Un reemplazo conservador (también llamado mutación conservadora o sustitución conservadora ) es un reemplazo de aminoácido en una proteína que cambia un aminoácido dado a un aminoácido diferente con propiedades bioquímicas similares (por ejemplo , carga , hidrofobicidad y tamaño ). [1] [2]
Por el contrario, una sustitución de radicales , o sustitución de radicales , es una sustitución de aminoácidos que intercambia un aminoácido inicial por un aminoácido final con diferentes propiedades fisicoquímicas. [1]
Descripción
Hay 20 aminoácidos naturales, sin embargo, algunos de ellos comparten características similares. Por ejemplo, la leucina y la isoleucina son hidrófobos alifáticos ramificados . De manera similar, el ácido aspártico y el ácido glutámico son pequeños residuos cargados negativamente.
Aunque hay muchas formas de clasificar los aminoácidos, a menudo se clasifican en seis clases principales en función de su estructura y las características químicas generales de sus cadenas laterales (grupos R).
Clase | Aminoácidos | Código de 1 letra |
---|---|---|
Alifático | Glicina , alanina , valina , leucina , isoleucina | G, A, V, L, yo |
Que contiene hidroxilo o azufre / selenio | Serina , Cisteína , Selenocisteína , Treonina , Metionina | S, C, U, T, M |
Cíclico | Prolina | PAG |
Aromático | Fenilalanina , Tirosina , Triptófano | F, Y, W |
Básico | Histidina , Lisina , Arginina | H, K, R |
Ácido y sus amidas | Aspartato , glutamato , asparagina , glutamina | D, E, N, Q |
Las distancias fisicoquímicas tienen como objetivo cuantificar la disimilitud intraclase e interclase entre los aminoácidos en función de sus propiedades mensurables, y muchas de estas medidas se han propuesto en la literatura. [4] Debido a su sencillez, dos de las medidas más utilizadas son las de Grantham (1974) [5] y Miyata et al (1979). [6] Un reemplazo conservador es, por lo tanto, un intercambio entre dos aminoácidos separados por una pequeña distancia fisicoquímica. Por el contrario, un reemplazo de radicales es un intercambio entre dos aminoácidos separados por una gran distancia fisicoquímica. [4]
Impacto en la función
Los reemplazos conservadores en proteínas a menudo tienen un efecto menor en la función que los reemplazos no conservadores. El efecto reducido de los reemplazos conservadores sobre la función también se puede ver en la aparición de diferentes reemplazos en la naturaleza. Es mucho más probable que los reemplazos no conservadores entre proteínas sean eliminados por selección natural debido a sus efectos deletéreos.
Ver también
- Sitio de segregación
- Elemento ultraconservado
- Alineación de secuencia
- Software de alineación de secuencias
Referencias
- ↑ a b Zhang, Jianzhi (1 de enero de 2000). "Tasas de sustituciones de nucleótidos no sinónimos conservadores y radicales en genes nucleares de mamíferos". Revista de evolución molecular . 50 (1): 56–68. Código Bibliográfico : 2000JMolE..50 ... 56Z . CiteSeerX 10.1.1.584.896 . doi : 10.1007 / s002399910007 . ISSN 0022-2844 . PMID 10654260 . S2CID 15248867 .
- ^ Dagan, Tal; Talmor, Yael; Graur, Dan (1 de julio de 2002). "Las proporciones de reemplazo radical de aminoácidos conservadores se ven afectadas por factores mutacionales y de composición y pueden no ser indicativas de una selección darwiniana positiva" . Biología Molecular y Evolución . 19 (7): 1022–1025. doi : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004161 . ISSN 0737-4038 . PMID 12082122 .
- ^ "Preguntas frecuentes de Clustal # Símbolos" . Clustal . Archivado desde el original el 24 de octubre de 2016 . Consultado el 8 de diciembre de 2014 .
- ^ a b Graur, Dan (3 de agosto de 2015). "Reemplazos de aminoácidos radicales y conservadores" . Juez Starling . Consultado el 11 de marzo de 2018 .
- ^ Grantham, R. (6 de septiembre de 1974). "Fórmula de diferencia de aminoácidos para ayudar a explicar la evolución de las proteínas". Ciencia . 185 (4154): 862–864. Código Bibliográfico : 1974Sci ... 185..862G . doi : 10.1126 / science.185.4154.862 . ISSN 0036-8075 . PMID 4843792 . S2CID 35388307 .
- ^ Miyata, Takashi; Miyazawa, Sanzo; Yasunaga, Teruo (1 de marzo de 1979). "Dos tipos de sustituciones de aminoácidos en la evolución de las proteínas". Revista de evolución molecular . 12 (3): 219-236. Código bibliográfico : 1979JMolE..12..219M . doi : 10.1007 / BF01732340 . ISSN 1432-1432 . PMID 439147 . S2CID 20978738 .