La variación estructural genómica es la variación en la estructura del cromosoma de un organismo . Consiste en muchos tipos de variación en el genoma de una especie y, por lo general, incluye tipos microscópicos y submicroscópicos , como deleciones, duplicaciones, variantes de número de copias , inserciones, inversiones y translocaciones . Originalmente, una variación de estructura afecta a una longitud de secuencia de aproximadamente 1 kb a 3 Mb, que es más grande que los SNP y más pequeña que la anomalía cromosómica (aunque las definiciones tienen cierta superposición). [1]Sin embargo, la gama operativa de variantes estructurales se ha ampliado para incluir eventos> 50 pb. [2] La definición de variación estructural no implica nada sobre la frecuencia o los efectos fenotípicos. Muchas variantes estructurales están asociadas con enfermedades genéticas , sin embargo, muchas no lo están. [3] [4] Investigaciones recientes sobre SV indican que los SV son más difíciles de detectar que los SNP. Aproximadamente el 13% del genoma humano se define como variante estructural en la población normal, y hay al menos 240 genes que existen como polimorfismos de deleción homocigotos en poblaciones humanas, lo que sugiere que estos genes son prescindibles en humanos. [4] La evidencia que se acumula rápidamente indica que las variaciones estructurales pueden comprender millones de nucleótidos de heterogeneidad dentro de cada genoma, y es probable que hagan una contribución importante a la diversidad humana y la susceptibilidad a las enfermedades.
Variación estructural microscópica
Microscópico significa que puede detectarse con microscopios ópticos , como aneuploidías , cromosomas marcadores , reordenamientos macroscópicos y variación en el tamaño de los cromosomas. [5] [6] Se cree que la frecuencia en la población humana está subestimada debido al hecho de que algunos de estos no son realmente fáciles de identificar. Estas anomalías estructurales existen en 1 de cada 375 nacidos vivos según información putativa. [7]
Variación estructural submicroscópica
Las variantes estructurales submicroscópicas son mucho más difíciles de detectar debido a su pequeño tamaño. El primer estudio en 2004 que utilizó microarrays de ADN pudo detectar decenas de loci genéticos que exhibían variaciones en el número de copias , deleciones y duplicaciones , superiores a 100 kilobases en el genoma humano. [8] Sin embargo, en 2015, los estudios de secuenciación del genoma completo podrían detectar alrededor de 5,000 variantes estructurales tan pequeñas como 100 pares de bases que abarcan aproximadamente 20 megabases en cada genoma individual. [3] [4] Estas variantes estructurales incluyen deleciones, duplicaciones en tándem, inversiones , inserciones de elementos móviles . La tasa de mutación también es mucho más alta que las variantes estructurales microscópicas, estimadas por dos estudios en 16% y 20% respectivamente, ambas probablemente subestimadas debido a los desafíos de detectar con precisión las variantes estructurales. [3] [9] También se ha demostrado que la generación de variantes estructurales espontáneas aumenta significativamente la probabilidad de generar más variantes espontáneas de un solo nucleótido o indeles dentro de las 100 kilobases del evento de variación estructural. [3]
Variación del número de copias
La variación del número de copias (CNV) es una gran categoría de variación estructural, que incluye inserciones , eliminaciones y duplicaciones . En estudios recientes, las variaciones en el número de copias se prueban en personas que no tienen enfermedades genéticas, utilizando métodos que se utilizan para el genotipado cuantitativo de SNP. Los resultados muestran que el 28% de las regiones sospechosas en los individuos en realidad contienen variaciones en el número de copias. [10] [11] Además, las NVC en el genoma humano afectan a más nucleótidos que el polimorfismo de nucleótido único (SNP). También es digno de mención que muchas de las CNV no se encuentran en regiones codificantes. Debido a que las CNV generalmente son causadas por una recombinación desigual , secuencias similares generalizadas como LINE y SINE pueden ser un mecanismo común de creación de CNV. [12] [13]
Inversión
Se conocen varias inversiones relacionadas con las enfermedades humanas. Por ejemplo, la inversión recurrente de 400 kb en el gen del factor VIII es una causa común de hemofilia A , [14] y las inversiones más pequeñas que afectan a la idunorato 2-sulfatasa (IDS) causarán el síndrome de Hunter . [15] Más ejemplos incluyen el síndrome de Angelman y el síndrome de Sotos . Sin embargo, investigaciones recientes muestran que una persona puede tener 56 inversiones putativas, por lo que las inversiones que no son enfermedades son más comunes de lo que se suponía anteriormente. También en este estudio se indica que los puntos de corte de inversión se asocian comúnmente con duplicaciones segmentarias. [16] Una inversión de 900 kb en el cromosoma 17 está bajo selección positiva y se prevé que aumente su frecuencia en la población europea. [17]
