De Wikipedia, la enciclopedia libre
Saltar a navegación Saltar a búsqueda
El escarabajo de cuernos largos , Leptura quadrifasciata , es un ejemplo de un insecto visitante de flores encontrado en un estudio que mostró que el ADN ambiental (eDNA) de los artrópodos se deposita en las flores silvestres después de las interacciones  [1]
Parte de una serie sobre
Código de barras de ADN
DNA Barcoding.png
 
Código de barras de ADN • Metabarcoding
 
Por taxones
Otro

El ADN ambiental o eDNA es ADN que se recolecta de una variedad de muestras ambientales como suelo , agua de mar , nieve o incluso aire [2] en lugar de tomarse muestras directamente de un organismo individual. A medida que varios organismos interactúan con el medio ambiente, el ADN se expulsa y se acumula en su entorno de diversas fuentes. [3] Las fuentes de ejemplo de eDNA incluyen, pero no se limitan a, heces , moco , gametos , muda de piel, cadáveres y cabello . [3] [4]Estas muestras pueden analizarse mediante métodos de secuenciación de ADN de alto rendimiento , conocidos como metagenómica , metabarcoding y detección de una sola especie, [5] para un seguimiento y medición rápidos de la biodiversidad . Para diferenciar mejor entre organismos dentro de una muestra, se utiliza la codificación de metabarras de ADN en la que se analiza la muestra y se utilizan bibliotecas de ADN previamente estudiadas, como BLAST , para determinar qué organismos están presentes. [6]

eDNA metabarcoding es un método novedoso para evaluar la biodiversidad en el que se toman muestras del medio ambiente a través del agua, sedimento o aire del cual se extrae el ADN, y luego se amplifican usando cebadores generales o universales en la reacción en cadena de la polimerasa y se secuencian usando secuenciación de próxima generación para generar miles a millones de lecturas. A partir de estos datos, se puede determinar la presencia de especies y evaluar la biodiversidad general. Es un método interdisciplinario que combina la ecología tradicional basada en el campo con métodos moleculares en profundidad y herramientas computacionales avanzadas. [7]

El análisis de eDNA tiene un gran potencial, no solo para monitorear especies comunes, sino para detectar e identificar genéticamente otras especies existentes que podrían influir en los esfuerzos de conservación. [8] Este método permite el biomonitoreo sin requerir la recolección del organismo vivo, creando la capacidad de estudiar organismos que son invasores, elusivos o en peligro sin introducir estrés antropogénico en el organismo. El acceso a esta información genética hace una contribución fundamental a la comprensión del tamaño de la población, la distribución de las especies y la dinámica de la población de especies que no están bien documentadas. Es importante destacar que el eDNA suele ser más rentable en comparación con los métodos de muestreo tradicionales. [9] La integridad de las muestras de eDNA depende de su conservación en el medio ambiente.

El suelo, el permafrost , el agua dulce y el agua de mar son macroambientes bien estudiados de los que se han extraído muestras de eDNA, cada uno de los cuales incluye muchos más subambientes condicionados . [10] Debido a su versatilidad, el eDNA se aplica en muchos subambientes , como muestreo de agua dulce, muestreo de agua de mar, muestreo de suelo terrestre (tundra permafrost), muestreo de suelo acuático (río, lago, estanque y sedimento oceánico), [11] u otros entornos donde los procedimientos normales de muestreo pueden resultar problemáticos. [10]

Resumen [ editar ]

El ADN ambiental o eDNA describe el material genético presente en muestras ambientales como sedimentos, agua y aire, incluidas células completas, ADN extracelular y organismos potencialmente completos. [12] [13] El eDNA puede capturarse de muestras ambientales y conservarse, extraerse, amplificarse, secuenciarse y clasificarse en función de su secuencia. [14] A partir de esta información, es posible la detección y clasificación de especies. El eDNA puede provenir de piel, mucosas, saliva, esperma, secreciones, huevos, heces, orina, sangre, raíces, hojas, frutos, polen y cuerpos en descomposición de organismos más grandes, mientras que los microorganismos pueden obtenerse en su totalidad. [15] [16] [13]La producción de eDNA depende de la biomasa, la edad y la actividad alimentaria del organismo, así como de la fisiología, el ciclo de vida y el uso del espacio. [3] [17] [13] [18] [19] [7]

Seguimiento de la biodiversidad y los ecosistemas mundiales
con metabarcoding de ADN ambiental  [7]

A pesar de ser un método de levantamiento relativamente nuevo, el eDNA ya ha demostrado tener un enorme potencial en el monitoreo biológico. Los métodos convencionales para estudiar la riqueza y la abundancia están limitados por la identificación taxonómica, pueden causar perturbaciones o destrucción del hábitat y pueden depender de métodos en los que es difícil detectar especies pequeñas o esquivas, lo que imposibilita las estimaciones para comunidades enteras. El eDNA puede complementar estos métodos al apuntar a diferentes especies, muestrear una mayor diversidad y aumentar la resolución taxonómica . [20] Además, el eDNA es capaz de detectar especies raras, [21] [17]pero no para determinar información sobre la calidad de la población, como la proporción de sexos y las condiciones corporales, por lo que es ideal para complementar los estudios tradicionales. [18] [20] Independientemente, tiene aplicaciones útiles en la detección de las primeras apariciones de especies invasoras, la presencia continua de especies nativas que se cree que están extintas o amenazadas, y otras especies esquivas que ocurren en densidades bajas que serían difíciles de detectar por medios tradicionales. [7]

La degradación del eDNA en el medio ambiente limita el alcance de los estudios de eDNA, ya que a menudo solo quedan pequeños segmentos de material genético, particularmente en las regiones tropicales cálidas. Además, los diferentes períodos de tiempo hasta la degradación basados ​​en las condiciones ambientales y el potencial del ADN para viajar a través de medios como el agua pueden afectar la inferencia de tendencias espacio-temporales a escala fina de especies y comunidades. [17] [22] [15] [23] [18] [20] [19] A pesar de estos inconvenientes, el eDNA todavía tiene el potencial de determinar la abundancia relativa o de rango, ya que algunos estudios han encontrado que se corresponde con la biomasa, aunque la variación inherente a las muestras ambientales hace que sea difícil de cuantificar. [16] [13]Si bien el eDNA tiene numerosas aplicaciones en conservación, monitoreo y evaluación de ecosistemas, así como otras aún por describir, las concentraciones altamente variables de eDNA y la heterogeneidad potencial a través del cuerpo de agua hacen que sea esencial que el procedimiento se optimice, idealmente con un estudio piloto. para cada nueva aplicación para asegurar que el diseño de muestreo sea apropiado para detectar el objetivo. [24] [18] [20] [7]

ADN de la comunidad [ editar ]

Si bien la definición de eDNA parece sencilla, las líneas entre las diferentes formas de ADN se vuelven borrosas, particularmente en comparación con el ADN comunitario , que se describe como muestras de organismos a granel. [20] Surge una pregunta con respecto a los microorganismos completos capturados en muestras de eDNA: ¿estos organismos alteran la clasificación de la muestra a una muestra de ADN de la comunidad? Además, la clasificación del material genético de las heces es problemática y, a menudo, se denomina eDNA. [20] La diferenciación entre los dos es importante ya que el ADN de la comunidad indica la presencia de un organismo en un momento y lugar en particular, mientras que el eDNA puede provenir de una ubicación diferente, de heces de depredadores o de una presencia pasada; sin embargo, esta diferenciación a menudo es imposible. [25][20] Sin embargo, el eDNA puede clasificarse libremente en el sentido de que incluye muchos sectores de la investigación de la biodiversidad del ADN, incluido el análisis fecal y las muestras a granel cuando son aplicables a la investigación de la biodiversidad y al análisis de ecosistemas. [7]

metabarcoding de eDNA [ editar ]

Aplicaciones de la metabarcoding de ADN ambiental en ecosistemas acuáticos y terrestres  [7]
Más información: Metabarcoding

Para 2019, los métodos de investigación de eDNA se habían ampliado para poder evaluar comunidades enteras a partir de una sola muestra. Este proceso implica la codificación de metabarras , que se puede definir con precisión como el uso de cebadores de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) generales o universales en muestras mixtas de ADN de cualquier origen seguido de secuenciación de próxima generación (NGS) de alto rendimiento para determinar la composición de especies muestra. Este método ha sido común en microbiología durante años, pero apenas está encontrando su base en la evaluación de macroorganismos. [26] [22] [25] [20]Las aplicaciones de la metabarcoding de eDNA en todo el ecosistema tienen el potencial no solo para describir comunidades y biodiversidad, sino también para detectar interacciones y ecología funcional en grandes escalas espaciales, aunque puede estar limitada por lecturas falsas debido a contaminación u otros errores. [26] [16] [27] [25] [19] En conjunto, la codificación de metabarras de eDNA aumenta la velocidad, la precisión y la identificación en comparación con los códigos de barras tradicionales y reduce el costo, pero debe estandarizarse y unificarse, integrando taxonomía y métodos moleculares para un estudio ecológico completo . [22] [28] [29] [30] [19] [7]

La metabarcoding de eDNA tiene aplicaciones para el monitoreo de la diversidad en todos los hábitats y grupos taxonómicos, la reconstrucción de ecosistemas antiguos, las interacciones planta-polinizador , el análisis de la dieta, la detección de especies invasoras, las respuestas a la contaminación y el monitoreo de la calidad del aire. La codificación de metabarras de eDNA es un método único que aún se encuentra en desarrollo y probablemente permanecerá en proceso de cambio durante algún tiempo a medida que los avances tecnológicos y los procedimientos se estandaricen. Sin embargo, a medida que se optimiza la codificación de metabarras y se generaliza su uso, es probable que se convierta en una herramienta esencial para el seguimiento ecológico y el estudio de la conservación global. [7]

ADN extracelular y reliquia [ editar ]

Dinámica del ADN de las reliquias  [31]

El ADN extracelular, a veces llamado ADN reliquia, es ADN de microbios muertos. El ADN extracelular desnudo (eDNA), la mayor parte liberado por la muerte celular, es casi omnipresente en el medio ambiente. Su concentración en el suelo puede ser tan alta como 2 μg / L, y su concentración en ambientes acuáticos naturales puede ser tan alta como 88 μg / L. [32] Se han propuesto varias funciones posibles para el eDNA: puede estar involucrado en la transferencia horizontal de genes ; [33] puede proporcionar nutrientes; [34] y puede actuar como un amortiguador para reclutar o valorar iones o antibióticos. [35] El ADN extracelular actúa como un componente funcional de la matriz extracelular en las biopelículas.de varias especies bacterianas. Puede actuar como un factor de reconocimiento para regular la unión y dispersión de tipos celulares específicos en la biopelícula; [36] puede contribuir a la formación de biopelículas; [37] y puede contribuir a la fuerza física y resistencia de la biopelícula al estrés biológico. [38]

Bajo el nombre de ADN ambiental, el eDNA se ha visto cada vez más utilizado en las ciencias naturales como una herramienta de estudio para la ecología , monitoreando los movimientos y la presencia de especies en el agua, el aire o en la tierra, y evaluando la biodiversidad de un área. [39] [40]

En el diagrama de la derecha, la cantidad de ADN reliquia en un entorno microbiano está determinada por las entradas asociadas con la mortalidad de individuos viables con ADN intacto y por las pérdidas asociadas con la degradación del ADN reliquia. Si la diversidad de secuencias contenidas en el grupo de ADN de reliquia es lo suficientemente diferente de la del grupo de ADN intacto, entonces el ADN de reliquia puede sesgar las estimaciones de la biodiversidad microbiana (como lo indican los recuadros de diferentes colores) cuando se toman muestras del ADN total (intacto + reliquia) piscina. [31] Se han propuesto datos estandarizados sobre iniciativas (STARDIT) como una forma de estandarizar tanto los datos sobre los métodos de muestreo y análisis como las relaciones taxonómicas y ontológicas. [41]

ARN ambiental [ editar ]

Ver también: ARN presentes en muestras ambientales

Colección [ editar ]

Extracción continua de sedimentos acuáticos subglaciales
La plataforma cilíndrica puede atravesar el pozo de acceso y penetrar el sedimento. Los cables de plomo se unen entre el cabrestante de superficie y la plataforma submarina y el descorazonador suspendido por cable puede penetrar repetidamente en el mismo pozo de sedimentos guiado por los cables de plomo. [42]

Sedimentos terrestres [ editar ]

La importancia del análisis de eDNA surgió del reconocimiento de las limitaciones que presentan los estudios basados ​​en la cultura . [8] Los organismos se han adaptado para prosperar en las condiciones específicas de sus entornos naturales. Aunque los científicos trabajan para imitar estos entornos, muchos organismos microbianos no pueden eliminarse y cultivarse en un laboratorio. [10] La primera versión de este análisis comenzó con ARN ribosómico ( ARNr ) en microbios para comprender mejor los microbios que viven en entornos hostiles. [43] La composición genética de algunos microbios solo es accesible a través del análisis de eDNA. Las técnicas analíticas de eDNA se aplicaron por primera vez a sedimentos terrestres.produciendo ADN de mamíferos, pájaros, insectos y plantas extintos y existentes. [44] Las muestras extraídas de estos sedimentos terrestres se denominan comúnmente "ADN sedimentario antiguo" ( ADN de seda o ADN de suciedad ). [45] El análisis de eDNA también se puede utilizar para estudiar las comunidades forestales actuales, desde aves y mamíferos hasta hongos y gusanos. [10] Se pueden obtener muestras de suelo, heces, 'mordida de ADN' de donde se han mordido las hojas, plantas y hojas donde han estado los animales, y de la sangre de mosquitos capturados que pueden haber comido sangre de cualquier animal de la zona. . [46] Algunos métodos también pueden intentar capturar células con trampas de pelo y papel de lija en áreas comúnmente atravesadas por especies objetivo.

Sedimentos acuáticos [ editar ]

El sedaDNA se utilizó posteriormente para estudiar la diversidad de animales antiguos y se verificó utilizando registros fósiles conocidos en sedimentos acuáticos. [10] Los sedimentos acuáticos están privados de oxígeno y, por lo tanto, protegen el ADN de la degradación. [10] Aparte de los estudios antiguos, este enfoque se puede utilizar para comprender la diversidad animal actual con una sensibilidad relativamente alta. Si bien las muestras de agua típicas pueden degradar el ADN con relativa rapidez, las muestras de sedimentos acuáticos pueden tener ADN útil dos meses después de la presencia de la especie. [47] Un problema con los sedimentos acuáticos es que se desconoce dónde depositó el organismo el eDNA, ya que podría haberse movido en la columna de agua.

