Los enterobacterales son un orden de bacterias gramnegativas , no formadoras de esporas, facultativamente anaeróbicas , con forma de bastoncillo de la clase Gammaproteobacteria . [1] El género tipo de este orden es Enterobacter . [1]
Enterobacterales | |
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Citrobacter freundii , un miembro de la orden | |
clasificación cientifica | |
Dominio: | Bacterias |
Filo: | Proteobacterias |
Clase: | Gammaproteobacteria |
Pedido: | Enterobacterales Adeolu et al., 2016 |
Familias | |
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Sinónimos | |
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El nombre Enterobacterales se deriva del término latino Enterobacter , refiriéndose al género tipo de la orden y el sufijo "-ales", una terminación usada para denotar una orden. Juntos, Enterobacterales se refiere a un orden cuyo tipo de nomenclatura es el género Enterobacter . [2]
Identificación histórica y sistemática
Enterobacterales se propuso en 2005 con el nombre de "Enterobacteriales". Sin embargo, el nombre "Enterobacteriales" no fue validado según las reglas del Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas, por lo que carecía de pie de nomenclatura, por lo que el nombre se escribía entre paréntesis. "Enterobacteriales" era un orden monotípico , que contenía sólo la familia Enterobacteriaceae , y compartía su género tipo Escherichia . [3] [4] [5] La orden contenía un grupo grande y diverso de especies, que ocupaban nichos ecológicos distintos y poseían una variedad de características bioquímicas. [6] Muchos géneros dentro del orden tiene un impacto significativo en la actividad humana, tales como las especies patógenas de Escherichia coli, Salmonella enterica , y Yersinia pestis , así como la agricultura-daño fitopatógenos tales como miembros de los géneros Dickeya , Pectobacterium , Brenneria , Erwinia y Pantoea . La gran cantidad de especies, así como la variedad de diferentes características bioquímicas, hicieron que las descripciones del orden y sus subgrupos fueran extremadamente difíciles. [7] La asignación y clasificación de este orden se basó en gran medida en las secuencias del genoma del ARNr 16S, que se sabe que tiene un bajo poder discriminatorio y produce resultados diferentes según el algoritmo y la cepa de organismo utilizados. [8] Además, estos análisis han demostrado que 'Enterobacteriales' exhibió ramificación polifilética, con distintos subgrupos.
En 2016, se propuso la reclasificación de "Enterobacteriales" como Enterobacterales, y el género tipo cambió a Enterobacter de acuerdo con el Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas. Además, se propusieron varias familias nuevas dentro de los Enterobacterales, que consisten en especies que anteriormente eran miembros de las Enterobacteriaceae basadas en agrupaciones encontradas en árboles filogenéticos construidos a partir de genomas conservados, secuencias de rRNA 16S y análisis de secuencias multilocus, así como marcadores moleculares independientes (conservados indeles de firma). [1]
A partir de 2021, el orden Enterobacterales contiene 7 familias publicadas válidamente ( Budviciaceae , Enterobacteriaceae , Erwiniaceae , Hafniaceae , Morganellaceae , Pectobacteriaceae y Yersiniaceae ). [9]
Firmas moleculares
Los miembros de este orden se pueden distinguir de forma fiable de todas las demás bacterias a través de marcadores moleculares conocidos como indeles de firma conservados (CSI). Los CSI se encuentran en regiones conservadas en genes y proteínas de un grupo de organismos y están flanqueados en ambos lados por secuencias altamente conservadas, lo que garantiza una alineación de secuencias confiable y su confiabilidad como marcador molecular. [10] Estas inserciones y deleciones específicas son el resultado de cambios genéticos raros en un antepasado común y se transmiten verticalmente a los descendientes del antepasado. [10] Los CSI también pueden servir como base para desarrollar métodos de diagnóstico para especies patógenas. [11] [12]
Se identificaron cinco CSI para este orden en las proteínas péptido ABC transportador permeasa, proteína similar al factor de alargamiento P YeiP, L-arabinosa isomerasa, pirofosfatasa y una proteína hipotética, que en la mayoría de los casos son compartidas exclusivamente por todos o la mayoría de los miembros de este grupo. pedido. [1] Estos CSI se pueden utilizar para identificar especies adicionales pertenecientes a Enterobacterales mediante métodos in-silico u otros métodos experimentales.
