Las bases de datos de organismos modelo ( MOD ) son bases de datos biológicas , o bases de conocimiento, dedicadas a la provisión de datos biológicos en profundidad para organismos modelo estudiados intensamente . Los MOD permiten a los investigadores encontrar fácilmente información de antecedentes sobre grandes conjuntos de genes, planificar experimentos de manera eficiente, combinar sus datos con el conocimiento existente y construir hipótesis novedosas. [1] [2] Permiten a los usuarios analizar resultados e interpretar conjuntos de datos, y los datos que generan se utilizan cada vez más para describir especies menos estudiadas. [1] Siempre que sea posible, los MODs comparten enfoques comunes para recopilar y representar información biológica. Por ejemplo, todos los MOD utilizan la ontología genética (GO)[3] [4] para describir funciones, procesos y ubicaciones celulares de productos génicos específicos. También existen proyectos para permitir el uso compartido de software para la curación, visualización y consulta entre diferentes MOD. [5] Sin embargo, la diversidad organizativa y los diferentes requisitos de los usuarios significan que los MOD a menudo son necesarios para personalizar la captura, visualización y suministro de datos. [1]
Tipos de datos y servicios
Las bases de datos de organismos modelo generan, obtienen y recopilan información específica de especies de manera integradora combinando el conocimiento experto con la conservación de la literatura y la bioinformática.
Los servicios prestados a las comunidades de investigación biológica incluyen:
- Anotaciones de la secuencia del genoma
- Ubicación de genes y regiones reguladoras en el genoma.
- Curación funcional de productos genéticos
- Discernir las funciones que cumple el producto génico al observar una variedad de datos, incluidas las anotaciones de Ontología Genética (GO), los fenotipos, la expresión génica, la información de la vía.
- Anotaciones de secuencias de proteínas / ARN
- Información anatómica
- Centros de stock
- Ortología
Lista de bases de datos de organismos modelo
Nombre común | Nombre científico | Página de Wikipedia | Enlace de base de datos |
---|---|---|---|
levadura de panadería | Saccharomyces cerevisiae | Base de datos del genoma de Saccharomyces | SGD [6] |
Levadura de fisión | Schizosaccharomyces pombe | PomBase | PomBase [7] [8] [9] [10] |
Rana con garras | Xenopus | Xenbase | Xenbase [11] [12] |
Mosca de fruta | Drosophila melanogaster | FlyBase | FlyBase [13] |
Abejas, avispas, hormigas | Himenópteros | Base de datos del genoma de himenópteros | HGD [14] |
Ratón | Mus musculus | Informática del genoma del ratón | MGI [15] |
Nematodo | Caenorhabditis elegans | WormBase | WormBase [16] |
Rata | Rattus norvegicus | Base de datos del genoma de ratas | RGD [17] |
Ameba social | Dictyostelium discoideum | DictyBase | dictyBase [18] |
Thale berro | Arabidopsis thaliana | El recurso de información de Arabidopsis | TAIR [19] |
Maíz | Zea mays ssp. mays | - | MaizeGDB [20] [21] |
Haba de soja | Glicina de soja | SoyBase | SoyBase [22] |
Pez cebra | Danio rerio | Red de información del pez cebra | ZFIN [23] |
- | Candida albicans | - | CGD [24] |
- | Escherichia coli | EcoCyc | EcoCyc [25] |
Referencias
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