Los pseudogenes son segmentos no funcionales de ADN que se asemejan a los genes funcionales . La mayoría surgen como copias superfluas de genes funcionales, ya sea directamente por duplicación de ADN o indirectamente por transcripción inversa de una transcripción de ARNm . Los pseudogenes se identifican generalmente cuando el análisis de la secuencia del genoma encuentra secuencias similares a genes que carecen de secuencias reguladoras necesarias para la transcripción o traducción , o cuyas secuencias codificantes son obviamente defectuosas debido a cambios de marco o codones de parada prematuros .
La mayoría de los genomas no bacterianos contienen muchos pseudogenes, a menudo tantos como genes funcionales. Esto no es sorprendente, ya que se espera que varios procesos biológicos creen accidentalmente pseudogenes y no existen mecanismos especializados para eliminarlos de los genomas. Eventualmente, los pseudogenes pueden eliminarse de sus genomas por casualidad en la replicación del ADN o por errores de reparación del ADN , o pueden acumular tantos cambios mutacionales que ya no son reconocibles como genes anteriores. El análisis de estos eventos de degeneración ayuda a aclarar los efectos de los procesos no selectivos en los genomas.
Las secuencias de pseudogenes pueden transcribirse en ARN a niveles bajos, debido a elementos promotores heredados del gen ancestral o que surgen por nuevas mutaciones. Aunque la mayoría de estas transcripciones no tendrán más importancia funcional que las transcripciones casuales de otras partes del genoma, algunas han dado lugar a ARN reguladores beneficiosos y nuevas proteínas.
Propiedades
Los pseudogenes se caracterizan generalmente por una combinación de homología con un gen conocido y pérdida de alguna funcionalidad. Es decir, aunque cada pseudogén tiene una secuencia de ADN que es similar a algún gen funcional, generalmente no pueden producir productos proteicos finales funcionales. [1] Los pseudogenes a veces son difíciles de identificar y caracterizar en los genomas, porque los dos requisitos de homología y pérdida de funcionalidad generalmente están implícitos a través de alineamientos de secuencia en lugar de probados biológicamente.
- La homología está implicada por la identidad de secuencia entre las secuencias de ADN del pseudogen y el gen original. Después de alinear las dos secuencias, se calcula el porcentaje de pares de bases idénticos . Una identidad de secuencia alta significa que es muy probable que estas dos secuencias divergieran de una secuencia ancestral común (son homólogas), y es muy poco probable que estas dos secuencias hayan evolucionado de forma independiente (ver Evolución convergente ).
- La no funcionalidad puede manifestarse de muchas formas. Normalmente, un gen debe pasar por varios pasos para obtener una proteína completamente funcional: la transcripción , el procesamiento previo al ARNm , la traducción y el plegamiento de proteínas son partes necesarias de este proceso. Si alguno de estos pasos falla, entonces la secuencia puede considerarse no funcional. En la identificación de pseudogenes de alto rendimiento, las discapacidades más comúnmente identificadas son los codones de parada prematuros y los cambios de marco , que evitan casi universalmente la traducción de un producto proteico funcional.
Los pseudogenes para genes de ARN suelen ser más difíciles de descubrir, ya que no necesitan ser traducidos y, por lo tanto, no tienen "marcos de lectura".
Los pseudogenes pueden complicar los estudios de genética molecular. Por ejemplo, la amplificación de un gen por PCR puede amplificar simultáneamente un pseudogen que comparte secuencias similares. Esto se conoce como sesgo de PCR o sesgo de amplificación. De manera similar, los pseudogenes a veces se anotan como genes en las secuencias del genoma .
Los pseudogenes procesados a menudo plantean un problema para los programas de predicción de genes , a menudo se identifican erróneamente como genes o exones reales. Se ha propuesto que la identificación de pseudogenes procesados puede ayudar a mejorar la precisión de los métodos de predicción de genes. [2]
Recientemente se ha demostrado que se han traducido 140 pseudogenes humanos. [3] Sin embargo, se desconoce la función, si la hay, de los productos proteicos.
