El Proyecto de secuenciación del genoma de la influenza (IGSP), iniciado a principios de 2004, busca investigar la evolución de la influenza proporcionando un conjunto de datos públicos de secuencias completas del genoma de la influenza de colecciones de aislamientos que representan distribuciones de especies diversas.
El proyecto está financiado por el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas (NIAID), una división de los Institutos Nacionales de Salud (NIH), y ha estado operando desde el Centro de Secuenciación Microbiana del NIAID en el Instituto de Investigación Genómica (TIGR, que en 2006 se convirtió en The Venter Institute). La información de secuencia generada por el proyecto se ha puesto continuamente en el dominio público a través de GenBank .
Orígenes
A fines de 2003, David Lipman , Lone Simonsen , Steven Salzberg y un consorcio de otros científicos redactaron una propuesta para comenzar a secuenciar una gran cantidad de virus de la influenza en el Instituto de Investigación Genómica (TIGR). Antes de este proyecto, solo unos pocos genomas de la gripe estaban disponibles al público. [ cita requerida ] Su propuesta fue aprobada por los Institutos Nacionales de Salud (NIH), y más tarde se convertiría en el IGSP. El desarrollo de nuevas tecnologías liderado por Elodie Ghedin comenzó en TIGR más tarde ese año, y la primera publicación que describe> 100 genomas de influenza apareció en 2005 en la revista Nature [1]
Objetivos de investigación
El proyecto hace que todos los datos de secuencia estén disponibles públicamente a través de GenBank , una base de datos internacional en línea financiada por los NIH. Esta investigación ayuda a proporcionar a los investigadores internacionales la información necesaria para desarrollar nuevas vacunas , terapias y diagnósticos, así como mejorar la comprensión de la evolución molecular general de la influenza y otros factores genéticos que determinan su virulencia. [ cita requerida ] Este conocimiento no solo podría ayudar a mitigar el impacto de las epidemias anuales de influenza , sino que también podría mejorar el conocimiento científico sobre la aparición de virus de influenza pandémica .
Resultados
El proyecto completó sus primeros genomas en marzo de 2005 y desde entonces se ha acelerado rápidamente. A mediados de 2008, se habían secuenciado completamente más de 3000 aislamientos de virus de influenza que son endémicos en poblaciones humanas ("gripe humana"), aviar ("gripe aviar") y porcina ("gripe porcina"), incluidas muchas cepas de H3N2 (humana ), H1N1 (humano) y H5N1 (aviar). [1]
Afiliaciones
El proyecto está financiado por el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas (NIAID), que es un componente del NIH, que es una agencia del Departamento de Salud y Servicios Humanos de los Estados Unidos .
El IGSP se ha ampliado para incluir una lista cada vez mayor de colaboradores, que han contribuido tanto con su experiencia como con colecciones valiosas de aislados de influenza. Los primeros colaboradores clave fueron Peter Palese de la Escuela de Medicina Mount Sinai en Nueva York, Jill Taylor del Centro Wadsworth en el Departamento de Salud del Estado de Nueva York , Lance Jennings de Canterbury Health Laboratories (Nueva Zelanda), Jeff Taubenberger del Instituto de las Fuerzas Armadas de Patología (que luego se mudó a los NIH), Richard Slemons de la Universidad Estatal de Ohio y Rob Webster del Hospital de Niños St. Jude en Memphis, Tennessee.
En 2006 se unió al proyecto Ilaria Capua del Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie (en Italia), quien contribuyó con una valiosa colección de aislados de gripe aviar (incluidas múltiples cepas de H5N1 ). Algunos de estos aislamientos de aves se describieron en una publicación en Emerging Infectious Diseases en 2007. [2] Nancy Cox de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC) y Robert Couch de Baylor College of Medicine también se unieron al proyecto en 2006, contribuyendo con 150 aislamientos de influenza B.
El proyecto inició estudios prospectivos de la temporada de influenza 2007 con los colaboradores Florence Bourgeois y Kenneth Mandl del Children's Hospital Boston y la Escuela de Salud Pública de Harvard y Laurel Edelman de Surveillance Data Inc. [ cita requerida ]
Referencias
- ^ a b Ghedin E, Sengamalay NA, Shumway M, Zaborsky J, Feldblyum T, Subbu V, Spiro DJ, Sitz J, Koo H, Bolotov P, Dernovoy D, Tatusova T, Bao Y, St George K, Taylor J, Lipman DJ, Fraser CM, Taubenberger JK, Salzberg SL (octubre de 2005). "La secuenciación a gran escala de la influenza humana revela la naturaleza dinámica de la evolución del genoma viral" . Naturaleza . 437 (7062): 1162–6. Código bibliográfico : 2005Natur.437.1162G . doi : 10.1038 / nature04239 . PMID 16208317 . [ Más virus de la gripe alrededor de lo esperado, mutan de maneras inesperadas Resumen de Lay] Verifique el
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valor ( ayuda ) .(como PDF - ^ Salzberg SL, Kingsford C, Cattoli G, et al. (Mayo de 2007). "Análisis del genoma que vincula los virus recientes de la influenza europea y africana (H5N1)" . Infección emergente. Dis . 13 (5): 713–8. doi : 10.3201 / eid1305.070013 . PMC 2432181 . PMID 17553249 .
enlaces externos
- Página de inicio del Proyecto de secuenciación de la influenza en TIGR
- Página de inicio del Proyecto de secuenciación del genoma de la influenza en el NIAID
- Recurso sobre el virus de la influenza en NCBI (NIH)
- Fauci AS (enero de 2006). "Amenaza y preparación para una pandemia de influenza" . Infección emergente. Dis . 12 (1): 73–7. doi : 10.3201 / eid1201.050983 . PMC 3291399 . PMID 16494721 .
- Base de datos de investigación de influenza Base de datos de secuencias de influenza e información relacionada.