Otras variantes estructurales
Pueden ocurrir variantes estructurales más complejas que incluyen una combinación de las anteriores en un solo evento. [3] El tipo más común de variación estructural compleja son las duplicaciones no en tándem, donde la secuencia se duplica y se inserta en orientación directa o invertida en otra parte del genoma. [3] Otras clases de variantes estructurales complejas incluyen deleción-inversión-deleciones, duplicación-inversión-duplicaciones y duplicaciones en tándem con deleciones anidadas. [3] También hay translocaciones crípticas y disomía uniparental segmentaria (UPD). Hay informes cada vez mayores de estas variaciones, pero son más difíciles de detectar que las variaciones tradicionales porque estas variantes están equilibradas y los métodos basados en matrices o basados en PCR no pueden localizarlas. [18]
Variación estructural y fenotipos
Se sospecha que algunas enfermedades genéticas son causadas por variaciones estructurales, pero la relación no es muy segura. No es plausible dividir estas variantes en dos clases como "normal" o "enfermedad", porque la producción real de la misma variante también variará. Además, algunas de las variantes se seleccionan positivamente para (mencionadas anteriormente). Una serie de estudios ha demostrado que los genes que alteran las NVC espontáneas ( de novo ) alteran los genes con una frecuencia aproximadamente cuatro veces mayor en el autismo que en los controles y contribuyen a aproximadamente el 5-10% de los casos. [3] [19] [20] [21] [22] Las variantes heredadas también contribuyen a alrededor del 5-10% de los casos de autismo. [3]
Las variaciones estructurales también tienen su función en la genética de poblaciones. Se puede usar una frecuencia diferente de una misma variación como marca genética para inferir la relación entre poblaciones en diferentes áreas. Una comparación completa entre la variación estructural de humanos y chimpancés también sugirió que algunos de estos pueden estar fijos en una especie debido a su función adaptativa. [23] También hay deleciones relacionadas con la resistencia contra la malaria y el SIDA . [24] [25] Además, se cree que algunos segmentos muy variables se deben a la selección equilibrada, pero también hay estudios en contra de esta hipótesis. [26]
Base de datos de variación estructural
Algunos de los navegadores del genoma y las bases de datos bioinformáticas tienen una lista de variaciones estructurales en el genoma humano con énfasis en las CNV, y pueden mostrarlas en la página de navegación del genoma, por ejemplo, UCSC Genome Browser . [27] Debajo de la página que visualiza una parte del genoma, hay "CNV de células comunes" y "Var estructural" que se pueden habilitar. En NCBI, hay una página especial [28] para variaciones estructurales. En ese sistema, se muestran tanto las coordenadas "internas" como las "externas"; ambos no son puntos de ruptura reales, sino un rango de secuencia mínimo y máximo supuestamente afectado por la variación estructural. Los tipos se clasifican en inserción, pérdida, ganancia, inversión, LOH, evertido, transchr y UPD. [ cita requerida ]
Métodos de detección
Se han desarrollado nuevos métodos para analizar la variación estructural genética humana a altas resoluciones. Los métodos utilizados para probar el genoma son de una manera dirigida específica o de una manera amplia del genoma. Para las pruebas de todo el genoma, los enfoques de hibridación del genoma comparativo basados en matrices brindan las mejores exploraciones de todo el genoma para encontrar nuevas variantes de número de copias. [30] Estas técnicas utilizan fragmentos de ADN que están marcados a partir de un genoma de interés y se hibridan, con otro genoma etiquetado de manera diferente, a matrices manchadas con fragmentos de ADN clonados. Esto revela diferencias en el número de copias entre dos genomas. [30]
Para los exámenes del genoma dirigidos, los mejores ensayos para comprobar áreas específicas del genoma se basan principalmente en la PCR. El mejor establecido de los métodos basados en PCR es la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real (qPCR). [30] Un enfoque diferente es verificar específicamente ciertas áreas que rodean duplicaciones segmentarias conocidas, ya que generalmente son áreas de variación en el número de copias. [30] Se puede utilizar un método de genotipado de SNP que ofrece intensidades de fluorescencia independientes para dos alelos para apuntar a los nucleótidos entre dos copias de una duplicación segmentaria. [30] A partir de esto, se puede observar un aumento en la intensidad de uno de los alelos en comparación con el otro.
