Comparación de software de simulación de ácidos nucleicos

Esta es una lista de programas informáticos notables que se utilizan para simulaciones de ácidos nucleicos .

• Min - Optimización
• MD - Dinámica molecular
• MC - Montecarlo
• REM: método de intercambio de réplicas
• Crt - Coordenadas cartesianas
• Int - Coordenadas internas
• Exp - Agua explícita
• Imp - Agua implícita
• Interacciones ligando - ligando
• GPU: hardware acelerado

Nombre	Ver 3D	Construcción del modelo	Min	Maryland	MC	movimiento rápido del ojo	CRT	En t	Exp	Diablillo	Lig	GPU	Comentarios	Licencia	Sitio web
Abulón	sí	sí	sí	sí	sí	sí	sí	No	sí	sí	sí	sí	ADN , proteínas , ligandos	Libre	Molécula ágil
ÁMBAR [1]	No	sí	sí	sí	No	sí	sí	No	sí	sí	sí	Sí [2]	Campo de fuerza AMBER	Propiedad	ambermd.org
Diseñador Ascalaph	sí	sí	sí	sí	No	No	sí	No	sí	sí	sí	No	ÁMBAR	Gratis, GPL	biomolecular-modeling.com
CHARMM	No	sí	sí	sí	sí	No	sí	No	sí	sí	sí	No	Campo de fuerza CHARMM	Propiedad	charmm.org
CP2K	No	No	sí	sí	sí	sí	sí	No	sí	No	No	sí		Gratis, GPL	cp2k.org
Pronosticador (equipado) [3]	sí	No	sí	No	No	No	sí	No	sí	No	sí	No	Acoplamiento de moléculas pequeñas a ácidos nucleicos con colocación de agua	Gratis para la academia, propietario	Pronosticador molecular
ICM [4]	sí	sí	sí	No	sí	No	No	sí	No	sí	No	No	Optimización global	Propiedad	Molsoft
JUMNA [5]	No	sí	sí	No	No	No	No	sí	No	sí	No	No		Propiedad
MDynaMix [6]	sí	sí	No	sí	No	No	sí	No	sí	No	sí	No	MD común	Gratis, GPL	Universidad de Estocolmo
Entorno operativo molecular (MOE)	sí	sí	sí	sí	No	No	sí	No	sí	No	sí	No		Propiedad	Grupo de Computación Química
Constructor de ácidos nucleicos (NAB) [7]	No	sí	No	No	No	No	No	No	No	No	No	No	Genera modelos de ADN, ARN inusuales	Gratis, GPL	Universidad de Nueva Jersey
Dinámica molecular de NAnoscale ( NAMD )	sí	No	sí	sí	No	No	sí	No	sí	No	sí	sí	MD paralelo rápido, CUDA	Libre	Universidad de Illinois
oxDNA [8]	sí	sí	sí	sí	sí	sí	sí	No	No	sí	No	sí	Modelos de grano grueso de ADN, ARN	Gratis, GPL	dna.physics.ox.ac.uk USUARIO DE LÁMPARAS-CGDNA
QRNAS [9]	No	No	sí	No	No	No	sí	No	No	sí	No	No	Refinamiento de alta resolución de modelos de ARN , ADN e híbridos utilizando campo de fuerza AMBER .	Gratis, GPL	Genesilico Github
SimRNA [10]	sí	sí	No	No	sí	sí	sí	sí	No	sí	No	No	Modelado de grano grueso de ARN	Gratis para académicos, patentado	Genesilico
SimRNAweb [11]	sí	sí	No	No	sí	sí	sí	sí	No	sí	No	No	Modelado de grano grueso de ARN	Libre	Genesilico
YASARA	sí	sí	sí	sí	No	No	sí	No	sí	No	sí	No	Simulaciones interactivas	Propiedad	www.YASARA.org

Ver también

• Predicción de la estructura del ácido nucleico
• Modelado molecular
• Modelado molecular en GPU
• Gráficos moleculares
• Mecánica molecular
• Dinámica molecular
• Software de diseño molecular
• Editor de moléculas
• Programas informáticos de química cuántica
• Lista de sistemas de gráficos moleculares
• Lista de software de predicción de la estructura de proteínas
• Lista de software de alineación de secuencias
• Lista de software de predicción de genes
• Lista de software de predicción de estructura de ARN
• Comparación de software para modelado de mecánica molecular
• Lista de software para el modelado molecular de Monte Carlo
• Lista de software para el modelado de nanoestructuras
• Campo de fuerza
• Comparación de implementaciones de campos de fuerza