Acuático (columna de agua) [ editar ]

El estudio de eDNA en la columna de agua puede indicar la composición comunitaria de una masa de agua. Antes de eDNA, la principal forma de estudiar la diversidad de aguas abiertas era utilizar la pesca y la captura, lo que requiere recursos como financiación y mano de obra calificada, mientras que eDNA solo necesita muestras de agua. [11] Este método es eficaz ya que el pH del agua no afecta al ADN tanto como se pensaba anteriormente, y la sensibilidad se puede incrementar con relativa facilidad. [11] [48] ​​La sensibilidad es la probabilidad de que el marcador de ADN esté presente en el agua muestreada y se puede aumentar simplemente tomando más muestras, teniendo muestras más grandes y aumentando la PCR . [48]El eDNA se degrada relativamente rápido en la columna de agua, lo cual es muy beneficioso en estudios de conservación a corto plazo, como identificar qué especies están presentes. [10]

Investigadores del Experimental Lakes Area en Ontario, Canadá y la Universidad McGill han descubierto que la distribución del eDNA refleja la estratificación de los lagos . [49] A medida que cambian las estaciones y la temperatura del agua, la densidad del agua también cambia de manera que forma capas distintas en pequeños lagos boreales en verano e invierno. Estas capas se mezclan durante la primavera y el otoño. [50] El uso del hábitat de los peces se correlaciona con la estratificación (por ejemplo, un pez de agua fría como la trucha de lago permanecerá en agua fría) y también la distribución de eDNA, como encontraron estos investigadores. [49]

Esquema de un buque de perforación que recupera un núcleo de sedimento para el análisis de sedaADN y la composición hipotética de la comunidad marina pasada. Esquema no a escala. [51]
Esquema de diferentes enfoques metodológicos en genómica marina moderna y antigua. (a) La codificación metabar es la amplificación y el análisis de fragmentos de ADN de igual tamaño de un extracto de ADN total. (b) La metagenómica es la extracción, amplificación y análisis de todos los fragmentos de ADN independientemente del tamaño. (c) Target-capture describe el enriquecimiento y análisis de fragmentos de ADN específicos (elegidos) independientemente del tamaño de un extracto de ADN total. [51]

En el diagrama de arriba a la izquierda, la línea punteada rosa indica el uso de un trazador químico para rastrear la contaminación durante la extracción de núcleos. La línea discontinua blanca representa el núcleo del sedimento. Los círculos amarillos pequeños indican intervalos teóricos de muestreo de ADN seda, correspondientes a los gráficos circulares de la derecha. Los gráficos circulares representan paleocomunidades hipotéticas detectables a partir del análisis de escopeta de sedaDNA, donde la mayoría (~ 75%) de las secuencias de sedaDNA recuperadas se originan en bacterias, y donde el sedaDNA de taxones fosilizantes / formadores de quistes aumenta en relación con los no fosilizantes / no quísticos taxones formadores con profundidad bajo el suelo (asumiendo que el ADN sedante de los taxones fosilizantes / formadores de quistes se conserva mejor que el de los taxones no fosilizantes / no formadores de quistes). El tamaño decreciente de los gráficos circulares con la profundidad del subsuelo indica una disminución esperada en sedaDNA.[51]

Monitoreo de especies [ editar ]

El eDNA se puede utilizar para monitorear especies durante todo el año y puede ser muy útil en el monitoreo de la conservación. [17] [52] [53] El análisis de eDNA ha logrado identificar muchos taxones diferentes de plantas acuáticas, [54] mamíferos acuáticos, [21] [17] peces, [26] [53] mejillones, [52] hongos [ 55] [56] e incluso parásitos. [57] [43] El eDNA se ha utilizado para estudiar especies mientras se minimiza cualquier interacción humana que induzca estrés, lo que permite a los investigadores monitorear la presencia de especies a escalas espaciales más grandes de manera más eficiente. [58] [59]El uso más frecuente en la investigación actual es el uso de eDNA para estudiar la ubicación de especies en riesgo, especies invasoras y especies clave en todos los entornos. [58] El eDNA es especialmente útil para estudiar especies con poblaciones pequeñas porque el eDNA es lo suficientemente sensible como para confirmar la presencia de una especie con relativamente poco esfuerzo para recopilar datos, lo que a menudo se puede hacer con una muestra de suelo o de agua. [8] [58] El eDNA se basa en la eficiencia de la secuenciación y el análisis genómico, así como en los métodos de encuesta utilizados, que continúan siendo más eficientes y más baratos. [60] Algunos estudios han demostrado que el eDNA muestreado de la corriente y el entorno costero decayó a un nivel indetectable en unas 48 horas. [61] [62]

El ADN ambiental se puede aplicar como una herramienta para detectar organismos de baja abundancia tanto en forma activa como pasiva. Los estudios de eDNA activos se dirigen a especies individuales o grupos de taxones para su detección mediante el uso de PCR cuantitativa en tiempo real altamente sensible para especies específicas [63] o marcadores de PCR de gotitas digitales . [64] La metodología CRISPR-Cas también se ha aplicado a la detección de una sola especie a partir de eDNA; [65] utilizando la enzima Cas12a y permitiendo una mayor especificidad al detectar taxones simpátricos. Las encuestas de eDNA pasivas emplean una secuenciación de ADN masivamente paralela para amplificar todas las moléculas de eDNA en una muestra sin un objetivo a priori en mente, proporcionando evidencia de ADN general de la composición de la comunidad biótica. [66]

Declive de los artrópodos terrestres [ editar ]

Diferenciación de comunidades de artrópodos por especies vegetales.
Gráfico bipartito para el gen COI . La figura muestra de qué plantas se obtiene cada familia de artrópodos. Nombres de plantas: Angeli ( Angelica archangelica ), Centau ( Centaurea jacea ), Daucus ( Daucus carota ), Echium ( Echium vulgare ), Eupato ( Eupatorium cannabinum ), Solida ( Solidago canadensis ), Tanace ( Tanacetum vulgare ). [1]
          Muestras de transectos recolectadas con una distancia de 10 m entre cada

Los artrópodos terrestres están experimentando una disminución masiva en Europa y en todo el mundo, [67] [68] [69] [70] aunque solo se ha evaluado una fracción de las especies y la mayoría de los insectos aún no están descritos en la ciencia. [71] Como ejemplo, los ecosistemas de pastizales albergan diversos grupos taxonómicos y funcionales de artrópodos terrestres , como polinizadores , insectos fitófagos y depredadores, que utilizan néctar y polen como fuente de alimento, y tejido de tallos y hojas para su alimentación y desarrollo. Estas comunidades albergan especies en peligro de extinción , ya que muchos hábitatshan desaparecido o se encuentran bajo una amenaza significativa. [72] [73] Por lo tanto, se están realizando grandes esfuerzos para restaurar los ecosistemas de pastizales europeos y conservar la biodiversidad . [74] Por ejemplo, los polinizadores como las abejas y las mariposas representan un grupo ecológico importante que ha sufrido un grave declive en Europa, lo que indica una pérdida dramática de la biodiversidad de los pastizales. [75] [76] [77] [78] La gran mayoría de las plantas con flores son polinizadas por insectos y otros animales tanto en las regiones templadas como en los trópicos. [79]La mayoría de las especies de insectos son herbívoros que se alimentan de diferentes partes de las plantas, y la mayoría de ellos son especialistas que dependen de una o unas pocas especies de plantas como principal recurso alimenticio. [80] Sin embargo, dada la brecha en el conocimiento sobre las especies de insectos existentes, y el hecho de que la mayoría de las especies aún no están descritas, está claro que para la mayoría de las especies de plantas en el mundo, existe un conocimiento limitado sobre las comunidades de artrópodos que albergan y interactuar con. [1]

Las comunidades de artrópodos terrestres se han recolectado y estudiado tradicionalmente utilizando métodos, como las trampas Malaise y las trampas de caída , que son métodos muy efectivos pero algo engorrosos y potencialmente invasivos. En algunos casos, estas técnicas no logran realizar estudios eficientes y estandarizados, debido, por ejemplo, a la plasticidad fenotípica , las especies estrechamente relacionadas y las dificultades para identificar los estadios juveniles. Además, la identificación morfológica depende directamente de la experiencia taxonómica , que está en declive. [81] [82] [83]Todas estas limitaciones del monitoreo tradicional de la biodiversidad han creado una demanda de enfoques alternativos. Mientras tanto, el avance en las tecnologías de secuenciación de ADN proporciona continuamente nuevos medios para obtener datos biológicos. [84] [85] [86] [87] Por lo tanto, recientemente se han sugerido varios enfoques moleculares nuevos para obtener datos rápidos y eficientes sobre las comunidades de artrópodos y sus interacciones a través de técnicas genéticas no invasivas. Esto incluye la extracción de ADN de fuentes como muestras a granel o sopas de insectos, [88] [89] [90] [91] minas de hojas vacías, [92] telas de araña, [93] fluido de plantas de jarra, [94]muestras ambientales como suelo y agua (ADN ambiental [eDNA]), [95] [96] [97] [98] identificación de plantas hospedadoras y dieta depredadora a partir de extractos de ADN de insectos, [99] [100] y excrementos de depredadores de murciélagos. [101] [102] Recientemente, también se ha utilizado el ADN del polen adherido a los insectos para recuperar información sobre las interacciones planta-polinizador . [103] [104] Muchos de estos estudios recientes se basan en la codificación de metabarras de ADN: secuenciación de alto rendimiento de amplicones de PCR utilizando cebadores genéricos. [105] [106] [1]

Mamíferos [ editar ]

Huellas de un lince canadiense en la nieve.

Huellas de nieve [ editar ]

Los investigadores de vida silvestre en áreas nevadas también usan muestras de nieve para recopilar y extraer información genética sobre especies de interés. Se ha utilizado ADN de muestras de huellas de nieve para confirmar la presencia de especies raras y escurridizas como osos polares, zorros árticos, linces, glotones y pescadores. [107] [108] [109] [110]

ADN del aire [ editar ]

En 2021, los investigadores demostraron que el eDNA se puede recolectar del aire y usar para identificar mamíferos. [111] [112]

Gestión de la pesca [ editar ]

La sobrepesca de la pesquería de bacalao del norte de Canadá provocó un colapso catastrófico  [113]
En este ejemplo, un pez deja el eDNA en un rastro mientras se mueve por el agua, pero el rastro se disipa lentamente con el tiempo.

La ordenación exitosa de la pesca comercial se basa en encuestas estandarizadas para estimar la cantidad y distribución de las poblaciones de peces . El bacalao del Atlántico (Gadus morhua) es un ejemplo icónico que demuestra cómo los datos mal limitados y la toma de decisiones mal informadas pueden resultar en una disminución catastrófica de las poblaciones y los consiguientes problemas económicos y sociales. [114] Las evaluaciones tradicionales de poblaciones de especies de peces demersales se han basado principalmente en prospecciones de arrastre , que han proporcionado un valioso flujo de información a los responsables de la toma de decisiones. [115] Sin embargo, hay algunos inconvenientes notables de las prospecciones de arrastre demersal, incluido el costo,[116] selectividad / capturabilidad de los artes, [117] destrucción del hábitat [118] y cobertura restringida (por ejemplo, ambientes de fondo de sustrato duro, áreas marinas protegidas). [119]

El ADN ambiental (eDNA) ha surgido como una alternativa potencialmente poderosa para estudiar la dinámica de los ecosistemas. La constante pérdida y desprendimiento de material genético de macroorganismos imparte una huella molecular en las muestras ambientales que pueden analizarse para determinar la presencia de especies objetivo específicas  [120] [121] o caracterizar la biodiversidad. [122] [123] La combinación de secuenciación de próxima generación y muestreo de eDNA se ha aplicado con éxito en sistemas acuáticos para documentar patrones espaciales y temporales en la diversidad de la fauna de peces. [124] [125] [126] [127]Para desarrollar aún más la utilidad del eDNA para la gestión de la pesca, comprender la capacidad de las cantidades de eDNA para reflejar la biomasa de peces en el océano es un paso importante a seguir. [119]

En sistemas experimentales se han demostrado relaciones positivas entre las cantidades de eDNA y la biomasa y abundancia de peces . [128] [129] [130] Sin embargo, se prevé que las variaciones conocidas entre la producción de eDNA  [131] [132] y las tasas de degradación  [133] [134] [135] [136] compliquen estas relaciones en los sistemas naturales. Además, en los sistemas oceánicos, es probable que los grandes volúmenes de hábitat y las fuertes corrientes provoquen la dispersión física de los fragmentos de ADN lejos de los organismos objetivo. [137] Anteriormente se había considerado que estos factores de confusión restringían la aplicación del monitoreo cuantitativo del eDNA en entornos oceánicos. [138][119]

A pesar de estas limitaciones potenciales, numerosos estudios en entornos marinos han encontrado relaciones positivas entre las cantidades de eDNA y los esfuerzos complementarios de prospección que incluyen marcado por radio, [139] prospecciones visuales, [127] [140] eco-sondas  [141] y prospecciones de arrastre. [126] [142] Sin embargo, los estudios que cuantifican las concentraciones de eDNA objetivo de especies de peces comerciales con estudios de arrastre estandarizados en ambientes marinos son mucho más escasos. [142] En este contexto, comparaciones directas de las concentraciones de eDNA con métricas de evaluación de biomasa y stock, como la captura por unidad de esfuerzo(CPUE), son necesarios para comprender la aplicabilidad del monitoreo de eDNA para contribuir a los esfuerzos de ordenación pesquera. [119]

Sedimentos de aguas profundas [ editar ]

Red OTU (unidad taxonómica operativa) de las reservas de ADN extracelular de los sedimentos de los diferentes márgenes continentales. [143]

El ADN extracelular de los sedimentos superficiales de las profundidades marinas es, con mucho, el mayor depósito de ADN de los océanos del mundo. [144] Las principales fuentes de ADN extracelular en dichos ecosistemas están representadas por la liberación in situ de ADN de organismos bentónicos muertos y / u otros procesos, incluida la lisis celular debida a infección viral, exudación celular y excreción de células viables, descomposición de virus y alóctonos. insumos de la columna de agua. [144] [145] [146] [147] Estudios anteriores proporcionaron evidencia de que una fracción importante de ADN extracelular puede escapar de los procesos de degradación y permanecer preservada en los sedimentos. [148] [149]Este ADN representa, potencialmente, un depósito genético que registra los procesos biológicos que ocurren a lo largo del tiempo. [150] [151] [143]

Investigaciones recientes revelaron que el ADN conservado en sedimentos marinos se caracteriza por un gran número de secuencias de genes muy diversas. [150] [151] [152] [153] [154] En particular, el ADN extracelular se ha utilizado para reconstruir la diversidad procariota y eucariota del pasado en ecosistemas bentónicos caracterizados por bajas temperaturas y / o condiciones permanentemente anóxicas. [154] [155] [156] [157] [158] [143]

