Taxonomía (biología)

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No confundir con taxidermia .

Science of naming, defining and classifying organisms

Parte de una serie sobre
Biología evolucionaria
Pinzones de Darwin por John Gould
Temas clave Introducción a la evolución Descendencia común Evidencia
Procesos y resultados Genética de poblaciones Variación Diversidad Mutación Seleccion natural Adaptación Polimorfismo Deriva genética Flujo de genes Especiación Radiación adaptativa Cooperación Coevolución Coextincion Divergencia Convergencia Evolución paralela Extinción
Historia Natural Origen de la vida Historia de vida Cronología de la evolución Evolución humana Filogenia La biodiversidad Biogeografia Clasificación Taxonomía evolutiva Cladística Fósil de transición Evento de extinción
Historia de la teoría evolutiva Descripción general Renacimiento Antes de darwin Darwin Origen de las especies Antes de la síntesis Síntesis moderna Evolución molecular Evo-devo La investigación actual Historia de la especiación Historia de la paleontología ( línea de tiempo )
Campos y aplicaciones Aplicaciones de la evolución Criminología biosocial Genética ecológica Estética evolutiva Antropología evolutiva Computación evolutiva Ecología evolutiva Economía evolutiva Epistemología evolutiva Ética evolutiva Teoría de juegos evolutivos Lingüística evolutiva Medicina evolutiva Neurociencia evolutiva Fisiología evolutiva Psicología Evolutiva Evolución experimental Filogenética Paleontología Crianza selectiva Experimentos de especiación Sociobiología Sistemática Darwinismo universal
Implicaciones sociales La evolución como hecho y teoría Efectos sociales Controversia creación-evolución Objeciones a la evolución Nivel de apoyo
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En biología , la taxonomía (del griego antiguo τάξις ( taxis )  'arreglo' y -νομία ( -nomia )  ' método ') es el estudio científico de nombrar, definir ( circunscribir ) y clasificar grupos de organismos biológicos basados ​​en características compartidas. Los organismos se agrupan en taxones (singular: taxón) y estos grupos reciben un rango taxonómico. ; los grupos de un rango dado pueden agregarse para formar un grupo más inclusivo de rango más alto, creando así una jerarquía taxonómica. Los principales rangos en el uso moderno son dominio , reino , filo (la división a veces se usa en botánica en lugar de filo), clase , orden , familia , género y especie . El botánico sueco Carl Linnaeus es considerado el fundador del sistema actual de taxonomía, ya que desarrolló un sistema de clasificación conocido como taxonomía de Linneo para categorizar organismos y nomenclatura binominal para nombrar organismos.

Con los avances en la teoría, los datos y la tecnología analítica de la sistemática biológica, el sistema Linneo se ha transformado en un sistema de clasificación biológica moderna destinado a reflejar las relaciones evolutivas entre organismos, tanto vivos como extintos.

Definición

La definición exacta de taxonomía varía de una fuente a otra, pero el núcleo de la disciplina permanece: la concepción, el nombre y la clasificación de grupos de organismos. ^[1] Como puntos de referencia, a continuación se presentan definiciones recientes de taxonomía:

1. Teoría y práctica de agrupar individuos en especies, ordenar las especies en grupos más grandes y dar nombres a esos grupos, produciendo así una clasificación. ^[2]
2. Un campo de la ciencia (y componente principal de la sistemática ) que abarca la descripción, identificación, nomenclatura y clasificación ^[3]
3. La ciencia de la clasificación, en biología la disposición de los organismos en una clasificación ^[4]
4. "La ciencia de la clasificación aplicada a los organismos vivos, incluido el estudio de los medios de formación de especies, etc." ^[5]
5. "El análisis de las características de un organismo con fines de clasificación" ^[6]
6. "La sistemática estudia la filogenia para proporcionar un patrón que pueda traducirse en la clasificación y los nombres del campo más inclusivo de la taxonomía" (enumerado como una definición deseable pero inusual) ^[7]

