Gracilicutes ( latín : gracilis , esbelto y cutis , piel, refiriéndose a la pared celular) es un clado en la filogenia bacteriana . [2]
Gracilicutes | |
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Células de Escherichia coli aumentadas 25.000 veces | |
clasificación cientifica | |
Dominio: | |
(no clasificado): | Gracilicutes Gibbons y Murray 1978 [1] |
Superphyla / Phyla | |
Proteobacteria |
Tradicionalmente, los resultados de la tinción de Gram se usaban más comúnmente como herramienta de clasificación, por lo que hasta el advenimiento de la filogenia molecular , el Reino Monera (como se conocían entonces los dominios Bacteria y Archaea ) se dividió en cuatro filos , [3] [4]
- Gracilicutes ( gramnegativo , se divide en muchos grupos, pero algunos autores aún lo usan en un sentido más estricto)
- Firmacutes [sic] ( grampositivo , posteriormente corregido a Firmicutes, [5] hoy excluye las Actinobacterias )
- Mollicutes (variable gramo, posteriormente renombrada como Tenericutes , por ejemplo, Mycoplasma )
- Mendosicutes (tinción de Gram desigual, "bacterias metanogénicas" ahora conocidas como metanógenos y clasificadas como Archaea )
Este sistema de clasificación fue abandonado en favor del sistema de tres dominios basado en la filogenia molecular iniciado por C. Woese. [6] [7]
Este taxón fue revivido en 2006 por Cavalier-Smith como un infrakindgom que contiene los phyla Spirochaetae , Sphingobacteria (FCB), Planctobacteria (PVC) y Proteobacteria . [8] Es un clado gramnegativo que se ramificó de otras bacterias justo antes de la pérdida evolutiva de la membrana externa o cápsula , y justo después de la evolución de los flagelos . [8] Este taxón no se acepta generalmente y se sigue el sistema de tres dominios. [9]
Un taxón casi idéntico llamado Hydrobacteria se definió en 2009 utilizando métodos bioinfomáticos. Está en contraste con el otro grupo importante de eubacterias llamado Terrabacteria . El análisis también alteró la filogenia interna de este grupo, colocando PVC-FCB-Spirochaetae formando un clado junto a Proteobacteria. Lo que era PVC se describe como polifilético . [10] Sin embargo, en los otros análisis filogenéticos posteriores, el grupo de PVC se recuperó como monofilético.
Relaciones
El árbol filogenético según los análisis filogenéticos de Battistuzzi (2009) es el siguiente y con una calibración de reloj molecular . [10]
Análisis filogenéticos recientes han encontrado que las proteobacterias son un filo parafilético que podría abarcar varios phyla candidatos recientemente descubiertos y otros phyla como Acidobacteria , Chrysiogenetes , Deferribacteres y posiblemente Aquificae . Esto sugiere que Gracilicutes o Hydrobacteria como clado pueden comprender varios candidatos más estrechamente relacionados con Proteobacteria, Spirochaetes, grupo PVC y grupo FCB que con bacterias del clado Terrabacteria. Algunos de estos filos se clasificaron como parte de las proteobacterias. Por ejemplo, Cavalier-Smith en su propuesta de los 6 reinos incluyó Acidobacteria , Aquificae , Chrysiogenetes y Deferribacteres como parte de las proteobacterias. [11]
Los análisis filogenéticos han encontrado aproximadamente la siguiente filogenia entre el phyla principal y algunos phyla más estrechamente relacionados. [12] [13] [14] [15]
Gracilicutes |
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Según el análisis filogenético de Hug (2016), las relaciones podrían ser las siguientes. [dieciséis]
Según el análisis filogenético de Zhu (2019), las relaciones podrían ser las siguientes: [15]
El siguiente gráfico muestra la versión de Cavalier-Smith del árbol de la vida, indicando el estado de Gracilicutes. Sin embargo, este árbol no está respaldado por ningún análisis molecular, por lo que no debe considerarse filogenético.