El diagrama de la derecha muestra la red OTU ( unidad taxonómica operativa ) de las reservas de ADN extracelular de los sedimentos de los diferentes márgenes continentales. El tamaño de los puntos dentro de la red es proporcional a la abundancia de secuencias para cada OTU. Los puntos encerrados en un círculo en rojo representan las OTU centrales extracelulares, los puntos encerrados en un círculo en amarillo son OTU parcialmente compartidas (entre dos o más grupos), los puntos encerrados en un círculo en negro son las OTU exclusivas de cada grupo. Se muestran las OTU centrales que contribuyen al menos a 20 secuencias. Los números entre paréntesis representan el número de conexiones entre las OTU y las muestras: 1 para las OTU exclusivas, 2–3 para las OTU parcialmente compartidas y 4 para las OTU centrales. [143]

Estudios anteriores sugirieron que la preservación del ADN también podría verse favorecida en sistemas bentónicos caracterizados por altos aportes de materia orgánica y tasas de sedimentación, como los márgenes continentales, [159] [160] . Estos sistemas, que representan ca. El 15% del lecho marino global también son puntos críticos de diversidad procariota bentónica, [161] [162] [163] y, por lo tanto, podrían representar sitios óptimos para investigar la diversidad procariota conservada dentro del ADN extracelular. [143]

La distribución espacial de la diversidad procariota se ha estudiado intensamente en los ecosistemas bénticos de aguas profundas  [164] [165] [166] [167] mediante el análisis del "ADN ambiental" (es decir, el material genético obtenido directamente de muestras ambientales sin signos obvios de material de origen biológico). [168] Sin embargo, se desconoce hasta qué punto las secuencias de genes contenidas en el ADN extracelular pueden alterar las estimaciones de la diversidad de los conjuntos procarióticos actuales. [169] [143]

ADN sedimentario antiguo [ editar ]

Ver también: ADN antiguo

Los análisis de ADN antiguo conservado en varios archivos han transformado la comprensión de la evolución de especies y ecosistemas. Mientras que los estudios anteriores se han concentrado en el ADN extraído de muestras taxonómicamente restringidas (como huesos o tejido congelado), los avances en la secuenciación de alto rendimiento y la bioinformática ahora permiten el análisis de ADN antiguo extraído de archivos sedimentarios, [170] llamado sedaADN. La acumulación y preservación de sedaDNA enterrado en sedimentos terrestres y lacustres ha sido objeto de una investigación e interpretación activas. [171] Sin embargo, estudiar la deposición de ADN en el fondo del océano y su conservación en sedimentos marinos es más complejo porque el ADN tiene que viajar a través de una columna de agua.durante varios kilómetros. [172] . A diferencia del entorno terrestre, con el transporte generalizado de biomasa subfósil desde la tierra, la mayor parte del ADN sedante marino se deriva de la comunidad planctónica , que está dominada por microbios marinos y protistas marinos . [173] Después de la muerte del plancton de superficie, su ADN está sujeto a un transporte a través de la columna de agua, durante el cual se sabe que gran parte de la materia orgánica asociada se consume y respira . [174] Este transporte podría tardar entre 3 y 12 días, según el tamaño y la morfología de la prueba. [175]Sin embargo, no está claro cómo exactamente el eDNA planctónico, definido como el ADN total presente en el medio ambiente después, [176] sobrevive a este transporte, si la degradación o el transporte están asociados con la clasificación o la advección lateral y, finalmente, si el eDNA que llega a el fondo marino se conserva en sedimentos marinos sin más distorsión de su composición. [177]

A pesar de la larga exposición a la degradación en condiciones óxicas durante el transporte en la columna de agua, y una concentración sustancialmente menor de materia orgánica en el fondo marino, hay evidencia de que el eDNA planctónico se conserva en sedimentos marinos y contiene señales ecológicas explotables. [178] Estudios anteriores han demostrado la preservación del ADN de sedación en sedimentos marinos depositados bajo anoxia con cantidades inusualmente altas de materia orgánica preservada, [179] , pero investigaciones posteriores indican que el ADN de sedación también se puede extraer de sedimentos marinos normales, dominados por fracciones minerales clásticas o biogénicas. . [180] [181] [182]Además, la baja temperatura del agua de aguas profundas (0–4 ° C) asegura una buena conservación del ADN sedante. [176] [178] Utilizando foraminíferos planctónicos como una "piedra de Rosetta", lo que permite la evaluación comparativa de las firmas de ADN de sedación mediante pruebas de fósiles coexistentes de estos organismos, Morard et al. demostró en 2017 que la huella dactilar del eDNA de plancton que llega al fondo marino conserva la firma ecológica de estos organismos a gran escala geográfica. [179]Esto indica que el eDNA de la comunidad planctónica se deposita en el lecho marino debajo, junto con agregados, esqueletos y otro material planctónico que se hunde. Si esto es cierto, el sedaADN debería poder registrar firmas de la hidrografía oceánica superficial, afectando la composición de las comunidades de plancton, con la misma resolución espacial que los restos esqueléticos del plancton. Además, si el eDNA de plancton llega al fondo marino en asociación con agregados o conchas, es posible que resista el transporte a través de la columna de agua por fijación sobre superficies minerales. Se ha propuesto el mismo mecanismo para explicar la preservación de sedaADN en sedimentos, [180] [181] [182] lo que implica que el flujo de eDNA planctónico encapsulado enLa prueba de calcita que llega al lecho marino está condicionada para su conservación en el momento del entierro. [177]

SedaDNA de foraminíferos planctónicos es un proxy ideal tanto “horizontalmente” para evaluar la resolución espacial de la reconstrucción de características hidrográficas oceánicas superficiales pasadas como “verticalmente”, para rastrear sin ambigüedades el enterramiento de su señal a lo largo de la columna de sedimento. De hecho, el flujo de eDNA de foraminíferos planctónicos debería ser proporcional al flujo de conchas de foraminíferos muertos que se hunden en el lecho marino, lo que permite una evaluación comparativa independiente de la señal de eDNA. El eDNA es una herramienta poderosa para estudiar el ecosistema porque no requiere conocimiento taxonómico directo, lo que permite recopilar información sobre cada organismo presente en una muestra, incluso a nivel críptico . Sin embargo, la asignación de las secuencias de eDNA a organismos conocidos se realiza mediante la comparación con secuencias de referencia (o códigos de barras) disponibles en repositorios públicos o bases de datos seleccionadas. [183] La taxonomía de los foraminíferos planctónicos se comprende bien  [1] </ref> y existen códigos de barras que permiten un mapeo casi completo de los amplicones de eDNA en la taxonomía basada en la morfología de la prueba de los foraminíferos. [184] [185] Es importante destacar que la composición de las comunidades de foraminíferos planctónicos está estrechamente relacionada con la hidrografía de la superficie y esta señal se conserva mediante pruebas fósiles depositadas en el lecho marino. [186] [187] Dado que se puede recuperar el eDNA de foraminíferos acumulado en el sedimento oceánico, podría utilizarse para analizar los cambios en las comunidades planctónicas y bentónicas a lo largo del tiempo. [188] [189] [190] [191] [177]

Investigación participativa y ciencia ciudadana [ editar ]

La relativa simplicidad del muestreo de ADN electrónico se presta a proyectos que buscan involucrar a las comunidades locales en ser parte de proyectos de investigación, incluida la recolección y análisis de muestras de ADN. Esto puede empoderar a las comunidades locales (incluidos los pueblos indígenas) para que participen activamente en el seguimiento de las especies en un entorno y ayudar a tomar decisiones informadas como parte del modelo de investigación-acción participativa. Un ejemplo de un proyecto de este tipo ha sido demostrado por la organización benéfica Science for All con el proyecto 'Wild DNA'. [192]

Ver también [ editar ]

  • Circulando ADN libre
  • ARN extracelular
  • ADN exógeno

Referencias [ editar ]