Con el desarrollo de la tecnología de secuenciación de próxima generación (NGS), se han informado cuatro clases de estrategias para la detección de variantes estructurales con datos de NGS, cada una de las cuales se basa en patrones que son diagnósticos de diferentes clases de SV. [31] [29] [32] [33]
- Los métodos de lectura en profundidad o lectura-recuento asumen una distribución aleatoria (por ejemplo, distribución de Poisson ) de lecturas a partir de una secuencia de lectura corta. Se investiga la divergencia de esta distribución para descubrir duplicaciones y eliminaciones. Las regiones con duplicación mostrarán una mayor profundidad de lectura, mientras que aquellas con eliminación resultarán en una menor profundidad de lectura.
- Los métodos de lectura dividida permiten la detección de inserciones (incluidas las inserciones de elementos móviles ) y eliminaciones hasta una resolución de un solo par de bases. La presencia de un SV se identifica a partir de una alineación discontinua con el genoma de referencia. Un espacio en la lectura marca una eliminación y en la referencia marca una inserción.
- Los métodos de lectura de pares examinan la longitud y la orientación de las lecturas de los extremos emparejados a partir de datos de secuenciación de lectura corta. Por ejemplo, los pares de lectura más separados de lo esperado indican una eliminación. Las translocaciones, inversiones y duplicaciones en tándem también se pueden descubrir utilizando pares de lectura.
- El ensamblaje de secuencia de novo se puede aplicar con lecturas que sean lo suficientemente precisas. Si bien en la práctica el uso de este método está limitado por la longitud de las lecturas de secuencia, los ensamblajes genómicos basados en lecturas largas ofrecen el descubrimiento de variaciones estructurales para clases tales como inserciones que escapan a la detección cuando se usan otros métodos. [34]
Ver también
- Variación estructural en el genoma humano
Referencias
- ^ Feuk, Lars; Carson, Andrew R .; Scherer, Stephen W. (2006). "Variación estructural en el genoma humano". Nature Reviews Genética . 7 (2): 85–97. doi : 10.1038 / nrg1767 . PMID 16418744 . S2CID 17255998 .
- ^ Alkan, Can; Coe, Bradley P .; Eichler, Evan E. (1 de marzo de 2011). "Descubrimiento de variación estructural del genoma y genotipado" . Nature Reviews Genética . 12 (5): 363–376. doi : 10.1038 / nrg2958 . ISSN 1471-0056 . PMC 4108431 . PMID 21358748 .
