La base de datos del metaboloma humano (HMDB) [1] [2] [3] [4] es una base de datos en línea completa, de alta calidad y de libre acceso de metabolitos de moléculas pequeñas que se encuentran en el cuerpo humano. Creado por el Human Metabolome Project financiado por Genome Canada . [5] Una de las primeras bases de datos dedicadas a la metabolómica , la HMDB facilita la investigación en metabolómica humana, incluida la identificación y caracterización de metabolitos humanos mediante espectroscopia de RMN , espectrometría de GC-MS y LC / MS.espectrometría. Para ayudar en este proceso de descubrimiento, la HMDB contiene tres tipos de datos: 1) datos químicos, 2) datos clínicos y 3) datos de biología molecular / bioquímica (Fig. 1-3). Los datos químicos incluyen 41,514 estructuras de metabolitos con descripciones detalladas junto con casi 10,000 espectros de RMN, GC-MS y LC / MS.
Contenido | |
---|---|
Descripción | Base de datos de metabolómica |
Tipos de datos capturados | Estructuras de metabolitos humanos, descripciones de metabolitos, reacciones de metabolitos, enzimas y transportadores de metabolitos, secuencias de transportadores y enzimas humanas, vías metabólicas humanas, concentraciones normales y anormales de metabolitos en humanos, enfermedades asociadas, propiedades químicas, nomenclatura, sinónimos, taxonomía química, espectros de RMN de metabolitos, espectros de metabolitos GC-MS, espectros de metabolitos LC-MS |
Contacto | |
Centro de Investigación | Universidad de Alberta y el Centro de Innovación Metabolómica |
Laboratorio | Dr. David Wishart |
Cita primaria | HMDB: la base de datos del metaboloma humano. [1] |
Acceso | |
Sitio web | http://www.hmdb.ca |
URL de descarga | http://www.hmdb.ca/downloads |
Diverso | |
Frecuencia de publicación de datos | Cada 2 años con correcciones y actualizaciones mensuales |
Política de curación | Curada manualmente |
Los datos clínicos incluyen información sobre> 10,000 concentraciones de metabolitos- biofluidos e información sobre la concentración de metabolitos en más de 600 enfermedades humanas diferentes . Los datos bioquímicos incluyen 5688 secuencias de proteínas (y ADN ) y más de 5000 reacciones bioquímicas que están vinculadas a estas entradas de metabolitos. [5] Cada entrada de metabolito en la HMDB contiene más de 110 campos de datos con 2/3 de la información dedicada a datos químicos / clínicos y el otro 1/3 dedicado a datos enzimáticos o bioquímicos. Muchos campos de datos tienen hipervínculos a otras bases de datos ( KEGG , MetaCyc , PubChem , Protein Data Bank , ChEBI , Swiss-Prot y GenBank ) y una variedad de subprogramas de visualización de estructuras y rutas. La base de datos HMDB admite búsquedas extensivas de texto, secuencia, espectral, estructura química y consultas relacionales . Ha sido ampliamente utilizado en metabolómica, química clínica , descubrimiento de biomarcadores y educación en bioquímica general.
Cuatro bases de datos adicionales, DrugBank, [6] [7] [8] T3DB, [9] SMPDB [10] y FooDB también forman parte del conjunto de bases de datos HMDB. DrugBank contiene información equivalente sobre ~ 1600 fármacos y metabolitos de fármacos, T3DB contiene información sobre 3100 toxinas comunes y contaminantes ambientales , SMPDB contiene diagramas de vías para 700 vías metabólicas y de enfermedades humanas, mientras que FooDB contiene información equivalente sobre ~ 28000 componentes alimentarios y aditivos alimentarios .
Historial de versiones
La primera versión de HMDB se publicó el 1 de enero de 2007, [1] seguida de dos versiones posteriores el 1 de enero de 2009 (versión 2.0), [2] 1 de agosto de 2009 (versión 2.5), 18 de septiembre de 2012 (versión 3.0 ) [4] y 1 de enero de 2013 (versión 3.5), [11] 2017 (versión 4.0). [12] Los detalles de cada una de las principales versiones de HMDB (hasta la versión 4.0) se proporcionan en la Tabla 1.