  1. ↑ a b c d Thomsen, Philip Francis; Sigsgaard, Eva E. (2019). "La metabarcoding de ADN ambiental de flores silvestres revela diversas comunidades de artrópodos terrestres". Ecología y Evolución . 9 (4): 1665–1679. doi : 10.1002 / ece3.4809 . PMID  30847063 . S2CID  71143282 . El material se copió de esta fuente, que está disponible bajo una licencia internacional Creative Commons Attribution 4.0 .
  2. ^ Ficetola, Gentile Francesco; Miaud, Claude; Pompanon, François; Taberlet, Pierre (2008). "Detección de especies mediante ADN ambiental de muestras de agua" . Cartas de biología . 4 (4): 423–425. doi : 10.1098 / rsbl.2008.0118 . ISSN 1744-9561 . PMC 2610135 . PMID 18400683 .   
  3. ↑ a b c Stewart, Kathryn A. (1 de abril de 2019). "Comprensión de los efectos de los factores bióticos y abióticos sobre las fuentes de ADN ambiental acuático" . Biodiversidad y Conservación . 28 (5): 983–1001. doi : 10.1007 / s10531-019-01709-8 . ISSN 1572-9710 . 
  4. ^ "¿Qué es eDNA?" . Fideicomiso de Hábitats de Agua Dulce .
  5. ^ Thomsen, Philip Francis; Willerslev, Eske (2015). ADN ambiental: una herramienta emergente en conservación para monitorear la biodiversidad pasada y presente . ISBN 9781118169483. OCLC  937913966 .
  6. ^ Fahner, Nicole (2016). "Monitoreo a gran escala de plantas mediante metabarcoding de ADN ambiental del suelo: recuperación, resolución y anotación de cuatro marcadores de ADN" . PLOS ONE . 11 (6): 1–16. doi : 10.1371 / journal.pone.0157505 . ISSN 1932-6203 . PMC 4911152 . PMID 27310720 : a través del directorio de revistas de acceso abierto.   
  7. ^ a b c d e f g h i Ruppert, Krista M .; Kline, Richard J .; Rahman, Md Saydur (2019). "Perspectivas pasadas, presentes y futuras de la metabarcoding de ADN ambiental (EDNA): una revisión sistemática de los métodos, el seguimiento y las aplicaciones de eDNA global". Ecología y Conservación Global . 17 : e00547. doi : 10.1016 / j.gecco.2019.e00547 . El material se copió de esta fuente, que está disponible bajo una licencia internacional Creative Commons Attribution 4.0 .
  8. ^ a b c Bohmann, Kristine; Evans, Alice; Gilbert, M. Thomas P .; Carvalho, Gary R .; Creer, Simon; Knapp, Michael; Yu, Douglas W .; de Bruyn, Mark (1 de junio de 2014). "ADN ambiental para la biología de la vida silvestre y el seguimiento de la biodiversidad". Tendencias en Ecología y Evolución . 29 (6): 358–367. doi : 10.1016 / j.tree.2014.04.003 . ISSN 1872-8383 . PMID 24821515 .  
  9. ^ Qu, Chanjuan; Stewart, Kathryn A. (18 de febrero de 2019). "Evaluación de opciones de seguimiento para la conservación: comparación de herramientas de ADN tradicionales y ambientales para un mamífero en peligro crítico" . La ciencia de la naturaleza . 106 (3): 9. doi : 10.1007 / s00114-019-1605-1 . ISSN 1432-1904 . 
  10. ^ a b c d e f g Thomsen, Philip Francis; Willerslev, Eske (1 de marzo de 2015). "ADN ambiental: una herramienta emergente en la conservación para el seguimiento de la biodiversidad pasada y presente" . Conservación biológica . Número especial: ADN ambiental: una nueva y poderosa herramienta para la conservación biológica. 183 : 4–18. doi : 10.1016 / j.biocon.2014.11.019 .
  11. ↑ a b c Tsuji, Satsuki (2016). "Efectos del pH del agua y el tratamiento con proteinasa K sobre el rendimiento de ADN ambiental a partir de muestras de agua". Limnología . 18 : 1-7. doi : 10.1007 / s10201-016-0483-x . ISSN 1439-8621 . S2CID 44793881 .  
  12. ^ Ficetola, Gentile Francesco; Miaud, Claude; Pompanon, François; Taberlet, Pierre (2008). "Detección de especies mediante ADN ambiental de muestras de agua" . Cartas de biología . 4 (4): 423–425. doi : 10.1098 / rsbl.2008.0118 . PMC 2610135 . PMID 18400683 .  
  13. ^ a b c d Barnes, Matthew A .; Turner, Cameron R. (2016). "La ecología del ADN ambiental y sus implicaciones para la genética de la conservación". Genética de la conservación . 17 : 1-17. doi : 10.1007 / s10592-015-0775-4 . S2CID 14914544 . 
  14. ^ Deiner, Kristy; Walser, Jean-Claude; Mächler, Elvira; Altermatt, Florian (2015). "La elección de los métodos de captura y extracción afectan la detección de la biodiversidad de agua dulce a partir del ADN ambiental". Conservación biológica . 183 : 53–63. doi : 10.1016 / j.biocon.2014.11.018 .
  15. ↑ a b Taberlet, Pierre; Coissac, Eric; Pompanon, François; Brochmann, Christian; Willerslev, Eske (2012). "Hacia la evaluación de la biodiversidad de próxima generación utilizando metabarcoding de ADN". Ecología molecular . 21 (8): 2045-2050. doi : 10.1111 / j.1365-294X.2012.05470.x . PMID 22486824 . S2CID 41437334 .  
  16. ^ a b c Bohmann, Kristine; Evans, Alice; Gilbert, M. Thomas P .; Carvalho, Gary R .; Creer, Simon; Knapp, Michael; Yu, Douglas W .; De Bruyn, Mark (2014). "ADN ambiental para la biología de la vida silvestre y el seguimiento de la biodiversidad". Tendencias en Ecología y Evolución . 29 (6): 358–367. doi : 10.1016 / j.tree.2014.04.003 . PMID 24821515 . 
  17. ^ a b c d e Stewart, Kathryn; Ma, Hongjuan; Zheng, Jinsong; Zhao, Jianfu (2017). "Uso de ADN ambiental para evaluar el uso de la reserva espacio-temporal en toda la población" . Biología de la Conservación (en español). 31 (5): 1173-1182. doi : 10.1111 / cobi.12910 . ISSN 1523-1739 . 
  18. ↑ a b c d Goldberg, Caren S .; Turner, Cameron R .; Deiner, Kristy; Klymus, Katy E .; Thomsen, Philip Francis; Murphy, Melanie A .; Spear, Stephen F .; McKee, Anna; Oyler-Mccance, Sara J .; Cornman, Robert Scott; Laramie, Matthew B .; Mahon, Andrew R .; Lance, Richard F .; Pilliod, David S .; Strickler, Katherine M .; Waits, Lisette P .; Fremier, Alexander K .; Takahara, Teruhiko; Herder, Jelger E .; Taberlet, Pierre (2016). "Consideraciones críticas para la aplicación de métodos de ADN ambiental para detectar especies acuáticas". Métodos en ecología y evolución . 7 (11): 1299–1307. doi : 10.1111 / 2041-210X.12595 .
  19. ^ a b c d Hering, Daniel; Borja, Ángel; Jones, J. Iwan; Pont, Didier; Boets, Pieter; Bouchez, Agnes; Bruce, Kat; Drakare, Stina; Hänfling, Bernd; Kahlert, Maria; Leese, Florian; Meissner, Kristian; Mergen, Patricia; Reyjol, Yorick; Segurado, Pedro; Vogler, Alfried; Kelly, Martyn (2018). "Opciones de implementación para la identificación basada en ADN en la evaluación del estado ecológico bajo la Directiva Marco Europea del Agua" . Investigación del agua . 138 : 192-205. doi : 10.1016 / j.watres.2018.03.003 . PMID 29602086 . 
  20. ^ a b c d e f g h Deiner, Kristy; Bik, Holly M .; Mächler, Elvira; Seymour, Mathew; Lacoursière ‐ Roussel, Anaïs; Altermatt, Florian; Creer, Simon; Bista, Iliana; Lodge, David M .; Vere, Natasha; Pfrender, Michael E .; Bernatchez, Louis (2017). "Metabarcoding de ADN ambiental: transformar la forma en que investigamos las comunidades de animales y plantas". Ecología molecular . 26 (21): 5872–5895. doi : 10.1111 / mec.14350 . PMID 28921802 . S2CID 8001074 .  
  21. ^ a b Ma, Hongjuan; Stewart, Kathryn; Lougheed, Stephen; Zheng, Jinsong; Wang, Yuxiang; Zhao, Jianfu (1 de diciembre de 2016). "Caracterización, optimización y validación de marcadores de ADN ambiental (eDNA) para detectar un mamífero acuático en peligro de extinción" . Recursos genéticos de conservación . 8 (4): 561–568. doi : 10.1007 / s12686-016-0597-9 . ISSN 1877-7260 . 
  22. ^ a b c Coissac, Eric; Riaz, Tiayyba; Puillandre, Nicolás (2012). "Desafíos bioinformáticos para metabarcoding de ADN de plantas y animales". Ecología molecular . 21 (8): 1834–1847. doi : 10.1111 / j.1365-294X.2012.05550.x . PMID 22486822 . S2CID 24398174 .  
  23. ^ Eichmiller, Jessica J .; Saludos, Sendréa E .; Sorensen, Peter W. (2016). "Efectos de la temperatura y el estado trófico sobre la degradación del ADN ambiental en el agua del lago". Ciencia y tecnología ambientales . 50 (4): 1859–1867. Código Bibliográfico : 2016EnST ... 50.1859E . doi : 10.1021 / acs.est.5b05672 . PMID 26771292 . 
  24. ^ Carew, Melissa E .; Pettigrove, Vincent J .; Metzeling, León; Hoffmann, Ary A. (2013). "Monitoreo ambiental mediante secuenciación de próxima generación: identificación rápida de especies de bioindicadores de macroinvertebrados" . Fronteras en Zoología . 10 (1): 45. doi : 10.1186 / 1742-9994-10-45 . PMC 3750358 . PMID 23919569 .  
  25. ^ a b c Creer, Simón; Deiner, Kristy; Frey, Serita; Porazinska, Dorota; Taberlet, Pierre; Thomas, W. Kelley; Potter, Caitlin; Bik, Holly M. (2016). "La guía de campo del ecologista para la identificación secuencial de la biodiversidad". Métodos en ecología y evolución . 7 (9): 1008–1018. doi : 10.1111 / 2041-210X.12574 .
  26. ^ a b c Qu, Chanjuan; Stewart, Kathryn A .; Clemente-Carvalho, Rute; Zheng, Jinsong; Wang, Yuxiang; Gong, Cheng; Ma, Limin; Zhao, Jianfu; Lougheed, Stephen C. (7 de octubre de 2020). "Comparación de la diversidad de presas de peces para un mamífero acuático en peligro crítico de extinción en una reserva y el medio silvestre utilizando eDNA metabarcoding" . Informes científicos . 10 (1): 16715. doi : 10.1038 / s41598-020-73648-2 . ISSN 2045-2322 . 
  27. ^ Ficetola, Gentile Francesco; Taberlet, Pierre; Coissac, Eric (2016). "¿Cómo limitar los falsos positivos en el ADN ambiental y metabarcoding?". Recursos de ecología molecular . 16 (3): 604–607. doi : 10.1111 / 1755-0998.12508 . PMID 27062589 . S2CID 785279 .  
  28. ^ Yu, Douglas W .; Ji, Yinqiu; Emerson, Brent C .; Wang, Xiaoyang; Ye, Chengxi; Yang, Chunyan; Ding, Zhaoli (2012). "Sopa de biodiversidad: metabarcoding de artrópodos para la evaluación rápida de la biodiversidad y el biomonitoreo". Métodos en ecología y evolución . 3 (4): 613–623. doi : 10.1111 / j.2041-210X.2012.00198.x .
  29. ^ Cristescu, Melania E. (2014). "Desde códigos de barras a individuos individuales a comunidades biológicas metabarcoding: Hacia un enfoque integrador para el estudio de la biodiversidad global". Tendencias en Ecología y Evolución . 29 (10): 566–571. doi : 10.1016 / j.tree.2014.08.001 . PMID 25175416 . 
  30. ^ Gibson, Joel F .; Shokralla, Shadi; Curry, Colin; Baird, Donald J .; Monk, Wendy A .; Rey, Ian; Hajibabaei, Mehrdad (2015). "Biomonitoreo a gran escala de ecosistemas remotos y amenazados mediante secuenciación de alto rendimiento" . PLOS ONE . 10 (10): e0138432. Código Bibliográfico : 2015PLoSO..1038432G . doi : 10.1371 / journal.pone.0138432 . PMC 4619546 . PMID 26488407 .  
  31. ^ a b Lennon, JT; Muscarella, ME; Placella, SA; Lehmkuhl, BK (2018). "Cómo, cuándo y dónde el ADN de la reliquia afecta la diversidad microbiana" . mBio . 9 (3). doi : 10.1128 / mBio.00637-18 . PMC 6016248 . PMID 29921664 .   El material se copió de esta fuente, que está disponible bajo una licencia internacional Creative Commons Attribution 4.0 .
  32. ^ Tani K, Nasu M (2010). "Funciones del ADN extracelular en ecosistemas bacterianos". En Kikuchi Y, Rykova EY (eds.). Ácidos nucleicos extracelulares . Saltador. págs.  25 –38. ISBN 978-3-642-12616-1.
  33. ^ Vlassov VV, Laktionov PP, Rykova EY (julio de 2007). "Ácidos nucleicos extracelulares". BioEssays . 29 (7): 654–67. doi : 10.1002 / bies.20604 . PMID 17563084 . S2CID 32463239 .  
  34. ^ Finkel SE, Kolter R (noviembre de 2001). "ADN como un nutriente: papel novedoso para homólogos de genes de competencia bacteriana" . Revista de bacteriología . 183 (21): 6288–93. doi : 10.1128 / JB.183.21.6288-6293.2001 . PMC 100116 . PMID 11591672 .  
  35. ^ Mulcahy H, Charron-Mazenod L, Lewenza S (noviembre de 2008). "El ADN extracelular quela cationes e induce resistencia a los antibióticos en biofilms de Pseudomonas aeruginosa" . PLOS Patógenos . 4 (11): e1000213. doi : 10.1371 / journal.ppat.1000213 . PMC 2581603 . PMID 19023416 .  
  36. ^ Berne C, Kysela DT, Brun YV (agosto de 2010). "Un ADN extracelular bacteriano inhibe el asentamiento de las células de la progenie móviles dentro de una biopelícula" . Microbiología molecular . 77 (4): 815-29. doi : 10.1111 / j.1365-2958.2010.07267.x . PMC 2962764 . PMID 20598083 .  
  37. ^ Whitchurch CB, Tolker-Nielsen T, Ragas PC, Mattick JS (febrero de 2002). "ADN extracelular necesario para la formación de biopelículas bacterianas". Ciencia . 295 (5559): 1487. doi : 10.1126 / science.295.5559.1487 . PMID 11859186 . 
  38. ^ Hu W, Li L, Sharma S, Wang J, McHardy I, Lux R, Yang Z, He X, Gimzewski JK, Li Y, Shi W (2012). "El ADN construye y fortalece la matriz extracelular en biopelículas de Myxococcus xanthus al interactuar con exopolisacáridos" . PLOS ONE . 7 (12): e51905. Código Bibliográfico : 2012PLoSO ... 751905H . doi : 10.1371 / journal.pone.0051905 . PMC 3530553 . PMID 23300576 .  
  39. ^ Foote AD, Thomsen PF, Sveegaard S, Wahlberg M, Kielgast J, Kyhn LA, et al. (2012). "Investigar el uso potencial del ADN ambiental (eDNA) para el seguimiento genético de mamíferos marinos" . PLOS ONE . 7 (8): e41781. Código bibliográfico : 2012PLoSO ... 741781F . doi : 10.1371 / journal.pone.0041781 . PMC 3430683 . PMID 22952587 .  