Referencias

1. Cornell WD; Cieplak P .; Bayly CI; Gould IR; Merz KM, Jr .; Ferguson DM; Spellmeyer DC; Fox T .; Caldwell JW; Kollman PA (1995). "Un campo de fuerza de segunda generación para la simulación de proteínas, ácidos nucleicos y moléculas orgánicas". Mermelada. Chem. Soc . 117 (19): 5179–5197. CiteSeerX  10.1.1.323.4450 . doi : 10.1021 / ja00124a002 .
2. http://ambermd.org/GPUSupport.php
3. Wei, Wanlei; Luo, Jiaying; Waldispühl, Jérôme; Moitessier, Nicolas (24 de junio de 2019). "Predicción de posiciones de moléculas de agua puente en complejos de ácido nucleico-ligando". Revista de información química y modelado . 59 (6): 2941–2951. doi : 10.1021 / acs.jcim.9b00163 . ISSN 1549-960X . PMID 30998377 .  
4. Abagyan RA, Totrov MM y Kuznetsov DA (1994). "Icm: un nuevo método para el modelado y diseño de proteínas: aplicaciones para el acoplamiento y la predicción de la estructura de la deformación nativa deformada". J. Comput. Chem . 15 (5): 488–506. doi : 10.1002 / jcc.540150503 .
5. Lavery, R., Zakrzewska, K. y Sklenar, H. (1995). "JUMNA: minimización de la unión de ácidos nucleicos". Computación. Phys. Comun . 91 (1-3): 135-158. Código bibliográfico : 1995CoPhC..91..135L . doi : 10.1016 / 0010-4655 (95) 00046-I .
6. APLyubartsev, A. Laaksonen (2000). "MDynaMix - Un paquete de simulación MD paralelo portátil escalable para mezclas moleculares arbitrarias". Comunicaciones de Física Informática . 128 (3): 565–589. Código Bibliográfico : 2000CoPhC.128..565L . doi : 10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9 .
7. Macke T. y Case DA (1998). "Modelado de estructuras de ácidos nucleicos inusuales". Modelado molecular de ácidos nucleicos : 379–393.
8. Petr Šulc; Flavio Romano; Thomas E. Ouldridge; Lorenzo Rovigatti; Jonathan PK Doye; Ard A. Louis (2012). "Termodinámica dependiente de la secuencia de un modelo de ADN de grano grueso". J. Chem. Phys . 137 (13): 135101. arXiv : 1207.3391 . Código Bibliográfico : 2012JChPh.137m5101S . doi : 10.1063 / 1.4754132 . PMID 23039613 . 
9. Stasiewicz, Juliusz; Mukherjee, Sunandan; Nithin, Chandran; Bujnicki, Janusz M. (21 de marzo de 2019). "QRNAS: herramienta de software para el refinamiento de estructuras de ácidos nucleicos" . Biología Estructural BMC . 19 (1): 5. doi : 10.1186 / s12900-019-0103-1 . ISSN 1472-6807 . PMC 6429776 . PMID 30898165 .   
10. Boniecki, Michal J .; Lach, Grzegorz; Dawson, Wayne K .; Tomala, Konrad; Lukasz, Pawel; Soltysinski, Tomasz; Rother, Kristian M .; Bujnicki, Janusz M. (19 de diciembre de 2015). "SimRNA: un método de grano grueso para simulaciones de plegado de ARN y predicción de estructura 3D" . Investigación de ácidos nucleicos . 44 (7): e63. doi : 10.1093 / nar / gkv1479 . ISSN 0305-1048 . PMC 4838351 . PMID 26687716 .   
11. Magnus, Marcin; Boniecki, Michał J .; Dawson, Wayne; Bujnicki, Janusz M. (19 de abril de 2016). "SimRNAweb: un servidor web para el modelado de estructuras 3D de ARN con restricciones opcionales" . Investigación de ácidos nucleicos . 44 (W1): W315 – W319. doi : 10.1093 / nar / gkw279 . ISSN 0305-1048 . PMC 4987879 . PMID 27095203 .   

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