Característica de la base de datos o estado del contenido | HMDB (v1.0) | HMDB (v2.0) | HMDB (v3.0) | HMDB (v4.0) |
---|---|---|---|---|
Numero de metabolitos | 2,180 | 6.408 | 37,170 | 114,100 |
Número de sinónimos de metabolitos únicos | 27,700 | 43,882 | 152,364 | - |
Número de compuestos con vínculos con enfermedades | 862 | 1,002 | 3.948 | 22.605 |
Número de compuestos con datos de concentración de biofluidos o tejidos | 883 | 4.413 | 6.796 | - |
Número de compuestos con referencias de síntesis química | 220 | 1,647 | 8.863 | 72,604 |
Número de compuestos con espectros de RMN de 1H o 13C de referencia experimental | 385 | 792 | 1.054 | 2.801 |
Número de compuestos con espectros MS / MS de referencia | 390 | 799 | 1.249 | 1,544 |
Número de compuestos con datos de referencia GC-MS de referencia | 0 | 279 | 884 | 7.418 |
Número de mapas de vías específicos para humanos | 26 | 58 | 442 | - |
Número de compuestos en la biblioteca del metaboloma humano | 607 | 920 | 1.031 | - |
Número de campos de datos HMDB | 91 | 102 | 114 | 130 |
'Número de propiedades moleculares predichas | 2 | 2 | 10 | - |
Alcance y acceso
Todos los datos en HMDB no son propietarios o se derivan de una fuente no propietaria. Es de libre acceso y está disponible para cualquier persona. Además, casi todos los elementos de datos son completamente rastreables y se hacen referencia explícitamente a la fuente original. Los datos de HMDB están disponibles a través de una interfaz web pública y descargas.
Ver también
- KEGG
- DrugBank
- SMPDB
- MetaCyc
- Base de datos del metaboloma bovino
- Metaboloma
- Metabolómica
- Lista de bases de datos biológicas
Referencias
- ↑ a b c Wishart, David S .; Tzur, Dan; Knox, Craig; Eisner, romano; Guo, An Chi; Young, Nelson; Cheng, decano; Jewell, Kevin; Arndt, David; Sawhney, Summit; Fung, Chris; Nikolai, Lisa; Lewis, Mike; Coutouly, Marie-Aude; Forsythe, Ian J .; Tang, Peter; Shrivastava, Savita; Jeroncic, Kevin; Stothard, Paul; Amegbey, Godwin; Block, David; Hau, David D .; Wagner, James; Miniaci, Jessica; Clements, Melisa; Gebremedhin, Mulu; Guo, Natalie; Zhang, Ying; Duggan, Gavin E .; Macinnis, Glen D .; Weljie, Alim M .; Dowlatabadi, Reza; Bamforth, Fiona; Clive, Derrick; Greiner, Russ; Li, Liang; Marrie, Tom; Sykes, Brian D .; Vogel, Hans J .; Querengesser, Lori (1 de enero de 2007). "HMDB: la base de datos de metabolos humanos" (PDF) . Investigación de ácidos nucleicos . 35 (D1): D521 – D526. doi : 10.1093 / nar / gkl923 . PMC 1899095 . PMID 17202168 .
- ^ a b Wishart, David S .; Knox, Craig; Guo, An Chi; Eisner, romano; Young, Nelson; Gautam, Bijaya; Hau, David D .; Psychogios, Nick; Dong, Edison; Bouatra, Souhaila; Mandal, Rupasri; Sinelnikov, Igor; Xia, Jianguo; Jia, Leslie; Cruz, Joseph A .; Lim, Emilia; Sobsey, Constance A .; Shrivastava, Savita; Huang, Paul; Liu, Philip; Fang, Lydia; Peng, Jun; Fradette, Ryan; Cheng, decano; Tzur, Dan; Clements, Melisa; Lewis, Avalyn; de Souza, Andrea; Zúñiga, Azaret; Dawe, Margot; Xiong, Yeping; Clive, Derrick; Greiner, Russ; Nazyrova, Alsu; Shaykhutdinov, Rustem; Li, Liang; Vogel, Hans J .; Forsythe, Ian J. (1 de enero de 2009). "HMDB: una base de conocimientos para el metaboloma humano" (PDF) . Investigación de ácidos nucleicos . 37 (D1): D603 – D610. doi : 10.1093 / nar / gkn810 . PMC 2686599 . PMID 18953024 .