  40. ^ "Los investigadores detectan animales terrestres utilizando ADN en cuerpos de agua cercanos" .
  41. ^ "Datos estandarizados sobre iniciativas - STARDIT: Versión Beta" . Cite journal requiere |journal=( ayuda )
  42. ^ Gong; Ventilador; Li; Li; Zhang; Gromig; Herrero; Dummann; Berger; Eisen; Contar; Biskaborn; Koglin; Wilhelms; Broy; Liu; Yang; Li; Liu; Talalay (2019). "Extracción de testigos de sedimentos subglaciales antárticos". Revista de Ciencias del Mar e Ingeniería . 7 (6): 194. doi : 10.3390 / jmse7060194 . El material se copió de esta fuente, que está disponible bajo una licencia internacional Creative Commons Attribution 4.0 .
  43. ↑ a b Bass, David (2015). "Diversas aplicaciones de los métodos de ADN ambiental en parasitología" . Tendencias en parasitología . 31 (10): 499–513. doi : 10.1016 / j.pt.2015.06.013 . PMID 26433253 . 
  44. ^ Willerslev, Eske; Hansen, Anders J .; Binladen, Jonas; Brand, Tina B .; Gilbert, M. Thomas fP .; Shapiro, Beth; Bunce, Michael; Wiuf, Carsten; Gilichinsky, David A. (2 de mayo de 2003). "Diversos registros genéticos vegetales y animales de los sedimentos del Holoceno y el Pleistoceno". Ciencia . 300 (5620): 791–795. Código Bibliográfico : 2003Sci ... 300..791W . doi : 10.1126 / science.1084114 . ISSN 0036-8075 . PMID 12702808 . S2CID 1222227 .   
  45. ^ Andersen, Kenneth; Bird, Karen Lise; Rasmussen, Morten; Haile, James; Breuning-Madsen, Henrik; Kjaer, Kurt H .; Orlando, Ludovic; Gilbert, M. Thomas P .; Willerslev, Eske (1 de abril de 2012). "El meta-código de barras del ADN 'suciedad' del suelo refleja la biodiversidad de los vertebrados". Ecología molecular . 21 (8): 1966-1979. doi : 10.1111 / j.1365-294X.2011.05261.x . ISSN 1365-294X . PMID 21917035 . S2CID 43351435 .   
  46. ^ "Ciencia para todos - informe de investigación financiado con fondos públicos (junio de 2018-diciembre de 2019)" . higo . doi : 10.26181 / 5eba630a64e08 .
  47. ^ Turner, Cameron R. (2014). "El ADN ambiental de los peces está más concentrado en los sedimentos acuáticos que en el agua superficial" . Conservación biológica . 183 : 93-102. doi : 10.1016 / j.biocon.2014.11.017 . ISSN 0006-3207 . 
  48. ↑ a b Schultz, Martin (2015). "Modelado de la sensibilidad de las encuestas de campo para la detección de ADN ambiental (eDNA)" . PLOS ONE . 10 (10): 1–16. doi : 10.1371 / journal.pone.0141503 . ISSN 1932-6203 . PMC 4624909 . PMID 26509674 .   
  49. ↑ a b Littlefair, Joanne E .; Hrenchuk, Lee E .; Blanchfield, Paul J .; Rennie, Michael D .; Cristescu, Melania E. (26 de abril de 2020). "La estratificación térmica y la preferencia térmica de los peces explican las distribuciones verticales de eDNA en lagos" . bioRxiv : 2020.04.21.042820. doi : 10.1101 / 2020.04.21.042820 . PMID 32888228 . S2CID 218466213 .  
  50. ^ "Cómo y por qué los lagos se estratifican y dan vuelta: explicamos la ciencia" . Área de lagos experimentales del IIDS . 2018-05-16 . Consultado el 14 de julio de 2020 .
  51. ↑ a b c Armbrecht, Linda (2020). "El potencial del ADN sedimentario antiguo para reconstruir ecosistemas oceánicos pasados". Oceanografía . 33 (2). doi : 10.5670 / oceanog.2020.211 . El material se copió de esta fuente, que está disponible bajo una licencia internacional Creative Commons Attribution 4.0 .
  52. ↑ a b Stoeckle, Bernhard (2016). "El ADN ambiental como herramienta de seguimiento para el mejillón perla de agua dulce en peligro de extinción (Margaritifera margaritifera L.): ¿un sustituto de los enfoques de seguimiento clásicos?". Conservación acuática: ecosistemas marinos y de agua dulce . 26 (6): 1120–1129. doi : 10.1002 / aqc.2611 .
  53. ↑ a b Souza, Lesley (2016). "La probabilidad de detección de ADN ambiental (eDNA) está influenciada por la actividad estacional de los organismos" . PLOS ONE . 11 (10): 1–15. Código bibliográfico : 2016PLoSO..1165273D . doi : 10.1371 / journal.pone.0165273 . ISSN 1932-6203 . PMC 5077074 . PMID 27776150 .   
  54. ^ Saeko, Matsuhashi (2016). "Evaluación del método de ADN ambiental para la estimación de distribución y biomasa de plantas acuáticas sumergidas" . PLOS ONE . 11 (6): 1–14. Código bibliográfico : 2016PLoSO..1156217M . doi : 10.1371 / journal.pone.0156217 . ISSN 1932-6203 . PMC 4909283 . PMID 27304876 .   
  55. ^ Tedersoo, Leho; Bahram, Mohammad; Põlme, Sergei; Kõljalg, Urmas; Yorou, Nourou S .; Wijesundera, Ravi; Ruiz, Luis Villarreal; Vasco-Palacios, Aída M .; Jue, Pham Quang (28 de noviembre de 2014). "Diversidad global y geografía de los hongos del suelo" (PDF) . Ciencia . 346 (6213): 1256688. doi : 10.1126 / science.1256688 . hdl : 10447/102930 . ISSN 0036-8075 . PMID 25430773 . S2CID 206559506 .    
  56. ^ Detheridge, Andrew Paul; Comont, David; Callaghan, Tony Martin; Bussell, Jennifer; Brand, Graham; Gwynn-Jones, Dylan; Scullion, John; Griffith, Gareth Wyn (junio de 2018). "La vegetación y los factores edáficos influyen en el rápido establecimiento de distintas comunidades de hongos en los antiguos sitios de desechos de carbón" . Ecología de hongos . 33 : 92-103. doi : 10.1016 / j.funeco.2018.02.002 . ISSN 1754-5048 . 
  57. ^ Jones, Rhys Aled; Brophy, Peter M .; Davis, Chelsea N .; Davies, Teri E .; Emberson, Holly; Rees Stevens, Pauline; Williams, Hefin Wyn (8 de junio de 2018). "Detección de ADN ambiental de Galba truncatula, Fasciola hepatica y Calicophoron daubneyi dentro de fuentes de agua en tierras de pastoreo, ¿una herramienta futura para el control de trematodos?" . Parásitos y vectores . 11 (1): 342. doi : 10.1186 / s13071-018-2928-z . ISSN 1756-3305 . PMC 5994096 . PMID 29884202 .   
  58. ↑ a b c Bergman, Paul S .; Schumer, Gregg; Blankenship, Scott; Campbell, Elizabeth (2016). "Detección de esturión verde adulto mediante análisis de ADN ambiental" . PLOS ONE . 11 (4): 1–8. Código bibliográfico : 2016PLoSO..1153500B . doi : 10.1371 / journal.pone.0153500 . ISSN 1932-6203 . PMC 4838217 . PMID 27096433 .   
  59. ^ "Una guía de ADN ambiental (eDNA) por Biomeme" . Biomeme .
  60. ^ Wang, Xinkun (2016). Análisis de datos de secuenciación de próxima generación . Boca Ratón: CRC Press. ISBN 9781482217889. OCLC  940961529 .
  61. ^ Seymour, Mathew; Durance, Isabelle; Cosby, Bernard J .; Ransom-Jones, Emma; Deiner, Kristy; Ormerod, Steve J .; Colbourne, John K .; Wilgar, Gregory; Carvalho, Gary R. (22 de enero de 2018). "La acidez promueve la degradación del ADN ambiental de múltiples especies en mesocosmos lóticos" . Biología de las comunicaciones . 1 (1): 4. doi : 10.1038 / s42003-017-0005-3 . ISSN 2399-3642 . PMC 6123786 . PMID 30271891 .   
  62. ^ Collins, Rupert A .; Wangensteen, Owen S .; O'Gorman, Eoin J .; Mariani, Stefano; Sims, David W .; Genner, Martin J. (5 de noviembre de 2018). "Persistencia del ADN ambiental en sistemas marinos" . Biología de las comunicaciones . 1 (1): 185. doi : 10.1038 / s42003-018-0192-6 . ISSN 2399-3642 . PMC 6218555 . PMID 30417122 .   
  63. ^ "La plataforma TripleLock ™ - Biomonitoriong de precisión" . Servicios de ADN ambiental . Consultado el 12 de febrero de 2019 .
  64. ^ Hunter, Margaret E .; Dorazio, Robert M .; Butterfield, John SS; Meigs-Friend, Gaia; Nico, Leo G .; Ferrante, Jason A. (20 de noviembre de 2016). "Límites de detección de los ensayos de PCR cuantitativos y digitales y su influencia en los estudios de presencia-ausencia de ADN ambiental" . Recursos de ecología molecular . 17 (2): 221-229. doi : 10.1111 / 1755-0998.12619 . ISSN 1755-098X . PMID 27768244 .  
  65. ^ Williams, Molly-Ann; O'Grady, Joyce; Ball, Bernard; Carlsson, Jens; Eyto, Elvira de; McGinnity, Philip; Jennings, Eleanor; Regan, Fiona; Parle ‐ McDermott, Anne (2019). "La aplicación de CRISPR-Cas para la identificación de una sola especie a partir de ADN ambiental" . Recursos de ecología molecular . 19 (5): 1106-1114. doi : 10.1111 / 1755-0998.13045 . ISSN 1755-0998 . PMID 31177615 .  
  66. ^ Oportunidades en ciencias oceánicas . Washington, DC: National Academies Press. 1998-01-01. doi : 10.17226 / 9500 . ISBN 9780309582926.
  67. ^ Collen, Ben; (Zoóloga), Monika Böhm; Kemp, Rachael; Baillie, Jonathan (2012). Sin espinas: estado y tendencias de los invertebrados del mundo . ISBN 9780900881701.
  68. ^ Dirzo, R .; Young, HS; Galetti, M .; Ceballos, G .; Isaac, NJB; Collen, B. (2014). "Difaunación en el Antropoceno" (PDF) . Ciencia . 345 (6195): 401–406. Código bibliográfico : 2014Sci ... 345..401D . doi : 10.1126 / science.1251817 . PMID 25061202 . S2CID 206555761 .   
  69. ^ Lista roja europea de abejas . 2014. ISBN 9789279445125.
  70. ^ Swaay, Chris van (2010). Lista roja europea de mariposas . ISBN 9789279141515.
  71. ^ Cigüeña, Nigel E. (2018). "¿Cuántas especies de insectos y otros artrópodos terrestres hay en la tierra?". Revisión anual de entomología . 63 : 31–45. doi : 10.1146 / annurev-ento-020117-043348 . PMID 28938083 . 
  72. ^ Habel, Jan Christian; Dengler, Jürgen; Janišová, Monika; Török, Péter; Wellstein, Camilla; Wiezik, Michal (2013). "Ecosistemas de pastizales europeos: puntos críticos de biodiversidad amenazados". Biodiversidad y Conservación . 22 (10): 2131–2138. doi : 10.1007 / s10531-013-0537-x . S2CID 15901140 . 
  73. ^ Joern, Anthony; Leyes, Angela N. (2013). "Mecanismos ecológicos subyacentes a la diversidad de especies de artrópodos en pastizales". Revisión anual de entomología . 58 : 19–36. doi : 10.1146 / annurev-ento-120811-153540 . PMID 22830354 . 
  74. ^ Silva, João Pedro (2008). LIFE y los pastizales de Europa: restauración de un hábitat olvidado . ISBN 9789279101595.
  75. ^ Biesmeijer, JC; Roberts, SP; Reemer, M .; Ohlemüller, R .; Edwards, M .; Peeters, T .; Schaffers, AP; Potts, SG; Kleukers, R .; Thomas, CD; Settele, J .; Kunin, WE (2006). "Disminuciones paralelas de polinizadores y plantas polinizadas por insectos en Gran Bretaña y los Países Bajos". Ciencia . 313 (5785): 351–354. Código Bibliográfico : 2006Sci ... 313..351B . doi : 10.1126 / science.1127863 . PMID 16857940 . S2CID 16273738 .  
  76. ^ Goulson, D .; Nicholls, E .; Botias, C .; Rotheray, EL (2015). "Las abejas disminuyen debido al estrés combinado de parásitos, pesticidas y falta de flores". Ciencia . 347 (6229). doi : 10.1126 / science.1255957 . PMID 25721506 . S2CID 206558985 .  
  77. ^ Potts, Simon G .; Biesmeijer, Jacobus C .; Kremen, Claire; Neumann, Peter; Schweiger, Oliver; Kunin, William E. (2010). "Disminuye los polinizadores globales: tendencias, impactos y factores". Tendencias en Ecología y Evolución . 25 (6): 345–353. doi : 10.1016 / j.tree.2010.01.007 . PMID 20188434 . 
  78. ^ Agencia Europea de Medio Ambiente (2013). "El indicador de mariposa europea de pastizales: 1990-2011". Oficina de Publicaciones. doi : 10.2800 / 89760 . Cite journal requiere |journal=( ayuda )
  79. ^ Ollerton, Jeff; Winfree, Rachael; Tarrant, Sam (2011). "¿Cuántas plantas con flores son polinizadas por animales?". Oikos . 120 (3): 321–326. doi : 10.1111 / j.1600-0706.2010.18644.x .
  80. ^ Precio, Peter W .; Denno, Robert F .; Eubanks, Micky D .; Finke, Deborah L .; Kaplan, Ian (2011). Ecología de insectos . doi : 10.1017 / CBO9780511975387 . ISBN 9780511975387.
  81. ^ Hopkins, GW; Freckleton, RP (2002). "Disminución del número de taxonomistas aficionados y profesionales: implicaciones para la conservación". Conservación animal . 5 (3): 245–249. doi : 10.1017 / S1367943002002299 .
  82. ^ Sangster, George; Luksenburg, Jolanda A. (2015). "Tasas decrecientes de especies descritas por taxonomista: ¿desaceleración del progreso o un efecto secundario de la mejora de la calidad en la taxonomía?". Biología sistemática . 64 (1): 144-151. doi : 10.1093 / sysbio / syu069 . PMID 25190593 . 
  83. ^ Wheeler, QD; Cuervo, PH; Wilson, EO (2004). "Taxonomía: ¿impedimento o conveniente?". Ciencia . 303 (5656): 285. doi : 10.1126 / science.303.5656.285 . PMID 14726557 . S2CID 27481787 .  
  84. ^ Bohmann, Kristine; Evans, Alice; Gilbert, M. Thomas P .; Carvalho, Gary R .; Creer, Simon; Knapp, Michael; Yu, Douglas W .; De Bruyn, Mark (2014). "ADN ambiental para la biología de la vida silvestre y el seguimiento de la biodiversidad". Tendencias en Ecología y Evolución . 29 (6): 358–367. doi : 10.1016 / j.tree.2014.04.003 . PMID 24821515 . 
  85. ^ Bush, Alex; Sollmann, Rahel; Marchitándose, Andreas; Bohmann, Kristine; Cole, Beth; Balzter, Heiko; Martius, Christopher; Zlinszky, András; Calvignac-Spencer, Sébastien; Cobbold, Christina A .; Dawson, Terence P .; Emerson, Brent C .; Ferrier, Simon; Gilbert, M. Thomas P .; Herold, Martin; Jones, Laurence; Leendertz, Fabian H .; Matthews, Louise; Millington, James DA; Olson, John R .; Ovaskainen, Otso; Raffaelli, Dave; Reeve, Richard; Rödel, Mark-Oliver; Rodgers, Torrey W .; Snape, Stewart; Visseren-Hamakers, Ingrid; Vogler, Alfried P .; Blanco, Piran CL; et al. (2017). "Conexión de la observación de la Tierra con datos de biodiversidad de alto rendimiento" (PDF) . Ecología y evolución de la naturaleza . 1 (7): 176. doi : 10.1038 / s41559-017-0176 . PMID  28812589 . S2CID  205564094 .