Tipos y origen
Hay cuatro tipos principales de pseudogenes, todos con distintos mecanismos de origen y rasgos característicos. Las clasificaciones de pseudogenes son las siguientes:
Procesada
En eucariotas superiores , particularmente en mamíferos , la retrotransposición es un evento bastante común que ha tenido un gran impacto en la composición del genoma. Por ejemplo, entre el 30 y el 44% del genoma humano consta de elementos repetitivos como SINE y LINE (ver retrotransposones ). [6] [7] En el proceso de retrotransposición, una parte del ARNm o la transcripción del ARNhn de un gen se transcribe de forma inversa de forma espontánea en el ADN y se inserta en el ADN cromosómico. Aunque los retrotransposones suelen crear copias de sí mismos, se ha demostrado en un sistema in vitro que también pueden crear copias retrotranspuestas de genes aleatorios. [8] Una vez que estos pseudogenes se insertan de nuevo en el genoma, por lo general contienen una cola poli-A , y por lo general han tenido sus intrones empalmados a cabo ; ambas son características distintivas de los ADNc . Sin embargo, debido a que se derivan de un producto de ARN, los pseudogenes procesados también carecen de los promotores cadena arriba de los genes normales; por lo tanto, se consideran "muertos al llegar", convirtiéndose en pseudogenes no funcionales inmediatamente después del evento de retrotransposición. [9] Sin embargo, estas inserciones ocasionalmente contribuyen con exones a genes existentes, generalmente a través de transcripciones empalmadas alternativamente . [10] Una característica adicional de los pseudogenes procesados es el truncamiento común del extremo 5 'en relación con la secuencia principal, que es el resultado del mecanismo de retrotransposición relativamente no procesiva que crea pseudogenes procesados. [11] Continuamente se crean pseudogenes procesados en primates. [12] Las poblaciones humanas, por ejemplo, tienen distintos conjuntos de pseudogenes procesados en sus individuos. [13]
No procesado
Pseudogenes no procesados (o duplicados). La duplicación de genes es otro proceso común e importante en la evolución de los genomas. Una copia de un gen funcional puede surgir como resultado de un evento de duplicación de genes causado por recombinación homóloga en, por ejemplo, secuencias de seno repetitivas en cromosomas desalineados y posteriormente adquirir mutaciones que hacen que la copia pierda la función del gen original. Los pseudogenes duplicados suelen tener todas las mismas características que los genes, incluida una estructura exón - intrón intacta y secuencias reguladoras. La pérdida de la funcionalidad de un gen duplicado generalmente tiene poco efecto en la aptitud de un organismo , ya que todavía existe una copia funcional intacta. Según algunos modelos evolutivos, los pseudogenes duplicados compartidos indican la relación evolutiva de los humanos y los demás primates. [14] Si la pseudogeneización se debe a la duplicación de genes, generalmente ocurre en los primeros millones de años después de la duplicación del gen, siempre que el gen no haya sido sometido a ninguna presión de selección . [15] La duplicación de genes genera redundancia funcional y normalmente no es ventajoso portar dos genes idénticos. Las mutaciones que alteran la estructura o la función de cualquiera de los dos genes no son perjudiciales y no se eliminarán mediante el proceso de selección. Como resultado, el gen que ha sido mutado gradualmente se convierte en un pseudogén y no se expresa o no funciona. Este tipo de destino evolutivo se muestra mediante el modelado genético de poblaciones [16] [17] y también mediante el análisis del genoma . [15] [18] Según el contexto evolutivo, estos pseudogenes serán eliminados o se volverán tan distintos de los genes parentales de modo que ya no serán identificables. Se pueden reconocer pseudogenes relativamente jóvenes debido a su similitud de secuencia. [19]
Pseudogenes unitarios
Varias mutaciones (como indeles y mutaciones sin sentido ) pueden evitar que un gen se transcriba o traduzca normalmente y, por lo tanto, el gen puede volverse menos funcional o no funcional o "desactivado". Estos son los mismos mecanismos por los que los genes no procesados se convierten en pseudogenes, pero la diferencia en este caso es que el gen no se duplicó antes de la pseudogeneización. Normalmente, es poco probable que un pseudogén de este tipo se fije en una población, pero varios efectos de la población, como la deriva genética , un cuello de botella en la población o, en algunos casos, la selección natural , pueden conducir a la fijación. El ejemplo clásico de un pseudogén unitario es el gen que presumiblemente codificó la enzima L-gulono-γ-lactona oxidasa (GULO) en primates. En todos los mamíferos estudiados, además de los primates (excepto los conejillos de indias), GULO ayuda en la biosíntesis del ácido ascórbico (vitamina C), pero existe como un gen discapacitado (GULOP) en humanos y otros primates. [20] [21] Otro ejemplo más reciente de un gen discapacitado vincula la desactivación del gen caspasa 12 (a través de una mutación sin sentido ) con la selección positiva en humanos. [22]
Se ha demostrado que los pseudogenes procesados acumulan mutaciones más rápido que los pseudogenes no procesados. [23]
Pseudo-pseudogenes
La rápida proliferación de tecnologías de secuenciación de ADN ha llevado a la identificación de muchos pseudogenes aparentes utilizando técnicas de predicción de genes . Los pseudogenes se identifican a menudo por la aparición de un codón de parada prematuro en una secuencia de ARNm predicha, que, en teoría, evitaría la síntesis ( traducción ) del producto proteico normal del gen original. Ha habido algunos informes de lectura traslacional de tales codones de parada prematuros en mamíferos. Como se menciona en la figura anterior, una pequeña cantidad del producto proteico de dicha lectura puede ser aún reconocible y funcionar en algún nivel. Si es así, el pseudogén puede estar sujeto a selección natural . Eso parece haber sucedido durante la evolución de las especies de Drosophila .