- ^ Forsythe, Ian J .; Wishart, David S. (1 de marzo de 2009). "Exploración de metabolitos humanos utilizando la base de datos del metaboloma humano". Protocolos actuales en bioinformática . 25 : 14.8.1–14.8.45. doi : 10.1002 / 0471250953.bi1408s25 . ISBN 978-0471250951. PMID 19274632 . S2CID 24291704 .
- ^ a b Wishart, David S .; Jewison, Timothy; Guo, An Chi; Wilson, Michael; Knox, Craig; Liu, Yifeng; Djombou Feunang, Yannick; Mandal, Rupasri; Aziat, Farid; Dong, Edison; Bouatra, Souhaila; Sinelnikov, Igor; Arndt, David; Xia, Jianguo; Liu, Philip; Yallou, Faizath; Bjorndahl, trent; Pérez Piñeiro, Rolando; Eisner, romano; Allen, Felicity; Neveu, Vanessa; Greiner, Russ; Scalbert, Augustin (1 de enero de 2013). "HMDB 3.0: la base de datos de metabolos humanos en 2013" (PDF) . Investigación de ácidos nucleicos . 41 (D1): D801 – D807. doi : 10.1093 / nar / gks1065 . PMC 3531200 . PMID 23161693 .
- ^ a b "Proyecto de metaboloma humano" . Consultado el 13 de febrero de 2013 .
- ^ Wishart, David S .; Knox, Craig; Guo, An Chi; Shrivastava, Savita; Hassanali, Murtaza; Stothard, Paul; Chang, Zhan; Woolsey, Jennifer (1 de enero de 2006). "DrugBank: un recurso integral para el descubrimiento y la exploración de fármacos in silico " . Investigación de ácidos nucleicos . 34 (D1): D668 – D672. doi : 10.1093 / nar / gkj067 . PMC 1347430 . PMID 16381955 .
- ^ Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Enero de 2008). "DrugBank: una base de conocimientos sobre drogas, acciones de drogas y objetivos de drogas" . Investigación de ácidos nucleicos . 36 (Problema de la base de datos): D901-6. doi : 10.1093 / nar / gkm958 . PMC 2238889 . PMID 18048412 .
- ^ Knox, C; Ley, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (Enero de 2011). "DrugBank 3.0: un recurso integral para la investigación 'ómica' sobre las drogas" . Investigación de ácidos nucleicos . 39 (Problema de la base de datos): D1035-41. doi : 10.1093 / nar / gkq1126 . PMC 3013709 . PMID 21059682 .
- ^ Lima; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Enero de 2010). "T3DB: una base de datos ampliamente anotada de toxinas comunes y sus objetivos" . Investigación de ácidos nucleicos . 38 (Problema de la base de datos): D781-6. doi : 10.1093 / nar / gkp934 . PMC 2808899 . PMID 19897546 .
- ^ Frolkis, A; Knox, C; Lima; Jewison, T; Ley, V; Hau, DD; Liu, P; Gautam, B; Ly, S; Guo, AC; Xia, J; Liang, Y; Shrivastava, S; Wishart, DS. (Enero de 2010). "SMPDB: la base de datos de la ruta de la pequeña molécula" . Investigación de ácidos nucleicos . 38 (Problema de la base de datos): D480-7. doi : 10.1093 / nar / gkp1002 . PMC 2808928 . PMID 19948758 .
- ^ "Notas de la versión de la base de datos del metaboloma humano" .
- ^ Wishart, David S .; Djombou Feunang, Yannick; Marcu, Ana; Guo, An Chi; Liang, Kevin; Vázquez Fresno, Rosa; Sajed, Tanvir; Johnson, Daniel; Li, Carin; Karu, Naama; Sayeeda, Zinat; Lo, Elvis; Assempour, Nazanin; Berjanskii, Mark; Singhal, Sandeep; Arndt, David; Liang, Yonjie; Badran, Hasan; Grant, Jason; Serra Cayuela, Arnau; Liu, Yifeng; Mandal, Rupa; Neveu, Vanessa; Pon, Allison; Knox, Craig; Wilson, Michael; Manach, Claudine; Scalbert, Augustin (4 de enero de 2018). "HMDB 4.0: la base de datos del metaboloma humano para 2018" (PDF) . Investigación de ácidos nucleicos . 46 (D1): D608 – D617. doi : 10.1093 / nar / gkx1089 . PMC 5753273 . PMID 29140435 .