- ^ a b c d e f g h yo Brandler, William M .; Antaki, Danny; Gujral, Madhusudan; Noor, Amina; Rosanio, Gabriel; Chapman, Timothy R .; Barrera, Daniel J .; Lin, Guan Ning; Malhotra, Dheeraj; Watts, Amanda C .; Wong, Lawrence C .; Estabillo, Jasper A .; Gadomski, Therese E .; Hong, Oanh; Fajardo, Karin V. Fuentes; Bhandari, Abhishek; Owen, Renius; Baughn, Michael; Yuan, Jeffrey; Solomon, Terry; Moyzis, Alexandra G .; Maile, Michelle S .; Sanders, Stephan J .; Reiner, Gail E .; Vaux, Keith K .; Strom, Charles M .; Zhang, Kang; Muotri, Alysson R .; Akshoomoff, Natacha; Leal, Suzanne M .; Pierce, Karen; Courchesne, Eric; Iakoucheva, Lilia M .; Corsello, Christina; Sebat, Jonathan (24 de marzo de 2016). "Frecuencia y complejidad de la mutación estructural de Novo en el autismo" . The American Journal of Human Genetics . 98 (4): 667–79. doi : 10.1016 / j.ajhg.2016.02.018 . PMC 4833290 . PMID 27018473 .
- ^ a b c Sudmant, Peter H .; Rausch, Tobías; Gardner, Eugene J .; Handsaker, Robert E .; Abyzov, Alexej; Huddleston, John; Zhang, Yan; Ye, Kai; Jun, Goo; Hsi-Yang Fritz, Markus; Konkel, Miriam K .; Malhotra, Ankit; Stütz, Adrian M .; Shi, Xinghua; Paolo Casale, Francesco; Chen, Jieming; Hormozdiari, Fereydoun; Dayama, Gargi; Chen, Ken; Malig, Maika; Chaisson, Mark JP; Walter, Klaudia; Meiers, Sascha; Kashin, Seva; Guarnición, Erik; Auton, Adam; Lam, Hugo YK; Jasmine Mu, Xinmeng; Alkan, Can; Antaki, Danny; Bae, Taejeong; Cerveira, Eliza; Chines, Peter; Chong, Zechen; Clarke, Laura; Dal, Elif; Ding, Li; Emery, Sarah; Fan, Xian; Gujral, Madhusudan; Kahveci, Fatma; Kidd, Jeffrey M .; Kong, Yu; Lameijer, Eric-Wubbo; McCarthy, Shane; Flicek, Paul; Gibbs, Richard A .; Marth, Gabor; Mason, Christopher E .; Menelaou, Androniki; Muzny, Donna M .; Nelson, Bradley J .; Noor, Amina; Parrish, Nicholas F .; Pendleton, Matthew; Quitadamo, Andrés; Raeder, Benjamin; Schadt, Eric E .; Romanovitch, Mallory; Schlattl, Andreas; Sebra, Robert; Shabalin, Andrey A .; Untergasser, Andreas; Walker, Jerilyn A .; Wang, Min; Yu, Fuli; Zhang, Chengsheng; Zhang, Jing; Zheng-Bradley, Xiangqun; Zhou, varita mágica; Zichner, Thomas; Sebat, Jonathan; Batzer, Mark A .; McCarroll, Steven A .; Mills, Ryan E .; Gerstein, Mark B .; Bashir, Ali; Stegle, Oliver; Devine, Scott E .; Lee, Charles; Eichler, Evan E .; Korbel, Jan O. (30 de septiembre de 2015). "Un mapa integrado de variación estructural en 2.504 genomas humanos" . Naturaleza . 526 (7571): 75–81. Bibcode : 2015Natur.526 ... 75. . doi : 10.1038 / nature15394 . PMC 4617611 . PMID 26432246 .
- ^ Reich, David E .; Schaffner, Stephen F .; Daly, Mark J .; McVean, Gil ; Mullikin, James C .; Higgins, John M .; Richter, Daniel J .; Lander, Eric S .; Altshuler, David (2002). "Variación de la secuencia del genoma humano y la influencia de la historia del gen, mutación y recombinación". Genética de la naturaleza . 32 (1): 135–42. doi : 10.1038 / ng947 . PMID 12161752 . S2CID 16822751 .
