Análisis del valor de phi

Análisis Phi valor , análisis , o análisis-valor es un experimental ingeniería de proteínas técnica para el estudio de la estructura del plegado del estado de transición de pequeños dominios de proteína que se pliegan en una forma de dos estados. La estructura del estado de transición de plegamiento es difícil de encontrar usando métodos como la RMN de proteínas o la cristalografía de rayos X porque los estados de transición de plegamiento son móviles y parcialmente desestructurados por definición. El análisis en valor, la cinética de plegamiento y la estabilidad de plegado conformacional de la proteína de tipo salvaje se comparan con las de ${\ Displaystyle \ phi}$ ${\ Displaystyle \ phi}$ ${\ Displaystyle \ phi}$ mutantes puntuales para encontrar valores phi . Estos miden la contribución energética del residuo mutante al estado de transición de plegado, que revela el grado de estructura nativa alrededor del residuo mutado en el estado de transición, al tener en cuenta las energías libres relativas del estado desplegado, el estado plegado y el estado de transición para las proteínas de tipo salvaje y mutantes.

Los residuos de la proteína se mutan uno por uno para identificar grupos de residuos que están bien ordenados en el estado de transición plegado. Las interacciones de estos residuos se pueden comprobar mediante un ${\ Displaystyle \ phi}$ análisis de ciclo de doble mutante , en el que los efectos de los mutantes de un solo sitio se comparan con los de los mutantes dobles. La mayoría de las mutaciones son conservadoras y reemplazan el residuo original con uno más pequeño ( mutaciones que crean cavidades ) como la alanina , aunque también se pueden usar mutantes de tirosina -a- fenilalanina , isoleucina -to- valina y treonina -to- serina . Inhibidor de quimotripsina , dominios SH3, los dominios individuales de las proteínas L y G, ubiquitina y barnasa se han estudiado mediante análisis. ${\ Displaystyle \ phi}$

${\ Displaystyle \ Delta G_ {W} ^ {TS \ rightarrow D}}$ es la diferencia de energía entre la transición de la proteína de tipo salvaje y el estado desnaturalizado, es la misma diferencia de energía pero para la proteína mutante, y los bits son las diferencias de energía entre el estado nativo y desnaturalizado. El valor phi se interpreta como cuánto desestabiliza la mutación el estado de transición frente al estado plegado. ${\ Displaystyle \ Delta G_ {M} ^ {TS \ rightarrow D}}$ ${\ Displaystyle \ Delta G ^ {N \ rightarrow D}}$

Aunque puede haber estado destinado a variar de cero a uno, pueden aparecer valores negativos. ^[2] Un valor de cero sugiere que la mutación no afecta la estructura del estado de transición que limita la velocidad de la vía de plegado, y un valor de uno sugiere que la mutación desestabiliza el estado de transición tanto como el estado plegado; los valores cercanos a cero sugieren que el área alrededor de la mutación está relativamente desplegada o desestructurada en el estado de transición, y los valores cercanos a uno sugieren que la estructura local del estado de transición cerca del sitio de la mutación es similar a la del estado nativo. Las sustituciones conservadoras en la superficie de la proteína a menudo dan valores de phi cercanos a uno. Cuando está bien entre cero y uno, es menos informativo ya que no nos dice cuál es el caso: ${\ Displaystyle \ phi}$ ${\ Displaystyle \ phi}$

Diagramas de energía para = 0 (izquierda) o 1 (derecha). D es la energía del estado desnaturalizado, daga, la del estado de transición, y N, la del estado nativo.

{\ Displaystyle \ phi}