En genética y biología molecular , una quimera es una secuencia de ADN única que se origina a partir de múltiples transcripciones o secuencias parentales. Puede ocurrir en varios contextos. Las quimeras generalmente se consideran un contaminante, ya que una quimera puede interpretarse como una secuencia novedosa, mientras que en realidad es un artefacto . Sin embargo, la formación de quimeras artificiales también puede ser una herramienta útil en biología molecular. Por ejemplo, en la ingeniería de proteínas , la "quimeragénesis (que forma quimeras entre proteínas codificadas por ADNc homólogos )" [1] es una de las "dos técnicas principales utilizadas para manipular secuencias de ADNc". [1]
Descripción
Quimera de la transcripción
Una quimera puede ocurrir como una sola secuencia de ADNc que se origina a partir de dos transcripciones . Por lo general, se considera un contaminante en las bases de datos de transcripción y etiqueta de secuencia expresada (que da como resultado el apodo de EST quimera ). [2] Se estima que aproximadamente el 1% de todas las transcripciones en la base de datos Unigene del Centro Nacional de Información Biotecnológica contienen una "secuencia quimérica". [3]
Quimera de PCR
Una quimera también puede ser un artefacto de la amplificación por PCR . Ocurre cuando se aborta la extensión de un amplicón y el producto abortado funciona como cebador en el siguiente ciclo de PCR. El producto abortado se hibrida con la plantilla incorrecta y continúa extendiéndose, sintetizando así una única secuencia procedente de dos plantillas diferentes. [4]
Las quimeras de PCR son un tema importante a tener en cuenta durante la codificación de metabarras , donde se utilizan secuencias de ADN de muestras ambientales para determinar la biodiversidad. Una quimera es una secuencia novedosa que probablemente no coincidirá con ningún organismo conocido. Por lo tanto, podría interpretarse como una nueva especie que aumenta la diversidad.
Lectura quimérica
Una lectura quimérica es una secuencia de ADN digital (es decir, una cadena de letras en un archivo que se puede leer como una secuencia de ADN) que se origina a partir de una quimera real (es decir, una secuencia física de ADN en una muestra) o se produce debido a una lectura incorrecta de la muestra. Se sabe que esto último ocurre con la secuenciación de geles de electroforesis . [5]
Se han ideado algunos métodos para detectar quimeras, como:
Ejemplos de
- "La primera transcripción de ARNm aislada para ..." el gen humano C2orf3 "... era parte de una quimera artificial ..."
- Se pensaba que CYP2C17 era un gen humano, pero "... ahora se considera un artefacto basado en una quimera de CYP2C18 y CYP2C19". [11]
- Los investigadores han creado quimeras de receptores en sus estudios de la oncostatina M .
Ver también
Referencias
- ^ a b Lajtha, Abel; EA Reith, Maarten (2007). Manual de Neuroquímica y Neurobiología Molecular Membranas Neurales y Transporte . Boston, MA: Springer Science + Business Media, LLC. pag. 485. ISBN 978-0-387-30347-5.pag. 424
- ^ Unneberg, P; Claverie, JM; Hoheisel, Jörg (2007). Hoheisel, Jörg (ed.). "Mapeo tentativo de la interacción intercromosómica inducida por transcripción usando EST quimérico y datos de ARNm" . PLOS ONE . 2 (2): e254. Código Bibliográfico : 2007PLoSO ... 2..254U . doi : 10.1371 / journal.pone.0000254 . PMC 1804257 . PMID 17330142 .
- ^ Charlie Nelson. "Asamblea EST para la creación de objetivos de sonda de oligonucleótidos" (PDF) . Tecnologías Agilent . Consultado el 12 de mayo de 2009 .
- ^ a b Birren, Bruce W .; Caballero, Rob; Petrosino, Joseph F .; Consorcio, El Microbioma Humano; DeSantis, Todd Z .; Methé, Barbara; Sodergren, Erica; Highlander, Sarah K .; Tabbaa, Diana (1 de marzo de 2011). "Formación y detección de secuencia de ARNr 16S quimérico en amplicones de PCR de Sanger y 454-pirosecuenciados" . Investigación del genoma . 21 (3): 494–504. doi : 10.1101 / gr.112730.110 . ISSN 1549-5469 . PMC 3044863 . PMID 21212162 .
- ^ "Secuenciación de un genoma, parte VI: Las quimeras no son sólo animales de aspecto divertido | ScienceBlogs" . scienceblogs.com . Consultado el 10 de enero de 2019 .
- ^ Maidak, B. (1996). "El Proyecto de Base de Datos Ribosomal (RDP)" . Investigación de ácidos nucleicos . 24 (1): 82–85. doi : 10.1093 / nar / 24.1.82 . PMC 145599 . PMID 8594608 .
- ^ "Secuencias de comprobación de quimeras con QIIME - Página de inicio" . qiime.org . Consultado el 10 de enero de 2019 .
- ^ "Algoritmo UCHIME" . drive5.com . Consultado el 10 de enero de 2019 .
- ^ "Función removeBimeraDenovo | Documentación R" . www.rdocumentation.org . Consultado el 10 de enero de 2019 .
- ^ Hugenholtz, Philip; Faulkner, Geoffrey; Huber, Thomas (22 de septiembre de 2004). "Bellerophon: un programa para detectar secuencias quiméricas en múltiples alineamientos de secuencia" . Bioinformática . 20 (14): 2317–2319. doi : 10.1093 / bioinformatics / bth226 . ISSN 1367-4803 . PMID 15073015 .
- ^ "Entrez Gene: CYP2C18 citocromo P450, familia 2, subfamilia C, polipéptido 18" . Centro Nacional de Información Biotecnológica . Consultado el 12 de mayo de 2009 .