Conmutador cíclico di-GMP-II
 Estructura secundaria de consenso de los ribointerruptores cíclicos di-GMP-II | |
| Identificadores | |
|---|---|
| Símbolo | c-di-GMP-II |
| Rfam | RF01786 |
| Otros datos | |
| Tipo de ARN | Riboswitch |
| Dominio (s) | Clostridia , Deinococcus |
| Estructuras PDB | PDBe |
| c-di-GMP-II-GAG | |
|---|---|
 Consenso de la estructura secundaria y la conservación de la secuencia del riboswitch c-di-GMP-II-GAG | |
| Identificadores | |
| Símbolo | c-di-GMP-II-GAG |
| Rfam | RF03169 |
| Otros datos | |
| Tipo de ARN | Cis-reg |
| IR | IR: 0010468 , IR: 0035438 |
| ASI QUE | SO: 0000035 |
| Estructuras PDB | PDBe |
| c-di-GMP-II-GCG | |
|---|---|
 Consenso de la estructura secundaria y la conservación de la secuencia del riboswitch c-di-GMP-II-GCG | |
| Identificadores | |
| Símbolo | c-di-GMP-II-GCG |
| Rfam | RF03170 |
| Otros datos | |
| Tipo de ARN | Cis-reg |
| IR | IR: 0010468 , IR: 0035438 |
| ASI QUE | SO: 0000035 |
| Estructuras PDB | PDBe |
Los riboswitches cíclicos di-GMP-II (también riboswitch c-di-GMP-II ) forman una clase de riboswitches que se unen específicamente al di-GMP cíclico , [1] un segundo mensajero utilizado en múltiples procesos bacterianos como la virulencia , la motilidad y la formación de biopelículas . Los ribosinterruptores cíclicos di-GMP-I no están relacionados estructuralmente con los ribosconmutadores cíclicos di-GMP-I , aunque tienen la misma función.
Los riboswitches cíclicos di-GMP-II fueron descubiertos por bioinformática y son comunes en especies dentro de la clase Clostridia y el género Deinococcus . También se encuentran en algunos otros linajes bacterianos . Existe una superposición significativa entre las especies que usan di-GMP-I cíclico y di-GMP-II cíclicos riboswitch, ya que ambas clases de riboswitch son comunes en Clostridia.
En Clostridium difficile cepas, un cíclico riboswitch di-GMP-II se encuentra adyacente a un intrón del grupo I catalítica . Los intrones del grupo I son ribozimas que catalizan el empalme de la molécula de ARN en la que están incrustados. En el caso asociado al riboswitch, el resultado de la reacción de empalme catalizada por el intrón es controlado por el riboswitch en respuesta a los niveles cíclicos de di-GMP. [1] La reacción de empalme también está regulada in vitro por los niveles de trifosfato de guanosina , ya que los intrones del grupo I requieren un derivado de guanosina para su actividad. [1]
Los intrones del grupo I funcionan como parte de elementos egoístas, donde reducen la probabilidad de que el elemento afecte negativamente la aptitud del huésped al interrumpir un gen codificador de proteínas . Sin embargo, el intrón del grupo I asociado con un riboswitch cíclico di-GMP-II no es egoísta ya que parece realizar una función útil para la célula. También muestran que las células naturales usan ribozimas alostéricas para regular la expresión génica, un mecanismo comúnmente utilizado en aptámeros modificados genéticamente pero que no se había observado previamente en la naturaleza.
Los riboswitches cíclicos di-GMP-II son una estructura pseudoanudada . La mayoría de estos riboconmutadores conservan un motivo estructural de giro de torsión que permite un doblez en el tallo relevante, presumiblemente facilitando el pseudonudo. Varias posiciones de nucleótidos están muy conservadas, y muchas alrededor de los bucles terminales participan en la interacción del pseudonudo.
Referencias
- ↑ a b c Lee ER, Baker JL, Weinberg Z, Sudarsan N, Breaker RR (2010). "Una ribozima alostérica auto-empalme desencadenada por un segundo mensajero bacteriano" . Ciencia . 329 (5993): 845–848. doi : 10.1126 / science.1190713 . PMC 4538695 . PMID 20705859 .
enlaces externos
- Página para el conmutador cíclico di-GMP-II en Rfam
- Elementos de ARN reguladores de cis
- Riboswitch
- Talones de biología molecular y celular
