UCSF Chimera (o simplemente Chimera ) es un programa extensible para la visualización interactiva y el análisis de estructuras moleculares y datos relacionados, incluidos mapas de densidad, ensamblajes supramoleculares, alineaciones de secuencia, resultados de acoplamiento, trayectorias y conjuntos conformacionales . [1] Se pueden crear imágenes y películas de alta calidad. Chimera incluye documentación completa y se puede descargar de forma gratuita para uso no comercial.
Desarrollador (es) | Recurso para biocomputación, visualización e informática (RBVI), UCSF |
---|---|
Lanzamiento estable | 1,14 / 12 de noviembre de 2019 |
Sistema operativo | Microsoft Windows , OS X , Linux |
Tipo | Modelado molecular |
Licencia | Gratis para uso no comercial |
Sitio web | www |
Chimera es desarrollado por Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI) en la Universidad de California, San Francisco . El desarrollo cuenta con el apoyo parcial de los Institutos Nacionales de Salud (subvención NIGMS P41-GM103311). El programa de próxima generación es UCSF ChimeraX. [2]
Análisis de estructura general
- identificación automática de átomo
- adición de hidrógeno y asignación de carga parcial
- Detección de enlaces , contactos y choques de hidrógeno de alta calidad
- medidas: distancias, ángulos, superficie, volumen
- cálculo de centroides, ejes, planos y medidas asociadas
- Bibliotecas de rotameros de aminoácidos , gráfico de Ramachandran de proteínas, mapa de contacto de proteínas
- construcción de estructuras y rotación de enlaces
- Reproducción de trayectoria de dinámica molecular (muchos formatos), gráficos de distancia y ángulo
- Morphing entre conformaciones de una proteína o incluso proteínas diferentes.
- visualización de atributos (factor B, hidrofobicidad, etc.) con colores, radios, "gusanos"
- fácil creación de atributos personalizados con entradas de archivos de texto simples
- Herramienta ViewDock para facilitar la detección interactiva de los resultados de acoplamiento
- rico conjunto de comandos, potente sintaxis de especificación
- muchos formatos leídos, PDB y Mol2 escritos
- Web y búsqueda de Protein Data Bank , CATH o SCOP (dominios), EDS (mapas de densidad), EMDB (mapas de densidad), ModBase (modelos comparativos), CASTp (mediciones de bolsas de proteínas), Pub3D (estructuras de moléculas pequeñas), VIPERdb (icosaédricos cápsides de virus), UniProt (secuencias de proteínas con anotaciones de características), otros
- interfaces para asignación de radio / carga PDB2PQR , cálculos electrostáticos APBS , acoplamiento de ligando único AutoDock Vina
Imágenes y películas de presentación
- imágenes de alta resolución
- efectos visuales que incluyen indicaciones de profundidad, sombras interactivas, bordes de silueta, fondos multicolores
- representaciones moleculares estándar (palos, esferas, cintas, superficies moleculares)
- tubos y tablones para hélices y torones; objetos de nucleótidos que incluyen piruletas y peldaños de escalera
- elipsoides para mostrar factores B anisotrópicos
- objetos geométricos no moleculares
- representaciones de mapas de densidad y otros datos de volumen (ver más abajo)
- etiquetado con texto, símbolos, flechas, teclas de colores
- diferentes estructuras se pueden recortar de manera diferente y en cualquier ángulo
- trazado de rayos opcional con POV-Ray incluido
- exportación de escenas a X3D y otros formatos
- interfaz gráfica sencilla para crear películas de forma interactiva
- las escenas se pueden colocar como fotogramas clave a lo largo de una línea de tiempo de animación
- alternativamente, el contenido y la grabación de la película se pueden programar; rico conjunto de comandos relacionados
- La grabación de películas está integrada con morphing y reproducción de trayectoria de MD
Herramientas de datos de volumen
- muchos formatos de mapas de datos de volumen (densidad electrónica, potencial electrostático, otros) leídos, varios escritos
- ajuste de umbral interactivo, múltiples isosuperficies (malla o sólido), representaciones transparentes
- ajuste de coordenadas atómicas a mapas y mapas a mapas
- Los mapas de densidad se pueden crear a partir de coordenadas atómicas.
- Los marcadores se pueden colocar en mapas y conectar con caminos suaves
- visualización de planos de datos individuales o múltiples planos ortogonales
- Reproducción y transformación de series de tiempo de datos de volumen
- muchas herramientas para segmentar y editar mapas
- Suavizado gaussiano, transformada de Fourier, otro filtrado y normalización
- medidas: área de superficie, volumen encerrado en superficie, simetría de mapa, otros
Herramientas de estructura de secuencia
- muchos formatos de alineación de secuencia leídos, escritos
- las alineaciones de secuencia se pueden crear, editar
- las secuencias se asocian automáticamente con estructuras
- Diafonía de estructura secuencial: resaltar en uno resalta el otro
- búsqueda de proteínas BLAST a través del servicio web
- alineación de secuencias múltiples a través de los servicios web Clustal Omega y MUSCLE
- interfaces a MODELLER para modelado de homología y construcción de bucles
- superposición de estructuras con o sin alineación de secuencia preexistente
- generación de alineaciones de secuencias basadas en estructuras a partir de múltiples superposiciones
- varios métodos para calcular la conservación y mostrar valores en estructuras asociadas
- Encabezado RMSD (histograma sobre las secuencias) que muestra la variabilidad espacial de las estructuras asociadas
- encabezados definidos por el usuario, incluidos histogramas y símbolos de colores
- UniProt y CDD cuentan con anotaciones que se muestran como cuadros de colores en las secuencias
- árboles en formato Newick leídos / mostrados
Ver también
Referencias
- ^ Pettersen, EF; Goddard, TD; Huang, CC; Sofá, GS; Greenblatt, DM; Meng, EC; Ferrin, TE (2004). "UCSF Chimera - un sistema de visualización para análisis e investigación exploratoria". J Comput Chem . 25 (13): 1605–12. doi : 10.1002 / jcc.20084 . PMID 15264254 . S2CID 8747218 .
- ^ Goddard, TD; Huang, CC; Meng, EC; Pettersen, EF; Sofá, GS; Morris, JH; Ferrin, TE (2017). "Quimerax UCSF: afrontar los desafíos modernos en visualización y análisis" . Ciencia de las proteínas . 27 (1): 14-25. doi : 10.1002 / pro.3235 . PMC 5734306 . PMID 28710774 .
enlaces externos
- Página web oficial
- Descarga del programa
- Documentación del programa
- Galería de imágenes de quimeras y galería de animación
- Publicaciones sobre quimera
- Recurso para biocomputación, visualización e informática
- Universidad de California, San Francisco
- Sitio web de UCSF ChimeraX