En 2016 se informó que 4 pseudogenes predichos en múltiples especies de Drosophila en realidad codifican proteínas con funciones biológicamente importantes, [24] "lo que sugiere que tales 'pseudo-pseudogenes' podrían representar un fenómeno generalizado". Por ejemplo, la proteína funcional (un receptor olfativo ) se encuentra solo en las neuronas . Este hallazgo de genes biológicamente funcionales específicos de tejido que podrían haber sido clasificados como pseudogenes por análisis in silico complica el análisis de datos de secuencia. En el genoma humano , se han identificado varios ejemplos que se clasificaron originalmente como pseudogenes pero que más tarde se descubrió que tenían un papel funcional, aunque no necesariamente codificador de proteínas. [25] [26] A partir de 2012, parecía que hay aproximadamente 12.000 a 14.000 pseudogenes en el genoma humano, [27] Un análisis proteogenómico de 2016 que utilizó espectrometría de masas de péptidos identificó al menos 19262 proteínas humanas producidas a partir de 16271 genes o grupos de genes, con 8 nuevos genes codificadores de proteínas identificados que anteriormente se consideraban pseudogenes. [28]
Ejemplos de función pseudogénica
Receptor de glutamato de Drosophila . El término "pseudo-pseudogén" se acuñó para el gen que codifica el receptor de glutamato ionotrópico quimiosensorialIr75a de Drosophila sechellia , que lleva un codón de terminación prematura (PTC) y, por tanto, se clasificó como un pseudogén. Sin embargo, in vivo ellocus de D. sechellia Ir75a produce un receptor funcional, debido a la lectura traslacional del PTC. La lectura completa se detecta solo en neuronas y depende de la secuencia de nucleótidos aguas abajo de la PTC. [24]
ARNip . Algunos ARNip endógenos parecen derivar de pseudogenes y, por lo tanto, algunos pseudogenes desempeñan un papel en la regulación de las transcripciones que codifican proteínas, como se revisó. [29] Uno de los muchos ejemplos es psiPPM1K. El procesamiento de los ARN transcritos de psiPPM1K produce ARNip que pueden actuar para suprimir el tipo más común de cáncer de hígado, el carcinoma hepatocelular . [30] Esta y muchas otras investigaciones han generado un entusiasmo considerable sobre la posibilidad de dirigirse a pseudogenes con / como agentes terapéuticos [31]
piRNAs . Algunos piRNAs se derivan de pseudogenes situadas en concentraciones Pirna. [32] Esos piRNA regulan genes a través de la vía piRNA en testículos de mamíferos y son cruciales para limitar el daño de los elementos transponibles al genoma. [33]
microARN . Hay muchos informes de transcripciones de pseudogenes que actúan como señuelos de microARN . Quizás el primer ejemplo definitivo de un pseudogén implicado en el cáncer es el pseudogen de BRAF . El gen BRAF es un protooncogén que, cuando muta, se asocia con muchos cánceres. Normalmente, la cantidad de proteína BRAF se mantiene bajo control en las células mediante la acción de miARN. En situaciones normales, la cantidad de ARN de BRAF y el pseudogén BRAFP1 compiten por miARN, pero el equilibrio de los 2 ARN es tal que las células crecen normalmente. Sin embargo, cuando la expresión de ARN de BRAFP1 aumenta (ya sea experimentalmente o por mutaciones naturales), hay menos miARN disponible para controlar la expresión de BRAF y la mayor cantidad de proteína BRAF causa cáncer. [34] Este tipo de competencia por los elementos reguladores de los ARN que son endógenos al genoma ha dado lugar al término ce ARN .