- ^ Gripenberg, Ulla (1964). "Variación de tamaño y orientación del cromosoma Y humano". Cromosoma . 15 (5): 618-29. doi : 10.1007 / BF00319995 . PMID 14333154 . S2CID 26549548 .
- ^ Wyandt, ÉL; Tonk, VS (2004). Atlas de heteromorfismos cromosómicos humanos . Países Bajos: Kluwer Academic. ISBN 978-90-481-6296-3.[ página necesaria ]
- ^ Sebat, J. (23 de julio de 2004). "Polimorfismo de número de copia a gran escala en el genoma humano". Ciencia . 305 (5683): 525–528. Código Bibliográfico : 2004Sci ... 305..525S . doi : 10.1126 / science.1098918 . PMID 15273396 .
- ^ Kloosterman, Wigard P .; Francioli, Laurent C .; Hormozdiari, Fereydoun; Marschall, Tobias; Hehir-Kwa, Jayne Y .; Abdellaoui, Abdel; Lameijer, Eric-Wubbo; Moed, Matthijs H .; Koval, Vyacheslav; Renkens, Ivo; van Roosmalen, Markus J .; Arp, Pascal; Karssen, Lennart C .; Coe, Bradley P .; Handsaker, Robert E .; Suchiman, Eka D .; Cuppen, Edwin; Thung, Djie Tjwan; McVey, Mitch; Wendl, Michael C .; Uitterlinden, André; van Duijn, Cornelia M .; Swertz, Morris A .; Wijmenga, Cisca; van Ommen, GertJan B .; Slagboom, P. Eline; Boomsma, Dorret I .; Schönhuth, Alexander; Eichler, Evan E .; de Bakker, Paul IW; Ye, Kai; Guryev, Victor (junio de 2015). "Características de los cambios estructurales de novo en el genoma humano" . Investigación del genoma . 25 (6): 792–801. doi : 10.1101 / gr.185041.114 . PMC 4448676 . PMID 25883321 .
- ^ Sebat, J .; Lakshmi, B; Troge, J; Alexander, J; Young, J; Lundin, P; Månér, S; Massa, H; et al. (2004). "Polimorfismo de número de copia a gran escala en el genoma humano". Ciencia . 305 (5683): 525–8. Código Bibliográfico : 2004Sci ... 305..525S . doi : 10.1126 / science.1098918 . PMID 15273396 .
- ^ Iafrate, A John; Feuk, Lars; Rivera, Miguel N; Listewnik, Marc L; Donahoe, Patricia K ; Qi, Ying; Scherer, Stephen W; Lee, Charles (2004). "Detección de variaciones a gran escala en el genoma humano" . Genética de la naturaleza . 36 (9): 949–51. doi : 10.1038 / ng1416 . PMID 15286789 .
- ^ Lupski, James R. (2010). "Retrotransposición y variación estructural en el genoma humano". Celular . 141 (7): 1110–2. doi : 10.1016 / j.cell.2010.06.014 . PMID 20602993 . S2CID 2047696 .
- ^ Lam, Hugo YK; Mu, jazmín de Xinmeng; Stutz, Adrian M; Tanzer, Andrea; Cayting, Philip D; Snyder, Michael; Kim, Philip M; Korbel, Jan O ; Gerstein, Mark B (2010). "Análisis de resolución de nucleótidos de variantes estructurales utilizando BreakSeq y una biblioteca de puntos de interrupción" . Biotecnología de la naturaleza . 28 (1): 47–55. doi : 10.1038 / nbt.1600 . PMC 2951730 . PMID 20037582 .
- ^ Lakich, Delia; Kazazian, Haig H .; Antonarakis, Stylianos E .; Gitschier, Jane (1993). "Las inversiones que alteran el gen del factor VIII son una causa común de hemofilia A grave". Genética de la naturaleza . 5 (3): 236–41. doi : 10.1038 / ng1193-236 . PMID 8275087 . S2CID 25636383 .