  86. ^ Creer, Simon; Deiner, Kristy; Frey, Serita; Porazinska, Dorota; Taberlet, Pierre; Thomas, W. Kelley; Potter, Caitlin; Bik, Holly M. (2016). "La guía de campo del ecologista para la identificación de la biodiversidad basada en secuencias". Métodos en ecología y evolución . 7 (9): 1008–1018. doi : 10.1111 / 2041-210X.12574 .
  87. ^ Thomsen, Philip Francis; Willerslev, Eske (2015). "ADN ambiental - una herramienta emergente en la conservación para el seguimiento de la biodiversidad pasada y presente". Conservación biológica . 183 : 4–18. doi : 10.1016 / j.biocon.2014.11.019 .
  88. ^ Arribas, Paula; Andújar, Carmelo; Hopkins, Kevin; Pastor, Mateo; Vogler, Alfried P. (2016). "Metabarcoding y metagenómica mitocondrial de artrópodos endogeos para develar la mesofauna del suelo". Métodos en ecología y evolución . 7 (9): 1071–1081. doi : 10.1111 / 2041-210X.12557 .
  89. ^ Elbrecht, Vasco; Taberlet, Pierre; Dejean, Tony; Valentini, Alice; Usseglio-Polatera, Philippe; Beisel, Jean-Nicolas; Coissac, Eric; Boyer, Frederic; Leese, Florian (2016). "Probar el potencial de un marcador ribosómico 16S para la codificación de metabarras de ADN de insectos" . PeerJ . 4 : e1966. doi : 10.7717 / peerj.1966 . PMC 4841222 . PMID 27114891 .  
  90. ^ Hajibabaei, Mehrdad; Shokralla, Shadi; Zhou, Xin; Cantante, Gregory AC; Baird, Donald J. (2011). "Código de barras ambiental: un enfoque de secuenciación de próxima generación para aplicaciones de biomonitoreo que utilizan River Benthos" . PLOS ONE . 6 (4): e17497. Código bibliográfico : 2011PLoSO ... 617497H . doi : 10.1371 / journal.pone.0017497 . PMC 3076369 . PMID 21533287 .  
  91. ^ Xu, Charles CY; Yen, Ivy J .; Bowman, decano; Turner, Cameron R. (2015). "ADN de la telaraña: un nuevo giro en la genética no invasiva de depredadores y presas" . PLOS ONE . 10 (11): e0142503. Código Bibliográfico : 2015PLoSO..1042503X . doi : 10.1371 / journal.pone.0142503 . PMC 4659541 . PMID 26606730 . S2CID 5331545 .   
  92. ^ Derocles, Stéphane AP; Evans, Darren M .; Nichols, Paul C .; Evans, S. Aifionn; Lunt, David H. (2015). "Determinación de interacciones planta - minador de hojas - parasitoide: un enfoque de código de barras de ADN" . PLOS ONE . 10 (2): e0117872. Código Bibliográfico : 2015PLoSO..1017872D . doi : 10.1371 / journal.pone.0117872 . PMC 4339730 . PMID 25710377 .  
  93. ^ Blake, Max; McKeown, Niall J .; Bushell, Mark LT; Shaw, Paul W. (2016). "Extracción de ADN de telas de araña". Recursos genéticos de conservación . 8 (3): 219-221. doi : 10.1007 / s12686-016-0537-8 . S2CID 15122457 . 
  94. ^ Bittleston, Leonora S .; Baker, Christopher CM; Strominger, Lila B .; Pringle, Anne; Pierce, Naomi E. (2016). "Metabarcoding como herramienta para investigar la diversidad de artrópodos en plantas Nepenthespitcher ". Ecología Austral . 41 (2): 120-132. doi : 10.1111 / aec.12271 .
  95. ^ Taberlet, Pierre; Coissac, Eric; Hajibabaei, Mehrdad; Rieseberg, Loren H. (2012). "ADN ambiental". Ecología molecular . 21 (8): 1789-1793. doi : 10.1111 / j.1365-294X.2012.05542.x . PMID 22486819 . S2CID 3961830 .  
  96. ^ Thomsen, Philip Francis; Kielgast, JOS; Iversen, Lars L .; Wiuf, Carsten; Rasmussen, Morten; Gilbert, M. Thomas P .; Orlando, Ludovic; Willerslev, Eske (2012). "Monitoreo de la biodiversidad de agua dulce en peligro utilizando ADN ambiental". Ecología molecular . 21 (11): 2565-2573. doi : 10.1111 / j.1365-294X.2011.05418.x . PMID 22151771 . 
  97. ^ Thomsen, Philip Francis; Willerslev, Eske (2015). "ADN ambiental - una herramienta emergente en la conservación para el seguimiento de la biodiversidad pasada y presente". Conservación biológica . 183 : 4–18. doi : 10.1016 / j.biocon.2014.11.019 .
  98. ^ Zinger, Lucie; Taberlet, Pierre; Schimann, Heidy; Bonin, Aurélie; Boyer, Frédéric; De Barba, Marta; Gaucher, Philippe; Gielly, Ludovic; Giguet-Covex, Charline; Iribar, Amaia; Réjou ‐ Méchain, Maxime; Rayé, Gilles; Rioux, Delphine; Schilling, Vincent; Tymen, Blaise; Viers, Jérôme; Zouiten, Cyril; Thuiller, Wilfried; Coissac, Eric; Chave, Jérôme (2019). "El tamaño corporal determina el ensamblaje de la comunidad del suelo en un bosque tropical". Ecología molecular . 28 (3): 528–543. doi : 10.1111 / mec.14919 . PMID 30375061 . 
  99. ^ Jurado-Rivera, José A .; Vogler, Alfried P .; Reid, Chris AM; Petitpierre, Eduard; Gómez-Zurita, Jesús (2009). "Asociaciones de insecto-planta huésped de códigos de barras de ADN" . Actas de la Royal Society B: Ciencias Biológicas . 276 (1657): 639–648. doi : 10.1098 / rspb.2008.1264 . PMC 2660938 . PMID 19004756 .  
  100. ^ Paula, Débora P .; Linard, Benjamin; Crampton-Platt, Alex; Srivathsan, Amrita; Timmermans, Martijn JTN; Sujii, Edison R .; Pires, Carmen SS; Souza, Lucas M .; Andow, David A .; Vogler, Alfried P. (2016). "Descubrimiento de interacciones tróficas en depredadores de artrópodos a través de secuenciación de ADN escopeta de contenido intestinal" . PLOS ONE . 11 (9): e0161841. Código Bibliográfico : 2016PLoSO..1161841P . doi : 10.1371 / journal.pone.0161841 . PMC 5021305 . PMID 27622637 .  
  101. ^ Bohmann, Kristine; Monadjem, Ara; Lehmkuhl Noer, Christina; Rasmussen, Morten; Zeale, Matt RK; Clare, Elizabeth; Jones, Gareth; Willerslev, Eske; Gilbert, M. Thomas P. (2011). "Análisis de la dieta molecular de dos murciélagos africanos de cola libre (Molossidae) mediante secuenciación de alto rendimiento" . PLOS ONE . 6 (6): e21441. Código Bibliográfico : 2011PLoSO ... 621441B . doi : 10.1371 / journal.pone.0021441 . PMC 3120876 . PMID 21731749 .  
  102. ↑ Vesterinen, Eero J .; Lilley, Thomas; Laine, Veronika N .; Wahlberg, Niklas (2013). "La secuenciación de próxima generación de ADN fecal revela la diversidad dietética del murciélago de Daubenton depredador insectívoro generalizado (Myotis daubentonii) en el suroeste de Finlandia" . PLOS ONE . 8 (11): e82168. Código Bib : 2013PLoSO ... 882168V . doi : 10.1371 / journal.pone.0082168 . PMC 3842304 . PMID 24312405 .  
  103. ^ Bell, Karen L .; Fowler, Julie; Burgess, Kevin S .; Dobbs, Emily K .; Gruenewald, David; Lawley, Brice; Morozumi, Connor; Brosi, Berry J. (2017). "Aplicación de la metabarcoding del ADN del polen al estudio de las interacciones planta-polinizador" . Aplicaciones en Ciencias Vegetales . 5 (6). doi : 10.3732 / apps.1600124 . PMC 5499302 . PMID 28690929 . S2CID 6590244 .   
  104. ^ Pornon, André; Escaravage, Nathalie; Burrus, Monique; Holota, Hélène; Khimoun, Aurélie; Mariette, Jérome; Pellizzari, Charlène; Iribar, Amaia; Etienne, Roselyne; Taberlet, Pierre; Vidal, Marie; Winterton, Peter; Zinger, Lucie; Andalo, Christophe (2016). "Uso de metabarcoding para revelar y cuantificar las interacciones planta-polinizador" . Informes científicos . 6 : 27282. Bibcode : 2016NatSR ... 627282P . doi : 10.1038 / srep27282 . PMC 4891682 . PMID 27255732 .  
  105. ^ Taberlet, Pierre; Bonin, Aurélie; Zinger, Lucie; Coissac, Eric (2018). doi : 10.1093 / oso / 9780198767220.001.0001 . ISBN 9780198767220. Cite journal requiere |journal=( ayuda );Falta o vacío |title=( ayuda )
  106. ^ Taberlet, Pierre; Coissac, Eric; Hajibabaei, Mehrdad; Rieseberg, Loren H. (2012). "ADN ambiental". Ecología molecular . 21 (8): 1789-1793. doi : 10.1111 / j.1365-294X.2012.05542.x . PMID 22486819 . S2CID 3961830 .  
  107. ^ "Arnaud Lyet de WWF sobre la medición de las poblaciones de vida silvestre" . Fondo Mundial para la Naturaleza . Consultado el 26 de noviembre de 2018 .
  108. ^ "eDNA - Ya no sólo para biólogos pesqueros" . Wildlife.org . 2017-12-08 . Consultado el 26 de noviembre de 2018 .
  109. ↑ Roth, Annie (19 de noviembre de 2018). "Cómo el ADN de la nieve ayuda a los científicos a rastrear animales esquivos" . National Geographic . Consultado el 26 de noviembre de 2018 .
  110. ^ Franklin, Thomas W .; McKelvey, Kevin S .; Golding, Jessie D .; Mason, Daniel H .; Dysthe, Joseph C .; Pilgrim, Kristine L .; Squires, John R .; Aubry, Keith B .; Long, Robert A .; Greaves, Samuel E .; Raley, Catherine M .; Jackson, Scott; MacKay, Paula; Lisboa, Joshua; Sauder, Joel D .; Pruss, Michael T .; Heffington, Don; Schwartz, Michael K. (2019). "Uso de métodos de ADN ambiental para mejorar las encuestas de invierno para carnívoros raros: ADN de la nieve y técnicas no invasivas mejoradas". Conservación biológica . 229 : 50–58. doi : 10.1016 / j.biocon.2018.11.006 . El material se copió de esta fuente, que está disponible bajo una licencia internacional Creative Commons Attribution 4.0 .
  111. ^ Clare, Elizabeth L .; Economou, Chloe K .; Faulkes, Chris G .; Gilbert, James D .; Bennett, Frances; Drinkwater, Rosie; Littlefair, Joanne E. (2021). "EDNAir: prueba de concepto de que el ADN animal se puede recolectar a partir de muestras de aire". PeerJ . 9 : e11030. doi : 10.7717 / peerj.11030 . El material se copió de esta fuente, que está disponible bajo una licencia internacional Creative Commons Attribution 4.0 .
  112. ^ Los investigadores ahora pueden recolectar y secuenciar ADN del aire Live Science , 6 de abril de 2021.
  113. ^ Kenneth T. Frank; Brian Petrie; Jae S. Choi; William C. Leggett (2005). "Cascadas tróficas en un ecosistema anteriormente dominado por el bacalao". Ciencia . 308 (5728): 1621–1623. doi : 10.1126 / science.1113075 . PMID 15947186 . S2CID 45088691 .  
  114. ^ Walters, Carl; Maguire, Jean-Jacques (1996). "Lecciones para la evaluación de stock del colapso del bacalao del norte". Reseñas en Biología y Pesca de Peces . 6 (2). doi : 10.1007 / BF00182340 . S2CID 20224324 . 
  115. ^ ICES (2018). "Solicitud de la CPANE sobre asesoramiento actualizado para el bacalao (Gadus morhua) en la subdivisión 5.b.1 (meseta de las Feroe)". doi : 10.17895 / ices.pub.4651 . Cite journal requiere |journal=( ayuda )
  116. ^ Heessen, Henk JL; Daan, Niels; Ellis, Jim R. (septiembre de 2015). Atlas de peces del Mar Céltico, el Mar del Norte y el Mar Báltico: Basado en estudios internacionales de buques de investigación . ISBN 9789086868780.
  117. ^ Pusceddu, A .; Bianchelli, S .; Martin, J .; Puig, P .; Palanques, A .; Masque, P .; Danovaro, R. (2014). "La pesca de arrastre de fondo crónica e intensiva perjudica la biodiversidad de aguas profundas y el funcionamiento de los ecosistemas" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 111 (24): 8861–8866. Código Bibliográfico : 2014PNAS..111.8861P . doi : 10.1073 / pnas.1405454111 . PMC 4066481 . PMID 24843122 .  
  118. ^ Arreguin-sanchez, Francisco (1996). "Capturabilidad: un parámetro clave para la evaluación de la población de peces". Reseñas en Biología y Pesca de Peces . 6 (2). doi : 10.1007 / BF00182344 . S2CID 9589700 . 
  119. ^ a b c d Salter, Ian; Joensen, Mourits; Kristiansen, Regin; Steingrund, Petur; Vestergaard, Poul (2019). "Las concentraciones de ADN ambiental están correlacionadas con la biomasa regional de bacalao del Atlántico en aguas oceánicas" . Biología de las comunicaciones . 2 : 461. doi : 10.1038 / s42003-019-0696-8 . PMC 6904555 . PMID 31840106 .   El material se copió de esta fuente, que está disponible bajo una licencia internacional Creative Commons Attribution 4.0 .
  120. ^ Ficetola, Gentile Francesco; Miaud, Claude; Pompanon, François; Taberlet, Pierre (2008). "Detección de especies mediante ADN ambiental de muestras de agua" . Cartas de biología . 4 (4): 423–425. doi : 10.1098 / rsbl.2008.0118 . PMC 2610135 . PMID 18400683 .  
  121. ^ Goldberg, Caren S .; Pilliod, David S .; Arkle, Robert S .; Espera, Lisette P. (2011). "Detección molecular de vertebrados en el agua de la corriente: una demostración con las ranas de cola de las Montañas Rocosas y las salamandras gigantes de Idaho" . PLOS ONE . 6 (7): e22746. Código bibliográfico : 2011PLoSO ... 622746G . doi : 10.1371 / journal.pone.0022746 . PMC 3144250 . PMID 21818382 .  
  122. ^ Valentini, Alice; Taberlet, Pierre; Miaud, Claude; Civade, Raphaël; Herder, Jelger; Thomsen, Philip Francis; Bellemain, Eva; Besnard, Aurélien; Coissac, Eric; Boyer, Frédéric; Gaboriaud, Coline; Jean, Pauline; Poulet, Nicolas; Roset, Nicolas; Copp, Gordon H .; Geniez, Philippe; Pont, Didier; Argillier, Christine; Baudoin, Jean-Marc; Peroux, Tiphaine; Crivelli, Alain J .; Olivier, Anthony; Acqueberge, Manon; Le Brun, Matthieu; Møller, Peter R .; Willerslev, Eske; Dejean, Tony (2016). "Monitoreo de próxima generación de la biodiversidad acuática utilizando metabarcoding de ADN ambiental" (PDF) . Ecología molecular . 25 (4): 929–942. doi : 10.1111 / mec.13428 . PMID 26479867  . S2CID  2801412 .
