La lista de proteínas contiene una gran cantidad de información sobre genes y proteínas . Los proyectos de secuenciación de genes y genomas han llevado a la creación de muchas bases de datos de genes e intentos de organizar toda la información disponible. Las clasificaciones pueden basarse en la estructura de la proteína como en la base de datos CATH y la base de datos de clasificación estructural de proteínas (SCOP). La lista se basa en las categorías biológicas descritas en la lista GO Slims para "GOA y análisis de proteoma completo". [1] Se están realizando modificaciones según sea necesario, pero se está haciendo un esfuerzo para mantener estas categorías de "nivel superior" limitadas en número.
El análisis delgado de GOA y del proteoma completo original contiene muchos “sinónimos” y subcategorías sugeridos para las siguientes categorías. [2]
Proceso biológico desconocido
"Se utiliza para la anotación de productos genéticos cuyo proceso no se conoce o no se puede inferir".
Las proteínas sin función biológica conocida se pueden clasificar de acuerdo con los criterios estructurales de las proteínas (dominios estructurales distintivos), el organismo fuente o la ubicación subcelular.
Categorías estructurales
Las proteínas con funciones desconocidas a veces se pueden clasificar de acuerdo con sus características estructurales si contienen un dominio proteico reconocible.
- Ver dominios de proteínas .
Categorías de organismos
Si lo único que se conoce sobre una proteína es el organismo que la produce, entonces puede disfrutar (como último recurso) de ser categorizada según el organismo.
Componente celular
"La parte de una célula de la cual un producto génico es un componente; para el propósito de GO incluye el entorno extracelular de las células; un producto génico puede ser un componente de una o más partes de una célula; este término incluye productos génicos que son partes de complejos macromoleculares, por la definición de que todos los miembros de un complejo normalmente copurifican en todas las condiciones excepto en las extremas ".
Complejo de proteínas no localizadas
"Se utiliza como lugar de almacenamiento para componentes celulares cuya localización precisa es, hasta ahora, desconocida o no ha sido determinada por GO (esta última es la razón principal por la que los nodos tienen este padre); este término no debe usarse para la anotación de productos genéticos ". Véase también el término componente celular 'componente celular desconocido' (a continuación).
Componente celular desconocido
"Se utiliza para la anotación de productos genéticos cuya localización no se conoce o no se puede inferir". Considere colocar tales proteínas en categorías estructurales o categorías de organismos.
Célula
"La unidad estructural y funcional básica de todos los organismos. Incluye la membrana plasmática y cualquier estructura encapsulante externa, como la pared celular y la envoltura celular".
Superficie celular
"La parte externa de la pared celular y / o membrana celular ".
comentario: Tenga en cuenta que este término está destinado a anotar productos génicos que están adheridos a la membrana plasmática o la pared celular.
2 tipos de proteínas de membrana son " integrales " (como los canales iónicos ) y " periféricas "
Intracelular
exact_synonym: " protoplasma "
"El contenido vivo de una célula; la materia contenida dentro (pero sin incluir) la membrana plasmática, generalmente tomada para excluir grandes vacuolas y masas de material secretor o ingerido. En eucariotas incluye el núcleo y el citoplasma".
Consulte la categoría de orgánulos de Wikipedia.
Citoplasma
"Todo el contenido de una célula excluyendo la membrana plasmática y el núcleo".
Núcleo
"Un orgánulo delimitado por la membrana de células eucariotas en el que los cromosomas se alojan y replican. En la mayoría de las células, el núcleo contiene todos los cromosomas de la célula, excepto los cromosomas orgánulos, y es el sitio de síntesis y procesamiento del ARN. En algunas especies, o en pueden estar ausentes tipos de células especializadas, metabolismo del ARN o replicación del ADN ".
Membrana
sinónimo exacto: "orgánulo de membrana"
"Doble capa de moléculas lipídicas que encierra todas las células y, en eucariotas, muchos orgánulos; puede ser una bicapa lipídica simple o doble; también incluye proteínas asociadas".
Consulte la categoría de biología de membranas de Wikipedia.
Consulte la categoría de proteínas de membrana de Wikipedia.
Consulte la categoría de proteínas de membrana integral de Wikipedia.
Cromosoma
"Una estructura compuesta por una molécula muy larga de ADN y proteínas asociadas (por ejemplo, histonas) que transporta información hereditaria".
Región extracelular
exact_synonym: "extracelular"
Tenga en cuenta que este término está destinado a anotar productos génicos que no están adheridos a la superficie celular.
"El espacio externo a la estructura más externa de una célula. Para las células sin estructuras externas de protección o encapsulantes, esto se refiere al espacio fuera de la membrana plasmática. Este término cubre el entorno de la célula huésped fuera de un parásito intracelular".