- ^ Bondeson, Maire-Louise; Dahl, Niklas; Malmgren, Helena; Kleijer, Wim J .; Tönnesen, Tönne; Carlberg, Britt-Marie; Pettersson, Ulf (1995). "Inversión del gen IDS resultante de la recombinación con secuencias relacionadas con IDS en una causa común del síndrome de Hunter". Genética molecular humana . 4 (4): 615-21. doi : 10.1093 / hmg / 4.4.615 . PMID 7633410 .
- ^ Tuzun, Eray; Sharp, Andrew J; Bailey, Jeffrey A; Kaul, Rajinder; Morrison, V Anne; Pertz, Lisa M; Haugen, Eric; Hayden, Hillary; et al. (2005). "Variación estructural a escala fina del genoma humano". Genética de la naturaleza . 37 (7): 727–32. doi : 10.1038 / ng1562 . PMID 15895083 . S2CID 14162962 .
- ^ Stefansson, Hreinn; Helgason, Agnar; Thorleifsson, Gudmar; Steinthorsdottir, Valgerdur; Masson, Gisli; Barnard, John; Baker, Adam; Jonasdottir, Aslaug; et al. (2005). "Una inversión común bajo selección en los europeos". Genética de la naturaleza . 37 (2): 129–37. doi : 10.1038 / ng1508 . PMID 15654335 . S2CID 120515 .
- ^ Cantado, Wing-Kin. Algoritmos para secuenciación de próxima generación . Boca Ratón. pag. 215. ISBN 978-1-4665-6551-7. OCLC 987790994 .
- ^ Sebat, J .; Lakshmi, B .; Malhotra, D .; Troge, J .; Lese-Martin, C .; Walsh, T .; Yamrom, B .; Yoon, S .; Krasnitz, A .; Kendall, J .; Leotta, A .; Pagado.; Zhang, R .; Lee, Y.-H .; Hicks, J .; Spence, SJ; Lee, AT; Puura, K .; Lehtimaki, T .; Ledbetter, D .; Gregersen, PK; Bregman, J .; Sutcliffe, JS; Jobanputra, V .; Chung, W .; Warburton, D .; King, M.-C .; Skuse, D .; Geschwind, DH; Gilliam, TC; Ye, K .; Wigler, M. (20 de abril de 2007). "Fuerte asociación de mutaciones de número de copia de Novo con autismo" . Ciencia . 316 (5823): 445–449. Código Bibliográfico : 2007Sci ... 316..445S . doi : 10.1126 / science.1138659 . PMC 2993504 . PMID 17363630 .
- ^ Pinto, Dalila; Delaby, Elsa; Merico, Daniele; Barbosa, Mafalda; Merikangas, Alison; Klei, Lambertus; Thiruvahindrapuram, Bhooma; Xu, Xiao; Ziman, Robert; Wang, Zhuozhi; Vorstman, Jacob AS; Thompson, Ann; Regan, Regina; Pilorge, Marion; Pellecchia, Giovanna; Pagnamenta, Alistair T .; Oliveira, Bárbara; Marshall, Christian R .; Magalhaes, Tiago R .; Lowe, Jennifer K .; Howe, Jennifer L .; Griswold, Anthony J .; Gilbert, John; Duketis, Eftichia; Dombroski, Beth A .; De Jonge, Maretha V .; Cuccaro, Michael; Crawford, Emily L .; Correia, Catarina T .; et al. (Mayo de 2014). "Convergencia de genes y vías celulares desreguladas en los trastornos del espectro autista" . The American Journal of Human Genetics . 94 (5): 677–694. doi : 10.1016 / j.ajhg.2014.03.018 . PMC 4067558 . PMID 24768552 .
- ^ Levy, Dan; Ronemus, Michael; Yamrom, Boris; Lee, Yoon-ha; Leotta, Anthony; Kendall, Jude; Marks, Steven; Lakshmi, B .; Pai, Deepa; Sí, Kenny; Buja, Andreas; Krieger, Abba; Yoon, Seungtai; Troge, Jennifer; Rodgers, Linda; Iossifov, Ivan; Wigler, Michael (junio de 2011). "Variación rara de Novo y número de copia transmitida en los trastornos del espectro autista". Neurona . 70 (5): 886–897. doi : 10.1016 / j.neuron.2011.05.015 . PMID 21658582 . S2CID 11132936 .