  123. ^ Goodwin, Kelly D .; Thompson, Luke R .; Duarte, Bernardo; Kahlke, Tim; Thompson, Andrew R .; Marques, João C .; Caçador, Isabel (2017). "Secuenciación de ADN como herramienta para monitorear el estado ecológico marino". Fronteras de las ciencias marinas . 4 . doi : 10.3389 / fmars.2017.00107 . S2CID 27034312 . 
  124. ^ Stoeckle, Mark Y .; Soboleva, Lyubov; Charlop-Powers, Zachary (2017). "El ADN ambiental acuático detecta la abundancia de peces estacionales y la preferencia de hábitat en un estuario urbano" . PLOS ONE . 12 (4): e0175186. Código Bib : 2017PLoSO..1275186S . doi : 10.1371 / journal.pone.0175186 . PMC 5389620 . PMID 28403183 .  
  125. ^ Thomsen, Philip Francis; Kielgast, Jos; Iversen, Lars Lønsmann; Møller, Peter Rask; Rasmussen, Morten; Willerslev, Eske (2012). "Detección de una diversa fauna de peces marinos utilizando ADN ambiental de muestras de agua de mar" . PLOS ONE . 7 (8): e41732. Código bibliográfico : 2012PLoSO ... 741732T . doi : 10.1371 / journal.pone.0041732 . PMC 3430657 . PMID 22952584 .  
  126. ↑ a b Thomsen, Philip Francis; Møller, Peter Rask; Sigsgaard, Eva Egelyng; Knudsen, Steen Wilhelm; Jørgensen, Ole Ankjær; Willerslev, Eske (2016). "El ADN ambiental de las muestras de agua de mar se correlacionan con las capturas de arrastre de peces subárticos de aguas profundas" . PLOS ONE . 11 (11): e0165252. Código bibliográfico : 2016PLoSO..1165252T . doi : 10.1371 / journal.pone.0165252 . PMC 5112899 . PMID 27851757 .  
  127. ↑ a b Sigsgaard, Eva Egelyng; Nielsen, Ida Broman; Carl, Henrik; Krag, Marcus Anders; Knudsen, Steen Wilhelm; Xing, Yingchun; Holm-Hansen, Tore Hejl; Møller, Peter Rask; Thomsen, Philip Francis (2017). "El ADN ambiental del agua de mar refleja la estacionalidad de una comunidad de peces costeros". Biología Marina . 164 (6). doi : 10.1007 / s00227-017-3147-4 . S2CID 89773962 . 
  128. ^ Takahara, Teruhiko; Minamoto, Toshifumi; Yamanaka, Hiroki; Doi, Hideyuki; Kawabata, Zen'Ichiro (2012). "Estimación de biomasa de peces mediante ADN ambiental" . PLOS ONE . 7 (4): e35868. Código bibliográfico : 2012PLoSO ... 735868T . doi : 10.1371 / journal.pone.0035868 . PMC 3338542 . PMID 22563411 .  
  129. ^ Doi, Hideyuki; Uchii, Kimiko; Takahara, Teruhiko; Matsuhashi, Saeko; Yamanaka, Hiroki; Minamoto, Toshifumi (2015). "Uso de PCR digital de gotitas para la estimación de la abundancia de peces y biomasa en encuestas de ADN ambiental" . PLOS ONE . 10 (3): e0122763. Código Bibliográfico : 2015PLoSO..1022763D . doi : 10.1371 / journal.pone.0122763 . PMC 4370432 . PMID 25799582 .  
  130. ^ Lacoursière-Roussel, Anaïs; Rosabal, Maikel; Bernatchez, Louis (2016). "Estimación de la abundancia y biomasa de peces a partir de concentraciones de eDNA: variabilidad entre métodos de captura y condiciones ambientales". Recursos de ecología molecular . 16 (6): 1401-1414. doi : 10.1111 / 1755-0998.12522 . PMID 26946353 . S2CID 4507565 .  
  131. ^ Maruyama, Atsushi; Nakamura, Keisuke; Yamanaka, Hiroki; Kondoh, Michio; Minamoto, Toshifumi (2014). "La tasa de liberación de ADN ambiental de peces adultos y juveniles" . PLOS ONE . 9 (12): e114639. Código bibliográfico : 2014PLoSO ... 9k4639M . doi : 10.1371 / journal.pone.0114639 . PMC 4257714 . PMID 25479160 .  
  132. ^ Klymus, Katy E .; Richter, Catherine A .; Chapman, Duane C .; Paukert, Craig (2015). "Cuantificación de tasas de desprendimiento de eDNA de carpa cabezona invasora Hypophthalmichthys nobilis y carpa plateada Hypophthalmichthys molitrix". Conservación biológica . 183 : 77–84. doi : 10.1016 / j.biocon.2014.11.020 .
  133. ^ Li, Jianlong; Lawson Handley, Lori J .; Harper, Lynsey R .; Brys, Rein; Watson, Hayley V .; Di Muri, Cristina; Zhang, Xiang; Hänfling, Bernd (2019). "Dispersión limitada y rápida degradación del ADN ambiental en estanques de peces inferidos por metabarcoding". ADN ambiental . 1 (3): 238–250. doi : 10.1002 / edn3.24 .
  134. ↑ Salter, Ian (2018). "Variabilidad estacional en la persistencia de ADN ambiental disuelto (EDNA) en un sistema marino: el papel de la limitación de nutrientes microbianos" . PLOS ONE . 13 (2): e0192409. Código Bibliográfico : 2018PLoSO..1392409S . doi : 10.1371 / journal.pone.0192409 . PMC 5825020 . PMID 29474423 .  
  135. ^ Buxton, Andrew S .; Groombridge, Jim J .; Griffiths, Richard A. (2018). "Variación estacional en la detección de ADN ambiental en muestras de sedimentos y agua" . PLOS ONE . 13 (1): e0191737. Código Bibliográfico : 2018PLoSO..1391737B . doi : 10.1371 / journal.pone.0191737 . PMC 5774844 . PMID 29352294 .  
  136. ^ Collins, Rupert A .; Wangensteen, Owen S .; o'Gorman, Eoin J .; Mariani, Stefano; Sims, David W .; Genner, Martin J. (2018). "Persistencia del ADN ambiental en sistemas marinos" . Biología de las comunicaciones . 1 : 185. doi : 10.1038 / s42003-018-0192-6 . PMC 6218555 . PMID 30417122 .  
  137. ^ Andruszkiewicz, Elizabeth A .; Koseff, Jeffrey R .; Fringer, Oliver B .; Ouellette, Nicholas T .; Lowe, Anna B .; Edwards, Christopher A .; Boehm, Alejandría B. (2019). "Modelado del transporte de ADN ambiental en el océano costero mediante seguimiento de partículas de Lagrange". Fronteras de las ciencias marinas . 6 . doi : 10.3389 / fmars.2019.00477 . S2CID 199447701 . 
  138. ^ Andruszkiewicz, Elizabeth A .; Koseff, Jeffrey R .; Fringer, Oliver B .; Ouellette, Nicholas T .; Lowe, Anna B .; Edwards, Christopher A .; Boehm, Alejandría B. (2019). "Modelado del transporte de ADN ambiental en el océano costero mediante seguimiento de partículas de Lagrange". Fronteras de las ciencias marinas . 6 . doi : 10.3389 / fmars.2019.00477 . S2CID 199447701 . 
  139. ^ Eichmiller, Jessica J .; Bajer, Przemyslaw G .; Sorensen, Peter W. (2014). "La relación entre la distribución de la carpa común y su ADN ambiental en un pequeño lago" . PLOS ONE . 9 (11): e112611. doi : 10.1371 / journal.pone.0112611 . PMC 4226586 . PMID 25383965 .  
  140. ^ Gargan, Laura M .; Morato, Telmo; Pham, Christopher K .; Finarelli, John A .; Carlsson, Jeanette EL; Carlsson, Jens (2017). "Desarrollo de un método de detección sensible para estudiar la biodiversidad pelágica utilizando eDNA y PCR cuantitativa: un estudio de caso de Devil Ray en los montes submarinos" . Biología Marina . 164 (5). doi : 10.1007 / s00227-017-3141-x . S2CID 91149351 . 
  141. ^ Yamamoto, Satoshi; Minami, Kenji; Fukaya, Keiichi; Takahashi, Kohji; Sawada, Hideki; Murakami, Hiroaki; Tsuji, Satsuki; Hashizume, Hiroki; Kubonaga, Shou; Horiuchi, Tomoya; Hongo, Masamichi; Nishida, Jo; Okugawa, Yuta; Fujiwara, Ayaka; Fukuda, Miho; Hidaka, Shunsuke; Suzuki, Keita W .; Miya, Masaki; Araki, Hitoshi; Yamanaka, Hiroki; Maruyama, Atsushi; Miyashita, Kazushi; Masuda, Reiji; Minamoto, Toshifumi; Kondoh, Michio (2016). "ADN ambiental como una 'instantánea' de la distribución de peces: un estudio de caso de jurel japonés en la bahía de Maizuru, mar de Japón" . PLOS ONE . 11 (3): e0149786. doi : 10.1371 / journal.pone.0149786 . PMC 4775019 . PMID  26933889 . S2CID  5168061 .
  142. ↑ a b Knudsen, Steen Wilhelm; Ebert, Rasmus Bach; Hesselsøe, Martin; Kuntke, Franziska; Hassingboe, Jakob; Mortensen, Peter Bondgaard; Thomsen, Philip Francis; Sigsgaard, Eva Egelyng; Hansen, Brian Klitgaard; Nielsen, Einar Eg; Møller, Peter Rask (2019). "Detección y cuantificación de ADN ambiental de peces marinos en el Mar Báltico por especies específicas". Revista de Biología y Ecología Marina Experimental . 510 : 31–45. doi : 10.1016 / j.jembe.2018.09.004 .
  143. ↑ a b c d e f Corinaldesi, C .; Tangherlini, M .; Manea, E .; Dell'Anno, A. (2018). "El ADN extracelular como un registrador genético de la diversidad microbiana en ecosistemas bentónicos de aguas profundas" . Informes científicos . 8 (1): 1839. Bibcode : 2018NatSR ... 8.1839C . doi : 10.1038 / s41598-018-20302-7 . PMC 5789842 . PMID 29382896 .   El material se copió de esta fuente, que está disponible bajo una licencia internacional Creative Commons Attribution 4.0 .
  144. ↑ a b Dell'Anno, A .; Danovaro, R. (2005). "El ADN extracelular juega un papel clave en el funcionamiento del ecosistema de aguas profundas". Ciencia . 309 (5744): 2179. doi : 10.1126 / science.1117475 . PMID 16195451 . S2CID 39216262 .  
  145. ↑ Corinaldesi, Cinzia; Dell'Anno, Antonio; Danovaro, Roberto (2007). "La infección viral juega un papel clave en la dinámica del ADN extracelular en sistemas anóxicos marinos". Limnología y Oceanografía . 52 (2): 508–516. Código bibliográfico : 2007LimOc..52..508C . doi : 10.4319 / lo.2007.52.2.0508 .
  146. ^ Dell'Anno, Antonio; Corinaldesi, Cinzia; Danovaro, Roberto (2015). "La descomposición de virus proporciona una contribución importante al funcionamiento del ecosistema bentónico de aguas profundas" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 112 (16): E2014 – E2019. Código bibliográfico : 2015PNAS..112E2014D . doi : 10.1073 / pnas.1422234112 . PMC 4413343 . PMID 25848024 .  
  147. ^ Nielsen, Kaare M .; Johnsen, Pål J .; Bensasson, Douda; Daffonchio, Daniele (2007). "Liberación y persistencia de ADN extracelular en el medio ambiente". Investigación en Bioseguridad Ambiental . 6 (1–2): 37–53. doi : 10.1051 / ebr: 2007031 . PMID 17961479 . 
  148. ^ Coolen, Marco JL; Overmann, Jörg (1998). "Análisis de restos moleculares subfósiles de bacterias de azufre púrpura en un sedimento de lago" . Microbiología aplicada y ambiental . 64 (11): 4513–4521. doi : 10.1128 / AEM.64.11.4513-4521.1998 . PMC 106678 . PMID 9797316 .  
  149. ^ Coolen, M .; Muyzer, Gerard; Rijpstra, W. Irene C .; Schouten, Stefan; Volkman, John K .; Sinninghe Damsté, Jaap S. (2004). "Los análisis combinados de ADN y lípidos de sedimentos revelan cambios en las poblaciones de haptofitas y diatomeas del Holoceno en un lago antártico". Letras de Ciencias de la Tierra y Planetarias . 223 (1–2): 225–239. Bibcode : 2004E y PSL.223..225C . doi : 10.1016 / j.epsl.2004.04.014 .
  150. ^ a b Coolen, MJL; Orsi, WD; Balkema, C .; Membrillo, C .; Harris, K .; Sylva, SP; Filipova-Marinova, M .; Giosan, L. (2013). "Evolución del paleoma de plancton en el Mar Negro desde el Deglacial hasta el Antropoceno" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 110 (21): 8609–8614. Código bibliográfico : 2013PNAS..110.8609C . doi : 10.1073 / pnas.1219283110 . PMC 3666672 . PMID 23650351 .  
  151. ↑ a b Corinaldesi, C .; Tangherlini, M .; Luna, GM; Dell'Anno, A. (2014). "El ADN extracelular puede preservar las firmas genéticas de eventos de infección viral presentes y pasados ​​en cuencas anóxicas hipersalinas profundas". Actas de la Royal Society B: Ciencias Biológicas . 281 (1780). doi : 10.1098 / rspb.2013.3299 . S2CID 1214760 . 
  152. ^ Coolen, MJL; Orsi, WD; Balkema, C .; Membrillo, C .; Harris, K .; Sylva, SP; Filipova-Marinova, M .; Giosan, L. (2013). "Evolución del paleoma de plancton en el Mar Negro desde el Deglacial hasta el Antropoceno" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 110 (21): 8609–8614. Código bibliográfico : 2013PNAS..110.8609C . doi : 10.1073 / pnas.1219283110 . PMC 3666672 . PMID 23650351 .  
  153. ↑ Corinaldesi, C .; Tangherlini, M .; Luna, GM; Dell'Anno, A. (2014). "El ADN extracelular puede preservar las firmas genéticas de eventos de infección viral presentes y pasados ​​en cuencas anóxicas hipersalinas profundas". Actas de la Royal Society B: Ciencias Biológicas . 281 (1780). doi : 10.1098 / rspb.2013.3299 . S2CID 1214760 . 
  154. ^ a b Boere, Arjan C .; Rijpstra, W. Irene C .; De Lange, Gert J .; Malinverno, Elisa; Sinninghe Damsté, Jaap S .; Coolen, Marco JL (2011). "Exploración de firmas de ADN de dinoflagelados y haptofitos fósiles preservados para inferir cambios ecológicos y ambientales durante la deposición de sapropel S1 en el Mediterráneo oriental". Paleoceanografía . 26 (2): n / a. Código Bibliográfico : 2011PalOc..26.2204B . doi : 10.1029 / 2010PA001948 .
  155. ^ Coolen, MJL; Cypionka, H .; Sass, AM; Sass, H .; Overmann, J. (2002). "Modificación en curso de sapropelos del pleistoceno mediterráneo mediada por procariotas". Ciencia . 296 (5577): 2407–2410. Código Bibliográfico : 2002Sci ... 296.2407C . doi : 10.1126 / science.1071893 . PMID 12089447 . S2CID 33722848 .  
  156. ^ Coolen, Marco JL; Overmann, Jörg (2007). "Secuencias de ADN de 217 000 años de antigüedad de bacterias verdes de azufre en sapropelos mediterráneos y sus implicaciones para la reconstrucción del paleoambiente". Microbiología ambiental . 9 (1): 238–249. doi : 10.1111 / j.1462-2920.2006.01134.x . PMID 17227428 . 
  157. ^ Coolen, Marco JL; Volkman, John K .; Abbas, Ben; Muyzer, Gerard; Schouten, Stefan; Sinninghe Damsté, Jaap S. (2007). "Identificación de fuentes de materia orgánica en sedimentos del fiordo antártico del Holoceno tardío sulfídico a partir del análisis de secuencia de ADNr fósil". Paleoceanografía . 22 (2): PA2211. Código Bibliográfico : 2007PalOc..22.2211C . doi : 10.1029 / 2006PA001309 .
