Endonucleasa de restricción (REase) EcoRII (pronunciado "eco R dos") es una enzima del sistema de modificación de restricción (RM) que se encuentra naturalmente en Escherichia coli , una bacteria Gram-negativa . Su masa molecular es de 45,2 kDa , estando compuesta por 402 aminoácidos . [1]
Modo de acción
EcoRII es un bacteriana Tipo IIE [2] REase que interactúa con dos [3] o tres [4] copias de la pseudopalindromic ADN secuencia de reconocimiento 5' - CC W GG - 3' (W = A o T ), uno que es el actual objetivo de escisión, el otro o los otros actúan como activadores alostéricos . EcoRII corta la secuencia de ADN diana CCWGG, generando extremos pegajosos . [5]
Diagrama de corte
Sitio de reconocimiento | Cortar resultados |
5 'NN CCWGG NN3 'NN GGWCC NN | 5 'NN CCWGG NN3 'NN GGWCC NN |
Estructura
Endonucleasa de restricción EcoRII, N-terminal | ||||||||
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![]() estructura cristalina de la endonucleasa de restricción ecorii mutante r88a | ||||||||
Identificadores | ||||||||
Símbolo | EcoRII-N | |||||||
Pfam | PF09217 | |||||||
Clan pfam | CL0405 | |||||||
InterPro | IPR015300 | |||||||
SCOP2 | 1na6 / SCOPe / SUPFAM | |||||||
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Terminal EcoRII C | ||||||||
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![]() estructura cristalina de la endonucleasa de restricción ecorii mutante r88a | ||||||||
Identificadores | ||||||||
Símbolo | EcoRII-C | |||||||
Pfam | PF09019 | |||||||
Clan pfam | CL0236 | |||||||
InterPro | IPR015109 | |||||||
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La apo estructura cristalina del mutante EcoRII R88A ( PDB : 1NA6 ) [6] se ha resuelto con una resolución de 2,1 Å . El monómero EcoRII tiene dos dominios , N-terminal y C-terminal , unidos a través de un bucle de bisagra .
Dominio de unión al efector
El N-terminal efector - dominio de unión tiene una unión a ADN pseudobarrel arquetípica de plegado ( SCOP 101936 ) con una prominente hendidura . La superposición estructural mostró que está relacionada evolutivamente con:
- Dominio de unión al ADN B3 ( SCOP 117343 ) de los factores de transcripción en plantas superiores ( PDB : 1WID ) [7]
- Dominio C-terminal de la endonucleasa de restricción BfiI [8] ( PDB : 2C1L ) [9]
Dominio catalítico
El dominio catalítico C-terminal tiene un pliegue típico de endonucleasa de restricción [10] ( SCOP 52979 ) y pertenece a la superfamilia de endonucleasas de restricción grande (más de 30 miembros) ( SCOP 52980 ).
Mecanismo de autoinhibición / activación
El alineamiento de secuencias basado en la estructura y la mutagénesis dirigida al sitio identificaron los sitios activos PD..D / EXK putativos del dímero del dominio catalítico EcoRII que en la estructura de la apo están bloqueados espacialmente por los dominios N-terminales. [6]
Ver también
- EcoRI , otra enzima nucleasa de Escherichia coli .
- EcoRV , otra enzima nucleasa de Escherichia coli .
- El dominio de unión al ADN B3 de plantas superiores está relacionado evolutivamente con EcoRII
- FokI , otra enzima nucleasa de Flavobacterium okeanokoites
enlaces externos
- EcoRII en la base de datos de enzimas de restricción REBASE
Referencias
- ^ Richard J. Roberts. "EcoRII" . REBASE: la base de datos de enzimas de restricción . Consultado el 23 de marzo de 2008 .
- ^ Roberts RJ, Belfort M, Bestor T, et al. (2003). "Una nomenclatura para enzimas de restricción, metiltransferasas de ADN, endonucleasas autodirigidas y sus genes" . Ácidos nucleicos Res . 31 (7): 1805–12. doi : 10.1093 / nar / gkg274 . PMC 152790 . PMID 12654995 . PDF [ enlace muerto ]
- ^ Mücke M, Lurz R, Mackeldanz P, Behlke J, Krüger DH, Reuter M (2000). "Imágenes de bucles de ADN inducidos por la endonucleasa de restricción EcoRII. Una sustitución de un solo aminoácido desacopla el reconocimiento de la diana de la interacción cooperativa del ADN y la escisión" . J. Biol. Chem . 275 (39): 30631–7. doi : 10.1074 / jbc.M003904200 . PMID 10903314 .PDF
- ^ Shlyakhtenko LS, Gilmore J, Portillo A, Tamulaitis G, Siksnys V, Lyubchenko YL (2007). "Visualización directa del complejo sináptico triple EcoRII-ADN mediante microscopía de fuerza atómica". Bioquímica . 46 (39): 11128–36. doi : 10.1021 / bi701123u . PMID 17845057 . S2CID 27800123 .
- ^ Griffiths, Anthony JF (1999). Introducción al análisis genético . San Francisco: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-3520-5.
- ^ a b Zhou XE, Wang Y, Reuter M, Mücke M, Krüger DH, Meehan EJ, Chen L (2004). "La estructura cristalina de la endonucleasa de restricción de tipo IIE EcoRII revela un mecanismo de autoinhibición mediante un nuevo pliegue de unión al efector". J. Mol. Biol . 335 (1): 307-19. doi : 10.1016 / j.jmb.2003.10.030 . PMID 14659759 .
- ^ Yamasaki K, Kigawa T, Inoue M, Tateno M, Yamasaki T, Yabuki T, Aoki M, Seki E, Matsuda T, Tomo Y, Hayami N, Terada T, Shirouzu M, Osanai T, Tanaka A, Seki M, Shinozaki K , Yokoyama S (2004). "Estructura de la solución del dominio de unión al ADN B3 del factor de transcripción sensible al frío de Arabidopsis RAV1" . Célula vegetal . 16 (12): 3448–59. doi : 10.1105 / tpc.104.026112 . PMC 535885 . PMID 15548737 .PDF
- ^ Richard J. Roberts. "BfiI" . REBASE: la base de datos de enzimas de restricción . Consultado el 23 de marzo de 2008 .
- ^ Grazulis S, Manakova E, Roessle M, Bochtler M, Tamulaitiene G, Huber R, Siksnys V (2005). "La estructura de la enzima de restricción BfiI independiente de metales revela la fusión de un dominio de unión al ADN específico con una nucleasa no específica" (PDF) . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 102 (44): 15797–802. Código bibliográfico : 2005PNAS..10215797G . doi : 10.1073 / pnas.0507949102 . PMC 1266039 . PMID 16247004 . PDF
- ^ Niv MY, Ripoll DR, Vila JA, Liwo A, Vanamee ES, Aggarwal AK, Weinstein H, Scheraga HA (2007). "Topología de REases Tipo II revisada; clases estructurales y el núcleo común conservado" . Investigación de ácidos nucleicos . 35 (7): 2227–37. doi : 10.1093 / nar / gkm045 . PMC 1874628 . PMID 17369272 .