El Human Proteome Folding Project ( HPF ) es un esfuerzo de colaboración entre la Universidad de Nueva York ( Bonneau Lab), el Instituto de Biología de Sistemas (ISB) y la Universidad de Washington ( Baker Lab), utilizando el software Rosetta desarrollado por Rosetta Commons.
HPF Phase 1 aplicó el software Rosetta v4.2x en el genoma humano y otros 89, a partir de noviembre de 2004. La fase 1 finalizó en julio de 2006. HPF Phase 2 (HPF2) aplica el software Rosetta v4.8x en una resolución más alta, "refinamiento total del átomo "modo, concentrándose en biomarcadores del cáncer (proteínas que se encuentran en niveles dramáticamente aumentados en los tejidos cancerosos), proteínas secretadas por humanos y malaria .
Fase 1 corrió en dos computación distribuida rejillas: por United Devices ' grid.org , y en la World Community Grid , un IBM iniciativa filantrópica. La fase 2 del proyecto se ejecutó exclusivamente en World Community Grid; terminó en 2013 después de más de 9 años de participación de IBM. [1]
El Instituto de Biología de Sistemas utilizará los resultados de los cálculos dentro de sus mayores esfuerzos de investigación.
![](http://wikiimg.tojsiabtv.com/wikipedia/commons/thumb/3/3b/Screensaver_HUMAN_PROTEOME_FOLDING_Phase2.png/250px-Screensaver_HUMAN_PROTEOME_FOLDING_Phase2.png)
Publicaciones
Malmström, Lars; Riffle, Michael; Strauss, Charlie EM; Chivian, Dylan; Davis, Trisha N .; Baker, David; Baker, D (2007), "Asignaciones de superfamilias para el proteoma de levadura mediante la integración de la predicción de estructuras con la ontología genética" , PLoS Biology , 5 (4): e76, doi : 10.1371 / journal.pbio.0050076 , PMC 1828141 , PMID 17373854
Ver también
Referencias
- ^ Publicación de World Community Grid - Actualización de HPF2, junio de 2013 , consultado el 14 de julio de 2015