PTEN . El gen PTEN es un gen supresor de tumores conocido . El pseudogén PTEN, PTENP1, es un pseudogén procesado que es muy similar en su secuencia genética al gen de tipo salvaje. Sin embargo, PTENP1 tiene una mutación de sentido erróneo que elimina el codón de la metionina iniciadora y, por tanto, evita la traducción de la proteína PTEN normal. [35] A pesar de eso, PTENP1 parece desempeñar un papel en la oncogénesis . El 3 ' UTR del ARNm de PTENP1 funciona como un señuelo del ARNm de PTEN al dirigirse a micro ARN debido a su similitud con el gen PTEN, y la sobreexpresión del 3' UTR resultó en un aumento del nivel de proteína PTEN. [36] Es decir, la sobreexpresión de PTENP1 3 'UTR conduce a una mayor regulación y supresión de tumores cancerosos. La biología de este sistema es básicamente la inversa del sistema BRAF descrito anteriormente.
Potogenes . Los pseudogenes pueden, en escalas de tiempo evolutivas, participar en la conversión de genes y otros eventos mutacionales que pueden dar lugar a genes nuevos o funcionales. Esto ha dado lugar al concepto de que los pseudo genes podrían ser vistos como pot ogenes: pot genes ential para la diversificación evolutiva. [37]
Pseudogenes mal identificados
A veces se piensa que los genes son pseudogenes, generalmente basados en análisis bioinformáticos, pero luego resultan ser genes funcionales. Los ejemplos incluyen el gen de Drosophila jingwei [38] [39] que codifica una enzima funcional alcohol deshidrogenasa in vivo . [40]
Otro ejemplo es el gen humano que codifica la fosfoglicerato mutasa [41], que se pensaba que era un pseudogen pero que resultó ser un gen funcional, [42] ahora llamado PGAM4 . Las mutaciones en él causan infertilidad. [43]
Pseudogenes bacterianos
Los pseudogenes se encuentran en bacterias . [44] La mayoría se encuentra en bacterias que no son de vida libre; es decir, son simbiontes o parásitos intracelulares obligados . Por lo tanto, no requieren muchos genes que necesitan las bacterias de vida libre, como el gen asociado con el metabolismo y la reparación del ADN. Sin embargo, no existe un orden en el que se pierdan primero los genes funcionales . Por ejemplo, los pseudogenes más antiguos de Mycobacterium laprae se encuentran en las ARN polimerasas y la biosíntesis de metabolitos secundarios, mientras que los más antiguos de Shigella flexneri y Shigella typhi se encuentran en la replicación , recombinación y reparación del ADN . [45]
Dado que la mayoría de las bacterias que portan pseudogenes son simbiontes o parásitos intracelulares obligados, el tamaño del genoma eventualmente se reduce. Un ejemplo extremo es el genoma de Mycobacterium leprae , un parásito obligado y agente causante de la lepra . Se ha informado que tiene 1.133 pseudogenes que dan lugar a aproximadamente el 50% de su transcriptoma . [45] El efecto de los pseudogenes y la reducción del genoma se puede observar aún más en comparación con Mycobacterium marinum , un patógeno de la misma familia. Mycobacteirum marinum tiene un genoma más grande en comparación con Mycobacterium laprae porque puede sobrevivir fuera del huésped, por lo tanto, el genoma debe contener los genes necesarios para hacerlo. [46]
Aunque la reducción del genoma se centra en qué genes no son necesarios al deshacerse de los pseudogenes, las presiones selectivas del huésped pueden influir en lo que se mantiene. En el caso de un simbionte del filo Verrucomicrobia , hay siete copias adicionales del gen que codifica la vía mandelalida. [47] El huésped, una especie de Lissoclinum , usa mandelalides como parte de su mecanismo de defensa. [47]
La relación entre la epistasis y la teoría dominó de la pérdida de genes se observó en Buchnera aphidicola . La teoría del dominó sugiere que si un gen de un proceso celular se inactiva, la selección de otros genes involucrados se relaja, lo que lleva a la pérdida de genes. [48] Al comparar Buchnera aphidicola y Escherichia coli , se encontró que la epistasis positiva promueve la pérdida de genes mientras que la epistasis negativa la dificulta.
Ver también
- Evolución molecular
- Paleontología molecular
- Retroposón
- Retrotransposón
Referencias
- ^ Mighell AJ, Smith NR, Robinson PA, Markham AF (febrero de 2000). "Pseudogenes de vertebrados" . Cartas FEBS . 468 (2-3): 109-14. doi : 10.1016 / S0014-5793 (00) 01199-6 . PMID 10692568 . S2CID 42204036 .
