MacroModel es un programa informático para el modelado molecular de compuestos orgánicos y biopolímeros . Cuenta con varios campos de fuerza química , además de algoritmos de minimización de energía, para predecir la geometría y las energías conformacionales relativas de las moléculas . [1] MacroModel es mantenido por Schrödinger, LLC .
Desarrollador (es) | Schrödinger, LLC |
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Versión inicial | 1990 |
Lanzamiento estable | 2021-1 |
Sistema operativo | Linux , Windows , macOS |
Plataforma | x64 , GPGPU |
Disponible en | inglés |
Tipo | Quimica computacional |
Licencia | Patentada , software comercial |
Sitio web | www |
Realiza simulaciones en el marco de la mecánica clásica , también denominada mecánica molecular , y puede realizar simulaciones de dinámica molecular para modelar sistemas a temperaturas finitas utilizando dinámica estocástica y algoritmos de Monte Carlo mixtos . MacroModel es compatible con Windows , Linux , macOS , Silicon Graphics (SGI) IRIX e IBM AIX .
El paquete de software Macromodel se describió por primera vez en la literatura científica en 1990, [2] y posteriormente fue adquirido por Schrödinger, Inc. en 2000. [3]
Caracteristicas clave
- Modelo de solvatación implícita ( solvatación continua), modelo de Born generalizado aumentado con el término de área superficial accesible (SA) de solvente hidrófobo (GBSA) [4] [5]
- Campos de fuerza : MM2, MM3, AMBER , Campo de fuerza molecular de Merck (MMFF), OPLS
- Dinámica molecular
- Perturbación de energía libre
Historial de versiones conocido
- 2013: versión 10.0
- 2012: versión 9.9.2
- 2011: versión 9.9.1
- 2010: versión 9.8
- 2009: versión 9.7
- 2008: versión 9.6
- 2007: versión 9.5
- 2006: versión 9.1
- 2005: versión 9.0
- 2004: versión 8.5
- 2003: versión 8.1
Ver también
- Comparación de software de simulación de ácidos nucleicos
- Comparación de implementaciones de campos de fuerza
- Lista de software para el modelado de mecánica molecular
- Lista de software para el modelado molecular de Monte Carlo
- Lista de software de predicción de la estructura de proteínas
- Software de diseño molecular
- Modelado molecular
- Editor de moléculas
- Abulón (mecánica molecular)
- Diseñador Ascalaph
- CHARMM
- GROMACS
- MDynaMix
- NAMD
- Tinker (software)
Referencias
- ^ Mohamadi F, Richard NG, Guida WC, Liskamp R, Lipton M, Caufield C, Chang G, Hendrickson T, Still WC (mayo de 1990). "MacroModel - un sistema de software integrado para modelar moléculas orgánicas y bioorgánicas utilizando mecánica molecular". J. Comput. Chem . 11 (4): 440–467. doi : 10.1002 / jcc.540110405 .
- ^ Mohamadi, Fariborz; Richards, Nigel GJ; Guida, Wayne C .; Liskamp, Rob; Lipton, Mark; Caufield, Craig; Chang, George; Hendrickson, Thomas; Aún así, W. Clark (1 de mayo de 1990). "Macromodel: un sistema de software integrado para modelar moléculas orgánicas y bioorgánicas utilizando mecánica molecular". Revista de Química Computacional . 11 (4): 440–467. doi : 10.1002 / jcc.540110405 . ISSN 1096-987X .
- ^ "Descripción general | Schrödinger" . www.schrodinger.com . Consultado el 30 de noviembre de 2017 .
- ^ Todavía WC, Tempczyk A, Hawley RC, Hendrickson T (1990). "Tratamiento semianalítico de solvatación para mecánica y dinámica molecular". J Am Chem Soc . 112 (16): 6127–6129. doi : 10.1021 / ja00172a038 .
- ^ Guimarães CR, Cardozo M (mayo de 2008). "MM-GB / SA reajuste de poses de acoplamiento en optimización de prospectos basada en estructura". Modelo J Chem Inf . 48 (5): 958–70. doi : 10.1021 / ci800004w . PMID 18422307 .
enlaces externos
- Página web oficial