  158. ^ Coolen, Marco JL; Sáenz, James P .; Giosan, Liviu; Trowbridge, Nan Y .; Dimitrov, Petko; Dimitrov, Dimitar; Eglinton, Timothy I. (2009). "Registros estratigráficos moleculares de ADN y lípidos de la sucesión de haptofitos en el Mar Negro durante el Holoceno". Letras de Ciencias de la Tierra y Planetarias . 284 (3–4): 610–621. Bibcode : 2009E y PSL.284..610C . doi : 10.1016 / j.epsl.2009.05.029 .
  159. ^ Dell'Anno, Antonio; Corinaldesi, Cinzia; Stavrakakis, Spyros; Lykousis, Vasilis; Danovaro, Roberto (2005). "Acoplamiento pelágico-bentónico y diagénesis de ácidos nucleicos en un margen continental de aguas profundas y un sistema de pendiente abierta del Mediterráneo oriental" . Microbiología aplicada y ambiental . 71 (10): 6070–6076. doi : 10.1128 / AEM.71.10.6070-6076.2005 . PMC 1265925 . PMID 16204523 .  
  160. ^ Levin, Lisa A .; Liu, Kon-Kee; Emeis, Kay-Christian; Breitburg, Denise L .; Cloern, James; Deutsch, Curtis; Giani, Michele; Goffart, Anne; Hofmann, Eileen E .; Lachkar, Zouhair; Limburgo, Karin; Liu, Su-Mei; Montes, Enrique; Naqvi, Wajih; Ragueneau, Olivier; Rabouille, Christophe; Sarkar, Santosh Kumar; Swaney, Dennis P .; Wassman, Paul; Wishner, Karen F. (2015). "Biogeoquímica comparativa-ecosistema-interacciones humanas en márgenes continentales dinámicos" . Revista de sistemas marinos . 141 : 3-17. Código Bibliográfico : 2015JMS ... 141 .... 3L . doi : 10.1016 / j.jmarsys.2014.04.016 .
  161. ^ Jørgensen, Bo Barker; Boetius, Antje (2007). "Fiesta y hambruna - vida microbiana en el fondo del mar". Nature Reviews Microbiología . 5 (10): 770–781. doi : 10.1038 / nrmicro1745 . PMID 17828281 . S2CID 22970703 .  
  162. ^ Orcutt, BN; Sylvan, JB; Knab, Nueva Jersey; Edwards, KJ (2011). "Ecología microbiana del océano oscuro arriba, en y debajo del lecho marino" . Revisiones de Microbiología y Biología Molecular . 75 (2): 361–422. doi : 10.1128 / MMBR.00039-10 . PMC 3122624 . PMID 21646433 .  
  163. ^ Corinaldesi, Cinzia (2015). "Nuevas perspectivas en la ecología microbiana bentónica de aguas profundas". Fronteras de las ciencias marinas . 2 . doi : 10.3389 / fmars.2015.00017 . S2CID 2350681 . 
  164. ^ Zinger, Lucie; Amaral-Zettler, Linda A .; Fuhrman, Jed A .; Horner-Devine, M. Claire; Huse, Susan M .; Welch, David B. Mark; Martiny, Jennifer BH; Sogin, Mitchell; Boetius, Antje; Ramette, Alban (2011). "Patrones globales de diversidad beta bacteriana en los ecosistemas del fondo marino y del agua de mar" . PLOS ONE . 6 (9): e24570. Código Bibliográfico : 2011PLoSO ... 624570Z . doi : 10.1371 / journal.pone.0024570 . PMC 3169623 . PMID 21931760 .  
  165. ↑ Bienhold, Christina; Boetius, Antje; Ramette, Alban (2012). "La relación entre la energía y la diversidad de las comunidades bacterianas complejas en los sedimentos de las profundidades marinas del Ártico" . El diario ISME . 6 (4): 724–732. doi : 10.1038 / ismej.2011.140 . PMC 3309351 . PMID 22071347 .  
  166. ^ Zinger, L .; Boetius, A .; Ramette, A. (2014). "Relaciones de la descomposición de taxones bacterianos-área y distancia en ambientes marinos" . Ecología molecular . 23 (4): 954–964. doi : 10.1111 / mec.12640 . PMC 4230465 . PMID 24460915 .  
  167. ^ Drummond, Alexei J .; Newcomb, Richard D .; Buckley, Thomas R .; Xie, Dong; Dopheide, Andrew; Potter, Benjamin CM; Heled, Joseph; Ross, Howard A .; Tooman, Leah; Grosser, Stefanie; Park, Duckchul; Demetras, Nicholas J .; Stevens, Mark I .; Russell, James C .; Anderson, Sandra H .; Carter, Anna; Nelson, Nicola (2015). "Evaluación de un enfoque de ADN ambiental multigénico para la evaluación de la biodiversidad". Gigascience . 4 . doi : 10.1186 / s13742-015-0086-1 . PMID 26445670 . S2CID 28846124 .  
  168. ^ Thomsen, Philip Francis; Willerslev, Eske (2015). "ADN ambiental - una herramienta emergente en la conservación para el seguimiento de la biodiversidad pasada y presente". Conservación biológica . 183 : 4–18. doi : 10.1016 / j.biocon.2014.11.019 .
  169. ↑ Corinaldesi, C .; Beolchini, F .; Dell'Anno, A. (2008). "Tasas de daño y degradación del ADN extracelular en sedimentos marinos: implicaciones para la preservación de secuencias de genes". Ecología molecular . 17 (17): 3939–3951. doi : 10.1111 / j.1365-294X.2008.03880.x . PMID 18643876 . S2CID 22062643 .  
  170. ^ Pedersen, Mikkel Winther; Overballe-Petersen, Søren; Ermini, Luca; Sarkissian, Clio Der; Haile, James; Hellstrom, Micaela; Spens, Johan; Thomsen, Philip Francis; Bohmann, Kristine; Cappellini, Enrico; Schnell, Ida Bærholm; Gales, Nathan A .; Carøe, Christian; Campos, Paula F .; Schmidt, Astrid MZ; Gilbert, M. Thomas P .; Hansen, Anders J .; Orlando, Ludovic; Willerslev, Eske (2015). "ADN ambiental antiguo y moderno" . Transacciones filosóficas de la Royal Society B: Ciencias biológicas . 370 (1660). doi : 10.1098 / rstb.2013.0383 . PMC 4275890 . PMID 25487334 .  
  171. ^ Parducci, Laura; Bennett, Keith D .; Ficetola, Gentile Francesco; También, Inger Greve; Suyama, Yoshihisa; Wood, Jamie R .; Pedersen, Mikkel Winther (2017). "ADN de plantas antiguas en sedimentos del lago". Nuevo fitólogo . 214 (3): 924–942. doi : 10.1111 / nph.14470 . PMID 28370025 . 
  172. ^ Armbrecht, Linda H .; Coolen, Marco JL; Lejzerowicz, Franck; George, Simon C .; Negandhi, Karita; Suzuki, Yohey; Joven, Jennifer; Foster, Nicole R .; Armand, Leanne K .; Cooper, Alan; Ostrowski, Martin; Focardi, Amaranta; Stat, Michael; Moreau, John W .; Weyrich, Laura S. (2019). "ADN antiguo de sedimentos marinos: precauciones y consideraciones para la extracción de muestras del fondo marino, manipulación de muestras y generación de datos". Reseñas de Ciencias de la Tierra . 196 : 102887. Bibcode : 2019ESRv..19602887A . doi : 10.1016 / j.earscirev.2019.102887 .
  173. ^ De Vargas, C .; et al. (2015). "Diversidad de plancton eucariota en el océano iluminado por el sol" . Ciencia . 348 (6237). doi : 10.1126 / science.1261605 . PMID 25999516 . 
  174. ^ Iversen, MH; Ploug, H. (2010). "Los minerales de lastre y el flujo de carbono que se hunde en el océano: tasas de respiración específicas del carbono y velocidad de hundimiento de los agregados de nieve marina". Biogeociencias . 7 (9): 2613–2624. Código bibliográfico : 2010BGeo .... 7.2613I . doi : 10.5194 / bg-7-2613-2010 .
  175. ^ Takahashi, Kozo; Be, Allan WH (1984). "Foraminíferos planctónicos: factores que controlan la velocidad de hundimiento". Investigación en aguas profundas Parte A. Documentos de investigación oceanográfica . 31 (12): 1477-1500. Código bibliográfico : 1984DSRA ... 31.1477T . doi : 10.1016 / 0198-0149 (84) 90083-9 .
  176. ↑ a b De Schepper, Stijn; Ray, Jessica L .; Skaar, Katrine Sandnes; Sadatzki, Henrik; Ijaz, Umer Z .; Stein, Ruediger; Larsen, Aud (2019). "El potencial del ADN sedimentario antiguo para reconstruir la evolución del hielo marino pasado" . El diario ISME . 13 (10): 2566–2577. doi : 10.1038 / s41396-019-0457-1 . PMC 6776040 . PMID 31235841 .  
  177. ↑ a b c Barrenechea Angeles, Inès; Lejzerowicz, Franck; Cordier, Tristan; Scheplitz, Janin; Kucera, Michal; Ariztegui, Daniel; Pawlowski, Jan; Morard, Raphaël (2020). "La firma del eDNA de foraminíferos planctónicos depositada en el lecho marino permanece preservada después del entierro en sedimentos marinos" . Informes científicos . 10 (1): 20351. doi : 10.1038 / s41598-020-77179-8 . PMC 7684305 . PMID 33230106 .   El material se copió de esta fuente, que está disponible bajo una licencia internacional Creative Commons Attribution 4.0 .
  178. ↑ a b Briggs, Lisa (2020). "Investigación de ADN antiguo en arqueología marítima y subacuática: trampas, promesas y direcciones futuras". Cuaternario abierto . 6 . doi : 10,5334 / oq.71 .
  179. ↑ a b Morard, Raphaël; Lejzerowicz, Franck; Querida, Kate F .; Lecroq-Bennet, Béatrice; Winther Pedersen, Mikkel; Orlando, Ludovic; Pawlowski, Jan; Mulitza, Stefan; De Vargas, colombiano; Kucera, Michal (2017). "El ADN ambiental derivado de foraminíferos planctónicos extraído de sedimentos abisales conserva patrones de macroecología del plancton". Biogeociencias . 14 (11): 2741–2754. Código bibliográfico : 2017BGeo ... 14.2741M . doi : 10.5194 / bg-14-2741-2017 .
  180. ↑ a b Corinaldesi, C .; Beolchini, F .; Dell'Anno, A. (2008). "Tasas de daño y degradación del ADN extracelular en sedimentos marinos: implicaciones para la preservación de secuencias de genes". Ecología molecular . 17 (17): 3939–3951. doi : 10.1111 / j.1365-294X.2008.03880.x . PMID 18643876 . 
  181. ↑ a b Corinaldesi, Cinzia; Dell'Anno, Antonio; Danovaro, Roberto (2007). "Diagénesis temprana y papel trófico del ADN extracelular en diferentes ecosistemas bentónicos". Limnología y Oceanografía . 52 (4): 1710-1717. Código Bibliográfico : 2007LimOc..52.1710C . doi : 10.4319 / lo.2007.52.4.1710 .
  182. ↑ a b Corinaldesi, C .; Barucca, M .; Luna, GM; Dell'Anno, A. (2011). "Preservación, origen e impronta genética del ADN extracelular en sedimentos de aguas profundas permanentemente anóxicos". Ecología molecular . 20 (3): 642–654. doi : 10.1111 / j.1365-294X.2010.04958.x . PMID 21155913 . 
  183. ^ Guillou, Laure; et al. (2012). "La base de datos de referencia del ribosoma protista (PR2): un catálogo de secuencias de rRNA de subunidades pequeñas eucariotas unicelulares con taxonomía curada" . Investigación de ácidos nucleicos . 41 (Problema de la base de datos): D597 – D604. doi : 10.1093 / nar / gks1160 . PMC 3531120 . PMID 23193267 .  
  184. ^ Morard, Raphaël; Querida, Kate F .; Mahé, Frédéric; Audic, Stéphane; Ujiié, Yurika; Weiner, Agnes KM; André, Aurore; Seears, Heidi A .; Wade, Christopher M .; Quillévéré, Frédéric; Douady, Christophe J .; Escarguel, Gilles; De Garidel-Thoron, Thibault; Siccha, Michael; Kucera, Michal; De Vargas, Colomban (2015). "PFR2: una base de datos curada de ADN ribosómico 18S de foraminíferos planctónicos como recurso para estudios de ecología, biogeografía y evolución del plancton" (PDF) . Recursos de ecología molecular . 15 (6): 1472–1485. doi : 10.1111 / 1755-0998.12410 . PMID 25828689 .  
  185. ^ Morard, Raphaël; Vollmar, Nele M .; Greco, Mattia; Kucera, Michal (2019). "La diversidad no asignada de foraminíferos planctónicos de secuenciación ambiental reveló como especies conocidas pero desatendidas" . PLOS ONE . 14 (3): e0213936. Código Bibliográfico : 2019PLoSO..1413936M . doi : 10.1371 / journal.pone.0213936 . PMC 6428320 . PMID 30897140 .  
  186. ^ Rutherford, Scott; d'Hondt, Steven; Prell, Warren (1999). "Controles ambientales sobre la distribución geográfica de la diversidad de zooplancton". Naturaleza . 400 (6746): 749–753. Código Bibliográfico : 1999Natur.400..749R . doi : 10.1038 / 23449 .
  187. ^ Siccha, Michael; Kucera, Michal (2017). "ForCenS, una base de datos curada de recuentos de censo de foraminíferos planctónicos en muestras de sedimentos de superficie marina" . Datos científicos . 4 : 170109. Bibcode : 2017NatSD ... 470109S . doi : 10.1038 / sdata.2017.109 . PMC 5566098 . PMID 28829434 .  
  188. ^ Lejzerowicz, Franck; Esling, Philippe; Majewski, Wojciech; Szczuciński, Witold; Decelle, Johan; Obadia, Cyril; Arbizu, Pedro Martínez; Pawlowski, enero (2013). "El ADN antiguo complementa el registro de microfósiles en los sedimentos del subsuelo de aguas profundas". Cartas de biología . 9 (4). doi : 10.1098 / rsbl.2013.0283 .
  189. ^ Pawłowska, J .; Lejzerowicz, F .; Esling, P .; Szczuciński, W .; Zajączkowski, M .; Pawlowski, J. (2014). "ADN antiguo arroja nueva luz sobre el registro fósil de foraminíferos de Svalbard del último milenio". Geobiología . 12 (4): 277–288. doi : 10.1111 / gbi.12087 . PMID 24730667 . 
  190. ^ Pawłowska, Joanna; Zajączkowski, Marek; Łącka, Magdalena; Lejzerowicz, Franck; Esling, Philippe; Pawlowski, enero (2016). "Cambios paleoceanográficos en el fiordo de Hornsund (Spitsbergen, Svalbard) durante el último milenio: nuevos conocimientos de ADN antiguo". Clima del pasado . 12 (7): 1459–1472. Código Bibliográfico : 2016CliPa..12.1459P . doi : 10.5194 / cp-12-1459-2016 .
  191. ^ Szczuciński, Witold; Pawłowska, Joanna; Lejzerowicz, Franck; Nishimura, Yuichi; Kokociński, Mikołaj; Majewski, Wojciech; Nakamura, Yugo; Pawlowski, enero (2016). "ADN sedimentario antiguo revela depósitos de tsunamis pasados". Geología Marina . 381 : 29–33. Código bibliográfico : 2016MGeol.381 ... 29S . doi : 10.1016 / j.margeo.2016.08.006 .
  192. ^ "Ciencia para todos - informe de investigación financiado con fondos públicos (junio de 2018-diciembre de 2019)" . higo . doi : 10.26181 / 5eba630a64e08 .

Más referencias [ editar ]

  • Schallenberg, Lena; Wood, Susie A .; Pochon, Xavier; Pearman, John K. (2020). "¿Qué nos puede decir el ADN en el medio ambiente sobre un ecosistema?". Fronteras para las mentes jóvenes . 7 . doi : 10.3389 / frym.2019.00150 . S2CID  210714520 .

Enlaces externos [ editar ]

  • EXPLOSIÓN
  • Guía del biomema de eDNA