- ^ van Baren MJ, Brent MR (mayo de 2006). "La predicción iterativa de genes y la eliminación de pseudogenes mejora la anotación del genoma" . Investigación del genoma . 16 (5): 678–85. doi : 10.1101 / gr.4766206 . PMC 1457044 . PMID 16651666 .
- ^ Kim, MS; et al. (2014). "Un borrador de mapa del proteoma humano" . Naturaleza . 509 (7502): 575–581. Código Bib : 2014Natur.509..575K . doi : 10.1038 / nature13302 . PMC 4403737 . PMID 24870542 .
- ^ Max EE (1986). "Errores plagiados y genética molecular" . Revista de evolución de la creación . 6 (3): 34–46.
- ^ Chandrasekaran C, Betrán E (2008). "Orígenes de nuevos genes y pseudogenes" . Educación en la naturaleza . 1 (1): 181.
- ^ Jurka J (diciembre de 2004). "Impacto evolutivo de los elementos repetitivos humanos de Alu". Opinión Actual en Genética y Desarrollo . 14 (6): 603–8. doi : 10.1016 / j.gde.2004.08.008 . PMID 15531153 .
- ^ Dewannieux M, Heidmann T (2005). "LINEs, SINEs y pseudogenes procesados: estrategias parasitarias para el modelado del genoma". Investigación citogenética y genómica . 110 (1–4): 35–48. doi : 10.1159 / 000084936 . PMID 16093656 . S2CID 25083962 .
- ^ Dewannieux M, Esnault C, Heidmann T (septiembre de 2003). "Retrotransposición mediada por LINE de secuencias de Alu marcadas". Genética de la naturaleza . 35 (1): 41–8. doi : 10.1038 / ng1223 . PMID 12897783 . S2CID 32151696 .
- ^ Graur D, Shuali Y, Li WH (abril de 1989). "Las deleciones en pseudogenes procesados se acumulan más rápidamente en roedores que en humanos". Revista de evolución molecular . 28 (4): 279–85. Código bibliográfico : 1989JMolE..28..279G . doi : 10.1007 / BF02103423 . PMID 2499684 . S2CID 22437436 .
- ^ Baertsch R, Diekhans M, Kent WJ, Haussler D, Brosius J (octubre de 2008). "Contribuciones de la retrocopia a la evolución del genoma humano" . BMC Genomics . 9 : 466. doi : 10.1186 / 1471-2164-9-466 . PMC 2584115 . PMID 18842134 .
- ^ Pavlícek A, Paces J, Zíka R, Hejnar J (octubre de 2002). "Distribución de longitud de elementos de nucleótidos intercalados largos (LINE) y pseudogenes procesados de retrovirus endógenos humanos: implicaciones para la retrotransposición y detección de pseudogenes". Gene . 300 (1–2): 189–94. doi : 10.1016 / S0378-1119 (02) 01047-8 . PMID 12468100 .
- ^ Navarro FC, Galante PA (julio de 2015). "Un paisaje de retrocopias en todo el genoma en genomas de primates" . Biología y evolución del genoma . 7 (8): 2265–75. doi : 10.1093 / gbe / evv142 . PMC 4558860 . PMID 26224704 .
- ^ Schrider DR, Navarro FC, Galante PA, Parmigiani RB, Camargo AA, Hahn MW, de Souza SJ (24 de enero de 2013). "Polimorfismo de número de copias del gen causado por retrotransposición en humanos" . PLOS Genetics . 9 (1): e1003242. doi : 10.1371 / journal.pgen.1003242 . PMC 3554589 . PMID 23359205 .
- ^ Max EE (5 de mayo de 2003). "Errores plagiados y genética molecular" . Archivo de TalkOrigins . Consultado el 22 de julio de 2008 .
- ^ a b Lynch M, Conery JS (noviembre de 2000). "El destino evolutivo y las consecuencias de los genes duplicados". Ciencia . 290 (5494): 1151–5. Código Bibliográfico : 2000Sci ... 290.1151L . doi : 10.1126 / science.290.5494.1151 . PMID 11073452 .
- ^ Walsh JB (enero de 1995). "¿Con qué frecuencia los genes duplicados desarrollan nuevas funciones?" . Genética . 139 (1): 421–8. PMC 1206338 . PMID 7705642 .