Las diversas definiciones colocan la taxonomía como una subárea de la sistemática (definición 2), invierten esa relación (definición 6) o parecen considerar los dos términos como sinónimos. Existe cierto desacuerdo sobre si la nomenclatura biológica se considera parte de la taxonomía (definiciones 1 y 2) o una parte de la sistemática fuera de la taxonomía. ^[8] Por ejemplo, la definición 6 se empareja con la siguiente definición de sistemática que coloca la nomenclatura fuera de la taxonomía: ^[6]

• Sistemática : "Estudio de la identificación, taxonomía y nomenclatura de organismos, incluida la clasificación de los seres vivos en función de sus relaciones naturales y el estudio de la variación y evolución de los taxones".

Todo un conjunto de términos que incluyen taxonomía, biología sistemática , sistemática, biosistemática , clasificación científica, clasificación biológica y filogenética a veces han tenido significados superpuestos, a veces iguales, a veces ligeramente diferentes, pero siempre relacionados y entrecruzados. ^{[1] [9]} Aquí se utiliza el significado más amplio de "taxonomía". El término en sí fue introducido en 1813 por De Candolle , en su Théorie élémentaire de la botanique . ^[10]

Monografía y revisión taxonómica

Una revisión taxonómica o revisión taxonómica es un análisis novedoso de los patrones de variación en un taxón en particular . Este análisis puede realizarse sobre la base de cualquier combinación de los diversos tipos de caracteres disponibles, como morfológicos, anatómicos, palinológicos, bioquímicos y genéticos. Una monografiao revisión completa es una revisión que es integral para un taxón para la información dada en un momento particular y para el mundo entero. Otras revisiones (parciales) pueden estar restringidas en el sentido de que solo pueden usar algunos de los conjuntos de caracteres disponibles o tener un alcance espacial limitado. Una revisión da como resultado una conformación o nuevas percepciones en las relaciones entre los subtaxis dentro del taxón en estudio, lo que puede resultar en un cambio en la clasificación de estos subtaxa, la identificación de nuevos subtaxa o la fusión de subtaxa anteriores. ^[11]

Taxonomía alfa y beta

No confundir con la diversidad Alfa .

El término " taxonomía alfa " se utiliza principalmente en la actualidad para referirse a la disciplina de encontrar, describir y nombrar taxones , en particular especies. ^[12] En la literatura anterior, el término tenía un significado diferente, refiriéndose a la taxonomía morfológica y los productos de la investigación hasta finales del siglo XIX. ^[13]

William Bertram Turrill introdujo el término "taxonomía alfa" en una serie de artículos publicados en 1935 y 1937 en los que discutió la filosofía y las posibles direcciones futuras de la disciplina de la taxonomía. ^[14]

... existe un creciente deseo entre los taxonomistas de considerar sus problemas desde puntos de vista más amplios, investigar las posibilidades de una cooperación más estrecha con sus colegas citológicos, ecológicos y genéticos y reconocer que alguna revisión o expansión, tal vez de naturaleza drástica, de sus objetivos y métodos, puede ser deseable ... Turrill (1935) ha sugerido que si bien se acepta la invaluable taxonomía más antigua, basada en la estructura, y convenientemente designada como "alfa", es posible vislumbrar una taxonomía lejana construida como una base lo más amplia posible de hechos morfológicos y fisiológicos, y en la que "se encuentra lugar para todos los datos de observación y experimentales relacionados, aunque sea indirectamente, con la constitución, subdivisión, origen y comportamiento de las especies y otros grupos taxonómicos". Los ideales pueden,se puede decir, nunca se realizará por completo. Sin embargo, tienen un gran valor al actuar como estimulantes permanentes, y si tenemos algún ideal, incluso vago, de una taxonomía "omega", podemos avanzar un poco hacia abajo en el alfabeto griego. Algunos de nosotros nos complacemos pensando que ahora estamos buscando a tientas en una taxonomía "beta".^[14]

Turrill, por tanto, excluye explícitamente de la taxonomía alfa varias áreas de estudio que incluye dentro de la taxonomía en su conjunto, como la ecología, la fisiología, la genética y la citología. Además, excluye la reconstrucción filogenética de la taxonomía alfa (págs. 365–366).