- ^ Sanders, Stephan J .; Ercan-Sencicek, A. Gulhan; Hus, Vanessa; Luo, Rui; Murtha, Michael T .; Moreno-De-Luca, Daniel; Chu, Su H .; Moreau, Michael P .; Gupta, Abha R .; Thomson, Susanne A .; Mason, Christopher E .; Bilguvar, Kaya; Celestino-Soper, Patricia BS; Choi, Murim; Crawford, Emily L .; Davis, Lea; Davis Wright, Nicole R .; Dhodapkar, Rahul M .; DiCola, Michael; DiLullo, Nicholas M .; Fernández, Thomas V .; Fielding-Singh, Vikram; Fishman, Daniel O .; Frahm, Stephanie; Garagaloyan, Rouben; Goh, Gerald S .; Kammela, Sindhuja; Klei, Lambertus; Lowe, Jennifer K .; Lund, Sabata C .; McGrew, Anna D .; Meyer, Kyle A .; Moffat, William J .; Murdoch, John D .; O'Roak, Brian J .; Ober, Gordon T .; Pottenger, Rebecca S .; Raubeson, Melanie J .; Song, Youeun; Wang, Qi; Yaspan, Brian L .; Yu, Timothy W .; Yurkiewicz, Ilana R .; Beaudet, Arthur L .; Cantor, Rita M .; Curland, Martin; Grice, Dorothy E .; Günel, Murat; Lifton, Richard P .; Mane, Shrikant M .; Martin, Donna M .; Shaw, Chad A .; Sheldon, Michael; Tischfield, Jay A .; Walsh, Christopher A .; Morrow, Eric M .; Ledbetter, David H .; Fombonne, Eric; Señor, Catherine; Martin, Christa Lese; Brooks, Andrew I .; Sutcliffe, James S .; Cook, Edwin H .; Geschwind, Daniel; Roeder, Kathryn ; Devlin, Bernie; Estado, Matthew W. (junio de 2011). "Varias CNV recurrentes de Novo, incluidas las duplicaciones de la región del síndrome de Williams 7q11.23, están fuertemente asociadas con el autismo" . Neurona . 70 (5): 863–885. doi : 10.1016 / j.neuron.2011.05.002 . PMC 3939065 . PMID 21658581 .
- ^ Johnson, Matthew E .; Viggiano, Luigi; Bailey, Jeffrey A .; Abdul-Rauf, Munah; Goodwin, Graham; Rocchi, Mariano; Eichler, Evan E. (2001). "Selección positiva de una familia de genes durante la aparición de humanos y simios africanos". Naturaleza . 413 (6855): 514–9. Código Bibliográfico : 2001Natur.413..514J . doi : 10.1038 / 35097067 . PMID 11586358 . S2CID 4327069 .
- ^ Redon, Richard; Ishikawa, Shumpei; Fitch, Karen R .; Feuk, Lars; Perry, George H .; Andrews, T. Daniel; Fiegler, Heike; Shapero, Michael H .; et al. (2006). "Variación global en el número de copias en el genoma humano" . Naturaleza . 444 (7118): 444–54. Código Bibliográfico : 2006Natur.444..444R . doi : 10.1038 / nature05329 . PMC 2669898 . PMID 17122850 .
- ^ González, E .; Kulkarni, H; Bolívar, H; Mangano, A; Sánchez, R; Catano, G; Nibbs, RJ; Freedman, BI; et al. (2005). "La influencia de las duplicaciones segmentarias que contienen el gen CCL3L1 sobre la susceptibilidad al VIH-1 / SIDA". Ciencia . 307 (5714): 1434–40. Código Bibliográfico : 2005Sci ... 307.1434G . doi : 10.1126 / science.1101160 . PMID 15637236 .