- ^ Lynch M, O'Hely M, Walsh B, Force A (diciembre de 2001). "La probabilidad de preservación de un gen duplicado recién surgido" . Genética . 159 (4): 1789–804. PMC 1461922 . PMID 11779815 .
- ^ Harrison PM, Hegyi H, Balasubramanian S, Luscombe NM, Bertone P, Echols N, Johnson T, Gerstein M (febrero de 2002). "Fósiles moleculares en el genoma humano: identificación y análisis de los pseudogenes en los cromosomas 21 y 22" . Investigación del genoma . 12 (2): 272–80. doi : 10.1101 / gr.207102 . PMC 155275 . PMID 11827946 .
- ^ Zhang J (2003). "Evolución por duplicación de genes: una actualización". Tendencias en ecología y evolución . 18 (6): 292-298. doi : 10.1016 / S0169-5347 (03) 00033-8 .
- ^ Nishikimi M, Kawai T, Yagi K (octubre de 1992). "Los conejillos de Indias poseen un gen altamente mutado para la L-gulono-gamma-lactona oxidasa, la enzima clave para la biosíntesis del ácido L-ascórbico que falta en esta especie". La revista de química biológica . 267 (30): 21967–72. PMID 1400507 .
- ^ Nishikimi M, Fukuyama R, Minoshima S, Shimizu N, Yagi K (mayo de 1994). "Clonación y mapeo cromosómico del gen humano no funcional de la L-gulono-gamma-lactona oxidasa, la enzima para la biosíntesis del ácido L-ascórbico que falta en el hombre". La revista de química biológica . 269 (18): 13685–8. PMID 8175804 .
- ^ Xue Y, Daly A, Yngvadottir B, Liu M, Coop G, Kim Y, Sabeti P, Chen Y, Stalker J, Huckle E, Burton J, Leonard S, Rogers J, Tyler-Smith C (abril de 2006). "La propagación de una forma inactiva de caspasa-12 en humanos se debe a una selección positiva reciente" . Revista Estadounidense de Genética Humana . 78 (4): 659–70. doi : 10.1086 / 503116 . PMC 1424700 . PMID 16532395 .
- ^ Zheng D, Frankish A, Baertsch R, Kapranov P, Reymond A, Choo SW, Lu Y, Denoeud F, Antonarakis SE, Snyder M, Ruan Y, Wei CL, Gingeras TR, Guigó R, Harrow J, Gerstein MB (junio de 2007 ). "Pseudogenes en las regiones ENCODE: anotación de consenso, análisis de transcripción y evolución" . Investigación del genoma . 17 (6): 839–51. doi : 10.1101 / gr.5586307 . PMC 1891343 . PMID 17568002 .
- ^ a b Prieto-Godino LL, Rytz R, Bargeton B, Abuin L, Arguello JR, Peraro MD, Benton R (noviembre de 2016). "Pseudo-pseudogenes del receptor olfativo" . Naturaleza . 539 (7627): 93–97. Código Bib : 2016Natur.539 ... 93P . doi : 10.1038 / nature19824 . PMC 5164928 . PMID 27776356 .
- ^ Cheetham, Seth W .; Faulkner, Geoffrey J .; Dinger, Marcel E. (marzo de 2020). "Superar desafíos y dogmas para comprender las funciones de los pseudogenes". Nature Reviews Genética . 21 (3): 191–201. doi : 10.1038 / s41576-019-0196-1 .
- ^ Zerbino, Daniel R .; Franco, Adam; Flicek, Paul (31 de agosto de 2020). "Avances, desafíos y sorpresas en la anotación del genoma humano" . Revisión anual de genómica y genética humana . 21 (1): 55–79. doi : 10.1146 / annurev-genom-121119-083418 .
- ^ Pei B, Sisu C, Frankish A, Howald C, Habegger L, Mu XJ, Harte R, Balasubramanian S, Tanzer A, Diekhans M, Reymond A, Hubbard TJ, Harrow J, Gerstein MB (septiembre de 2012). "El recurso pseudogénico GENCODE" . Biología del genoma . 13 (9): R51. doi : 10.1186 / gb-2012-13-9-r51 . PMC 3491395 . PMID 22951037 .
- ^ Wright JC, Mudge J, Weisser H, Barzine MP, Gonzalez JM, Brazma A, Choudhary JS, Harrow J (junio de 2016). "Mejora de la anotación de genes de referencia GENCODE utilizando un flujo de trabajo de proteogenómica de alta rigurosidad" . Comunicaciones de la naturaleza . 7 : 11778. Bibcode : 2016NatCo ... 711778W . doi : 10.1038 / ncomms11778 . PMC 4895710 . PMID 27250503 .
