El secretoma es el conjunto de proteínas expresadas por un organismo y secretadas al espacio extracelular . En los seres humanos, este subconjunto del proteoma abarca del 13 al 20% de todas las proteínas, incluidas las citocinas , los factores de crecimiento , las proteínas y reguladores de la matriz extracelular y los receptores de eliminación. El secretoma de un tejido específico puede medirse mediante espectrometría de masas y su análisis constituye un tipo de proteómica conocida como secretómica .
Definición
El término secretoma fue acuñado por Tjalsma y sus colegas en 2004 para denotar todos los factores secretados por una célula, junto con los componentes de la vía secretora. [1] En 2010, esta definición de secretoma se revisó para incluir solo proteínas secretadas en el espacio extracelular. [2] Los conceptos relacionados incluyen el matrisoma , que es el subconjunto del secretoma que incluye proteínas de la matriz extracelular y sus proteínas asociadas; [3] el receptoma , que incluye todos los receptores de membrana, [4] y el adhesoma , que incluye todas las proteínas implicadas en la adhesión celular . [5] [6]
Cuantificación
Las proteínas secretadas en humanos representan el 13-20% de todo el proteoma e incluyen factores de crecimiento, quimiocinas, citocinas, moléculas de adhesión, proteasas y receptores de eliminación. [2] Se predice que los genes codificadores de proteínas humanas (39%, 19613 genes [7] ) tienen un péptido señal y / o al menos una región transmembrana que sugiere el transporte activo de la proteína correspondiente fuera de la célula (secreción) o ubicación en uno de los numerosos sistemas de membranas de la célula. Cada vez más pruebas muestran que, además de la carga de proteínas, los componentes no proteicos, como los lípidos, los microARN y el ARN mensajero, también podrían ser secretados por las células a través de ambas microvesículas (100–> 1000 nm de diámetro), desprendiéndose del membrana plasmática - y exosomas (de 30 a 150 nm de diámetro) - liberados a través de un evento de exocitosis endosomal. [8] Los factores presentes en ambos orgánulos representan hasta el 42% del secretoma y se han incorporado como el secretoma colectivo. [9] Existe una amplia gama de metodologías disponibles para estudiar los secretomas celulares de células vegetales, células de mamíferos, células madre y células cancerosas. [9]
Ver también
Referencias
- ^ Tjalsma, H .; Antelmann, H .; Jongbloed, JDH; Braun, PG; Darmon, E .; Dorenbos, R .; Dubois, J.-YF; Westers, H .; Zanen, G .; Quax, WJ; Kuipers, OP; Bron, S .; Hecker, M .; van Dijl, JM (8 de junio de 2004). "Proteómica de la secreción de proteínas por Bacillus subtilis: Separando los" secretos "del Secretoma" . Revisiones de Microbiología y Biología Molecular . 68 (2): 207–233. doi : 10.1128 / MMBR.68.2.207-233.2004 . PMID 15187182 .
- ^ a b Agrawal GK, Jwa NS, Lebrun MH, Job D, Rakwal R (febrero de 2010). "Plant secretoma: desbloqueo de secretos de las proteínas secretadas". Proteómica . 10 (4): 799–827. doi : 10.1002 / pmic.200900514 . PMID 19953550 .
- ^ Hynes, RO; Naba, A. (21 de septiembre de 2011). "Descripción general del Matrisoma: un inventario de componentes y funciones de la matriz extracelular" . Perspectivas de Cold Spring Harbor en biología . 4 (1): a004903. doi : 10.1101 / cshperspect.a004903 . PMC 3249625 . PMID 21937732 .
- ^ Ben-Shlomo, I .; Yu Hsu, S .; Rauch, R .; Kowalski, HW; Hsueh, AJW (17 de junio de 2003). "Receptoma de señalización: una perspectiva genómica y evolutiva de los receptores de membrana plasmática implicados en la transducción de señales". Señalización científica . 2003 (187): re9. doi : 10.1126 / stke.2003.187.re9 . PMID 12815191 .
- ^ Zaidel-Bar, Ronen; Itzkovitz, Shalev; Ma'ayan, Avi; Iyengar, Ravi; Geiger, Benjamin (agosto de 2007). "Atlas funcional del adhesoma de la integrina" . Biología celular de la naturaleza . 9 (8): 858–867. doi : 10.1038 / ncb0807-858 . PMC 2735470 . PMID 17671451 .
- ^ Horton, Edward R .; Byron, Adam; Askari, Janet A .; Ng, Daniel HJ; Millon-Frémillon, Angélique; Robertson, Joseph; Koper, Ewa J .; Paul, Nikki R .; Warwood, Stacey; Knight, David; Humphries, Jonathan D .; Humphries, Martin J. (19 de octubre de 2015). "Definición de un adhesoma de integrina de consenso y su dinámica durante el ensamblaje y desmontaje del complejo de adhesión" . Biología celular de la naturaleza . 17 (12): 1577-1587. doi : 10.1038 / ncb3257 . PMC 4663675 . PMID 26479319 .
- ^ Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, et al. (Enero de 2015). "Proteómica. Mapa basado en tejidos del proteoma humano". Ciencia . 347 (6220): 1260419. doi : 10.1126 / science.1260419 . PMID 25613900 .
- ^ Xu R, Greening DW, Zhu HJ, Takahashi N, Simpson RJ (abril de 2016). "Aislamiento y caracterización de vesículas extracelulares: hacia la aplicación clínica" . La Revista de Investigación Clínica . 126 (4): 1152–62. doi : 10.1172 / JCI81129 . PMC 4811150 . PMID 27035807 .
- ^ a b Mukherjee P, Mani S (noviembre de 2013). "Metodologías para descifrar el secretoma celular" . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteínas y proteómica . 1834 (11): 2226–32. doi : 10.1016 / j.bbapap.2013.01.022 . PMC 3652893 . PMID 23376189 .
Otras lecturas
- Secretome en omics y omics enumerados alfabéticamente.
- Lum G, Min XJ (2011). "FunSecKB: la base de conocimientos de Secretome fúngico" . Base de datos . 2011 : bar001. doi : 10.1093 / base de datos / bar001 . PMC 3263735 . PMID 21300622 .
- Meinken J, Walker G, Cooper CR, Min XJ (2015). "MetazSecKB: el secretoma humano y animal y la base de conocimiento del proteoma subcelular" . Base de datos . 2015 : bav077. doi : 10.1093 / base de datos / bav077 . PMC 4529745 . PMID 26255309 .