Estructura de encapsulación externa
"Una estructura que se encuentra fuera de la membrana plasmática y rodea toda la célula".
Espacio extracelular
"Esa parte de un organismo multicelular que se encuentra fuera de las células propiamente dicha, por lo general se considera que está fuera de las membranas plasmáticas y está ocupada por líquido".
Función molecular
"Actividades elementales, como catálisis o unión, que describen las acciones de un producto génico a nivel molecular. Un producto génico dado puede exhibir una o más funciones moleculares".
Nota : las siguientes cuatro categorías (a continuación) son categorías generales predeterminadas. Intente encontrar categorías funcionales más específicas (más abajo) para proteínas que estas categorías generales.
proceso fisiológico
“Aquellos procesos específicamente pertinentes al funcionamiento de unidades vivas integradas: células, tejidos, órganos y organismos." ...
proceso biológico
"Un fenómeno marcado por cambios que conducen a un resultado particular, mediado por uno o más productos genéticos".
proceso celular
"Procesos que se llevan a cabo a nivel celular, pero que no están necesariamente restringidos a una sola célula. Por ejemplo, la comunicación celular ocurre entre más de una célula, pero ocurre a nivel celular".
proceso fisiológico celular
"Los procesos pertinentes a la función integrada de una célula".
actividad catalítica
related_synonym: " Actividad enzimática "
"Catálisis de una reacción bioquímica a temperaturas fisiológicas. En reacciones catalizadas biológicamente, los reactivos se conocen como sustratos y los catalizadores son sustancias macromoleculares naturales conocidas como enzimas. Las enzimas poseen sitios de unión específicos para sustratos y son por lo general compuesto en su totalidad o en gran parte de proteínas, pero el ARN que tiene actividad catalítica ( ribozima ) a menudo también se considera enzimático ".
Nota : consulte la categoría de enzimas de Wikipedia .
actividad aromatasa
sinónimo_exacto: "estrógeno sintetasa"
"Catálisis de la reacción: RH + flavoproteína reducida + O2 = R-OH + flavoproteína oxidada + H2O."
- Consulte la categoría Wikipedia EC 1.14.14 .
actividad del motor
Catálisis del movimiento a lo largo de una molécula polimérica como un microfilamento o microtúbulo, acoplado a la hidrólisis de un nucleósido trifosfato. También incluye motores procariotas.
Nota : las proteínas motoras de miosina , quinesina y dineína también se encuentran en la categoría del citoesqueleto .
Consulte el artículo sobre proteínas motoras de Wikipedia y la categoría de proteínas motoras de Wikipedia.
actividad helicasa
"Catálisis del desenrollamiento de un dúplex de ADN o ARN".
actividad integrasa
"Catálisis de la integración del ADN posiblemente mediante la formación de un enlace transitorio ADN-proteína".
actividad antioxidante
"Inhibición de las reacciones provocadas por el dioxígeno (O2) o los peróxidos. Por lo general, el antioxidante es eficaz porque él mismo puede oxidarse más fácilmente que la sustancia protegida. El término se aplica a menudo a componentes que pueden atrapar radicales libres, rompiendo así la cadena reacción que normalmente conduce a un daño biológico extenso ".
metabolismo
"Procesos que causan muchos de los cambios químicos en los organismos vivos, incluidos el anabolismo y el catabolismo. Los procesos metabólicos típicamente transforman moléculas pequeñas, pero también incluyen procesos macromoleculares como la reparación y replicación del ADN y la síntesis y degradación de proteínas". Tenga en cuenta que los procesos metabólicos no incluyen funciones o procesos únicos como interacciones proteína-proteína, proteína-ácidos nucleicos, ni interacciones receptor-ligando.
metabolismo de las macromoléculas
Las reacciones químicas que involucran macromoléculas (moléculas grandes que incluyen proteínas, ácidos nucleicos y carbohidratos). Ver también: #catabolismo .
Proteólisis
- Proteasa
- Categoría: EC 3.4
- Inhibidores de la proteasa
- Categoría de inhibidores de la serina proteasa
metabolismo de aminoácidos y derivados
"Las reacciones químicas que involucran aminoácidos, ácidos orgánicos que contienen uno o más sustituyentes amino y compuestos derivados de aminoácidos".
metabolismo de nucleobase, nucleósido, nucleótido y ácido nucleico
"Las reacciones químicas que involucran bases nucleicas, nucleósidos, nucleótidos y ácidos nucleicos".
biosíntesis
"La parte del metabolismo que requiere energía en la que las sustancias más simples se transforman en otras más complejas, como en el crecimiento y otros procesos biosintéticos".
catabolismo
exact_synonym: "breakdown"
exact_synonym: "degradación"
"Cualquier proceso metabólico que implique la descomposición de sustancias complejas en productos más pequeños, incluida la descomposición de compuestos de carbono con la liberación de energía para su uso por la célula u organismo".