- ^ Chan WL, Chang JG (2014). "ARNip endógenos derivados de pseudogenes y su función". Pseudogenes . Métodos en Biología Molecular. 1167 . págs. 227–39. doi : 10.1007 / 978-1-4939-0835-6_15 . ISBN 978-1-4939-0834-9. PMID 24823781 .
- ^ Chan WL, Yuo CY, Yang WK, Hung SY, Chang YS, Chiu CC, Yeh KT, Huang HD, Chang JG (abril de 2013). "El pseudogén ψPPM1K transcrito genera siRNA endógeno para suprimir el crecimiento de células oncogénicas en el carcinoma hepatocelular" . Investigación de ácidos nucleicos . 41 (6): 3734–47. doi : 10.1093 / nar / gkt047 . PMC 3616710 . PMID 23376929 .
- ^ Roberts TC, Morris KV (diciembre de 2013). "Ya no tan pseudo: pseudogenes como dianas terapéuticas" . Farmacogenómica . 14 (16): 2023–34. doi : 10.2217 / pgs.13.172 . PMC 4068744 . PMID 24279857 .
- ^ Olovnikov I, Le Thomas A, Aravin AA (2014). "Un marco para la manipulación de clústeres piRNA". ARN que interactúan con PIWI . Métodos en Biología Molecular. 1093 . págs. 47–58. doi : 10.1007 / 978-1-62703-694-8_5 . ISBN 978-1-62703-693-1. PMID 24178556 .
- ^ Siomi MC, Sato K, Pezic D, Aravin AA (abril de 2011). "Pequeños ARN que interactúan con PIWI: la vanguardia de la defensa del genoma". Nature Reviews Biología celular molecular . 12 (4): 246–58. doi : 10.1038 / nrm3089 . PMID 21427766 . S2CID 5710813 .
- ^ Karreth FA, Reschke M, Ruocco A, Ng C, Chapuy B, Léopold V, Sjoberg M, Keane TM, Verma A, Ala U, Tay Y, Wu D, Seitzer N, Velasco-Herrera Mdel C, Bothmer A, Fung J , Langellotto F, Rodig SJ, Elemento O, Shipp MA, Adams DJ, Chiarle R, Pandolfi PP (abril de 2015). "El pseudogén BRAF funciona como un ARN endógeno competitivo e induce linfoma in vivo" . Celular . 161 (2): 319–32. doi : 10.1016 / j.cell.2015.02.043 . PMC 6922011 . PMID 25843629 .
- ^ Dahia PL, FitzGerald MG, Zhang X, Marsh DJ, Zheng Z, Pietsch T, von Deimling A, Haluska FG, Haber DA, Eng C (mayo de 1998). "Un pseudogén PTEN procesado altamente conservado se encuentra en la banda del cromosoma 9p21" . Oncogén . 16 (18): 2403–6. doi : 10.1038 / sj.onc.1201762 . PMID 9620558 .
- ^ Poliseno L, Salmena L, Zhang J, Carver B, Haveman WJ, Pandolfi PP (junio de 2010). "Una función de codificación independiente de los mRNA de genes y pseudogenes regula la biología tumoral" . Naturaleza . 465 (7301): 1033–8. Código bibliográfico : 2010Natur.465.1033P . doi : 10.1038 / nature09144 . PMC 3206313 . PMID 20577206 .
- ^ Balakirev ES, Ayala FJ (2003). "Pseudogenes: ¿son" basura "o ADN funcional?". Revisión anual de genética . 37 : 123–51. doi : 10.1146 / annurev.genet.37.040103.103949 . PMID 14616058 .
- ^ Jeffs P, Ashburner M (mayo de 1991). "Pseudogenes procesados en Drosophila". Actas: Ciencias Biológicas . 244 (1310): 151–9. doi : 10.1098 / rspb.1991.0064 . PMID 1679549 . S2CID 1665885 .
- ^ Wang W, Zhang J, Alvarez C, Llopart A, Long M (septiembre de 2000). "El origen del gen Jingwei y la compleja estructura modular de su gen parental, emperador amarillo, en Drosophila melanogaster" . Biología Molecular y Evolución . 17 (9): 1294–301. doi : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a026413 . PMID 10958846 .
- ^ Long M, Langley CH (abril de 1993). "La selección natural y el origen de jingwei, un gen funcional procesado quimérico en Drosophila". Ciencia . 260 (5104): 91–5. Código Bibliográfico : 1993Sci ... 260 ... 91L . doi : 10.1126 / science.7682012 . PMID 7682012 .