Los autores posteriores han utilizado el término en un sentido diferente, para referirse a la delimitación de especies (no subespecies o taxones de otros rangos), utilizando cualquier técnica de investigación disponible e incluyendo sofisticadas técnicas computacionales o de laboratorio. ^{[15] [12]} Así, Ernst Mayr en 1968 definió la " taxonomía beta " como la clasificación de rangos superiores a las especies. ^[dieciséis]

La comprensión del significado biológico de la variación y del origen evolutivo de los grupos de especies relacionadas es aún más importante para la segunda etapa de la actividad taxonómica, la clasificación de especies en grupos de parientes ("taxa") y su disposición en una jerarquía de categorías superiores. Esta actividad es lo que denota el término clasificación; también se conoce como "taxonomía beta".

Microtaxonomía y macrotaxonomía

Artículo principal: problema de las especies

La forma en que deben definirse las especies en un grupo particular de organismos da lugar a problemas prácticos y teóricos que se conocen como el problema de las especies . El trabajo científico de decidir cómo definir las especies se ha denominado microtaxonomía. ^{[17] [18] [12]} Por extensión, la macrotaxonomía es el estudio de grupos en el subgénero de rangos taxonómicos superiores y superiores. ^[12]

Historia

Si bien algunas descripciones de la historia taxonómica intentan datar la taxonomía a las civilizaciones antiguas, no se produjo un intento verdaderamente científico de clasificar los organismos hasta el siglo XVIII. Los trabajos anteriores eran principalmente descriptivos y se centraban en plantas que eran útiles en la agricultura o la medicina. Hay una serie de etapas en este pensamiento científico. La taxonomía temprana se basaba en criterios arbitrarios, los llamados "sistemas artificiales", incluido el sistema de clasificación sexual de plantas de Linneo (por supuesto, la clasificación de animales de Linneo se titulaba "Systema Naturae" ("el sistema de la naturaleza"), lo que implica que él, al menos, creía que era más que un "sistema artificial"). Posteriormente vinieron sistemas basados ​​en una consideración más completa de las características de los taxones, denominados "sistemas naturales ", como los dede Jussieu (1789), de Candolle (1813) y Bentham y Hooker (1862-1863). Estas clasificaciones describieron patrones empíricos y fueron pre- evolutivas en el pensamiento. La publicación de Charles Darwin 's El origen de las especies (1859) condujo a una nueva explicación de las clasificaciones, sobre la base de las relaciones evolutivas. Este fue el concepto de sistemas filéticos , desde 1883 en adelante. Este enfoque fue tipificado por los de Eichler (1883) y Engler (1886-1892). El advenimiento de la metodología cladística en la década de 1970 llevó a clasificaciones basadas en el único criterio de monofilia , apoyadas en la presencia desinapomorfias . Desde entonces, la base probatoria se ha ampliado con datos de genética molecular que, en su mayor parte, complementan la morfología tradicional . ^{[19] [ página necesaria ] [20] [ página necesaria ] [21] [ página necesaria ]}

Pre-Linnaean

Taxonomistas tempranos

Nombrar y clasificar nuestro entorno probablemente se ha estado llevando a cabo desde que la humanidad ha podido comunicarse. Siempre habría sido importante conocer los nombres de plantas y animales venenosos y comestibles para poder comunicar esta información a otros miembros de la familia o grupo. Las ilustraciones de plantas medicinales aparecen en pinturas murales egipcias de c. 1500 a.C., lo que indica que se entendían los usos de las diferentes especies y que existía una taxonomía básica. ^[22]

Tiempos antiguos

Más información: Biología de Aristóteles § Clasificación

Descripción de animales raros (写生 珍禽 图), por el pintor de la dinastía Song Huang Quan (903–965)

