El motivo Asx es una característica común en proteínas y polipéptidos . [1] [2] Consiste en cuatro o cinco residuos de aminoácidos con aspartato o asparagina como primer residuo (residuo i). Está definido por dos enlaces de hidrógeno internos . Uno está entre el oxígeno de la cadena lateral del residuo i y la cadena principal NH del residuo i + 2 o i + 3; el otro está entre el oxígeno de la cadena principal del residuo i y la cadena principal NH del residuo i + 3 o i + 4. Los motivos Asx ocurren comúnmente en proteínas y polipéptidos.
Cuando uno de los enlaces de hidrógeno está entre el oxígeno de la cadena principal del residuo i y la cadena lateral NH del residuo i + 3, el motivo incorpora un giro beta . Cuando uno de los enlaces de hidrógeno está entre el oxígeno de la cadena lateral del residuo i y la cadena principal NH del residuo i + 2, el motivo incorpora un giro Asx .
Al igual que con los giros de Asx , una proporción significativa de motivos de Asx se produce en el extremo N-terminal de una hélice alfa con el Asx como residuo de la capa de N. Por tanto, los motivos Asx se han descrito a menudo como características de remate de hélice. [3] [4] [5] [6]
Un motivo relacionado es el motivo ST que tiene serina o treonina como primer residuo.
Referencias
- ^ Wan, WY; Milner-White EJ (1999). "Una agrupación natural de motivos con un aspartato o asparagina formando dos enlaces de hidrógeno a los aminoácidos adelante en secuencia". Revista de Biología Molecular . 286 (5): 1633–1649. doi : 10.1006 / jmbi.1999.2552 . PMID 10064720 .
- ^ Lee, J; Dubey VK (2008). "Una redundancia lógica OR dentro del motivo de giro beta asx-pro-asx-gly tipo I". Revista de Biología Molecular . 377 (4): 1251–1264. doi : 10.1016 / j.jmb.2008.01.055 . PMID 18308335 .
- ^ Presta, LG; Rose GD (1988). "Casquillos de hélice". Ciencia . 240 (4859): 1632–1641. doi : 10.1126 / science.2837824 . PMID 2837824 .
- ^ Doig, AJ; MacArthur MW (1997). "Estructuras de N-terminales de hélices en proteínas" . Ciencia de las proteínas . 6 (1): 147-155. doi : 10.1002 / pro.5560060117 . PMC 2143508 . PMID 9007987 .
- ^ Aurora, R; Rose GD (1998). "Helix Capping" . Ciencia de las proteínas . 7 (1): 21–38. doi : 10.1002 / pro.5560070103 . PMC 2143812 . PMID 9514257 .
- ^ Gunasekaran, K; Nagarajam HA (1998). "Signos de puntuación esteroquímicos en la estructura de las proteínas" (PDF) . Revista de Biología Molecular . 275 (5): 917–932. doi : 10.1006 / jmbi.1997.1505 . PMID 9480777 .
enlaces externos
- Proteínas motivadas: [1] [1]
- PDBeMotif [2] . [2]
- ^ Líder, DP; Milner-White EJ (2009). "Proteínas motivadas: una aplicación web para estudiar pequeños motivos de proteínas tridimensionales comunes" . BMC Bioinformática . 10 (1): 60. doi : 10.1186 / 1471-2105-10-60 . PMC 2651126 . PMID 19210785 .
- ^ Golovin, A; Henrick K (2008). "MSDmotif: explorar motivos y sitios de proteínas" . BMC Bioinformática . 9 (1): 312. doi : 10.1186 / 1471-2105-9-312 . PMC 2491636 . PMID 18637174 .