Genera
Filogenia de Enterobacterales | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Filogenia de los enterobacterales propuesta en 2016. [13] Pasteurellales se utiliza como grupo externo. |
Géneros publicados válidamente
Los siguientes géneros han sido publicados válidamente, por lo que tienen "Standing in Nomenclature". El año en que se propuso el género aparece entre paréntesis después del nombre del género.
- Arsenophonus (1991)
- Biostraticola (2008)
- Brenneria (1999)
- Buchnera (1991)
- Budvicia (1985)
- Buttiauxella (1982)
- Cedecea (1981)
- La Canea (2016)
- Citrobacter (1932)
- Cosenzaea (2011)
- Cronobacter (2008)
- Dickeya (2005)
- Edwardsiella (1965)
- Enterobacillus (2015)
- Enterobacter (1960)
- Erwinia (1920)
- Escherichia (1919)
- Ewingella (1984)
- Franconibacter (2014)
- Gibbsiella (2011)
- Hafnia (1954)
- Izhakiella (2016)
- Klebsiella (1885)
- Kluyvera (1981)
- Kosakonia (2013)
- Leclercia (1987)
- Lelliottia (2013)
- Leminorella (1985)
- Limnobaculum (2018)
- Lonsdalea (2012)
- Mangrovibacter (2010)
- Metakosakonia (2017)
- Mixta (2018)
- Moellerella (1984)
- Morganella (1943)
- Obesumbacterium (1963)
- Pantoea (1989)
- Pectobacterium (1945)
- Phaseolibacter (2013)
- Photorhabdus (1993)
- Phytobacter (2017)
- Plesiomonas (1962)
- Pluralibacter (2013)
- Pragia (1988)
- Proteo (1885)
- Providencia (1962)
- Pseudescherichia (2017)
- Pseudocitrobacter (2014)
- Rahnella (1981)
- Raoultella (2001)
- Rosenbergiella (2013)
- Rouxiella (2015)
- Saccharobacter (1990)
- Salmonella (1990)
- Samsonia (2001)
- Escandinavium (2020)
- Serratia (1823)
- Shigella (1919)
- Shimwellia (2010)
- Siccibacter (2014)
- Sodalis (1999)
- Superficieibacter (2018)
- Tatumella (1982)
- Trabulsiella (1992)
- Wigglesworthia (1995)
- Xenorhabdus (1979)
- Yersinia (1944)
- Yokenella (1985)
Géneros Candidatus
- " Candidatus Annandia"
- " Candidatus Arocatia"
- " Candidatus Aschnera"
- " Candidatus Benitsuchiphilus"
- " Candidatus Blochmannia"
- " Candidatus Curculioniphilus"
- " Candidatus Cuticobacterium"
- " Candidatus Doolittlea"
- " Candidatus Fukatsuia"
- " Candidatus Gillettellia"
- " Candidatus Gullanella"
- " Candidatus Hamiltonella"
- " Candidatus Hartigia"
- " Candidatus Hoaglandella"
- " Candidatus Ischnodemia"
- " Candidatus Ishikawaella"
- " Candidatus Kleidoceria"
- " Candidatus Kotejella"
- " Candidatus Macropleicola"
- " Candidatus Mikella"
- " Candidatus Moranella"
- " Candidatus Phlomobacter"
- " Candidatus Profftia"
- " Candidatus Purcelliella"
- " Candidatus Regiella"
- " Candidatus Riesia"
- " Candidatus Rohrkolberia"
- " Candidatus Rosenkranzia"
- " Candidatus Schneideria"
- " Candidatus Stammera"
- " Candidatus Stammerula"
- " Candidatus Tachikawaea"
- " Candidatus Westeberhardia"
Propuestos, pero no han obtenido una posición en la nomenclatura.
- Aquamonas (2009)
- Aranicola (1997)
- Atlantibacter (2016)
- Averyella (2005)
- Grimontella (2003)
- Guhaiyinggella (1995)
- Margalefia (2004)
- Tiedjeia (2005)
Referencias
- ^ a b c d Adeolu, M; Alnajar, S; Naushad, S; S Gupta, R (diciembre de 2016). "Filogenia y taxonomía basadas en el genoma de las 'Enterobacteriales': propuesta para Enterobacterales ord. Nov. Dividida en las familias Enterobacteriaceae, Erwiniaceae fam. Nov., Pectobacteriaceae fam. Nov., Yersiniaceae fam. Nov., Hafniaceae fam. Nov., Morganellaceae fam. Nov. Y Budviciaceae fam. Nov " . Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 66 (12): 5575–5599. doi : 10.1099 / ijsem.0.001485 . PMID 27620848 .