Los organismos fueron clasificados por primera vez por Aristóteles ( Grecia , 384–322 a. C.) durante su estancia en la isla de Lesbos . ^{[23] [24] [25]} Clasificó a los seres por sus partes, o en términos modernos atributos , como haber nacido vivo, tener cuatro patas, poner huevos, tener sangre o tener un cuerpo caliente. ^[26] Dividió todos los seres vivos en dos grupos: plantas y animales. ^[24] Algunos de sus grupos de animales, como Anhaima (animales sin sangre, traducidos como invertebrados ) y Enhaima (animales con sangre, aproximadamente los vertebrados), así como grupos como los tiburones y cetáceos , todavía se utilizan comúnmente en la actualidad. ^[27] Su alumno Teofrasto (Grecia, 370-285 a. C.) continuó con esta tradición, mencionando unas 500 plantas y sus usos en su Historia Plantarum . Una vez más, varios grupos de plantas actualmente reconocidos se remontan a Theophrastus, como Cornus , Crocus y Narcissus . ^[24]

Medieval

La taxonomía en la Edad Media se basó en gran medida en el sistema aristotélico , ^[26] con adiciones relativas al orden filosófico y existencial de las criaturas. Esto incluyó conceptos tales como la Gran cadena del ser en la tradición escolástica occidental , ^{[26] de} nuevo derivado en última instancia de Aristóteles. El sistema aristotélico no clasificaba plantas u hongos, debido a la falta de microscopio en ese momento, ^[25] ya que sus ideas se basaban en ordenar el mundo completo en un solo continuo, según la scala naturae (la Escalera Natural). ^[24] Esto también se tuvo en cuenta en la Gran cadena del ser.^[24] Los avances fueron realizados por eruditos como Procopio , Timoteo de Gaza , Demetrio Pepagomenos y Tomás de Aquino . Los pensadores medievales utilizaron categorizaciones filosóficas y lógicas abstractas más adecuadas para la filosofía abstracta que para la taxonomía pragmática. ^[24]

Renacimiento y principios de la Edad Moderna

Durante el Renacimiento , la Era de la Razón y la Ilustración, los organismos de categorización se hicieron más frecuentes, ^[24] y los trabajos taxonómicos se volvieron lo suficientemente ambiciosos como para reemplazar los textos antiguos. Esto a veces se atribuye al desarrollo de lentes ópticos sofisticados, que permitieron estudiar la morfología de los organismos con mucho mayor detalle. Uno de los primeros autores en aprovechar este salto tecnológico fue el médico italiano Andrea Cesalpino (1519-1603), a quien se ha llamado "el primer taxónomo". ^[28] Su obra magna De Plantis se publicó en 1583 y describió más de 1500 especies de plantas. ^{[29] [30]}Dos grandes familias de plantas que reconoció por primera vez todavía se utilizan hoy en día: las Asteraceae y Brassicaceae . ^[31] Luego, en el siglo XVII, John Ray ( Inglaterra , 1627-1705) escribió muchas obras taxonómicas importantes. ^[25] Podría decirse que su mayor logro fue Methodus Plantarum Nova (1682), ^[32] en el que publicó detalles de más de 18.000 especies de plantas. En ese momento, sus clasificaciones eran quizás las más complejas hasta ahora producidas por cualquier taxónomo, ya que basaba sus taxones en muchos caracteres combinados. Las siguientes obras taxonómicas importantes fueron realizadas por Joseph Pitton de Tournefort (Francia, 1656-1708). ^[33] His work from 1700, Institutiones Rei Herbariae, included more than 9000 species in 698 genera, which directly influenced Linnaeus, as it was the text he used as a young student.^[22]