- ^ Bubb, KL; Bovee, D; Buckley, D; Haugen, E; Kibukawa, M; Paddock, M; Palmieri, A; Subramanian, S; et al. (2006). "La exploración del genoma humano no revela ningún nuevo loci bajo antigua selección de equilibrio" . Genética . 173 (4): 2165–77. doi : 10.1534 / genetics.106.055715 . PMC 1569689 . PMID 16751668 .
- ^ "Human hg38 chr1: 11,102,837-11,267,747 UCSC Genome Browser v374" .
- ^ "Visión general de la variación estructural" .
- ^ a b Tattini, Lorenzo; D'Aurizio, Romina; Magi, Alberto (2015). "Detección de variantes estructurales genómicas a partir de datos de secuenciación de próxima generación" . Fronteras en Bioingeniería y Biotecnología . 3 (92): 92. doi : 10.3389 / fbioe.2015.00092 . PMC 4479793 . PMID 26161383 .
- ^ a b c d e Feuk, L .; Carson, AR; Schere, SW (2006). "Variación estructural en el genoma humano". Nature Reviews Genética . 7 (2): 85–97. doi : 10.1038 / nrg1767 . PMID 16418744 . S2CID 17255998 .
- ^ Korbel JO, Urban AE, Affourtit JP, Godwin B, Grubert F, Simons JF, Kim PM, Palejev D, Carriero NJ, Du L, Taillon BE, Chen Z, Tanzer A, Saunders AC, Chi J, Yang F, Carter NP , Hurles ME, Weissman SM, Harkins TT, Gerstein MB, Egholm M, Snyder M (octubre de 2007). "El mapeo de extremos emparejados revela una amplia variación estructural en el genoma humano" . Ciencia . 318 (5849): 420–6. doi : 10.1126 / science.1149504 . PMC 2674581 . PMID 17901297 .
- ^ Alkan, Can; Coe, Bradley P .; Eichler, Evan E. (2011). "Descubrimiento de variación estructural del genoma y genotipado" . Nature Reviews Genética . 12 (5): 363–376. doi : 10.1038 / nrg2958 . PMC 4108431 . PMID 21358748 .
- ^ Kuzniar, Arnold; Maassen, Jason; Verhoeven, Stefan; Santuari, Luca; Shneider, Carl; Kloosterman, Wigard P .; de Ridder, Jeroen (2020). "sv-callers: un flujo de trabajo paralelo altamente portátil para la detección de variantes estructurales en datos de secuencia de genoma completo" . PeerJ . 8 (5): 2167–8359. doi : 10.7717 / peerj.8214 . PMC 6951283 . PMID 31934500 .
- ^ Ebert P, Audano PA, Zhu Q, Rodriguez-Martin B, Porubsky D, Bonder MJ, Sulovari A, Ebler J, Zhou W, Serra Mari R, Yilmaz F, Zhao X, Hsieh P, Lee J, Kumar S, Lin J , Rausch T, Chen Y, Ren J, Santamarina M, Höps W, Ashraf H, Chuang NT, Yang X, Munson KM, Lewis AP, Fairley S, Tallon LJ, Clarke WE, Basile AO, Byrska-Bishop M, Corvelo A , Evani US, Lu TY, Chaisson MJ, Chen J, Li C, Brand H, Wenger AM, Ghareghani M, Harvey WT, Raeder B, Hasenfeld P, Regier AA, Abel HJ, Hall IM, Flicek P, Stegle O, Gerstein MB, Tubio JM, Mu Z, Li YI, Shi X, Hastie AR, Ye K, Chong Z, Sanders AD, Zody MC, Talkowski ME, Mills RE, Devine SE, Lee C, Korbel JO, Marschall T, Eichler EE ( Abril de 2021). "Diversos genomas humanos resueltos por haplotipos y análisis integrado de variación estructural". Ciencia . 372 (6537). doi : 10.1126 / science.abf7117 . PMID 33632895 .
enlaces externos
- El Proyecto 1000 Genomas