La base de datos epidemiológicos genómicos para la identificación global de microorganismos o identificador microbiano global [1] es una plataforma para almacenar datos de secuenciación del genoma completo de microorganismos , para la identificación de genes relevantes y para la comparación de genomas para detectar y rastrear y rastrear enfermedades infecciosas brotes y patógenos emergentes . [2] La base de datos contiene dos tipos de información: 1) información genómica de microorganismos , vinculada a, 2) metadatos de esos microorganismos, como datos epidemiológicosdetalles. La base de datos incluye todos los géneros de microorganismos: bacterias , virus , parásitos y hongos .
Para el genotipado de microorganismos con fines de diagnóstico médico u otros fines, los científicos pueden utilizar una amplia variedad de técnicas de perfilado de ADN , como la reacción en cadena de la polimerasa , la electroforesis en gel de campo pulsado o la tipificación de secuencias multilocus . Una complicación de esta amplia variedad de técnicas es la dificultad de estandarizar entre técnicas, laboratorios y microorganismos, que puede superarse utilizando el código de ADN completo del genoma generado por la secuenciación del genoma completo. [3]Para una identificación diagnóstica sencilla, toda la información de secuenciación del genoma de una muestra microbiológica se introduce en una base de datos genómica global y se compara mediante procedimientos BLAST con los genomas ya presentes en la base de datos. [4] Además, los datos de secuenciación del genoma completo se pueden utilizar para realizar cálculos retroactivos con los diferentes métodos de genotipado previos a la secuenciación del genoma completo, de modo que no se pierda la valiosa información recopilada previamente. [5] [6] Para el identificador microbiano global, la información genómica se acopla a un amplio espectro de metadatos sobre el clon microbiano específico e incluye información clínica y epidemiológica importante, como los lugares de hallazgo global, las opciones de tratamiento yresistencia a los antimicrobianos , por lo que es una herramienta de identificación microbiológica general. Esto hace posible el tratamiento personalizado de enfermedades microbianas, así como sistemas de rastreo en tiempo real para la vigilancia global de enfermedades infecciosas para la seguridad alimentaria y al servicio de la salud humana .
La iniciativa para construir la base de datos surgió en 2011 y cuando se cumplieron varias condiciones previas: 1) la secuenciación del genoma completo se convirtió en una alternativa madura y seria para otras técnicas de genotipado, [7] [8] 2) el precio de la secuenciación del genoma completo comenzó a caer drásticamente y en algunos casos por debajo del precio de las identificaciones tradicionales, 3) se han puesto a disposición grandes cantidades de recursos de TI y una Internet rápida , y 4) existe la idea de que a través de un enfoque intersectorial y de Una sola salud , las enfermedades infecciosas pueden controlarse mejor. [9] [10]