The Linnaean era

Main article: Linnaean taxonomy

Title page of Systema Naturae, Leiden, 1735

The Swedish botanist Carl Linnaeus (1707–1778)^[26] ushered in a new era of taxonomy. With his major works Systema Naturae 1st Edition in 1735,^[34] Species Plantarum in 1753,^[35] and Systema Naturae 10th Edition,^[36] he revolutionized modern taxonomy. His works implemented a standardized binomial naming system for animal and plant species,^[37] which proved to be an elegant solution to a chaotic and disorganized taxonomic literature. He not only introduced the standard of class, order, genus, and species, but also made it possible to identify plants and animals from his book, by using the smaller parts of the flower.^[37] Thus the Linnaean system was born, and is still used in essentially the same way today as it was in the 18th century.^[37] Currently, plant and animal taxonomists regard Linnaeus' work as the "starting point" for valid names (at 1753 and 1758 respectively).^[38] Names published before these dates are referred to as "pre-Linnaean", and not considered valid (with the exception of spiders published in Svenska Spindlar^[39]). Even taxonomic names published by Linnaeus himself before these dates are considered pre-Linnaean.^[22]

Modern system of classification

Main articles: Evolutionary taxonomy and Phylogenetic nomenclature

Evolution of the vertebrates at class level, width of spindles indicating number of families. Spindle diagrams are typical for evolutionary taxonomy

The same relationship, expressed as a cladogram typical for cladistics

A pattern of groups nested within groups was specified by Linnaeus' classifications of plants and animals, and these patterns began to be represented as dendrograms of the animal and plant kingdoms toward the end of the 18th century, well before On the Origin of Species was published.^[25] The pattern of the "Natural System" did not entail a generating process, such as evolution, but may have implied it, inspiring early transmutationist thinkers . Among early works exploring the idea of a transmutation of species were Erasmus Darwin's 1796 Zoönomia and Jean-Baptiste Lamarck's Philosophie Zoologique of 1809.^[12] The idea was popularized in the Anglophone world by the speculative but widely read Vestiges of the Natural History of Creation, published anonymously by Robert Chambers in 1844.^[40]

With Darwin's theory, a general acceptance quickly appeared that a classification should reflect the Darwinian principle of common descent.^[41] Tree of life representations became popular in scientific works, with known fossil groups incorporated. One of the first modern groups tied to fossil ancestors was birds.^[42] Using the then newly discovered fossils of Archaeopteryx and Hesperornis, Thomas Henry Huxley pronounced that they had evolved from dinosaurs, a group formally named by Richard Owen in 1842.^[43][44] The resulting description, that of dinosaurs "giving rise to" or being "the ancestors of" birds, is the essential hallmark of evolutionary taxonomic thinking. As more and more fossil groups were found and recognized in the late 19th and early 20th centuries, palaeontologists worked to understand the history of animals through the ages by linking together known groups.^[45] With the modern evolutionary synthesis of the early 1940s, an essentially modern understanding of the evolution of the major groups was in place. As evolutionary taxonomy is based on Linnaean taxonomic ranks, the two terms are largely interchangeable in modern use.^[46]

The cladistic method has emerged since the 1960s.^[41] In 1958, Julian Huxley used the term clade.^[12] Later, in 1960, Cain and Harrison introduced the term cladistic.^[12] The salient feature is arranging taxa in a hierarchical evolutionary tree, with the desideratum that all named taxa are monophyletic.^[41] A taxon is called monophyletic if it includes all the descendants of an ancestral form.^[47][48] Groups that have descendant groups removed from them are termed paraphyletic,^[47] while groups representing more than one branch from the tree of life are called polyphyletic.^[47][48] Monophyletic groups are recognized and diagnosed on the basis of synapomorphies, shared derived character states.^[49]

Cladistic classifications are compatible with traditional Linnean taxonomy and the Codes of Zoological and Botanical Nomenclature.^[50] An alternative system of nomenclature, the International Code of Phylogenetic Nomenclature or PhyloCode has been proposed, whose intent is to regulate the formal naming of clades.^[51][52] Linnaean ranks will be optional under the PhyloCode, which is intended to coexist with the current, rank-based codes.^[52] It remains to be seen whether the systematic community will adopt the PhyloCode or reject it in favor of the current systems of nomenclature that have been employed (and modified as needed) for over 250 years.

Kingdoms and domains

The basic scheme of modern classification. Many other levels can be used; domain, the highest level within life, is both new and disputed.