- ^ Dierick HA, Mercer JF, Glover TW (octubre de 1997). "Un pseudogén de isoforma cerebral de fosfoglicerato mutasa (PGAM 1) se localiza dentro del gen de la enfermedad de Menkes humana (ATP7 A)". Gene . 198 (1–2): 37–41. doi : 10.1016 / s0378-1119 (97) 00289-8 . PMID 9370262 .
- ^ Betrán E, Wang W, Jin L, Long M (mayo de 2002). "Evolución del gen procesado con fosfoglicerato mutasa en humanos y chimpancés que revela el origen de un nuevo gen de primates" . Biología Molecular y Evolución . 19 (5): 654–63. doi : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004124 . PMID 11961099 .
- ^ Okuda H, Tsujimura A, Irie S, Yamamoto K, Fukuhara S, Matsuoka Y, Takao T, Miyagawa Y, Nonomura N, Wada M, Tanaka H (2012). "Un polimorfismo de un solo nucleótido dentro del nuevo gen PGAM4 retrotranspuesto específico de testículo ligado al sexo influye en la fertilidad masculina humana" . PLOS ONE . 7 (5): e35195. Código bibliográfico : 2012PLoSO ... 735195O . doi : 10.1371 / journal.pone.0035195 . PMC 3348931 . PMID 22590500 .
- ^ Goodhead I, Darby AC (febrero de 2015). "Sacando el pseudo de pseudogenes". Opinión actual en microbiología . 23 : 102–9. doi : 10.1016 / j.mib.2014.11.012 . PMID 25461580 .
- ^ a b Dagan, Tal; Blekhman, Ran; Graur, Dan (19 de octubre de 2005). "La" teoría del dominó "de la muerte genética: eventos de extinción de genes gradual y masiva en tres linajes de patógenos bacterianos simbióticos obligatorios" . Biología Molecular y Evolución . 23 (2): 310–316. doi : 10.1093 / molbev / msj036 . PMID 16237210 .
- ^ Malhotra, Sony; Vedithi, Sundeep Chaitanya; Blundell, Tom L (30 de agosto de 2017). "Decodificación de las similitudes y diferencias entre especies de micobacterias" . PLOS Enfermedades tropicales desatendidas . 11 (8): e0005883. doi : 10.1371 / journal.pntd.0005883 . PMC 5595346 . PMID 28854187 .
- ^ a b Lopera, Juan; Miller, Ian J; McPhail, Kerry L; Kwan, Jason C (21 de noviembre de 2017). "Aumento de la dosis de genes biosintéticos en un simbionte bacteriano defensivo con genoma reducido" . mSystems . 2 (6): 1–18. doi : 10.1128 / msystems.00096-17 . PMC 5698493 . PMID 29181447 .
- ^ Dagan, Tal; Blekhman, Ran; Graur, Dan (19 de octubre de 2005). "La" teoría del dominó "de la muerte genética: eventos de extinción de genes gradual y masiva en tres linajes de patógenos bacterianos simbióticos obligatorios" . Biología Molecular y Evolución . 23 (2): 310–316. doi : 10.1093 / molbev / msj036 . PMID 16237210 .
Otras lecturas
- Gerstein M, Zheng D (agosto de 2006). "La vida real de los pseudogenes". Scientific American . 295 (2): 48–55. Código Bibliográfico : 2006SciAm.295b..48G . doi : 10.1038 / scientificamerican0806-48 . PMID 16866288 .
- Torrents D, Suyama M, Zdobnov E, Bork P (diciembre de 2003). "Un estudio de todo el genoma de pseudogenes humanos" . Investigación del genoma . 13 (12): 2559–67. doi : 10.1101 / gr.1455503 . PMC 403797 . PMID 14656963 .
- Bischof JM, Chiang AP, Scheetz TE, Stone EM, Casavant TL, Sheffield VC, Braun TA (junio de 2006). "Identificación de todo el genoma de pseudogenes capaces de conversión de genes que causan enfermedades". Mutación humana . 27 (6): 545–52. doi : 10.1002 / humu.20335 . PMID 16671097 .
enlaces externos
- Base de datos de interacción pseudogénica, base de datos de mapas de interacción miARN-pseudogén y proteína-pseudogén
- Base de datos de pseudogenes de la Universidad de Yale
- Base de datos Hoppsigen (pseudogenes procesados homólogos)
- RCPedia - Base de datos de pseudogenes procesada