Nota : utilice el metabolismo de #macromoléculas (arriba) para proteínas, ácidos nucleicos y carbohidratos.
actividad quinasa
"Catálisis de la transferencia de un grupo fosfato, generalmente de ATP, a una molécula de sustrato".
actividad oxidorreductasa
"Catálisis de una reacción de oxidación-reducción (redox); una reacción química reversible en la que se altera el estado de oxidación de un átomo o átomos dentro de una molécula. Un sustrato actúa como donante de hidrógeno o electrones y se oxida, mientras que el otro actúa como aceptor de hidrógeno o electrones y se reduce ".
actividad transferasa
"Catálisis de la transferencia de un grupo, por ejemplo, un grupo metilo, un grupo glicosilo, un grupo acilo, un grupo que contiene fósforo u otros grupos, de un compuesto (generalmente considerado como donante) a otro compuesto (generalmente considerado como aceptor). Transferasa es el nombre sistemático de cualquier enzima de clase CE 2. "
actividad hidrolasa
"Catálisis de la hidrólisis de varios enlaces, por ejemplo, CO, CN, CC, enlaces de anhídrido fosfórico, etc. Hidrolasa es el nombre sistemático de cualquier enzima de EC clase 3."
actividad de liasa
"Catálisis de la escisión de CC, CO, CN y otros enlaces por otros medios que no sea por hidrólisis u oxidación, o por la adición de un grupo a un doble enlace. Se diferencian de otras enzimas en que dos sustratos están involucrados en una dirección de reacción, pero sólo uno en la otra dirección. Al actuar sobre el sustrato simple, se elimina una molécula y esto genera un nuevo doble enlace o un nuevo anillo ". (CE: 4)
actividad de isomerasa
"Catálisis de los cambios geométricos o estructurales dentro de una molécula. Isomerasa es el nombre sistemático de cualquier enzima de EC clase 5."
actividad ligasa
"Catálisis de la ligadura de dos sustancias con ruptura concomitante de un enlace difosfato, generalmente en un nucleósido trifosfato. Ligasa es el nombre sistemático para cualquier enzima de la clase EC 6."
actividad del regulador enzimático
"Modula la actividad de una enzima".
exact_synonym: "modulador enzimático"
actividad del transductor de señal
namespace: molecular_function def: "Media la transferencia de una señal desde el exterior al interior de una célula por medios distintos a la introducción de la propia molécula de señal en la célula".
actividad de la molécula estructural
"La acción de una molécula que contribuye a la integridad estructural de un complejo o ensamblaje dentro o fuera de una célula".
Citoesqueleto
El citoesqueleto está compuesto por filamentos de proteínas en el citoplasma.
- La categoría de citoesqueleto de Wikipedia .
la matriz extracelular
"Una capa que consta principalmente de proteínas (especialmente colágeno) y glicosaminoglicanos (principalmente como proteoglicanos) que forma una lámina subyacente a las células, como las células endoteliales y epiteliales. Las proteínas son secretadas por las células cercanas. Como en, pero no restringido a, el animales multicelulares.
Unión
"La interacción selectiva, a menudo estequiométrica, de una molécula con uno o más sitios específicos en otra molécula". Para ligandos que se unen a receptores transductores de señales, considere el término de función molecular 'unión al receptor' ( actividad del receptor , a continuación)
Actividad del receptor
"Combinando con un mensajero extracelular o intracelular para iniciar un cambio en la actividad celular".
La categoría de receptores de Wikipedia .
enlace proteico
"Interactuar selectivamente con cualquier proteína o complejo proteico (un complejo de dos o más proteínas que puede incluir otras moléculas no proteicas)".
unión de lípidos
"Interactuar de forma selectiva y no covalente con un lípido". (IR: 0008289)
- Proteínas de transferencia de lípidos
motilidad celular
"Cualquier proceso involucrado en el movimiento controlado de una célula".
exact_synonym: "locomoción celular"
exact_synonym: "movimiento celular" Nota : vea también #actividad motora (arriba) para otras proteínas involucradas en la motilidad celular.
fusión de membranas
"La unión de dos bicapas lipídicas para formar una sola membrana".
comunicación celular
"Cualquier proceso que media las interacciones entre una célula y su entorno. Abarca interacciones como la señalización o la unión entre una célula y otra célula, entre una célula y una matriz extracelular, o entre una célula y cualquier otro aspecto de su entorno".
regulación del proceso biológico
"Cualquier proceso que modula la frecuencia, velocidad o extensión de un proceso biológico. Los procesos biológicos están regulados por muchos medios; los ejemplos incluyen el control de la expresión génica, la modificación de proteínas o la interacción con una proteína o molécula de sustrato".
