PEAKS es un programa de software de proteómica para espectrometría de masas en tándem diseñado para secuenciación de péptidos , identificación y cuantificación de proteínas .
Desarrollador (es) | Soluciones bioinformáticas Inc |
---|---|
Lanzamiento estable | PEAKS 8.5 / 12 de octubre de 2017 |
Sistema operativo | Ventanas |
Tipo | Identificación de proteínas de espectrometría de masas, secuenciación de novo, búsqueda y cuantificación de bases de datos |
Licencia | Software comercial patentado |
Sitio web | http://www.bioinfor.com/ |
Descripción
PEAKS se usa comúnmente para la identificación de péptidos (ID de proteína) a través de la búsqueda de bases de datos de motores de búsqueda asistida por secuenciación de péptidos de novo . [1] PEAKS también ha integrado PTM y la caracterización de mutaciones a través de la búsqueda automática basada en etiquetas de secuencia de péptidos (SPIDER) [2] y la identificación de PTM. [3]
PEAKS proporciona una secuencia completa para cada péptido, puntuaciones de confianza en las asignaciones de aminoácidos individuales, informes simples para análisis de alto rendimiento, entre otra información.
El software tiene la capacidad de comparar los resultados de varios motores de búsqueda. PEAKS inChorus comprobará automáticamente los resultados de las pruebas con otros motores de búsqueda de identificación de proteínas, como Sequest, OMSSA, X! Tandem y Mascot. Este enfoque protege contra asignaciones de péptidos falsos positivos.
PEAKS Q es un complemento de herramienta para la cuantificación de proteínas, apoyando etiqueta ( ICAT , iTRAQ , SILAC , TMT , 018 , etc.) y etiqueta libre técnicas.
SPIDER es una herramienta de búsqueda basada en etiquetas de secuencia dentro de PEAKS, que se ocupa de las posibles superposiciones entre los errores de secuenciación de novo y las mutaciones de homología. Reconstruye la secuencia del péptido real mediante la combinación de la etiqueta de secuencia de novo y el homólogo, de forma automática y eficiente. [2]
Una colección de algoritmos utilizados dentro del software PEAKS se ha adaptado y configurado en un proyecto especializado, PEAKS AB, que ha demostrado ser el primer método para la secuenciación automática de anticuerpos monoclonales. [4]
Notas
- ^ Zhang, J .; Xin, L .; Shan, B .; Chen, W .; Xie, M .; Yuen, D .; Zhang, W .; Zhang, Z .; Lajoie, G .; Ma, B. (2011). "PEAKS DB: búsqueda de base de datos asistida por secuenciación De Novo para identificación de péptidos sensible y precisa" . Proteómica molecular y celular . 11 (4): M111.010587. doi : 10.1074 / mcp.M111.010587 . PMC 3322562 . PMID 22186715 .
- ^ a b Ma B, Johnson. Secuenciación de Novo y búsqueda de homología en Proteómica Molecular y Celular. 10.1074 / mcp.O111.014902 (2011).
- ^ Han, X .; Él, L .; Xin, L .; Shan, B .; Ma, B. (2011). "PEAKS PTM: identificación basada en espectrometría de masas de péptidos con modificaciones no especificadas". Revista de investigación del proteoma . 10 (7): 2930-2936. doi : 10.1021 / pr200153k . PMID 21609001 .
- ^ Tran, Ngoc Hieu; Rahman, M. Ziaur; Él, Lin; Xin, Lei; Shan, Baozhen; Li, Ming (26 de agosto de 2016). "Ensamblaje completo de Novo de secuencias de anticuerpos monoclonales" . Informes científicos . 6 : 31730. doi : 10.1038 / srep31730 . ISSN 2045-2322 . PMC 4999880 . PMID 27562653 .