Main article: Kingdom (biology)

Well before Linnaeus, plants and animals were considered separate Kingdoms.^[53] Linnaeus used this as the top rank, dividing the physical world into the vegetable, animal and mineral kingdoms. As advances in microscopy made classification of microorganisms possible, the number of kingdoms increased, five- and six-kingdom systems being the most common.

Domains are a relatively new grouping. First proposed in 1977, Carl Woese's three-domain system was not generally accepted until later.^[54] One main characteristic of the three-domain method is the separation of Archaea and Bacteria, previously grouped into the single kingdom Bacteria (a kingdom also sometimes called Monera),^[53] with the Eukaryota for all organisms whose cells contain a nucleus.^[55] A small number of scientists include a sixth kingdom, Archaea, but do not accept the domain method.^[53]

Thomas Cavalier-Smith, who published extensively on the classification of protists, recently^[when?] proposed that the Neomura, the clade that groups together the Archaea and Eucarya, would have evolved from Bacteria, more precisely from Actinobacteria. His 2004 classification treated the archaeobacteria as part of a subkingdom of the kingdom Bacteria, i.e., he rejected the three-domain system entirely.^[56] Stefan Luketa in 2012 proposed a five "dominion" system, adding Prionobiota (acellular and without nucleic acid) and Virusobiota (acellular but with nucleic acid) to the traditional three domains.^[57]

Linnaeus 1735[58]	Haeckel 1866[59]	Chatton 1925[60]	Copeland 1938[61]	Whittaker 1969[62]	Woese et al. 1990[63]	Cavalier-Smith 1998[56]	Cavalier-Smith 2015[64]
2 kingdoms	3 kingdoms	2 empires	4 kingdoms	5 kingdoms	3 domains	2 empires, 6 kingdoms	2 empires, 7 kingdoms
(not treated)	Protista	Prokaryota	Monera	Monera	Bacteria	Bacteria	Bacteria
					Archaea		Archaea
		Eukaryota	Protoctista	Protista	Eucarya	Protozoa	Protozoa
						Chromista	Chromista
Vegetabilia	Plantae		Plantae	Plantae		Plantae	Plantae
				Fungi		Fungi	Fungi
Animalia	Animalia		Animalia	Animalia		Animalia	Animalia

Main article: Kingdom (biology) § Summary

Recent comprehensive classifications

Partial classifications exist for many individual groups of organisms and are revised and replaced as new information becomes available; however, comprehensive, published treatments of most or all life are rarer; recent examples are that of Adl et al., 2012 and 2019,^[65][66] which covers eukaryotes only with an emphasis on protists, and Ruggiero et al., 2015,^[67] covering both eukaryotes and prokaryotes to the rank of Order, although both exclude fossil representatives.^[67] A separate compilation (Ruggiero, 2014)^[68] covers extant taxa to the rank of family. Other, database-driven treatments include the Encyclopedia of Life, the Global Biodiversity Information Facility, the NCBI taxonomy database, the Interim Register of Marine and Nonmarine Genera, the Open Tree of Life, and the Catalogue of Life. The Paleobiology Database is a resource for fossils.

Application

Biological taxonomy is a sub-discipline of biology, and is generally practiced by biologists known as "taxonomists", though enthusiastic naturalists are also frequently involved in the publication of new taxa.^[69] Because taxonomy aims to describe and organize life, the work conducted by taxonomists is essential for the study of biodiversity and the resulting field of conservation biology.^[70][71]

Classifying organisms

Main article: Taxonomic rank

Biological classification is a critical component of the taxonomic process. As a result, it informs the user as to what the relatives of the taxon are hypothesized to be. Biological classification uses taxonomic ranks, including among others (in order from most inclusive to least inclusive): Domain, Kingdom, Phylum, Class, Order, Family, Genus, Species, and Strain.^{[72][note 1]}

