La enzima de edición de ARNm de apolipoproteína B, 3A similar a un polipéptido catalítico , también conocida como APOBEC3A , o A3A es un gen de la familia APOBEC3 que se encuentra en humanos, primates no humanos y algunos otros mamíferos . [3] Es una citidina desaminasa de ADN de dominio único con efectos antivirales. Mientras que se cree que otros miembros de la familia, como APOBEC3G, actúan editando ssDNA eliminando un grupo amino de la citosina en el ADN, introduciendo una citosina en un cambio de uracilo que, en última instancia, puede conducir a una citosina.a la mutación de timina , un estudio sugiere que APOBEC3A puede inhibir los parvovirus por otro mecanismo. [4] Es probable que la función celular de APOBEC3A sea la destrucción de ADN extraño a través de una extensa desaminación de la citosina. Stenglein MD, Burns MB, Li M, Lengyel J, Harris RS (febrero de 2010). "Las proteínas APOBEC3 median en la eliminación de ADN extraño de las células humanas" . Naturaleza Biología Molecular y Estructural . 17 (2): 222–9. doi : 10.1038 / nsmb.1744 . PMC 2921484 . PMID 20062055 .
APOBEC3A | |||||||||||||||||||||||||
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Identificadores | |||||||||||||||||||||||||
Alias | APOBEC3A , A3A, ARP3, PHRBN, bK150C2.1, subunidad catalítica 3A de la enzima de edición de ARNm de apolipoproteína B | ||||||||||||||||||||||||
Identificaciones externas | OMIM : 607109 HomoloGene : 82288 GeneCards : APOBEC3A | ||||||||||||||||||||||||
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Ortólogos | |||||||||||||||||||||||||
Especies | Humano | Ratón | |||||||||||||||||||||||
Entrez |
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Ensembl |
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UniProt |
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Ubicación (UCSC) | 22: 38,95 - 38,99 Mb | n / A | |||||||||||||||||||||||
Búsqueda en PubMed | [2] | n / A | |||||||||||||||||||||||
Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
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Este gen es miembro de la familia de genes de polinucleótidos citosina desaminasa. Es uno de los siete genes relacionados o pseudogenes encontrados en un grupo, que se cree que es el resultado de la duplicación de genes, en el cromosoma 22. Los miembros del grupo codifican proteínas que están relacionadas estructural y funcionalmente con la citidina desaminasa de edición de ARN de C a U APOBEC1. Se cree que la familia APOBEC3 de enzimas de edición de ADN es parte del sistema inmunológico innato al restringir los retrovirus , elementos genéticos móviles como los retrotransposones y los retrovirus endógenos . Además, APOBEC3A es un factor restrictivo importante para el VIH-1 y otros lentivirus que se encuentran en primates. [5] APOBEC3A se expresa en gran medida en monocitos y macrófagos tras la estimulación con interferón . [6]
Estructura
La estructura básica APOBEC3A consta de una hoja β central de 5 hebras rodeada por 6 hélices α y un solo dominio de dedo de zinc catalíticamente activo . Similar a todos los dominios catalíticos de APOBEC3, el dominio es un motivo de unión de zinc H A E x28 C x2-4 C. En tales motivos, los residuos de histidina (o residuos de cisteína en ARN citidina desaminasas) coordinan el ión zinc mientras que un ácido glutámico estabiliza el estado de transición y la lanzadera de protones . El ion zinc , en este caso, está específicamente coordinado por los residuos H70, C101 y C106. [7] [8] [9] [10]
Estructura A3A-ssDNA
El ADN monocatenario , abreviado ssDNA, es el sustrato que se cataliza en la reacción de desaminación C → U de APOBEC3A.
Actividad
A3A tiene la actividad catalítica más alta entre la familia de proteínas APOBEC3. [11]
actividad de edición de ARNm
Se descubrió por primera vez que A3A inducía una forma alternativa de edición de ARNm, G> A, en ARNm de Wilms 'Tumor-1 (WT1) en células mononucleares de sangre de cordón, particularmente en los sitios polimórficos genómicos, lo que aparentemente refleja un proceso de aminación más que -aminación uno. [12] Esto fue seguido pronto por un estudio que muestra que A3A induce la edición canónica de ARNm de C> U de amplia difusión en monocitos y macrófagos humanos. [13]
Efecto del pH sobre APOBEC3A
APOBEC3A funciona mejor a pH ácido , con máxima actividad catalítica a pH 5,5. [5] [14] Otra proteína de la familia APOBEC muy similar a A3A, APOBEC3B, mostró poca actividad a pH 4.5 y 4.0 y se puede hacer una suposición similar de la actividad A3A a estos niveles de pH más bajos. [14]
La afinidad de A3A por el ssDNA también depende del pH y está estrechamente correlacionada con la actividad de desaminación de APOBEC3A. La enzima tiene la mayor afinidad por el ssDNA a pH 5,5, lo que demuestra que la actividad catalítica máxima de A3A y la mayor afinidad por el ssDNA se producen a un pH similar . [15]
Mecanismo de acción
A3A se ha convertido en un A3 cada vez más estudiado debido a su alta actividad catalítica en comparación con los miembros de su familia y sus mecanismos relativamente desconocidos en comparación con APOBEC3 más populares como APOBEC3G .
Enlace dependiente del contexto al ssDNA
La unión de APOBEC3A a su sustrato ssDNA depende en gran medida de los nucleótidos circundantes . La especificidad para unirse a su desoxicitidina diana aumenta más de diez veces cuando la desoxicitidina diana está rodeada por nucleótidos de desoxitimidina . [15]
Referencias
- ^ a b c ENSG00000262156 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000128383, ENSG00000262156 - Ensembl , mayo de 2017
- ^ "Referencia de PubMed humana:" . Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
- ^ "Entrez Gene: APOBEC3A apolipoproteína B mRNA editando enzima, polipéptido catalítico 3A" .
- ^ Narvaiza I, Linfesty DC, Greener BN, Hakata Y, Pintel DJ, Logue E, et al. (Mayo de 2009). Jung JU (ed.). "Inhibición de parvovirus independiente de la desaminasa por la citidina desaminasa APOBEC3A" . PLOS Patógenos . 5 (5): e1000439. doi : 10.1371 / journal.ppat.1000439 . PMC 2678267 . PMID 19461882 .
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Otras lecturas
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