Verrucomicrobia es un filo de bacterias Gram-negativas que contiene solo unas pocas especies descritas. Las especies identificadas han sido aisladas de agua dulce , ambientes marinos y del suelo y heces humanas . Se han identificado varias especies aún no cultivadas en asociación con huéspedes eucariotas, incluidos ectosimbiontes explosivos extrusivos de protistas y endosimbiontes de nematodos que residen en sus gametos . [ cita requerida ]
Verrucomicrobia | |
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Micrografía electrónica de transmisión de epixenosomas en estadio II. | |
clasificación cientifica | |
Dominio: | Bacterias |
Filo: | Verrucomicrobia Hedlund 2012 |
Clases | |
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Sinónimos | |
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Los verrucomicrobios son abundantes en el medio ambiente, aunque relativamente inactivos. [1] Se considera que este filo tiene dos filos hermanos: Chlamydiae y Lentisphaerae dentro del grupo PVC . [2] El filo Verrucomicrobia se puede distinguir de los filos vecinos dentro del grupo PVC por la presencia de varios indeles de firma conservados (CSI). [3] Estos CSI representan características sinapomórficas únicas que sugieren un ancestro común dentro de Verrucomicrobia y un linaje independiente entre otras bacterias. [4] También se han encontrado CSI que son compartidos por Verrucomicrobia y Chlamydiae exclusivamente de todas las demás bacterias. [5] Estos CSI proporcionan evidencia de que Chlamydiae es el pariente más cercano a Verrucomicrobia , y que están más estrechamente relacionados entre sí que con los Planctomycetales .
Verrucomicrobia podría pertenecer al clado Planctobacteria en el clado Gracilicutes más grande . [6]
En 2008 se publicó el genoma completo de Methylacidiphilum infernorum (2,3 Mbp ). En el cromosoma circular único , se encontraron 2473 proteínas predichas, 731 de las cuales no tenían homólogos detectables. Estos análisis también revelaron muchas posibles homologías con Proteobacteria . [7] [8]
Filogenia
La filogenia basada en el trabajo del Proyecto Árbol Vivo para Todas las Especies . [9]
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Taxonomía
La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres de procariotas con posición en la nomenclatura (LSPN) [10] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). [11]
- Phylum Verrucomicrobia Hedlund 2012 [Verrucomicrobaeota Oren et al. 2015 ]
- Género " Candidatus Epixenosoma " ♠ Bauer et al. 2005
- Especie " Candidatus Epixenosoma eyectans " ♠ Bauer et al. 2005
- Género? Lentimonas ♠ Choo & Cho 2006
- Especie " Lentimonas marisflavi " ♠ Choo & Cho 2006
- ¿Género? " Methyloacida " ♠ Islam et al. 2008
- ¿Género? " Methylacidimicrobium " ♠ van Teeseling et al. 2014
- Especie " M. cyclopophantes " ♠ van Teeseling et al. 2014
- Especie " M. fagopyrum " ♠ van Teeseling et al. 2014
- Especie " M. tartarophylax " ♠ van Teeseling et al. 2014
- ¿Orden? " Methylacidiphilales " ♠ Op den Camp 2009
- Familia " Methylacidiphilaceae " ♠ Op den Camp 2009
- Género " Methylacidiphilum " ♠ Hou et al. 2008 enmienda. Op den Camp y col. 2009
- Especie " M. fumariolicum " ♠ (Pol et al. 2007) Op den Camp et al. 2009
- Especie " M. infernorum " ♠ (Dunfield et al. 2007) Hou et al. 2008
- Especie " M. kamchatkense " ♠ Islam et al. 2008
- Género " Methylacidiphilum " ♠ Hou et al. 2008 enmienda. Op den Camp y col. 2009
- Familia " Methylacidiphilaceae " ♠ Op den Camp 2009
- ¿Clase? " Espartobacterias " Sangwan et al. 2004
- Género " Candidatus Xiphinematobacter " ♠ Vandekerckhove et al. 2000
- Especie " Ca. X. americani " ♠ Vandekerckhove et al. 2000
- Especie " Ca. X. brevicolli " ♠ Vandekerckhove et al. 2000
- Especie " Ca. X. rivesi " ♠ Vandekerckhove et al. 2000
- Orden " Chthoniobacterales " Sangwan et al. 2004
- Familia " Chthoniobacteraceae " Sangwan et al. 2004
- Género " Chthoniobacter " ♠ Sangwan et al. 2004
- Especie " Chthoniobacter flavus " ♠ Sangwan et al. 2004
- Género " Chthoniobacter " ♠ Sangwan et al. 2004
- Familia " Chthoniobacteraceae " Sangwan et al. 2004
- Género " Candidatus Xiphinematobacter " ♠ Vandekerckhove et al. 2000
- Clase Opitutae Choo et al. 2007
- Orden Opitutales Choo et al. 2007
- Familia Opitutaceae Choo et al. 2007
- Género " Diplosphaera " ♠ Wertz et al. 2012 no Bialosuknia 1909
- Especie " Diplosphaera colitermitum " ♠ Wertz et al. 2012
- Género Alterococcus Shieh y Jean 1999
- Especie Alterococcus agarolyticus Shieh y Jean 1999
- Género Opitutus Chin et al. 2001
- Especie Opitutus terrae Chin et al. 2001
- Género Cephaloticoccus Lin et al. 2016
- Especie C. capnophilus Lin et al. 2016
- Especie C. primus Lin et al. 2016
- Género " Diplosphaera " ♠ Wertz et al. 2012 no Bialosuknia 1909
- Familia Opitutaceae Choo et al. 2007
- Orden Puniceicoccales Choo et al. 2007
- Familia Puniceicoccaceae Choo et al. 2007
- Género Cerasicoccus Yoon et al. 2007
- Especie C. arenae Yoon et al. 2007 (tipo sp.)