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Referencias
- ^ Gibbons, NE y Murray, RGE 1978. Propuestas sobre los taxones superiores de bacterias. Int J Syst Bacteriol 28: 1–6, (PDF)
- ^ Boussau, Bastien; et al. (2008). "Árbol filogenético obtenido a partir de 56 genes de bacterias" . Biología Evolutiva BMC . 8 : 272. doi : 10.1186 / 1471-2148-8-272 . PMC 2584045 . PMID 18834516 .
Tener en cuenta las transferencias horizontales de genes explica hipótesis contradictorias sobre la posición de los aquificales en la filogenia de las bacterias.
- ^ Gibbons, NE; Murray, RGE (1978). "Propuestas relativas a los taxones superiores de bacterias" (PDF) . Revista Internacional de Bacteriología Sistemática . 28 : 1–6. doi : 10.1099 / 00207713-28-1-1 .
- ^ Krieg, NR y Holt, JC (eds., 1984). Manual de Bergey de bacteriología sistemática , 1ª ed., Vol. 1, Williams y Wilkins, Baltimore, [1] .
- ^ Murray, RGE (1984). ¿Los taxones superiores, o un lugar para todo ...?. En: NR Krieg y JG Holt (ed.) Bergey Manual of Systematic Bacteriology , vol. 1, The Williams & Wilkins Co., Baltimore, pág. 31-34
- ^ Woese, CR (1987). "Evolución bacteriana" . Revisiones microbiológicas . 51 (2): 221-271. doi : 10.1128 / MMBR.51.2.221-271.1987 . PMC 373105 . PMID 2439888 .
- ^ Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley (26 de julio de 2005) [1984 (Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ed.). Ensayos introductorios . Manual de Bergey de bacteriología sistemática. 2A (2ª ed.). Nueva York: Springer. pag. 304. ISBN 978-0-387-24143-2. Biblioteca Británica no. GBA561951.
- ^ a b Cavalier-Smith T (2006). "Enraizamiento del árbol de la vida mediante análisis de transición" . Biol. Directo . 1 : 19. doi : 10.1186 / 1745-6150-1-19 . PMC 1586193 . PMID 16834776 .
- ^ Krieg, NR; Ludwig, W .; Whitman, WB; Hedlund, BP; Paster, BJ; Staley, JT; Ward, N .; Brown, D .; Parte, A. (24 de noviembre de 2010) [1984 (Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ed.). Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae y Planctomycetes . Manual de Bergey de bacteriología sistemática. 4 (2ª ed.). Nueva York: Springer. pag. 908. ISBN 978-0-387-95042-6. Biblioteca Británica no. GBA561951.
- ^ a b Battistuzzi, FU; Hedges, SB (6 de noviembre de 2008). "Un gran clado de procariotas con antiguas adaptaciones a la vida en la tierra" . Biología Molecular y Evolución . 26 (2): 335–343. doi : 10.1093 / molbev / msn247 . PMID 18988685 .
- ^ Cavalier-Smith 2006. Los 10 filos del reino Bacteria Biology Direct 2006 1:19 doi: 10.1186 / 1745-6150-1-19
- ^ Karthik Anantharaman y col. 2016, miles de genomas microbianos arrojan luz sobre procesos biogeoquímicos interconectados en un sistema acuífero Nature Communications DOI: 10.1038 / ncomms13219
- ^ Gareth A. Coleman, Adrián A. Davín, Tara Mahendrarajah, Anja Spang, Philip Hugenholtz, Gergely J. Szöllősi, Tom A. Williams. (2020). Una filogenia arraigada resuelve la evolución bacteriana temprana . Biorxiv.
- ^ Christian Rinke et al 2013. Información sobre la filogenia y el potencial de codificación de la materia oscura microbiana. Nature Volumen: 499, Páginas: 431–437 doi: 10.1038 / nature12352
- ^ a b Zhu, Q., Mai, U., Pfeiffer, W. et al. (2019) « La filogenómica de 10.575 genomas revela la proximidad evolutiva entre los dominios Bacteria y Archaea ». Nature Communications , 10 : 5477
- ^ Abrazo, LA et al. 2016, Una nueva visión del árbol de la vida . Nature Microbiology, 1, 16048.