Esta es una tabla de programas informáticos notables que implementan campos de fuerza de la mecánica molecular .
Programa | OPLS | ÁMBAR | CHARMM | GARFIO | MMFF | QVBMM | UFF | Comentarios |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Abulón | UA | 94, 96, 99SB, 03, GS, ii, generador automático de FF [1] | No | No | No | No | UFF- Dreiding -like campo | Para proteínas , ADN , ligandos |
ÁMBAR | sí | sí | Mediante herramienta de cámara desde v11 | sí | No | No | No | |
Diseñador Ascalaph | UA | 94, 99SB, 03 | No | No | No | No | No | |
Avogadro | No | No | No | sí | 94, 94s | No | sí | |
Globo | No | No | No | No | 94 | No | No | Tipo MMFF94 |
JEFE | sí | No | No | No | No | No | No | |
CHARMM | Sí* | Sí* | Sí* | A través de CHARMM-GUI [2] | MMFF94 completo, pero se rumorea que el código no se ha mantenido | No | No | * en distribución estándar |
Gabedit | No | sí | No | sí | sí | No | No | |
Utilidad mm gaussiana | No | sí | No | No | No | No | sí | Dreiding campo disponible |
GROMACS | sí | Sí* | Sí* | sí | No | No | No | * en distribución estándar desde v4.5.0 |
MOE | Automóvil club británico | 89, 94, 99, también con la teoría extendida de Hückel | 22, 27 | No | 94 (s) | No | No | |
NAMD | sí | sí | sí | sí | No | No | No | |
Q | sí | sí | sí | No | No | No | No | Para biopolímeros |
Gitano | UA, AA, AA / L | 94, 96, 98, 99 | 19, 27 | No | 94 | No | No | Para proteínas , moléculas orgánicas |
Towhee | UA, AA | 86 | 19, 22, 27 | No | 94 | No | sí | Monte Carlo |
Yasara | No | 94, 96, 99, 03 | No | No | No | No | No | Además de campos personalizados para refinamiento de contrataciones |