Taxonomic descriptions

See also: Species description

Type specimen for Nepenthes smilesii, a tropical pitcher plant

The "definition" of a taxon is encapsulated by its description or its diagnosis or by both combined. There are no set rules governing the definition of taxa, but the naming and publication of new taxa is governed by sets of rules.^[8] In zoology, the nomenclature for the more commonly used ranks (superfamily to subspecies), is regulated by the International Code of Zoological Nomenclature (ICZN Code).^[73] In the fields of phycology, mycology, and botany, the naming of taxa is governed by the International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (ICN).^[74]

The initial description of a taxon involves five main requirements:^[75]

1. The taxon must be given a name based on the 26 letters of the Latin alphabet (a binomial for new species, or uninomial for other ranks).
2. The name must be unique (i.e. not a homonym).
3. The description must be based on at least one name-bearing type specimen.
4. It should include statements about appropriate attributes either to describe (define) the taxon or to differentiate it from other taxa (the diagnosis, ICZN Code, Article 13.1.1, ICN, Article 38). Both codes deliberately separate defining the content of a taxon (its circumscription) from defining its name.
5. These first four requirements must be published in a work that is obtainable in numerous identical copies, as a permanent scientific record.

However, often much more information is included, like the geographic range of the taxon, ecological notes, chemistry, behavior, etc. How researchers arrive at their taxa varies: depending on the available data, and resources, methods vary from simple quantitative or qualitative comparisons of striking features, to elaborate computer analyses of large amounts of DNA sequence data.^[76]

Author citation

Main articles: Author citation (botany) and Author citation (zoology)

An "authority" may be placed after a scientific name.^[77] The authority is the name of the scientist or scientists who first validly published the name.^[77] For example, in 1758 Linnaeus gave the Asian elephant the scientific name Elephas maximus, so the name is sometimes written as "Elephas maximus Linnaeus, 1758".^[78] The names of authors are frequently abbreviated: the abbreviation L., for Linnaeus, is commonly used. In botany, there is, in fact, a regulated list of standard abbreviations (see list of botanists by author abbreviation).^[79] The system for assigning authorities differs slightly between botany and zoology.^[8] However, it is standard that if the genus of a species has been changed since the original description, the original authority's name is placed in parentheses.^[80]

Phenetics

Main article: Phenetics

In phenetics, also known as taximetrics, or numerical taxonomy, organisms are classified based on overall similarity, regardless of their phylogeny or evolutionary relationships.^[12] It results in a measure of evolutionary "distance" between taxa. Phenetic methods have become relatively rare in modern times, largely superseded by cladistic analyses, as phenetic methods do not distinguish common ancestral (or plesiomorphic) traits from new common (or apomorphic) traits.^[81] However, certain phenetic methods, such as neighbor joining, have found their way into cladistics, as a reasonable approximation of phylogeny when more advanced methods (such as Bayesian inference) are too computationally expensive.^[82]

Databases

Main article: Taxonomic database

Modern taxonomy uses database technologies to search and catalogue classifications and their documentation.^[83] While there is no commonly used database, there are comprehensive databases such as the Catalogue of Life, which attempts to list every documented species.^[84] The catalogue listed 1.64 million species for all kingdoms as of April 2016, claiming coverage of more than three quarters of the estimated species known to modern science.^[85]

See also

• Automated species identification
• Bacterial taxonomy
• Cladogram
• Cladistics
• Cluster analysis
• Consortium for the Barcode of Life
• Consortium of European Taxonomic Facilities
• Dendrogram
• Genetypes
• Glossary of scientific naming
• Identification (biology)
• Incertae sedis
• Open Tree of Life
• Parataxonomy
• Phenogram
• Set theory
• Taxonomy (general)
• Virus classification

Notes

1. This ranking system can be remembered by the mnemonic "Do Kings Play Chess On Fine Glass Sets?"

References

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External links

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Wikisource has original works on the topic: Taxonomy

• What is taxonomy? at the Natural History Museum London
• Taxonomy at NCBI the National Center for Biotechnology Information
• Taxonomy at UniProt the Universal Protein Resource
• ITIS the Integrated Taxonomic Information System
• CETaF the Consortium of European Taxonomic Facilities
• Wikispecies free species directory
• Biological classification.