desarrollo
"El proceso biológico dirigido específicamente a la progresión de un organismo a lo largo del tiempo desde una condición inicial (por ejemplo, un animal multicelular, un adulto de edad avanzada o un organismo unicelular maduro)". ('proceso de desarrollo').
diferenciación celular
"El proceso mediante el cual células relativamente no especializadas, por ejemplo, células embrionarias o regenerativas, adquieren características estructurales y / o funcionales especializadas que caracterizan las células, tejidos u órganos del organismo maduro o alguna otra fase relativamente estable de la historia de vida del organismo".
respuesta al estímulo
"Un cambio en el estado o la actividad de una célula u organismo (en términos de movimiento, secreción, producción de enzimas, expresión génica, etc.) como resultado de la percepción de un estímulo".
comportamiento
"Las acciones o reacciones específicas de un organismo en respuesta a estímulos externos o internos. Actividad modelada de un organismo completo de una manera que depende de alguna combinación del estado interno y las condiciones externas de ese organismo".
Adhesión celular
muerte celular
"La alteración específica de los procesos dentro de una célula de modo que sus funciones vitales cesen notablemente, en lugar de simplemente deteriorarse gradualmente con el tiempo, lo que culmina en la muerte celular".
transporte
"El movimiento dirigido de sustancias (como macromoléculas, moléculas pequeñas, iones) dentro, fuera, dentro o entre las células".
actividad transportadora de proteínas
"Permite el movimiento dirigido de proteínas dentro, fuera, dentro o entre las células".
Transporte nuclear
- importin , factor de transporte nuclear 2 (NTF2) , Ran , exportin
actividad del transportador de iones
"Permite el movimiento dirigido de átomos cargados o pequeñas moléculas cargadas dentro, fuera, dentro o entre las células".
actividad del transportador de canal o clase de poro
"Permite la difusión facilitada (mediante un proceso independiente de la energía) mediante el paso a través de un poro o canal acuoso transmembrana sin un mecanismo mediado por un portador. No exhiben estereoespecificidad, pero pueden ser específicos para una especie molecular o clase de moléculas en particular".
actividad del transportista
sinónimo exacto: "transportador de tipo portador"
"Catálisis de la transferencia de una sustancia específica o grupo relacionado de sustancias de un lado de la membrana al otro".
actividad de permease
"Catálisis de la transferencia estereoespecífica de un sustrato a través de una membrana biológica".
secreción
"La liberación regulada de una sustancia por una célula o grupo de células".
actividad del transportador de electrones
"Permite el movimiento dirigido de electrones dentro, fuera, dentro o entre las células".
transporte de electrones
"El transporte de electrones de un donante de electrones a un aceptor de electrones". (transferencia de electrones)
Patogénesis
"Los procesos específicos que generan la capacidad de un organismo de causar enfermedad en otro".
Tenga en cuenta que este término no debe usarse para anotar productos génicos que están involucrados en la respuesta del huésped a la patogénesis. Solo debe utilizarse para anotar aquellos productos génicos implicados en la generación de patogénesis por parte del propio patógeno (virulencia).
actividad del regulador acompañante
"Modula la actividad de una chaperona molecular".
unión de ácido nucleico
"Interactuar selectivamente con cualquier ácido nucleico".
actividad reguladora de la transcripción
"Desempeña un papel en la regulación de la transcripción; puede unirse a una secuencia de ADN promotora o potenciadora o interactuar con un factor de transcripción de unión al ADN ".
Categoría: Factores de transcripción
Categoría: Correguladores de la transcripción ; Correguladores de la transcripción como PELP-1 ; Coactivador (genética)
organización de la estructura extracelular y biogénesis
"El ensamblaje y disposición de estructuras en el espacio externo a la estructura más externa de una célula. Para las células sin estructuras protectoras externas o encapsulantes externas, esto se refiere al espacio fuera de la membrana plasmática, y también cubre el entorno de la célula huésped fuera de un parásito intracelular. "
exact_synonym: "organización de la estructura extracelular y biogénesis"
actividad del regulador de traducción
"Cualquier sustancia involucrada en el inicio, activación, perpetuación, represión o terminación de la síntesis de polipéptidos en el ribosoma".
Ver también
- artículos solicitados sobre familias de proteínas
- Ontología (informática) : esquema conceptual exhaustivo y riguroso sobre una colección de información como genomas y proteomas .
Referencias
- ^ "GO Slims Format-versión: 1.0 fecha: 17: 08: 2005 14:57" . Archivado desde el original el 2 de octubre de 2012 . Consultado el 4 de septiembre de 2005 .
- ^ GOA y análisis de proteoma completo delgado Este es un archivo ftp
- ^ Navegador de taxonomía NCBI
- ^ WikiSpecies
enlaces externos
- familias de genes