Los ácidos ribonucleicos SmY ( ARN SmY ) son una familia de ARN nucleares pequeños que se encuentran en algunas especies de gusanos nematodos . Se cree que están involucrados en el empalme trans de ARNm .
Los ARN de SmY tienen una longitud aproximada de 70 a 90 nucleótidos y comparten una estructura secundaria común , con dos bucles de tallo que flanquean un sitio de unión de consenso para la proteína Sm . [2] [3] La proteína Sm es un componente compartido de los snRNP espliceosomales .
Se han encontrado ARN SmY en nematodos de la clase Chromadorea , que incluye a los nematodos más comúnmente estudiados (como Caenorhabditis , Pristionchus y Ascaris ), pero no en la Trichinella spiralis más distante de la clase Dorylaimia . El número de genes SmY en cada especie varía, y la mayoría de las especies de Caenorhabditis y Pristionchus tienen de 10 a 26 copias parálogoas relacionadas , mientras que otros nematodos tienen de 1 a 5. [1]
El primer ARN SmY se descubrió en 1996 en preparaciones purificadas de espliceosomas de Ascaris lumbricoides , al igual que otro ARN llamado SmX que no es detectablemente homólogo a SmY. [2] Se identificaron doce homólogos de SmY computacionalmente en Caenorhabditis elegans y diez en Caenorhabditis briggsae . [3] Varias transcripciones de estos genes SmY se clonaron y secuenciaron en un estudio sistemático de pequeñas transcripciones de ARN no codificantes en C. elegans . [4]
Una encuesta sistemática de las transcripciones de 2,2,7-trimetilguanosina (TMG) 5 ' en C.elegans utilizando anticuerpos anti TMG identificó dos transcripciones de SmY con protección de TMG . [5] El análisis de secuencia de los posibles sitios de unión de Sm en estas transcripciones indicó que SmY, U5 snRNA , U3 snoRNA y las transcripciones de ARN líder empalmado ( SL1 y SL2 ) contienen una secuencia de unión de consenso SM muy similar (AAU 4 - 5 GGA) . Los sitios de unión de SM predichos identificados en U1 , U2 y U4Las transcripciones de snRNA variaron de este consenso. [5]
En C. elegans , los ARN de SmY se copurifican con espliceosomas y con proteínas Sm, SL75p y SL26p , mientras que el ARNsn de corte y empalme trans SL1 de C. elegans mejor caracterizado se copurifica en un complejo con Sm, SL75p y SL21p (un parálogo de SL26p) . [2] [3] La pérdida de función de SL21p o SL26p individualmente sólo causa un fenotipo débil sensible al frío , mientras que la caída de ambos es letal, al igual que una caída de SL75p. Con base en estos resultados, se cree que los ARN SmY tienen una función en el empalme trans.