Ribonucleasa T 1 ( EC 3.1.27.3 , guanyloribonuclease , Aspergillus oryzae ribonucleasa , RNasa N1 , RNasa N2 , ribonucleasa N3 , U1 ribonucleasa , ribonucleasa F1 , ribonucleasa Ch , ribonucleasa PP1 , ribonucleasa SA , RNasa F1 , ribonucleasa C2 , binase , RNasa Sa , ARNasa específica de guanilo , ARNasa G , ARNasa T 1 ,ribonucleasa guaninenucleotido-2'-transferasa (ciclación) , ribonucleasa N3 , ribonucleasa N1 ) es una endonucleasa fúngica que escinde ARN monocatenario después de residuos de guanina , es decir, en su extremo 3 '; la forma más comúnmente estudiada de esta enzima es la versión que se encuentra en el moho Aspergillus oryzae . Debido a su especificidad por la guanina, la RNasa T 1 se usa a menudo para digerir el ARN desnaturalizado antes de la secuenciación. Similar a otras ribonucleasas como barnasa y RNasa A , la ribonucleasa T 1 ha sido popular para estudios de plegamiento. [2]
Ribonucleasa T 1 | ||||||||
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Identificadores | ||||||||
CE no. | 3.1.27.3 | |||||||
No CAS. | 9026-12-4 | |||||||
Bases de datos | ||||||||
IntEnz | Vista IntEnz | |||||||
BRENDA | Entrada BRENDA | |||||||
FÁCIL | NiceZyme vista | |||||||
KEGG | Entrada KEGG | |||||||
MetaCyc | camino metabólico | |||||||
PRIAM | perfil | |||||||
Estructuras PDB | RCSB PDB PDBe PDBsum | |||||||
Ontología de genes | AmiGO / QuickGO | |||||||
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Ribonucleasa T 1 | ||||||
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Identificadores | ||||||
Símbolo | rntA | |||||
PDB | 1YGW | |||||
UniProt | P00651 | |||||
Otros datos | ||||||
Número CE | 3.1.27.3 | |||||
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Estructuralmente, la ribonucleasa T 1 es una proteína α + β pequeña (104 aminoácidos ) con una hoja beta antiparalela de cuatro hebras que cubre una hélice alfa larga (casi cinco vueltas). La RNasa T 1 tiene dos enlaces disulfuro, Cys2-Cys10 y Cys6-Cys103, de los cuales este último contribuye más a su estabilidad de plegado; [3] La reducción completa de ambos disulfuros suele desplegar la proteína, aunque su plegamiento puede ser rescatado con altas concentraciones de sal. [4]
La RNasa T 1 también tiene cuatro prolina , dos de las cuales (Pro39 y Pro55) tienen isómeros cis de sus enlaces peptídicos X-Pro . Los isómeros no nativos de estas prolinas pueden retrasar el plegamiento conformacional de forma espectacular, [5] plegado en una escala de tiempo característica de 7.000 segundos (casi dos horas) a 10 ° C y pH 5. [6]
Referencias
- ^ PDB : 1ygw ; Pfeiffer S, Karimi-Nejad Y, Rüterjans H (1997). "Límites de la determinación de la estructura de RMN mediante cálculos de función de objetivo variable: ribonucleasa T 1 , un estudio de caso". Revista de Biología Molecular . 266 (2): 400–423. doi : 10.1006 / jmbi.1996.0784 . PMID 9047372 .
- ^ Pace CN, Heinemann U, Hahn U, Saenger W (1991). "Ribonucleasa T 1 : estructura, función y estabilidad". Angewandte Chemie . 30 (4): 343–360. doi : 10.1002 / anie.199103433 .
- ^ Pace CN, Grimsley GR, Thomson JA, Barnett BJ (1988). "Estabilidad conformacional y actividad de la ribonucleasa T 1 con cero, uno y dos enlaces disulfuro intactos". Revista de Química Biológica . 263 (24): 11820-11825. PMID 2457027 .
- ^ Oobatake M, Takahashi S, Ooi T (1979). "Estabilidad conformacional de la ribonucleasa T 1. II. Renaturalización inducida por sal". Revista de bioquímica . 86 : 65–70.
- ^ Mayr LM, Odefey CO, Schutkowski M, Schmid FX (1996). "Análisis cinético del despliegue y replegamiento de ribonucleasa T 1 mediante una técnica de doble mezcla de flujo detenido". Bioquímica . 35 (17): 5550–5561. doi : 10.1021 / bi953035y . PMID 8611546 .
- ^ Mullins LS, Pace CN, Raushel FM (1997). "Estabilidad conformacional de la ribonucleasa T 1 medida por intercambio de hidrógeno-deuterio" . Ciencia de las proteínas . 6 (7): 1387-1395. doi : 10.1002 / pro.5560060702 . PMC 2143755 . PMID 9232639 .
enlaces externos
- Ribonucleasa + T1 en los encabezados de temas médicos (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .