede ser un grupo metilo, acilo, amino o fosfato | AB + C → A + BC | Transaminasa , quinasa |
EC 3 hidrolasas | Formación de dos productos a partir de un sustrato por hidrólisis. | AB + H 2 O → AOH + BH | Lipasa , amilasa , peptidasa , fosfatasa |
EC 4 Lyases | Adición o eliminación no hidrolítica de grupos de sustratos. Los enlaces CC, CN, CO o CS se pueden escindir | RCOCOOH → RCOH + CO 2 o [X-A + BY] → [A = B + XY] | Descarboxilasa |
EC 5 isomerasas | Reordenamiento intramolécula, es decir, cambios de isomerización dentro de una sola molécula | ABC → BCA | Isomerasa , mutasa |
Ligasas EC 6 | Unir dos moléculas mediante la síntesis de nuevos enlaces CO, CS, CN o CC con descomposición simultánea de ATP | X + Y + ATP → XY + ADP + P i | Sintetasa |
EC 7 Translocases | Catalizar el movimiento de iones o moléculas a través de membranas o su separación dentro de membranas. | Transportador |
Similitud de reacción
La similitud entre las reacciones enzimáticas ( EC ) se puede calcular utilizando cambios de enlace, centros de reacción o métricas de subestructura (antes EC-BLAST , ahora EMBL-EBI Enzyme Portal ). [6]
Historia
El esquema de nomenclatura de enzimas se desarrolló a partir de 1955, cuando el Congreso Internacional de Bioquímica de Bruselas estableció una Comisión de Enzimas. La primera versión se publicó en 1961. La sexta edición actual, publicada por la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular en 1992, contiene 3196 enzimas diferentes. Los suplementos 1-4 se publicaron en 1993-1999. Los suplementos posteriores se han publicado electrónicamente en el sitio web del Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular. [5] En agosto de 2018, la Comisión de Enzimas reorganizó la nomenclatura añadiendo la categoría CE 7 de nivel superior que describe las translocaciones. [7]
Ver también
- Lista de números CE
- Lista de enzimas
- Número TC (clasificación de proteínas de transporte de membrana)
Referencias
- ^ Webb, EC (1992). Nomenclatura de enzimas 1992: recomendaciones del Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular sobre la nomenclatura y clasificación de enzimas . Prensa académica. ISBN 978-0-12-227164-9.
- ^ a b "ENZIMA (base de datos de nomenclatura de enzimas)" . EXPASY. Archivado desde el original el 21 de marzo de 2019 . Consultado el 24 de abril de 2019 .
- ^ Omelchenko MV, Galperin MY, Wolf YI, Koonin EV (2010). "Enzimas isofuncionales no homólogas: un análisis sistemático de soluciones alternativas en la evolución de la enzima" . Biology Direct . 5 (1): 31. doi : 10.1186 / 1745-6150-5-31 . PMC 2876114 . PMID 20433725 .
- ^ Apweiler R, Bairoch A, Wu CH, Barker WC, Boeckmann B, Ferro S, Gasteiger E, Huang H, Lopez R, Magrane M, Martin MJ, Natale DA, O'Donovan C, Redaschi N, Yeh LS (enero de 2004) . "UniProt: la base de conocimientos de Universal Protein" . Investigación de ácidos nucleicos . 32 (Problema de la base de datos): D115–9. doi : 10.1093 / nar / gkh131 . PMC 308865 . PMID 14681372 .
- ^ a b Moss GP. "Recomendaciones del Comité de Nomenclatura" . Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular sobre la Nomenclatura y Clasificación de Enzimas por las Reacciones que Catalizan. Archivado desde el original el 10 de septiembre de 2018 . Consultado el 14 de marzo de 2006 .
- ^ Rahman SA, Cuesta SM, Furnham N, Holliday GL, Thornton JM (febrero de 2014). "EC-BLAST: una herramienta para buscar y comparar automáticamente reacciones enzimáticas" . Métodos de la naturaleza . 11 (2): 171-174. doi : 10.1038 / nmeth.2803 . PMC 4122987 . PMID 24412978 .
- ^ Tipton, Keith (agosto de 2018). "Noticias de la nomenclatura de enzimas: translocases (EC 7): una nueva clase de EC" . ExplorEnz: la fuente principal de la lista de enzimas IUBMB. Archivado desde el original el 10 de septiembre de 2018 . Consultado el 3 de noviembre de 2018 .
enlaces externos
- Enzyme Nomenclature , sitio web autorizado por el Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular, mantenido por GP Moss
- Base de datos de nomenclatura de enzimas - por ExPASy
- Lista de todos los números EC - por BRENDA
- Examinar estructuras PDB por número CE
- Explorar dominios SCOP por número EC - por dcGO
- Compare los números de EC usando EC-Blast