- ^ Adeolu, M; Alnajar, S; Naushad, S; S Gupta, R (diciembre de 2016). "Filogenia y taxonomía basadas en el genoma de las 'Enterobacteriales': propuesta para Enterobacterales ord. Nov. Dividida en las familias Enterobacteriaceae, Erwiniaceae fam. Nov., Pectobacteriaceae fam. Nov., Yersiniaceae fam. Nov., Hafniaceae fam. Nov., Morganellaceae fam. Nov. Y Budviciaceae fam. Nov " . Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 66 (12): 5575–5599. doi : 10.1099 / ijsem.0.001485 . PMID 27620848 .
- ↑ Zipcodezoo site Enterobacteriales Archivado 2014-04-27 en Wayback Machine accedido el 9 de marzo de 2013
- ^ NCBI Enterobacterales consultado el 9 de marzo de 2013
- ^ Taxonomicon Enterobacteriales consultado el 9 de marzo de 2013
- ^ Brenner, Don J .; Krieg, Noel R .; Staley, James T .; Garrity, George M .; Boone, David R .; De Vos, Paul; Buen compañero, Michael; Rainey, Fred A .; Schleifer, Karl-Heinz, eds. (2005). "Manual de Bergey® de bacteriología sistemática" . doi : 10.1007 / 0-387-28022-7 . Cite journal requiere
|journal=
( ayuda ) - ^ Octavia, Sophie; Lan, Ruiting (2014), "The Family Enterobacteriaceae" , The Prokaryotes , Berlín, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, págs. 225–286, ISBN 978-3-642-38921-4, consultado el 2 de junio de 2021
- ^ Francino, M. Pilar; Santos, Scott R .; Ochman, Howard (2006), "Relaciones filogenéticas de bacterias con especial referencia a endosimbiontes y especies entéricas" , The Prokaryotes , Nueva York, NY: Springer New York, págs. 41–59, ISBN 978-0-387-25496-8, consultado el 2 de junio de 2021
- ^ "Orden: Enterobacterales" . lpsn.dsmz.de . Consultado el 2 de junio de 2021 .
- ^ a b Naushad, Hafiz Sohail; Lee, Brian; Gupta, Radhey S. (1 de febrero de 2014). "Indels de firma conservados y proteínas de firma como herramientas novedosas para comprender la filogenia microbiana y la sistemática: identificación de firmas moleculares que son específicas para los géneros fitopatógenos Dickeya, Pectobacterium y Brenneria" . Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 64 (Pt_2): 366–383. doi : 10.1099 / ijs.0.054213-0 . ISSN 1466-5026 .
- ^ Wong, Shirley Y .; Paschos, Athanasios; Gupta, Radhey S .; Schellhorn, Herb E. (7 de octubre de 2014). "Enfoque basado en inserción / deleción para la detección de Escherichia coli O157: H7 en ambientes de agua dulce" . Ciencia y tecnología ambientales . 48 (19): 11462-11470. doi : 10.1021 / es502794h . ISSN 1520-5851 . PMID 25166281 .
- ^ Ahmod, Nadia Z .; Gupta, Radhey S .; Shah, Haroun N. (1 de diciembre de 2011). "Identificación de un indel específico de Bacillus anthracis en el gen yeaC y desarrollo de un ensayo de pirosecuenciación rápida para distinguir B. anthracis del grupo B. cereus" . Revista de métodos microbiológicos . 87 (3): 278-285. doi : 10.1016 / j.mimet.2011.08.015 . ISSN 1872-8359 . PMID 21907250 .
- ^ Adeolu, M; Alnajar, S; Naushad, S; S Gupta, R (diciembre de 2016). "Filogenia y taxonomía basadas en el genoma de las 'Enterobacteriales': propuesta para Enterobacterales ord. Nov. Dividida en las familias Enterobacteriaceae, Erwiniaceae fam. Nov., Pectobacteriaceae fam. Nov., Yersiniaceae fam. Nov., Hafniaceae fam. Nov., Morganellaceae fam. Nov. Y Budviciaceae fam. Nov " . Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 66 (12): 5575–5599. doi : 10.1099 / ijsem.0.001485 . PMID 27620848 .