- Especie " C. frondis " ♠ Yoon et al. 2010
- Especie " C. maritimus " ♠ Yoon et al. 2010
- Género Coraliomargarita Yoon et al. 2007
- Especie Coraliomargarita akajimensis Yoon et al. 2007
- Género Pelagicoccus Yoon et al. 2007
- Especie P. albus Yoon et al. 2007
- Especie P. croceus Yoon et al. 2007
- Especie P. litoralis Yoon et al. 2007
- Especie P. mobilis Yoon et al. 2007 (tipo sp.)
- Género Puniceicoccus Choo et al. 2007
- Especie Puniceicoccus vermicola Choo et al. 2007
- Género Cerasicoccus Yoon et al. 2007
- Familia Puniceicoccaceae Choo et al. 2007
- Orden Opitutales Choo et al. 2007
- Clase Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998 enmienda. Yoon y col. 2008
- Solicite Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 enmienda. Yoon y col. 2008
- Familia Verrucomicrobia subdivisión 3 [Pedosphaeraceae]
- Género? " Pedosphaera " ♠ Ozyurt 2008
- Especie " Pedosphaera parvula " ♠ Ozyurt 2008
- Género Limisphaera ngatamarikiensis Anders et al. 2015
- Especie Limisphaera ngatamarikiensis Anders et al. 2015
- Género? " Pedosphaera " ♠ Ozyurt 2008
- Familia Akkermansiaceae Hedlund & Derrien 2012
- Género Akkermansia Derrien et al. 2004
- Especie Akkermansia muciniphila Derrien et al. 2004
- Género Akkermansia Derrien et al. 2004
- Familia Rubritaleaceae Hedlund 2012
- Género Rubritalea Scheuermayer et al. 2006
- Especie R. halochordaticola Yoon et al. 2011
- Especie R. marina Scheuermayer et al. 2006 (tipo sp.)
- Especie R. sabuli Yoon et al. 2008
- Especie R. spongiae Yoon et al. 2007
- Especie R. squalenifaciens Kasai et al. 2007
- Especie R. tangerina Yoon et al. 2007
- Género Rubritalea Scheuermayer et al. 2006
- Familia Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996 enmienda. Takeda y col. 2008
- Género? Fucophilus ♠ Sakai y col. 2001b
- Especie Fucophilus fucoidanolyticus ♠ Sakai et al. 2001b
- Género Brevifollis Otsuka et al. 2013
- Especie Brevifollis gellanilyticus Otsuka et al. 2013
- Género Haloferula Yoon et al. 2008 enmienda. Bibi y col. 2011
- Especie H. chungangensis Kang et al. 2013
- Especie H. harenae Yoon et al. 2008
- Especie H. helveola Yoon et al. 2008
- Especie H. luteola Bibi et al. 2011
- Especie H. phyci Yoon et al. 2008
- Especie H. rosea Yoon et al. 2008 (tipo sp.)
- Especie H. sargassicola Yoon et al. 2008
- Género Persicirhabdus Yoon et al. 2008
- Especie Persicirhabdus sediminis Yoon et al. 2008
- Género Luteolibacter Yoon et al. 2008
- Especies L. algas Yoon et al. 2008
- Especie L. cuticulihirudinis Glaeser et al. 2012
- Especie L. luojiensis Jiang et al. 2012
- Especie L. pohnpeiensis Yoon et al. 2008 (tipo sp.)
- Especie L. yonseiensis Park et al. 2013
- Género Roseibacillus Yoon et al. 2008
- Especie R. persicicus Yoon et al. 2008
- Especie R. ishigakijimensis Yoon et al. 2008 (tipo sp.)
- Especie R. ponti Yoon et al. 2008
- Género Roseimicrobium Otsuka et al. 2013
- Especie Roseimicrobium gellanilyticum Otsuka et al. 2013
- Género Prosthecobacter (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 enmienda. Takeda y col. 2008
- Especie P. algae Lee et al. 2014
- Especie P. dejongeii Hedlund et al. 1998
- Especie P. debontii Hedlund et al. 1998
- Especie P. fluviatilis Takeda et al. 2008
- Especie P. fusiformis (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 (tipo sp.)
- Especie P. vanneervenii Hedlund et al. 1998
- Género Terrimicrobium Qiu et al. 2014
- Especie Terrimicrobium sacchariphilum Qiu et al. 2014
- Género Verrucomicrobium Schlesner 1988
- Especie Verrucomicrobium spinosum Schlesner 1988
- Género? Fucophilus ♠ Sakai y col. 2001b
- Familia Verrucomicrobia subdivisión 3 [Pedosphaeraceae]
- Solicite Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 enmienda. Yoon y col. 2008
- Género " Candidatus Epixenosoma " ♠ Bauer et al. 2005
Notas:
♠ Cepa encontrada en el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), pero no tiene ningún estatus con el Código Bacteriológico (1990 y revisión posterior) como se detalla en la Lista de nombres de procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN) como resultado de las siguientes razones :
Referencias
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- ^ JP Euzéby. "Verrucomicrobia" . Lista de nombres procariotas con posición en nomenclatura (LPSN) . Consultado el 20 de marzo de 2016 .
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